月別アーカイブ: 2015年8月

SRA形式ファイルの料理法

以下の様な声をたまに聞く。 DDBJのDRAにはFASTQ形式のファイルがなくてダウンロードできない と。FASTQ形式はテキスト形式で、圧縮しない状態ではディスク容量を喰う。ブログエントリを書いている2015年8月末時 … 続きを読む

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統合データベース講習会AJACS津軽

2015年9月3,4日に弘前大学での統合データベース講習会AJACS津軽に講師として参ります。今年度二回目の「代表招集」。 前回、大阪大学吹田キャンパスでのAJACS千里では、ゲノム配列データベースの使い方と遺伝子発現デ … 続きを読む

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blast2html

paintBLASTとか知っているだろうか?かつてNCBIのウェブサイトでBLAST検索した時に上部に、queryのどの部分にDB中の配列がマッチしたかを可視化してくれるクリッカブルイメージがあったと思うのだが、それを生 … 続きを読む

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圧縮を並列化

データ量は大きくなるばかりで、それをファイル圧縮して保存しておくなり、転送するなりが当たり前になっている。かつてはCPUのクロック数が上がることでこの圧縮が早くなることが望めたが、最近はクロック数はそれほど伸びなくなって … 続きを読む

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SPARQLthon35

2015/08/10-11は、DBCLS三島というか、DDBJのある国立遺伝学研究所にてSPARQLthon35回目。前回の続きで、SRAに登録されているものの遺伝子発現データベースに登録されていないエントリがどれぐらい … 続きを読む

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byobu使ってみた

screenの使い方の投稿の修正をポストしたついでにtwitterに流したら、byobuというものがあってこっちのほうがナウでヤングだという御意見を頂戴する。Linuxでの紹介記事も教えてもらったが、 したらやっぱりho … 続きを読む

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