2010年代のバイオインフォマティクス」カテゴリーアーカイブ

含む、次世代シークエンサー(NGS)からの配列データ解析

kallisto

遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメントから。 indexはtranscriptのFASTAファイルに対して。つまりtranscriptごと … 続きを読む

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Genome Informatics 2017 day4

カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろいろあったが、基本楽しめた。とくにScientificには大満足。このConferenceは一番自分に合っていることを再確認。 … 続きを読む

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Genome Informatics 2017 day3

日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。 最初だけかと思っていたら、ずっとヒトに関する応用ばっかりで。ポスター発表にはそれでもまだ植物系のものもあるのだが、ショウジョウバエやC … 続きを読む

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Genome Informatics 2017 day2

twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。参加者数は345とか。これもtwitter情報。 発表者のLast nameのアルファ … 続きを読む

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Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Genome Informatics 2017

2017/11/1-4まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている Genome Informaticsに参加。隔年でCSHLとWellcome Genome Campu … 続きを読む

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ROIS-DS-JOINT共同研究集会開催に向けて

セミナーから一夜明けて、また別の研究会の企画打合せ。「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」は、2018年2月8-9日開催予定に。 ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is li … 続きを読む

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SPARQLthon61

台風直撃により、前日入り。いろいろ作業を進めて、それぞれそれなりに進捗があったのだが、SPARQLthonでメインでやるべきAOEまわりはほとんど進まず、無念。今年度の開発の仕様を固める文章化を進めるべし。 ぼうのブログ … 続きを読む

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Japan Spotfire User Group Meeting 2017

実質アカデミックフリーになって、自分の共同研究者には便利なツールとして浸透しつつある。その結果、この1年でSpotfireを使った研究成果を多数出すことができたので、それを紹介するという目的で参加のJASPUGM。事例の … 続きを読む

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Bono本読書会

拙著の読書会の企画が公表され、参加者の募集が開始に。ConBio2017(第40回日本分子生物学会年会+第90回日本生化学会大会)の終わった次の週の2017年12月16日の土曜日に、場所は静岡駅前のビルの会議室にて。 静 … 続きを読む

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xenomeその後

githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバージョンでもうまくいかないとのレポートも。もうちょ … 続きを読む

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