月別アーカイブ: 2014年8月

mtr

あるホストから別のホストまでのネットワーク経路をリスト表示するコマンドtracerouteの今風版のmtrなのだが、homebrewで で簡単にインストールできてしまうが、そのままではエラーが出て実行できない。しかし、以 … 続きを読む

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difffのチカラ

論文reviseの際などには、某論文のコピペの可能性を示唆したあのツールがもちろん役に立つ。しかしながら、以下の様な行番号が付いた文書データしか手元になく、それと新しい版を比較せねばならないことがある。 1 High-t … 続きを読む

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ゲノムマッピング結果をwigで表示

Bowtieなどで単にゲノムマッピングした結果(sam/bam形式)を各位置ごとに数値で表現してみたいというときに。マシンパワーと出力されるデータ量の制限で10塩基刻みでwigに変換するには ってなかんじで。hoge_s … 続きを読む

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自家製BLAST用DBから必要な配列エントリ取得

BLASTでヒットがあったエントリの配列データを切り出してきたい時はままあるかと。公共データベースのエントリならtogowsのRESTで取得するなり、ググるなりNCBIで検索するなりで配列データにありつけるかと思います。 … 続きを読む

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github再入門

某所の講習会でファイルの共有を(バックアップで)やっておく必要が出てきたので、新しいレポジトリを作成する必要が。完全に忘れたので、一番最初から。 そして、レポジトリに入れたいファイル群をadd&commit。 … 続きを読む

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配列解析基礎の講習準備

バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コースの講師で「配列解析基礎」を担当。その講習会資料をここ数日作成。 振り返ってみると自分が大学院に入った頃からすでに20年ぐらい経っていて、すでに歴 … 続きを読む

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IGVはじめました

IGV(Integrative Genomics Viewer)をいじってみた。まずは、統合TVの基本編の方を見て。ダウンロードするときに所属機関の記入が必須の模様。’IGV 使い方’でググって出 … 続きを読む

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