月別アーカイブ: 2017年8月

SPARQLthon59 day1

今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、イン … 続きを読む

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RefEx論文

NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは2006年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定 … 続きを読む

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統合データベース講習会AJACS河内

2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師としては、「遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方」を担 … 続きを読む

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木を見て森を見ず

生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会の夏の学校で話ししたときのものを現時点版にアップデートしてお話しした。その後も、懇談会や意見交流会などをご一緒させてい … 続きを読む

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xenomeでclassify

xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is … 続きを読む

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統合データベース講習会AJACSa4つくば

これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つくばの農研機構)でAJACSa4つくばとして開催。中上級向けとはいえ、全く統合DBの活動 … 続きを読む

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xenomeのindex作成

xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思って-Tオプション(thread数)をいじったり、-vオプション(verbose:ログがたくさん出るようにな … 続きを読む

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xenomeのインストール

xenograft サンプルを分類するツールのxenomeだが、一時期ダウンロードできない状態が続いていたが、githubで復活した模様。 git cloneして、ドキュメントにある通りインストール。 makeこけたら必 … 続きを読む

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gffread

Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。 ぼうのブログ by http:/ … 続きを読む

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訃報

これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の働き盛りの研究者の方。講習会にも参加いただいたり、我々の活動を評価いただいたり。これからもご活躍していただくべき方で … 続きを読む

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