月別アーカイブ: 2014年12月

ダブルクリックしてシェルスクリプト実行

MacOSXでシェルスクリプトなどのスクリプト言語をダブルクリックして実行するには、 スクリプトのファイル名に.commandという拡張子を使う(例: hoge.command) ファイルに実行権を付与する。すなわち c … 続きを読む

カテゴリー: 趣味のプログラミング | ダブルクリックしてシェルスクリプト実行 はコメントを受け付けていません。

tophatのインストール

Macosxの場合のtophatのインストールコマンド。もちろん、tophatのサイトからバイナリファイルを取ってきてそれを使うのでもいいのですが、tophatから呼び出される依存関係のあるプログラムも同時にインストール … 続きを読む

カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス | tophatのインストール はコメントを受け付けていません。

bamの切った貼った

Reference genome配列に対するmappingの結果ファイル、bam。そこから特定の染色体などの場所を絞り込んだデータだけを作成する場合に以下のsamtoolsのオプションが大変有効です。 複数のbamファイ … 続きを読む

カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, 趣味のプログラミング | bamの切った貼った はコメントを受け付けていません。

統合データベース講習会AJACS岩手

今シーズン初めの雪が積もりだした岩手医科大学矢巾キャンパスにて講習会。師走の忙しい時期ということもあってか、若干集まりも悪く、人数も少なめでした。しかしながら、内容としては濃いものでした。 今回の講習会の内容は、ホスト先 … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | 統合データベース講習会AJACS岩手 はコメントを受け付けていません。