月別アーカイブ: 2017年6月

2017年前半戦終了

去年のこの日にも書いた振り返りエントリ。 2017年前半を振り返って。出張による外泊は、28泊と昨年前半の43泊より減少。出張を抑制、データ解析や物書きに取り組もうとしている姿勢が数字に出た感。これは、自分のやるべきこと … 続きを読む

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Differential Expression Analysis using EBSeq

RSEMによるRNA-seqの続き。RSEMデータ解析チュートリアルにある発現差解析方法。 rsem-run-ebseqとrsem-control-fdrはmake installしても/usr/local/bin以下に … 続きを読む

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真夜中のaccept

前日に投げてたrevisionへのrevisionが日本時間の夜に。共同研究者に取り急ぎ連絡しておくとすぐに返事が来て、re-resubmitできる状態になったので、思い切ってすぐに。そうしたら、これまた寝る直前に返事が … 続きを読む

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参加者リストの集計

先日参加した学会の参加者リストが公開されていた。ナンバリングされていたため、最後の行を見る限り255で、255名の参加者がいたらしいことがわかるものの、その内訳は分からない。テキスト版は提供されていないが、幸いこのページ … 続きを読む

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研究データ利活用協議会公開シンポジウム ~オープンサイエンスを巡る世界の最新動向~

標題のシンポジウムに参加して来た。研究データ利活用協議会(Research Data Utilization Forum(RDUF、読み方不明))とは、わが国における研究データの利活用を推進する活動を行う集まりとのこと。 … 続きを読む

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意図しないプリンター出力

出張先でプリンターから出力する必要があり、プラインター設定をちゃらっとして出力したものの。A4に打ち出したはずなのに90度回転したレイアウトで打ち出される。レイアウト設定やそれ以外の設定もチェックしてもだめ。その文書がま … 続きを読む

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SPARQLthon57 day2

2日目は開発しているserviceの検索インターフェースいろいろ打ち合わせをいくつか。この会では有識者がいて、そういった話を脇で聞いてくてて、「車輪の再発明」をせずにすむようなツッコミをいただくこと多数なのが醍醐味。さら … 続きを読む

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SPARQLthon57 day1

AOEでの検索結果から取得すべきSRAのRUNのIDを探し当ててSRAファイルを取得し、それらを並列にFASTQに変換して、トリミング後、発現定量して、発現差データ作成するのを並行に進めつつ、pfastq-dumpのバグ … 続きを読む

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2017 SPARC Japan ワーキンググループキックオフミーティング

今年度(2017年度)も引き続き、国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループのメンバーとして。そのキックオフミーティングで一ツ橋の国立情報学研究所へ。今年もSPARC JAPA … 続きを読む

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並列版 fastq-dump

探したらやはりあった、並列版のfastq-dump。これはpythonによる実装でインストールがちょっと…。さらに探したら、身近にbashでのimplementationを公開している方がいたw。こちらのほうがインストー … 続きを読む

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