BioDockerthon the last day

国内版Biohackathon(BH14.14)最終日。これまでやってきたことは

にすべてアップ。つくったDocker imageは以下の4つ。

  1. hmmemit
  2. debian-hmmsearch
  3. debian-hmmsearch2 (profileHMMと検索対象DBがdocker runの引数として選べる)
  4. ubuntu-tophat

ubuntu-tophatに関しては、defaultのcoreosでは動かないという問題点あり。現状判明している問題は、メモリとストレージの容量不足。動くように設定ファイルのカスタマイズ等、方策を考えないといけない。それができるようになるとSRAにあるすべてのRNAseqデータの計算(recount)がdockerをつかって可能になるかと。計算リソースがあれば。

当初課題に挙げていたassembler関係は、nucleotid.esにあるということで自分で書く必要はないようだが、それを動かす環境の構築が次なる課題。

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