趣味のプログラミング」カテゴリーアーカイブ

みんなのPython勉強会#30

2017年5月以来、半年ぶりに参加。期せずして3冊のPython本の著者の人が話される節目の勉強会30回目で、大変参考になった。その3冊とは、以下の通り。 「いちばんやさしいPythonの教本」 「Pythonエンジニア … 続きを読む

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Genome Informatics 2017 day3

日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。 最初だけかと思っていたら、ずっとヒトに関する応用ばっかりで。ポスター発表にはそれでもまだ植物系のものもあるのだが、ショウジョウバエやC … 続きを読む

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Bono本読書会

拙著の読書会の企画が公表され、参加者の募集が開始に。ConBio2017(第40回日本分子生物学会年会+第90回日本生化学会大会)の終わった次の週の2017年12月16日の土曜日に、場所は静岡駅前のビルの会議室にて。 静 … 続きを読む

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職場でのGitHubの利用法

(このエントリは、Mishima.syk#11のLightning Talkネタ) 職場では、GitHubを日常的に使っている。その実例を紹介する。 統合データベース講習会AJACSでは講習会資料が基本GitHubで管理 … 続きを読む

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xenomeその後

githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバージョンでもうまくいかないとのレポートも。もうちょ … 続きを読む

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第2回RDF講習会

10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこの日にDDBJing講習会を(トーゴーの日と連続で)開催することを提案しているのだが、未だ … 続きを読む

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Bono本第一報

「Dr. Bono の生命科学データ解析」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。 なお、twit … 続きを読む

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xenomeでclassify

xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is … 続きを読む

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xenomeのindex作成

xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思って-Tオプション(thread数)をいじったり、-vオプション(verbose:ログがたくさん出るようにな … 続きを読む

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xenomeのインストール

xenograft サンプルを分類するツールのxenomeだが、一時期ダウンロードできない状態が続いていたが、githubで復活した模様。 git cloneして、ドキュメントにある通りインストール。 makeこけたら必 … 続きを読む

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