月別アーカイブ: 2016年3月

scikit-learnのインストール

pythonの機械学習ライブラリ。ふとしたキッカケで入れてみようと、思い立ったが吉日。 pythonのバージョン3が入っていなければ、まずそれを。 これでインストールされるpip3を使って必要なライブラリを。 の他に、s … 続きを読む

カテゴリー: 趣味のプログラミング | scikit-learnのインストール はコメントを受け付けていません。

RNA-Seq実験ハンドブック

RNA-Seq実験ハンドブックという本が出版されます。出版社のページによれば2016年03月23日発行予定とのこと(2016年3月発行予定に変わっていました)。「RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | RNA-Seq実験ハンドブック はコメントを受け付けていません。

第60回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)

続けて同じ場所で開催されたSIG-MBIにかなり久しぶりに参加。SIG-MBIの開催が第60回にもなっていたとは。続けて開催されているのは大変素晴らしい。敬意を表します。なお、自最後に参加した2005年の第1回オープンバ … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | 第60回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI) はコメントを受け付けていません。

BH15.15成果報告会と第20回オープンバイオ研究会

朝からみんなでバスでJAISTに移動して成果報告会。遺伝子発現目次の進捗状況に関して報告。いつもどおり、みんなで議論して情報を共有したことが大きな成果。githubにアップしたmetadataからの抜き出しスクリプト群の … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | BH15.15成果報告会と第20回オープンバイオ研究会 はコメントを受け付けていません。

BH15.15 3日目

ArrayExpressのメタデータにBioProjectがなかったので、GEO由来のエントリだけでもBioProjectIDが付けられないか模索中…。すべてのデータをスクレイピングする以外に解決法はないのか?いろいろ調 … 続きを読む

カテゴリー: 趣味のプログラミング, 雑感 | BH15.15 3日目 はコメントを受け付けていません。

BH15.15 2日目

2日目は抽出したメタデータの抜けをチェックして出来る限り取りこぼさないようparserを改良。1つのメタデータに複数のデータ単位が含まれていることをランチ前に発見して、ランチタイム遅延。対処する目処をつけてからカレー、そ … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | BH15.15 2日目 はコメントを受け付けていません。

BH15.15 1日目

今日2016年3月14日から、国内版Biohackathon(BH15.15)。2015年15月ということで、2016年3月の開催となったが、このパターンでの開催もついに今回で最後(というかルール破綻)になるとのこと。「 … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | BH15.15 1日目 はコメントを受け付けていません。

あれから5年

これからどうなるのか。そう思ったあの日から5年経ち、活動本拠地は静岡県三島市の国立遺伝学研究所に移動したものの、相変わらず生命科学データベースの普及活動を中心とした研究生活を続けられている。「幅優先」だった活動は、「深さ … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | あれから5年 はコメントを受け付けていません。

標準出力と標準エラー出力をまとめる

UNIXのコマンドラインには標準出力と標準エラー出力があります。プログラムの出力結果は通常標準出力で、 とすることでlog.txtにその出力結果が記録されます。このようにしてもまだ画面に何か表示されることがあります。それ … 続きを読む

カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, 趣味のプログラミング | 標準出力と標準エラー出力をまとめる はコメントを受け付けていません。

タブをgrep

grep便利ですね。タブ区切りのテキストで必要な情報を持つ行だけ取ってくるとか、多用されます。ですが、 では1番染色体(chr1)のデータだけ抽出したいのにchr11やchr12のデータなども引っかかってきます。そこでワ … 続きを読む

カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, 趣味のプログラミング | タブをgrep はコメントを受け付けていません。