月別アーカイブ: 2016年6月

2016年前半戦終了

今年も早いもので前半戦終了。出張はかなり多かったようで、外泊数がなんと合計43泊。一月に約7泊ということで、勤務日の約1/3は外勤だったという計算。どこに居ても仕事できる環境を作ってきたが、そこでしかできないことしかやっ … 続きを読む

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群馬大学大学院医学研究科非常勤講師

「オミックス医学とバイオインフォマティクス」というお題で。やはり90分では短く、珍しく時間オーバー気味。じっくり教えるには、単発の講義ではとても収まらないレベルの内容になってきた感。時代の流れとともに必要とされているので … 続きを読む

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2016 BioHackathon 5日目

最終日。ひきつづき。そして最後にwrapアップ。今回、AOE2のデータ作成パイプラインの構築に取り組み、機械的に単純にindexとなるデータを作るところまではできた。それらの成果(スクリプト群)はgithubのAOEプロ … 続きを読む

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2016 BioHackathon 4日目

一昨日に仕込んだArrayExpress(AE)のファイルリストの取得が終わったので、AOE1の更新を続き。もうちょっとファイルリストが高速に得られればもっと更新が早くできるんだが…。AEをローカルにミラーするようになっ … 続きを読む

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2016 BioHackathon 3日目

中間発表を1時間で。午後はExcursionということで、目の前の温海岳(標高736m)にbug取りがてら山登り。意外に険しい山道だったが、珍しい蝶が採れたらしい。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/ … 続きを読む

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2016 BioHackathon 2日目

温泉インフォマティクス研究会足湯支部に入部するも、蚊と雨の襲撃により敢え無く延期。今月のAOE1の更新も進めつつ、昨日入電した裏プロジェクトの解析も並行して。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blo … 続きを読む

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2016 BioHackathon 1日目

本日6/13から6/17までBioHackathon。今回も引き続きAOE2.0に向けてhackします。メタボにならないように、今回はランチはホテルでとらない作戦で。夜にガッツリ方針を議論。自分のやるべき方向がさらに明瞭 … 続きを読む

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2016 BioHackathon Symposium

今年もBioHackathonは、シンポジウムからの参加。皆さん、進捗していますなあ。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commo … 続きを読む

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2016 SPARC Japan ワーキンググループキックオフミーティング

今年度(2016年度)から国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループのメンバーとして関わることになり、そのキックオフミーティングで一ツ橋の国立情報学研究所へ。担当として2つのセ … 続きを読む

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Homebrewと暮らす

Homebrew便利だが、しばらく経つとソフトウェアがアップデートされていってローカルに持っているインデックス情報が古くなり、いろいろと不都合が起きるようになる。そこで、以下のコマンドを日課(or週課?)のように打って欲 … 続きを読む

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