月別アーカイブ: 2017年5月

DDBJ 30周年記念シンポジウム

2017年国立遺伝学研究所 国際シンポジウムとして、DDBJ 30周年記念シンポジウムが三島にて。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative … 続きを読む

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All-in-one 合同講習会 2017

生命科学データベースの構築・管理・運営を担う バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 日本蛋白質構造データバンク(PDBj) 日本DNAデータバンク(DD … 続きを読む

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Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR)

また別のtranscript alignerのSpliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR)によるgenome mappingを試してみた。まずは、STAR用のRe … 続きを読む

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Genome-guided Trinity

ゲノム配列も読んである場合に使えるGenome-guided Trinity De novo Transcriptome Assembly。まずは、TopHatやSTARなどでリードをゲノム配列マッピング(RNA用)して … 続きを読む

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SAMファイルをmerge?

SAMファイルをmergeしてからBAMファイルに変換してsortしようとしたが。一度、BAMに変換してからsortするしかないのか? まず1ファイルづつ、SAM->BAM変換。 それらをmergeして、そのままs … 続きを読む

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StringTie

RNA-seqのためのtranscript assemblyとquantificationのプログラムStringTie。またオプションが変わっているかもしれんが、前に動かした時のそれ。 -Gで指定しているhogeno … 続きを読む

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hisat2

hisat2でreference genomeにmappingする場合。hisat2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。hisat2-buildコマンドにて … 続きを読む

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pip update

pip updateコマンドはないので、pipで入れたパッケージのアップデートは以下のようにする。  そろそろ、python3をデフォルトのpythonにして、version3系のpipをpip3と打たないで済むよ … 続きを読む

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ChIPデータのアノテーション

近頃はChromatin ImmunoPrecipitation(ChIP)データの再利用がしやすくなっている。それらのデータをアノテーションしているDBとして、UCSC Genome BrowserのTrackにも … 続きを読む

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SPARQLthon56 day2

統合TVのコンテンツ(.movファイル)だけでなく、Togo Picture Galleryのコンテンツも生命科学系データベースアーカイブに移行。統合TV関連コンテンツの完全クラウド化が実現した。そしてついに、この日を … 続きを読む

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