月別アーカイブ: 2015年4月

GFFでIGVにアノテーションを表示する

IGVに表示するためのGFFを出力する捨てコード(Perl)書き。入力はBLASTの結果のタブ区切り出力(-outfmt 6指定して出てくるもの)。以下のコードをhoge.prlとして、 のようにして使う。 9カラム目の … 続きを読む

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NCBI HomologeneのFASTA出力ヘッダを生物種名に変更

NCBI Homologeneからいろんな生物種でのある遺伝子のホモログをリストアップした際、デフォルトではそれのmultiFASTA形式ファイルでgiとRefSeqのIDがラベルとなって出力される。それでは人間様にとっ … 続きを読む

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匍匐前進

年度初めからショッキングな出来事が多く、仕事がなかなかはかどっている感じがしませんし、実際そうだと思います。匍匐前進、こなしていくしかないですね。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is l … 続きを読む

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突然のreboot

前日に引き続き。同じようにO/Nでtophat走らせていたが、やっぱり突然virtualboxがreboot。なんなのだろう? root@21ee049caf37:/data# tophat -o test_out -p … 続きを読む

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Tophat2 on docker in Mac

昨晩帰りがけにO/Nでのrunを仕込んだので、時間はかかるが一晩で終わるかと思いきや、途中でVirtual box自体が落ちてて終わらず。 仕方がないので、1万readに絞ったデータセットを作って、それで実行。するとすぐ … 続きを読む

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SPARQLthon31

SPARQLthonが、職場のある三島での開催の今回。だが、自分は引き続きDockerでbioなツールを動かす系の構築に勤しむ。今回のキーワードは、「ゆくゆくはSPARQLを知らないといけない」。 前回のhackatho … 続きを読む

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ブログ回帰

twitterによる情報発信に依存するようになってもう5年以上になるだろうか。引っ越しする前の職場では多くのアルバイト学生さんが居て、彼らに自分たちの仕事や状況を伝えるのに便利なツールとしてtwitterを使ってきた。ま … 続きを読む

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