月別アーカイブ: 2017年5月

PAG ASIA 2017 3rd day

最終日。やはり、来たら来ただけ、学ぶことがあった。PAG終了後同じホテルで開催された 2017 PacBio APAC User Group Meetingもフライトの時間の関係で最初だけしか出れなかったものの、 … 続きを読む

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PAG ASIA 2017 2nd day

海外なのに時差が全くないのは素晴らしい。シャワートイレだし、メシマズじゃないし。信号もそっくりだが、右側通行なので車にはぐれぐれも注意して。 そして、自分の発表が午後イチに。思ったよりも早めに終了してしまった感。D … 続きを読む

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PAG ASIA 2017 1st day

2017年国立遺伝学研究所 国際シンポジウム 最終日は研究者向けの英語での講演。その後、中座してNHDへ。実は今日から始まっているPAG ASIA 2017へ。 旅程も短く、油断しているのか、いつもは持って行くノイズキャ … 続きを読む

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DDBJ 30周年記念シンポジウム

2017年国立遺伝学研究所 国際シンポジウムとして、DDBJ 30周年記念シンポジウムが三島にて。 Janet ThorntonさんはBritish Airwaysのシステム障害のため、飛行機が飛ばず来れずにキャ … 続きを読む

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All-in-one 合同講習会 2017

生命科学データベースの構築・管理・運営を担う バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 日本蛋白質構造データバンク(PDBj) 日本DNAデータバンク(DD … 続きを読む

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Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR)

また別のtranscript alignerのSpliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR)によるgenome mappingを試してみた。まずは、STAR用のRe … 続きを読む

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Genome-guided Trinity

ゲノム配列も読んである場合に使えるGenome-guided Trinity De novo Transcriptome Assembly。まずは、TopHatやSTARなどでリードをゲノム配列マッピング(RNA用)して … 続きを読む

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SAMファイルをmerge?

SAMファイルをmergeしてからBAMファイルに変換してsortしようとしたが。一度、BAMに変換してからsortするしかないのか? まず1ファイルづつ、SAM->BAM変換。 それらをmergeして、そのままs … 続きを読む

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StringTie

RNA-seqのためのtranscript assemblyとquantificationのプログラムStringTie。またオプションが変わっているかもしれんが、前に動かした時のそれ。 -Gで指定しているhogeno … 続きを読む

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hisat2

hisat2でreference genomeにmappingする場合。hisat2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。hisat2-buildコマンドにて … 続きを読む

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