月別アーカイブ: 2017年7月

SPARQLthon58 day2

まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出してくる実装をして、g … 続きを読む

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SPARQLthon58 day1

三島にてSPARQLthon。まずは、AOEの拡張で発現データmatrixと格闘。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons … 続きを読む

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MEGA début

分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わず嫌いはいかんと思い立ち、MEGA (Molecular Evolutionary … 続きを読む

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土用の牛の日

今年からはこれでいく。土用の牛の日は、牛肉(うし)を食べる。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attributio … 続きを読む

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metadataと格闘

オミックスデータ目次となりつつあるAOEでシークエンサー情報の詳細が更新されなくなっている。いろいろ調べた結果、その原因はmetadataの記述の仕方が変わり、ArrayExpress自体にはその情報が記述されなくなった … 続きを読む

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統合TV10年

統合TVを始めてから10年の月日が経った(「統合TVの歴史」参照)。その間、1,263件の動画を公開した。そのうち、554が講演動画、311が実習の動画。それ以外の約400がスクリーンキャプチャーによるチュートリアル動画 … 続きを読む

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統合TV動画チュートリアルのある論文公開

統合TVで使い方チュートリアルを作成し、統合TVから公開したツールf-treeの論文が公開された。 f-treeGC: a questionnaire-based family tree-creation softwar … 続きを読む

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markdownを何で書くか?

かなりしばらくぶり(といっても約半年ぶり)に、いくつかの講習会の講師に指名された。そこで、またテキストを作るわけだが、最近の統合データベース講習会AJACSは基本markdownで書いてGitHubにアップする形がデフォ … 続きを読む

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異分野のセミナー参加

PerkinElmer Japan ヘルスケアITセミナー「病院に於ける医療ビッグデータの活用とその最新事例」に参加。結果として、異分野殴り込み。話題となっているツールは同じなのだが。どストライクじゃない分野のセミナーに … 続きを読む

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ライフサイエンスデータベース統合推進事業 事業報告書

標記の報告書が公開され、NBDCの事業推進に関する報告書等に追加された。 それに対する「ライフサイエンスデータベース統合推進事業(平成23年度~平成28年度)事業評価報告書」も同時に公開され、その中で 今後の事業継続にあ … 続きを読む

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