月別アーカイブ: 2016年8月

遺伝研研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」やります

今年度、申請して遺伝研研究会としての開催が決まっている「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」。それを2016年12月15-16日に遺伝研宿泊施設の会議室で開かせていただくことに決めました。ちょうど同じ日 … 続きを読む

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Trinityがコケる

single end readsのTrinityの実行がこけて、hoge.fq.readcountファイルに以下のような記述が。 Error, cannot convert fastq file to fasta sin … 続きを読む

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NBDCヒトデータベースとJGAに感謝

かつて関わった厚生労働科学研究費補助金(2009年度〜2011年度)による高齢者のがん研究のデータがNBDCヒトデータベースより公開されたと連絡をいただく。当初は生命科学系データベースアーカイブに、と提案したのが2年前。 … 続きを読む

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「次世代シークエンサーDRY解析教本」2刷

DRY解析教本ですが、2015年の10月に出版されて早10ヶ月。その間、「細胞工学」の発刊が最終号を迎えるなどいろいろありましたが、初刷の在庫が無くなってきたとのことで、2刷の連絡が少し前に。 その2刷が出回り始めた模様 … 続きを読む

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trim_galoreでトリミングとQC

トリミングしたうえでfastqcをかけてくれるソフトがこのtrim_galore。CutadaptとFastQCがすでにインストールされていることが必須(以下の使い方だと)。 singleの場合 ペアエンドの場合 ぼうの … 続きを読む

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1 week past rsyncing ArrayExpress data

ArrayExpressのdataをrsync開始してから1週間。atlasディレクトリは終わったものの、残りの2つ、arrayとexperimentは終わらない。データ転送量的には、合計0.4Tbyteほどで、約44T … 続きを読む

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Say good bye to our deer twitterer

初めての山の日(8/11)、急逝した研究者仲間のtwittererの初盆に名古屋へ。同じ分野の研究者というわけでもなく、オフラインには学会オフ会に近くだからというので集まったぐらいの仲だが、twitter上では日常を見ら … 続きを読む

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inodeの枯渇

ストレージの容量は多くの場合ファイルサイズで問題になることが多いが、たくさんファイルを作るようなプログラムやデータベースを扱っているとファイルのinode数が問題になることがまれにある。その場合には、 とやってinode … 続きを読む

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rsync ArrayExpress data

2016年8月12日日本時間午後2時頃、ArrayExpressのFTPにあるデータをミラー開始。ポイントはFTPではなく、rsyncでやっているというところ。先月のSPARQLthonで調べてわかったことを元に。プロセ … 続きを読む

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「新米探偵、データ分析に挑む」を読んで

新米探偵本、ようやく通読。出てきたことが一度だけでなく、俵太のまとめと天羽社長の統計学指南で波状に複数回出てきて、大変わかり易い。コードの解説もまとめられてて、復習に便利。データがあらかじめダウンロード可能なようになって … 続きを読む

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