月別アーカイブ: 2017年2月

2月は逃げる

本当に今年2017年の2月はそんな感じだった。1月のうちは、それほど予定も詰まっておらずじっくり研究に取り組めると思っていたのだが…蓋を開けてみると、東京出張が合計7日分だから、ひとつきの1/4は東京だった、と。そして … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | 2月は逃げる はコメントを受け付けていません。

情報・システム研究機構シンポジウム2016

現在所属しているセンターが属している大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS: Research Organization of Information and Systems)が毎年主催している機構シン … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | 情報・システム研究機構シンポジウム2016 はコメントを受け付けていません。

出会いを大事に

今回の東京連続出張の機会に複数の知り合いと再会。人との出会いの中から自分のアイデンティティを再確認。ちょっとやる気が薄れていたことに対して、結果として激励されたり。体力的にちょっとキツかったものの、とても良い機会だった。 … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | 出会いを大事に はコメントを受け付けていません。

SPARQLthon53 day2

昨日でデータは取ってこれるようになったので、それを整形して必要なデータだけ抽出できるように。 まずは、BioProject(PRJから始まるID)とGEO Series(GSEから始まるID)のIDを抽出して、後者はGS … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | SPARQLthon53 day2 はコメントを受け付けていません。

SPARQLthon53 day1

前回に引き続き、DBCLS SRAのAPIをいじる。AOE2.0に必要なデータを作成するパイプラインを作成するために。 前回上手くいかなかったREST APIによる大量データ取得を再度試みる。BioProjectのデータ … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | SPARQLthon53 day1 はコメントを受け付けていません。

科学技術・学術政策研究所(NISTEP)講演会聴講

予定されていた会議がなくなったため、科学技術・学術政策研究所(NISTEP)講演会「欧州のオープンサイエンス政策-その狙いと実際」に飛び入り聴講。久しぶりの文部科学省で、何気にNISTEPのあるフロワー(16F)は初。 … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | 科学技術・学術政策研究所(NISTEP)講演会聴講 はコメントを受け付けていません。

第3回 SPARC Japan セミナー2016「科学的知識創成の新たな標準基盤へ向けて : オープンサイエンス再考」

2016年度SPARC JAPANセミナー3回目で今年度最後の今回は、セミナー担当を外れて、聴講者の一人として。 オープンデータやオープンサイエンスに対する考え方や温度は、分野によってさまざまであることを再認識できる良い … 続きを読む

カテゴリー: 未分類 | 第3回 SPARC Japan セミナー2016「科学的知識創成の新たな標準基盤へ向けて : オープンサイエンス再考」 はコメントを受け付けていません。

パスウェイ再構築

中心となるデータベースがなく、信頼のおけるアノテーションがない場合、それを自ら付けないといけない。BLAST2GOを使うというやり方もあるが、やり方にも自らのこだわりを入れてそうしたいもの。単にAll vs AllのB … 続きを読む

カテゴリー: 雑感 | パスウェイ再構築 はコメントを受け付けていません。

歴史は繰り返す

約20年前、大学院生だったころと全く同じ手順を、対象配列セットを換え、ツールを換え、やっていることにふと気づく。かつてはFTPサイトからダウンロードしてきた予測アミノ酸配列セットに対して、今はTrinity→Tra … 続きを読む

カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, データベース生物学, 雑感 | 歴史は繰り返す はコメントを受け付けていません。

RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. というわけで、Trinity … 続きを読む

カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, 趣味のプログラミング | RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization) はコメントを受け付けていません。