月別アーカイブ: 2017年4月

BAMからCRAMへのバッチ変換

ファイル変換weekになってしまったので、BAMからCRAMへのバッチスクリプトも紹介しておく。 SAMBAM変換とは異なり、リファレンスゲノム配列が必要で、それは各環境で違う場所にあると思うので、それは自分の環境のそれ … 続きを読む

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SAMからBAMへのバッチ変換

SAMからBAMに変換して、そのまま中間ファイルを作らずにBAMをソートする。それをバッチで処理するには。 SAMファイルの置いてあるディレクトリに移動(cd)してから、以下のようなスクリプトを実行。 #!/bin/s … 続きを読む

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FAST5からFASTQへの変換

現在お世話になっている研究所でOxford Nanopore Technologies のセミナーがあり、参加させていただいた。 大変興味深く聞かせてもらったが、MinIONからの塩基配列データはFAST5という形式で … 続きを読む

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Quanto論文

ぼうのブログによると、2009年の7月29日に初めてDBCLSに来てくれた当時M1の学生さんだった。その後、Research Assistantとして統合牧場でUNIXとしてのMacの使い方を身につけ、そして学んだこ … 続きを読む

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満を持して

ついにこの日がやってきた。各所に働きかけた末に。 That’s one small step for (a) man, one giant leap for mankind. ただの盛り上がったミーティングに … 続きを読む

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背水の陣

配列データ解析、頑張らないと。それを後押しする事象発生。折しもそれ関連の計算を始めていたのは、虫が知らせたか?自分自身の解析からそういうのが見つけられるかどうか、正念場。しまっていこう。 ぼうのブログ by http:/ … 続きを読む

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CRAMによる圧縮効率

昨日のエントリの続きで、複数のBAMファイルをCRAMに変換し、そのサイズを比べてみた。 それぞれのファイルサイズを同一行に来るように1行ごとにデータを作って(cram.txtとbam.txt)、その圧縮率をちゃらっと … 続きを読む

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BAMからCRAMへの変換、そしてその逆

BAMからCRAMへの変換を試してみた。samtoolsを使えば良いだけの模様。 3,091,833,154byteあったファイルサイズが、2,325,565,061byteに。約75%になったとは、すごい!CPU時間的 … 続きを読む

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アクセッション番号すら諸行無常

dottupの説明を書くため、EMBOSSのチュートリアルを見ていたら、XL23808というアクセッション番号の配列が使われていた。チュートリアルに出ている配列だし、自分もこれで例を作ろうと、これが何かをDDBJ/ENA … 続きを読む

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春の心の嵐

直接は被っていないものの、それでも学生委員会の同窓会で最近も何回か会った、同学年の同志の訃報。そんな私にも誕生日メッセージを送ってくるなど、私などは足下にも及ばない気配りの人でした。 またアウトリーチ活動に力を入れていた … 続きを読む

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