月別アーカイブ: 2015年2月

MacBookProのセットアップ2015

MacBookProを使える状態にセットアップする機会があり、自分で能動的に入れたものをメモとして残しておく。 Xcode: 必須 Homebrew: macosx用パッケージマネージャー vagrant: docker … 続きを読む

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MACS2のインストール

ChIPseqな解析でよく用いられるMACS(Model-based Analysis for ChIP-Seq)。てっきりhomebrewにあると思ってbrew install MACS2とかしてみたものの、ない模様。 … 続きを読む

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Trinity on docker in Mac

SPARQLthon29では何故かネットワークの調子も悪く(DHCPが急に取れなくなったり)。容量の大きなFASTQファイルが手元になく、ダウンロードしてくることもかなわず、実行できずじまい。そこで、RNAseqなFAS … 続きを読む

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SPARQLthon29

国内版BioHackathon BH14.14に出て、dockerまわりでやることが出てきたので、SPARQLthon参加。今年度最初の方に統合化支援との連携を探る目的で出ていたが、引っ越しやらなんやらで出なくなっていた … 続きを読む

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次世代モデル生物

これまで、非モデル生物とか、古典的なモデルでない生物とか、いろんな言い方をしてきた。あらゆる生物種のゲノム配列解読が現実的になり、ゲノムやトランスクリプトームが配列情報として得られる2015年になって、これからのモデル生 … 続きを読む

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国内版バイオハッカソンBH14.14終了

直前のいくつかのエントリを見て分かるように、北海道札幌市の定山渓ビューホテルで開かれた国内版バイオハッカソンBH14.14に参加してきた。BH14.14で取り組もうと思っていた AOEノムコウにある公共データの網羅的な再 … 続きを読む

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BioDockerthon the last day

国内版Biohackathon(BH14.14)最終日。これまでやってきたことは dockerhub github にすべてアップ。つくったDocker imageは以下の4つ。 hmmemit debian-hmmse … 続きを読む

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BioDockerthon day4

国内版Biohackathon(BH14.14)4日目。昨日までのhmmerとは打って変わってより実際的なNGS解析のそれをということで、RNAseqにおけるspliced read mapperとしてデファクト・スタン … 続きを読む

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BioDockerthon day3

国内版Biohackathon(BH14.14)3日目。今日もDockerチームにて。昨日作成したhmmsearchを実行するDockerfileの汎用化。引数としてprofile HMMと検索対象DBを指定できるように … 続きを読む

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Docker on CoreOS on Mac day2

国内版Biohackathon(BH14.14)2日目。まずは、昨日の続き。DockerfileをDockerHubに表示したいということで、GitHubとDockerHubの連携をやってみる。 まずは、’N … 続きを読む

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