月別アーカイブ: 2015年3月

Picard MarkDuplicates

NGSな変異解析にはsamtoolsの他にGATKやPicardといったツールを使うらしい。Picardだが、「ピカール」と読むらしい実は「ピカード」という英語発音らしい。インストールはいつものhomebrew。 いろい … 続きを読む

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cuffdiffの怪

cufflinksに含まれるプログラムのcuffdiffは発現差を調べるのに有用なのだが、うまく動かないことも。その場合にしたこととして、 -pまたは–num-threadsで指定するthread数の指定を減らす、それ … 続きを読む

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samtools sort の並列化

samtoolsのsortは結構時間がかかります。新しいバージョン(1.2で確認)だと、-@というオプションを付ければ並列化されます。 としたときに実行結果が以下のように。 976.00s user 17.04s sys … 続きを読む

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ぼうのブログreloaded

某所の大規模停電の影響を受けて自宅サーバーのネットワークの不具合が起こり、でこのブログが見れなくなっておりました。ようやく復活させることができました。まだブログ、続けていくつもりですので、今後ともよろしく。 ぼうのブログ … 続きを読む

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SPARQLthon30

理研和光にて。NGSなツールたちをDocker上で実行するための検討を引き続き。 そのためにはそれぞれのツールを実際に動かしてみないと、ということでいろんなツールの使い方を調べたり。どういったツールがよく使われているのか … 続きを読む

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