月別アーカイブ: 2013年6月

コマンドラインで快適なデータ解析を

最近のバイオなデータ解析では、ファイルサイズが大きすぎたり、または多すぎたりで、GUIな環境では快適にファイル操作できないこともあって、コマンドラインでデータ解析をする人が増えてきたのはいい流れと思っています。基本的なシ … 続きを読む

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justRMAでnormalize

マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjus … 続きを読む

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クロスプラットフォーム問題

2010年代になった今でも相変わらず使用しているプラットフォーム(主にOS)の違いによって受渡したデータが閲覧できない等の問題は多く発生しているようです。 一番顕著なのはAJACS名古屋のテキストで詳しく書いたUNIX, … 続きを読む

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fastacmdの後継者: blastdbcmd

遺伝子上流配列など、ゲノム配列の任意の場所を切り出すのには、BLATパッケージに含まれている nibFrag をこれまで勧めてきました。FASTAフォーマットの配列ファイルに対して別個にnibインデックスを作らないといけ … 続きを読む

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Mountain Lion で local BLAST

MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てく … 続きを読む

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