坊農秀雅について

坊農秀雅(ぼうのう ひでまさ)は、文部科学省管轄の大学共同利用機関の一つである情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS: DataBase Center for Life Science)の特任研究員(年契約;承継職員でなく、テニュアでない)です。

データベースの統合化に向けた「ライフサイエンスデータベース統合推進事業」(科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC))の「統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究」の共同研究者(特任研究員)として、データを活用するアプリケーションの開発を行っております。具体的には、勤務地の国立遺伝学研究所(遺伝研)にあるDNA DataBank of Japan (DDBJ)と連携して、Sequence Read Archive (SRA)ならびにDDBJ Omics aRchive (DOR)の利用技術を開発しております。

また同時に、ウェットな実験とドライな実験のハイブリッドな研究者として、バイオインフォマティクスを実験デバイスとした研究をしています。公共データベースを利用した研究事例となる酸素生物学関係の共同研究(昆虫系哺乳類系基礎医学系)も行っております。

研究遍歴や論文発表等の情報は、上部メニュー「坊農秀雅について」にマウスインした際に現れるリンクメニューからお探し下さい。この個人ウェブサイトは、外部の成果公表サイトに掲載していない情報を発信しております。生命科学系データベースや我々の研究に関する相談や見学等、随時歓迎いたします。twitter(id:bonohu)でつぶやくか、本務先のウェブサイトに記載されているメールアドレスまでご連絡ください。

略歴

1973年大阪に生まれる。 1995年東京大学教養学部基礎科学科第一卒業。 2000年京都大学大学院理学研究科生物科学専攻博士後期課程単位取得退学。理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター 遺伝子構造・機能研究グループ基礎科学特別研究員、埼玉医科大学ゲノム医学研究センター助手、同講師、同助教授、同准教授を経て、2007年7月より大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)特任准教授。京都大学博士(理学)。

さらに詳しいプロフィール

職歴

  • 平成10年4月1日 日本学術振興会 特別研究員
  • 平成12年4月1日 理化学研究所 基礎科学特別研究員(横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター 遺伝子構造・機能研究グループ)
    • 平成15年3月31日 理化学研究所 退所
  • 平成15年4月1日 埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター(ゲノム科学部門)助手
    • 平成15年10月1日 同 講師
    • 平成17年4月1日 同 助教授
    • 平成19年4月1日 同 准教授
  • 平成19年7月1日 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任研究員(特任准教授)
    • 平成26年4月1日 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 に職務地変更

非常勤講師等

正式に辞令をいただいたものだけ。2017年(平成29年)4月1日現在、兼任なし。

  • 平成18年1月16日 総合研究大学院大学 先導科学研究科「数理生命体科学特講」非常勤講師(平成18年3月31日まで)
  • 平成19年4月1日 金沢工業大学 大学院工学研究科 知的創造システム専攻 客員教授(平成20年3月31日まで)
  • 平成19年7月1日 情報・システム研究機構 新領域融合研究センター 外来研究員(平成20年3月31日まで)
  • 平成19年7月1日 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター 客員准教授(平成22年3月31日まで)
  • 平成19年8月1日 東京大学理学部 非常勤講師(平成19年9月30日まで)
  • 平成19年10月1日 東京大学講師大学院農学生命科学研究科(平成20年3月31日まで)
  • 平成20年6月1日 埼玉医科大学国際医療センター 非常勤講師(平成21年3月31日まで)
  • 平成21年4月1日 東京大学講師大学院新領域創成科学研究科(平成23年3月31日まで)
  • 平成24年12月1日 埼玉医科大学 医学部 非常勤講師 国際医療センター 乳腺腫瘍科(平成25年3月31日まで)
  • 平成26年4月3日 群馬大学大学院医学系研究科 非常勤講師(平成29年3月31日まで)
  • 平成27年4月1日 東京大学講師大学院新領域創成科学研究科(平成28年3月31日まで)
  • 平成28年1月1日  埼玉医科大学 医学部 非常勤講師 国際医療センター 乳腺腫瘍科(平成28年3月31日まで)

講演講義一覧

研究歴

  • 平成10年4月1日 京都大学化学研究所にて日本学術振興会特別研究員としてゲノムからの遺伝子機能予測とパスウェイ解析に従事(平成12年3月31日まで)
  • 平成12年4月1日 理化学研究所ゲノム科学総合研究センターにおいて理研マウスエンサイクロペディアプロジェクトに従事(平成15年3月31日まで)
  • 平成15年4月1日 埼玉医科大学ゲノム医学研究センターにおいてきしょいプロジェクト(Bridging the gap between genome biology and clinical medicine)に従事(平成19年6月30日まで)
  • 平成19年7月1日 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)において
    • 文部科学省「統合データベースプロジェクト」に従事(平成23年3月31日まで)
    • 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)「ライフサイエンスデータベース統合推進事業基盤技術開発プログラム」に従事(平成23年4月1日〜平成26年3月31日)
    • 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)「統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究」に従事(平成26年4月1日〜現在)

研究発表一覧研究プロジェクト

研究費獲得状況

  • 2016年度〜2017年度 北海道大学遺伝子病制御研究所 共同利用・共同研究拠点「細菌やウイルスの持続性感染により発生する感染癌の先端的研究拠点」ハダカデバネズミを代表とした「非モデル生物」の異種間遺伝子発現比較を実現するためのパイプラインの構築 (代表者:坊農秀雅) 444千円(2016年度), 399千円(2017年度)
  • 2016年度〜2017年度 放射線災害・医科学研究拠点 共同利用・共同研究 低酸素環境下における放射線応答ゲノムデータベース集合知解析 (代表者:坊農秀雅) 80千円(2016年度)、 100千円(2017年度)
  • 2016年度〜2017年度 文部科学省 科学研究費 挑戦的萌芽研究 がん化耐性齧歯類ハダカデバネズミ特異的ながん化抑制バリアの形成メカニズム (代表者:三浦恭子、分担者:坊農秀雅、連携研究者:清水厚志、河村佳見) 1,820千円(2016年度; 配分額390千円)
  • 2014年度〜2016年度 文部科学省 科学研究費 基盤研究(C) パーキンソン病原因遺伝子DJ-1が関与する尿酸合成系路の解明 (代表者:天竺桂弘子、分担者:坊農秀雅) 2,340千円(2014年度; 配分額195千円)、1,430千円(2015年度; 配分額130千円)、1,300千円(2016年度; 配分額65千円)
  • 2009年度〜2011年度 厚生労働省 科学研究費補助金(第3次対がん総合戦略研究事業) 高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築と必須情報及びその推定モデルの策定 (代表者:西山正彦、分担者:坊農秀雅 他) 45,735千円(2009年度; 配分額1,008千円)、46,908千円(2010年度; 配分額1,008千円)、37,000千円(2011年度; 配分額945千円)
  • 2007年度〜2008年度 文部科学省 「ゲノムネットワークプロジェクト」 脂肪細胞・骨芽細胞分化ネットワークの再構成と特性解析 (代表者:松田秀雄、分担者:岡崎康司、坊農秀雅 他)
  • 2006年度〜2010年度 文部科学省 「統合データベースプロジェクト」 研究協力者(2006-2007年度), 研究参画者(2007-2010年度)
  • 2005年度〜2007年度 文部科学省 科学研究費 若手研究B ゲノムスケールの転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析環境の構築 (代表者:坊農秀雅) 1,800千円(2005年度)、1,000千円(2006年度)、900千円(2007年度)
  • 2004年度〜2008年度 文部科学省 「ゲノムネットワークプロジェクト」 脂肪・骨芽細胞分化ネットワークのクロストークと冗長性の解明 (代表者:岡崎康司、分担者:須田立雄、黒川理樹、坊農秀雅)
  • 2004年度 文部科学省 科学研究費 特定領域研究「ゲノム医学」遺伝学とトランスクリプトームの統合による高脂血症の遺伝子ネットワークの解明 (代表者:岡崎康司、分担者:坊農秀雅、二階堂愛、八木研) 5,000千円
  • 2003年度〜2004年度 文部科学省 科学研究費 特定領域研究「統合ゲノム」 ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化と遺伝子システム解明への応用 (代表者:松田秀雄、分担者:坊農秀雅) 16,000千円/年
  • 2001年度〜2002年度 文部科学省 科学研究費 特定領域研究「ゲノム情報科学」 ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化 (代表者:松田秀雄、分担者:坊農秀雅) 17,000千円(2001年度), 15,400千円(2002年度)
  • 1998〜1999年度 文部省 科学研究費 特別研究員奨励費 ゲノムからの遺伝子機能予測とパスウェイ解析 (代表者:坊農秀雅) 900 千円/年

所属学会・研究会

  • 日本分子生物学会
    • 第35回年会IT化委員
  • 日本癌学会
  • 日本スポットファイアーユーザ会(JASPUG)
    • 会長&役員 (2009/11-2011/10)

かつて所属

  • 日本生物物理学会
  • 日本バイオインフォマティクス学会
    • 機能ゲノミクス研究会 (2006/04-2008/03)
    • 評議員 (2007/4-2009/03)

委員等

  • 文部科学省  「科学技術イノベーション政策における「政策のための科学」推進事業におけるオープンサイエンスに関する海外動向の調査分析」検討委員会委員 (2016/09-2017/03)
  • SPARC Japanセミナー企画ワーキンググループ(2016/04-)

賞罰

なし

学歴

  • 平成3年3月1日 大阪教育大学教育学部附属高等学校池田校舎卒業
  • 平成3年4月1日 東京大学理科二類入学
    • 平成5年4月1日 東京大学教養学部基礎科学科第一進学
    • 平成7年3月28日 同上卒業
  • 平成7年4月 1日 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻生物物理学系修士課程入学
    • 平成9年3月24日 同上修了
  • 平成9年4月 1日 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻生物物理学系博士後期課程進学
    • 平成12年3月23日 同上博士後期課程研究指導認定

学位

学士(教養)

平成7年3月 東京大学(学教養第4997号) ウシ脾臓cDNAライブラリーの作成とGγ2をプローブにした新しいGγのスクリーニング(卒業研究のテーマ)

修士(理学)

平成9年3月 京都大学 (理修第5271号) 代謝パスウェイデータベースを用いた酵素遺伝子の機能予測

京都大学博士(理学)

平成15年9月 京都大学 (論理博第1430号) ゲノム情報に基づく遺伝子機能予測とパスウェイ解析

若手へのメッセージ



私は、自分の研究内容を広く知ってもらえるよう大学院生の頃から積極的に自分のウェブページ(ホームページ)を通じて情報を発信するよう心がけてきました。そうしてきて経験的に知っているのは、情報発信すれば結果として自分に必要な情報が集まりやすくなるし、その過程で多くの研究者仲間と知り合える、ということです。 現在ではtwitterなど広く情報発信する手段が充実していますから昔に比べればそのハードルは低いはずです。 Publish or perish!な世界ですから、研究者として生き残りたいのなら取るべき行動をとっていきましょう。

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