月別アーカイブ: 2016年5月

Mishima.syk #8

今回が8回目のMishima.syk(三島創(製?)薬勉強会)。三島で開催されたSPARQLthon44の次の日に開催をはたらきかけて、異分野交流を目論んでみた。みなさん、いろいろと忙しい中、複数人の人がその流れで参加し … 続きを読む

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Trinityで転写産物を定量する

Trinityの出力結果は、転写単位ごとの塩基配列のFASTA形式ファイルだが、付属のプログラム(align_and_estimate_abundance.pl)を使うと、転写量を見積もって定量、そして出力してくれる。T … 続きを読む

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Trinity on MacOSX

de novo transcriptome assemblyをするソフトウェアの定番のTrinityがhomebrewで入って動くようになりました(v2.2.0)。これまでhomebrewには入っていたものの、私の環境で … 続きを読む

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データベースとは1

昨今、インターネット上には利用可能なデータリソースが溢れている。 データベース(DB)とは、生命の持つ情報を再利用可能な形で電子化したデータとして集めたものである。インターネットの普及とともにウェブインターフェースでDB … 続きを読む

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