研究発表

(*発表者)

2017

  • 日本人類遺伝学会第62回大会 神戸 2017.11.15-18
    • *德富智明、山本佳世乃、篠﨑夏子、小野浩雅、中山文予、清水厚志、坊農秀雅、佐々木真理、福島明宗 国際標準の表記法を準拠した医療用家系図自動作成ソフトの開発 (口頭発表)
  • 第15回がんとハイポキシア研究会 淡路島 2017.11.10-11
    • *坊農秀雅 Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases (ポスター発表)
  • Genome Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA 2017.11.1-4
    • Hiromasa Ono, *Hidemasa Bono RefEx: a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes (poster presentation)
  • トーゴーの日シンポジウム2017 東京 2017.10.4-5
    • *坊農秀雅 公共オミックスデータ検索とそれを活用したデータ解析支援 (ポスター発表)
  • 第76回日本癌学会学術総会 横浜 2017.9.28-30
    • 坊農秀雅  ハダカデバネズミのトランスクリプトームデータの再解析 (ポスター発表)
  • 日本ゲノム編集学会第2回大会、千里、大阪 2017.6.28-30
    • *内藤 雄樹、坊農 秀雅 GGGenome & CRISPRdirect:ゲノム編集の実験を支援するためのウェブツール (ポスター&口頭発表)
  •  Plant & Animal Genome (PAG) Asia, Conrad Seoul, Seoul, South Korea 2017.5.29-31
    • Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, *Hidemasa Bono Facilitating the use of Public High-Throughput Sequencing Data for Plant Omics Research (oral presentation at workshop)
  • 第61回日本応用動物昆虫学会大会、小金井、東京 2017.3.27-29
    • *仲里猛留、坊農秀雅 昆虫分野におけるNGSデータのさらなる利活用のために (口頭発表)
  • The 1st International Symposium of the network-type Joint Usage/Research Center for Radiation Disaster Medical Science 2017.2.21-22
    • *Keiji Tanimoto, Chiyo Oda, Hideaki Nakamura, Hidemasa Bono, Hiromasa Ono, Hidetaka Eguchi Differentially Expressed in Chondrocyte plays a crucial role in DNA damage response via transcriptional regulations
  • International Plant & Animal Genome XXV (PAG), San Diego, CA, USA 2017.1.14-18
    • *Hiromasa Ono, Hidemasa Bono RefEx, a Reference Gene Expression Dataset As a Web Tool for the Functional Analysis of Genes (computer demonstration)
    • *Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono DBCLS SRA: Integrated Search of Public NGS Database, the Sequence Read Archive (SRA), and Its Relevant Databases (poster presentation)

2016

  • 第39回日本分子生物学会年会 横浜 2016.11.30-12.2
    • *大田達郎、川上英良、沖真弥、小野浩雅、内藤雄樹、仲里猛留、坊農秀雅 公共NGSデータベースを活用したマルチオミクス解析 (ポスター発表)
    • *大岩祐基、岡松優子、坊農秀雅、岡野栄之、木村和弘、三浦恭子  長寿・外温性齧歯類ハダカデバネズミの褐色脂肪細胞とベージュ脂肪細胞の機能解析 (口頭、ポスター発表)
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 GGGenome & CRISPRdirect: CRISPR/Cas9システムによるゲノム編集のためのガイドRNA設計Webサーバ (ポスター発表)
    • *小野浩雅、坊農秀雅 統合TVウェブサイトにおけるDBCLS日本語コンテンツの「統合」 (ポスター発表)
  • 第2回蚕糸・昆虫機能利用関東地区学術講演会 宇都宮 2016.11.5
    • *小林祐太 、野島陽水 、横山岳、坊農秀雅 、天竺桂弘子 カイコガの新規SOD予測遺伝子の配列とmRNA発現の解析
    • *菊地晃、仲里猛留、坊農秀雅、伊藤克彦、横山岳、天竺桂弘子 公共データベースを利用したカイコガエノラーゼ配列の抽出と特性解析
  • 第14回がんとハイポキシア研究会 岐阜 2016.11.4-5
    • 坊農秀雅 公共遺伝子発現データベースのメタ解析による低酸素トランスクリプトーム (ポスター発表)
  • 第1回オモロイ生き物研究会  札幌 2016.10.22-23
    • *坊農秀雅、天竺桂弘子 公共データベースを使い倒した知のめぐりのよい研究―Kaiko Functional Annotation Pipelineを例に (口頭発表)
  • 第75回日本癌学会学術総会 横浜 2016.10.6-8
    • 坊農秀雅 データ駆動型アプローチによる公共遺伝子発現データ解析: 遺伝子発現データベースの統合に向けて (ポスター発表)
  • トーゴーの日シンポジウム2016 東京 2016.10.5-6
    • *大田達郎、沖真弥、川上英良、仲里猛留、坊農秀雅 公共NGSデータ再利用のためのデータ整備 (ポスター発表)
    • *仲里猛留、大田達郎、坊農秀雅 NGS技術の進展と登録データ (ポスター発表)
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 GGGenome & CRISPRdirect:ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索ツール (ポスター発表)
    • *坊農秀雅 新規モデル生物における大量塩基配列データ利用を促進する統合環境の構築 (ポスター発表)
    • *小野浩雅、坊農秀雅 人材育成教材ポータルサイトとしての統合TV (ポスター発表)
  • XXV International Congress of Entomology (ICE2016), Orlando 2016.9.25-30
    • *Hiroko Tabunoki, Katsuhiko Ito, Hidemasa Bono, Takeshi Yokoyama Can the silkworm (Bombyx mori) be used as a human disease model? (oral presentation)
    • *Yosui Nojima, Katsuhiko Ito, Hidemasa Bono, Takeshi Yokoyama, Hiroko Tabunoki  Bombyx mori superoxide dismutase 1 and 2 play a role as metamorphosis initiator (poster presentation)
  • Genome Informatics 2016 Hinxton, UK 2016.9.19-22
    • *Yuki Naito, Hidemasa Bono GGGenome & CRISPRdirect: web tools for designing CRISPR/Cas9 guide RNA (poster presentation)
  • 日本ゲノム編集学会第1回大会 広島 2016.9.5-7
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 GGGenome & CRISPRdirect: CRISPR/Cas9によるゲノム編集のためのガイドRNA設計ツール(poster presentation)
  • RNA 2016, Kyoto, Japan 2016.6.28-7.2
    • *Yuki Naito, Hidemasa Bono GGGenome & CRISPRdirect update: efficient off-target search tools for designing CRISPR/Cas guide RNA (poster presentation)
  • 第20回オープンバイオ研究会 金沢 2016.3.17-18
    • 坊農秀雅 公共遺伝子発現データの再利用に向けた取り組み (口頭発表)
  • International Plant & Animal Genome XXIV (PAG), San Diego, CA, USA 2016.1.9-13
    • *Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono DBCLS SRA: Functional characterization of public NGS data (computer demonstration)
    • Hiromasa Ono, *Hidemasa Bono Functional Organization of Public Gene Expression Data (poster presentation)

2015

  • 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会 神戸 2015.12.1-4
    • 小野浩雅、*坊農秀雅 公共遺伝子発現データを最大限に活用するには?ーDBCLSからの提案 (口頭発表&ポスター発表)
    • *小野浩雅、坊農秀雅 統合TV~生命科学系データベース・ツール使い倒し系チャンネル~ (ポスター発表)
    • *小林祐太, 野島陽水, 伊藤克彦, 横山岳, 坊農秀雅, 天竺桂弘子 カイコガの新規SOD予測遺伝子の配列およびmRNA発現の解析 (ポスター発表)
    • *市野史佳, 伊藤克彦, 横山岳, 坊農秀雅, 天竺桂弘子 カイコガABCトランスポーター ABCB, ABCC mRNA発現解析 (ポスター発表)
    • *菊地晃, 伊藤克彦, 坊農秀雅, 横山岳, 天竺桂弘子 カイコガエノラーゼのcDNAクローニングおよび特性解析 (ポスター発表)
    • *内藤雄樹, 坊農秀雅 GGRNA/GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ (ポスター発表)
    • *仲里猛留, 大田達郎, 坊農秀雅 非モデル生物研究のための公共NGSデータの利活用 (ポスター発表)
  • 第74回日本癌学会学術総会 名古屋 2015.10.8-10
    • *坊農秀雅 次世代遺伝子発現データ目次AOEとがんトランスクリプトーム解析への応用 (口頭発表)
  • トーゴーの日シンポジウム2015 東京 2015.10.5-6
    • *小野浩雅、坊農秀雅 人材育成教材ポータルサイトとしての統合TV (ポスター発表)
    • *仲里猛留、大田達郎、坊農秀雅 NGS データ利活用促進のための公共データベースの役割 (ポスター発表)
    • 小野浩雅、*坊農秀雅 公共遺伝子発現データを活用するためのツールRefEx とAOE (ポスター発表)
  • 第3回低酸素研究会 東京 2015.7.25
    • *坊農秀雅 Collective intelligence approach to transcriptome analysis of hypoxia (ポスター発表)
  • NGS現場の会第四回研究会 つくば 2015.7.1-3
    • *清水 厚志、大田 達郎、大桃 秀樹、*坊農 秀雅 知のめぐり、読者の目線に立った真のNGSデータ解析初心者本の発行への路
    • *内藤 雄樹, 坊農 秀雅 ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索ツール
    • *仲里 猛留, 大田 達郎, 坊農 秀雅 公共NGSデータに見る研究環境のトレンド
  • CRISPR 2015 OXFORD, UK 2015.3.23
    • *Yuki Naito, Kimihiro Hino, Kumiko Ui-Tei, Hidemasa Bono CRISPRdirect: web-based tool for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites
  • International Plant & Animal Genome XXIII (PAG), San Diego, CA, USA 2015.1.10-14
    • Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, *Hidemasa Bono Facilitating the Use of Next-Gen Sequence Data for Data-Driven Biology (computer demonstration)

2014

  • 第37回日本分子生物学会年会 横浜 2014.11.25-27
    • *小野浩雅、坊農秀雅 RefEx: 遺伝子発現解析のための正常組織および細胞株のリファレンスデータセット(ポスター発表)
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 統合遺伝子検索GGRNAと高速塩基配列検索GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ(ポスター発表)
  • 第12回がんとハイポキシア研究会 佐賀 2014.11.21-22
    • *坊農秀雅 低酸素刺激応答遺伝子群のデータベース解析と次世代遺伝子発現データベース目次AOE (ポスター発表)
  • Biological Data Science, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA 2014.11.5-8
    • Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, *Hidemasa Bono Promoting the use of next-gen sequence data to maintain the research environment for data-driven biology (poster presentation)
  • 第4回 ゲノム編集研究会 広島 2014.10.6-7
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索技術(ポスター発表)
  • トーゴーの日シンポジウム2014 東京 2014.10.5
    • 大田達郎、小野浩雅、内藤雄樹、仲里猛留、*坊農秀雅 NGSデータの利用を促進する統合環境の構築とサービスの提供 (ポスター発表)
    • *大田達郎、仲里猛留、坊農秀雅 公共NGSデータの活用を促進する検索システムの構築 (ポスター発表)
    • *小野浩雅、坊農秀雅 遺伝子発現リファレンスデータセット RefEx (ポスター発表)
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 統合遺伝子検索GGRNAと高速塩基配列検索GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ (ポスター発表)
  • 第73回日本癌学会学術総会 横浜 2014.9.25-27
    • *坊農秀雅 公共データベースからの集合知による低酸素刺激応答遺伝子群の解析 (口頭発表)
  • Genome Informatics 2014, Chrchill College, Cambridge, UK 2014.9.21-24
    • *Hiromasa Ono, Hidemasa Bono RefEx: Reference Expression Dataset for cell and tissue transcriptome (ポスター発表)
    • *Yuki Naito, Hidemasa Bono GGRNA and GGGenome: ultrafast search engines for nucleotide sequence database (ポスター発表)
  • 13th European Conference on Computational Biology (ECCB’14) 2014.9.7-10
    •  *Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono DBCLS SRA: Functional mining and characterization of public NGS data (ポスター発表)
  • Seventh International Symposium on Molecular Insect Science, アムステルダム(オランダ) 2014.07.13-16
    • *Hiroko Tabunoki, Katsuhiko Ito, Takeshi Yokoyama, Hidemasa Bono, Hajime Fugo Identification of key uric acid synthesis pathway in a unique mutant silkworm Bombyx mori (ポスター発表)
  • Keystone Symposia Conference Chromatin Mechanisms and Cell Physiology オーベルストドルフ(ドイツ)2014.3.23-28
    • *Hiroaki Semba, Norihiko Takeda, Takayuki Isagawa, Masaki Morioka, Hidemasa Bono, Hajime Abe, Katsura Soma, Katsuhiro Koyama, Ichiro Manabe, Issei Komuro and Ryozo Nagai Epigenetic Modification in Macrophages Critically Regulates HIF-1alpha Mediated Stress Responses
  • Keystone Symposia Conference Metabolism and Angiogenesis ウィスラー(カナダ)2014.3.16-21
    • *Hiroaki Semba, Norihiko Takeda, Takayuki Isagawa, Masaki Morioka, Hidemasa Bono, Hajime Abe, Katsura Soma, Katsuhiro Koyama, Ichiro Manabe, Issei Komuro and Ryozo Nagai HIF-1α mediated glycolytic reprogramming regulates LPS induced macrophage activation
  • 日本蚕糸学会第84回大会 藤沢 2014.3.10-11
    • *天竺桂弘子、伊藤克彦、坊農秀雅、横山岳、蜷木理、普後一 機能アノテーションパイプラインによるカイコの遺伝子発現解析 (口頭発表)
  • Keystone Symposia Conference Sensing and Signaling of Hypoxia: Interfaces with Biology and Medicine コロラド(アメリカ)2014.1.7-12
    • *Hiroaki Semba, Norihiko Takeda, Takayuki Isagawa, Masaki Morioka, Hidemasa Bono, Hajime Abe, Katsura Soma, Katsuhiro Koyama, Ichiro Manabe, Issei Komuro and Ryozo Nagai Epigenetic Modification in Macrophages Critically Regulates HIF-1α Mediated Stress Responses

2013

  • 第11回がんとハイポキシア研究会 仙台 2013.12.13-14
    • *坊農秀雅 公共遺伝子発現データベースからの集合知による低酸素応答遺伝子探索 (ポスター発表)
  • 第36回日本分子生物学会年会 神戸 2013.12.3-6
    • *坊農秀雅、仲里猛留、内藤雄樹、小野浩雅、大田達郎 統合牧場: 次世代生命科学研究室の実験場 #togofarm – a pilot farm towards the next generation research “stable” in lifescience (ポスター発表)
    • *小野浩雅、坊農秀雅 RefEx: 遺伝子発現解析の基準となる公共データの活用、整理および共有(ポスター発表)
    • *大田達郎、仲里猛留、坊農秀雅 データベースから見た次世代シーケンスによる研究のこれまでとこれから – 研究者を助けるためにデータベースは何をすべきか (口頭発表)
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 統合遺伝子検索 GGRNA:塩基配列データベースをすばやく検索するには(口頭発表)
  • Functional Genomics and Systems Biology 2013.11.21-23
    • *Hidemasa Bono, Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru NakazatoTECHNOLOGY DEVELOPMENT OF DATABASE INTEGRATION TO MAKE FULL USE OF BIG DATA IN LIFESCIENCE (poster presentation)
  • Genome Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA 2013.10.30-11.2
    • *Yuki Naito, Hidemasa Bono GGRNA: a Google-like, ultrafast search engine for genes and transcripts (poster presentation)
    • *Hiromasa Ono, Hidemasa Bono RefEx—Reference expression dataset for tissue transcriptome (poster presentation)
  • トーゴーの日シンポジウム2013 東京 2013.10.4-5
    • *坊農秀雅、小野浩雅、天竺桂弘子 カイコ機能アノテーションパイプラインの構築とその応用(ポスター発表)
  • 第72回日本癌学会学術総会 横浜 2013.10.3-5
    • *金森茜、稲塚歩佳、門之園哲哉、口丸高弘、坊農秀雅、近藤科江 低酸素下でのEGFR活性化によって引き起こされる小胞体ストレスにおけるMMP10の機能 (ポスター発表)
  • QMB 2013, Rydges Hotel Queenstown, New Zealand 2013.8.25-8.30
    • Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, *Hidemasa BonoTechnology development of database integration to make sense of big data in lifescience (oral presentation)
  • 第1回低酸素研究会 東京 2013.7.6
    • 仙波宏章, 武田憲彦, 砂河孝行, 森岡勝樹, 坊農秀雅,安部元, 相馬桂, 真鍋一郎, 永井良三, 小室一成 エピジェネティクスを介するマクロファージのストレス応答制御機構
  • 第34回日本炎症・再生医学会 京都 2013.7.2-3
    • *仙波宏章, 武田憲彦, 砂河孝行, 森岡勝樹, 坊農秀雅, 安部元, 相馬桂, 真鍋一郎, 永井良三, 小室一成 エピジェネティクスを介するマクロファージのストレス応答制御機構
  • 第7回日本エピジェネティクス研究会 奈良 2013.5.30-31
    • *仙波宏章, 武田憲彦, 砂河孝行, 森岡勝樹, 坊農秀雅,安部元, 相馬桂, 真鍋一郎, 永井良三, 小室一成 エピジェネティクスを介するマクロファージのストレス応答制御機構
  • 日本薬学会第133年会 横浜 2013.3.27-30
    • 天竺桂弘子、*川名夏生、伴野豊、嶋田透、中村有希、山本公子、坊農秀雅、佐藤準一 カイコDJ-1の尿酸代謝系における役割の解析 (口頭発表)

2012

  • 第85回日本生化学会大会 2012.12.14-16
    • *川名夏生、天竺桂弘子、伴野豊、嶋田透、坊農秀雅、佐藤準一 カイコ尿酸代謝におけるDJ-1の役割 (口頭発表)
  • 第35回日本分子生物学会年会 福岡 2012.12.11-14
    • *仲里猛留、大田達郎、坊農秀雅 実験情報を利用した質の高い公共オミックスデータの検索と目次サイトの構築 (ポスター発表)
    • *小野浩雅、坊農秀雅 遺伝子発現解析のためのリファレンスデータセット『RefEx』 (ポスター発表)
    • *内藤雄樹、坊農秀雅 統合遺伝子検索GGRNA:遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ (ポスター発表)
    • *大田達郎、仲里猛留、坊農秀雅 公共の次世代シーケンスデータを効率良く検索するためのインターフェース開発 (ポスター発表)
  • 第10回がんとハイポキシア研究会 横浜 2012.12.6-7
    • 坊農秀雅 種横断的低酸素応答遺伝子群のトランスクリプトーム解析 (口頭発表)
    • *小野浩雅、坊農秀雅 遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』の低酸素発現制御研究への応用 (ポスター発表)
  • 生命医薬情報学連合大会2012 東京 2012.10.15-17
    • *Yoshimi Tokuzawa, Ken Yagi, Yzumi Yamashita, Yutaka Nakachi, Itoshi Nikaido,Hidemasa Bono, Yuichi Ninomiya, Yikiko Kanesaki-Yatsuka, Masumi Akita, Hiromi Motegi, Shigeharu Wakana, Tetsuo Noda, Fred Sablitzky, Shigeki Arai, Riki Kurokawa,Toru Fukuda, Takenobu Katagiri, Christian Schönbach, Tatsuo Suda, Yosuke Mizuno, Yasushi Okazaki Id4, a New Candidate Gene for Senile Osteoporosis Acts as a Molecular Switch Promoting Osteoblast Differentiation (ポスター発表)
  • トーゴーの日シンポジウム2012 東京 2012.10.5
    • 坊農秀雅 GEO目次による低酸素刺激前後のトランスクリプトームの種横断的解析 (ポスター発表)
  • 第71回日本癌学会学術総会 札幌 2012.9.19-21
    • 坊農秀雅 低酸素刺激によって発現変動する遺伝子群の種横断的トランスクリプトーム解析 (口頭発表)
    • *和田 智、 坊農 秀雅、 江口 英孝、 西山 正彦 TRA2Bによる癌関連遺伝子バリアントの探索(ポスター発表)
  • Genome Informatics,(Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust Joint Meeting), Robinson College, Cambridge (UK), September 6-9, (2012)
    • *Nakazato T., Ohta T., Bono H. Updating the Survey of Read Archives – integrating GEO and BioProject with SRA. (poster presentation)
    • *Ohta T., Nakazato T., Bono H. Sequence quality and metadata of all public NGSeq data in Sequence Read Archive (poster presentation)
    • *Naito Y., Bono H. GGRNA: a Google-like, ultrafast search engine for genes and transcripts (poster presentation)
  • ISMB2012, Long Beach, California 2012.7.15-17
    • Hidemasa Bono Technology development of database integration to make re-use of public biological data (poster presentation)
    • *Hiromasa Ono, Hidemasa Bono RefEx: Reference Expression Dataset for functional transcriptomics [poster]
  • 第33回内藤コンファレンス「酸素生物学:酸素濃度に対する生物応答とその制御破綻による疾患」札幌 2012.6.26-29
    • Hidemasa Bono Cross species analysis of hypoxia responsive transcriptomes from public gene expression database (poster presentation)
  • NGS現場の会 第二回研究会、大阪、5/23-25 (2012)
    • *仲里 猛留、大田 達郎、坊農 秀雅 「使える」SRAデータにすばやくたどりつくために

2011

  • 第34回日本分子生物学会年会 横浜 2011.12.13-16
    • Hiromasa Ono, Yuki Naito, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono RefEx: Reference Expression Dataset for functional analysis of transcriptomes [口頭、ポスター発表]
    • Tazro Ohta, Takeru Nakazato, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono Kusarinoko: developing the public next generation sequencing data search interface that works [口頭、ポスター発表]
    • Yuki Naito, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono GGRNA: fast and convenient universal search engine for genes and transcripts [ポスター発表]
    • Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono Functional interface for quick access to disease-relevant NGS data [ポスター発表]
    • Yutaka Nakachi,Yoshimi Tokuzawa, Yosuke Mizuno, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki Identification and functional analysis of natural antisense transcripts during mouse adipocyte/osteoblast differentiation [ポスター発表]
  • 第9回がんとハイポキシア研究会 東京 2011.11.26-27
    • 坊農秀雅 公共遺伝子発現データを利用した低酸素応答遺伝子の生物種横断解析
  • CBI/JSBi2011合同年会 神戸 2011.11.8-10
    • Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Akinori Yonezawa andHidemasa Bono For the age of open-source biology: development of the tools for large-scale public databases.
  • Genome Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA 2011.11.2-5
    • Hidemasa Bono, Akinori Yonezawa Technology development for database integration to make use of huge amount of public biological data
    • Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono SRAs: The Survey of Read Archives
    • Hiromasa Ono, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono RefEx: Reference Expression Dataset for comparative transcriptomics
  • 第70回日本癌学会学術総会 名古屋 2011.10.3-5
    • 坊農秀雅、和田智、江口英孝、西山正彦 高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築 [ポスター発表]
  • QMB 2011& QMB Bioinformatics, Rydges Hotel Queenstown, NewZealand 2011.8.29-9.2
    • Hiromasa Ono, Tazro Ohta, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Akinori Yonezawa,Hidemasa Bono Practical approach to make biological sense of huge amount of public data for transcripts
  • 第8回がんとハイポキシア研究会 札幌 2011.1.29-30
    • 小野浩雅、大久保公策、高木利久、*坊農秀雅 遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』の構築および低酸素発現制御研究への応用
    • *小野浩雅、坊農秀雅、加野浩一郎 ブタ成熟脂肪細胞および卵胞顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス

2010

  • 第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2010) 神戸 2010.12.7-10
    • 坊農秀雅、*白石幸太郎、大久保公策、高木利久 配列としての遺伝子発現データの解析とその可視化
    • *小野浩雅、大久保公策、高木利久、坊農秀雅 転写制御解析のための遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』
    • *仲地豊、徳澤佳美、水野洋介、坊農秀雅、岡崎康司 脂肪細胞分化および骨芽細胞分化における機能的アンチセンス転写物の探索
    • *仲里猛留、坊農秀雅、高木利久 次世代シーケンサデータを活用するための目次サイトの構築
    • *山本泰智、山口敦子、岩崎渉、坊農秀雅、高木利久 ライフサイエンス統合データベースセンターで提供している生命科学系英文執筆支援サービス
  • Biocuration2010, Tokyo 2010.10.11-14
    • *Hiromasa Ono, Kosaku Okubo, Toshihisa Takagi, and Hidemasa Bono RefEx: Reference Expression Dataset for Functional Curation of Transcriptomes
  • 第69回日本癌学会学術総会 大阪 2010.9.22-24
    • 坊農秀雅 遺伝子発現参照データセットRefExを活用したがん関連分子標的の解析 [口頭発表]
  • Genome Informatics, 2010.9.15-19, Hinxton (UK)
    • *Hidemasa Bono, Hiromasa Ono, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi RefEx: Reference expression dataset for practical use of gene expression data
    • *Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Toshihisa Takagi Functional indexing and curation of next-generation sequencing data
  • MGED13: High Throughput Sequencing, Boston, MA 2010.7.13-15
    • *Yuichi Kodama, Eli Kaminuma, Takako Mochizuki, Hidemasa Bono, Hideaki Sugawara, Toshihisa Takagi, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura DDBJ Omics Archive with web-based read annotation pipeline: Data repository and high-throughput analysis for quantitative information from next-generation sequencers
  • 日本畜産学会第112回大会 明治大学駿河台キャンパス リバティタワー 2010.3.28-30
    • *池田知、沖嘉尚、小野浩雅、坊農秀雅、加野浩一郎 ブタ卵胞顆粒層細胞の脱分化過程における遺伝子発現の経時的変化および機能解析 [ポスター]

2009

  • The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009) 12.14-16, Yokohama
    • *Eli Kaminuma, Yuichi Kodama, Satoshi Saruhashi, Takeshi Konno, Takako Mochizuki, Hidemasa Bono, Hideaki Sugawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Yasukazu Nakamura DDBJ Read Archive and DDBJ Read Annotation Pipeline:An Archive Database and an Analyti- cal Tool for Next-Generation Sequence Data T003/P120 [Poster/Talk]
  • 第32回日本分子生物学会年会、横浜、12/9-12
    • *小野浩雅、坊農秀雅、加野浩一郎 ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス(Integrated transcriptomics for dedifferentiation and acquisition of multipotency in porcine mature adipocytes and follicular granulosa cells) 2W5-3(2P-0630) [口頭発表、ポスター]
    • 坊農秀雅、*白石幸太郎、大久保公策、高木利久 次世代シーケンサーによる配列としての発現データの解析パイプラインと可視化手段の開発(Practical analysis pipeline and visualization tools for transcript sequences as gene expression data) 2P-0049 [ポスター]
    • *仲地豊、徳澤佳美、水野洋介、坊農秀雅、岡崎康司 Identification of non-coding transcripts during mouse adiocyte/osteoblast differentiation 4P-0251 [ポスター]
    • 八木研、*徳澤佳美、山下泉、仲地豊、二階堂愛、坊農秀雅、二宮裕一、八塚由紀子、穐田真澄、茂木浩未、若菜茂晴、野田哲生、Fred Sablitzky、荒井重紀、黒川理樹、福田亨、片桐岳信、Christian Schoenbach、須田立雄、水野洋介、岡崎康司 Genome network analyses reveal Id4 as a molecular switch promoting mouse osteoblast differentiation 4P-0633 [ポスター]
    • *山本泰智、山口敦子、坊農秀雅、高木利久 Text-Related Services in DBCLS [ポスター]
  • 第7回がんとハイポキシア研究会、京都、12/5-6
    • *Hidemasa Bono Functional analysis pipeline of transcript sequences as gene expression data
  • GENOME INFORMATICS, October 27 – 30, 2009, Cold Spring Harbor, New York (USA)
    • *Hidemasa Bono, Kousaku Okubo, and Toshihisa Takagi Functional organization of transcript sequences as gene expression data
  • 12th International MGED Meeting, focusing on translational genomics and high throughput sequencing October 5 – 8, 2009, Phoenix, Arizona, USA
    • *Hidemasa Bono, Eli Kaminuma, Yuichi Kodama, Yasukazu Nakamura, Kousaku Okubo, and Toshihisa Takagi Systematic organization of gene expression data in Japan
  • 2nd International Conference and Workshop Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elements 2.6-10, The Asilomar Conference Center, Pacific Grove, CA, USA
    • *Saneyuki Higashino, Hidemasa Bono, Kunio Kikuchi and Yasunori AizawaDifferent contribution of retroelements to intergenic transcription units

2008

  • The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008) 12.15-16, Osaka
    • *Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary [Poster/Talk]
  • 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008) 12.9-12, 神戸
    • *和田智, 坊農秀雅, 江口英孝, 二宮裕一, 岩佐泰靖, 谷本圭司, 檜山桂子, 岡崎康司, 西山正彦SFRS10によって癌細胞特異的に選択的スプライシングを受ける遺伝子の抽出 1P-0851 [ポスター]
    • *東野真之, 坊農秀雅, 菊池邦生, 相澤康則 レトロエレメントのポリA付加作用によるほ乳類トランスクリプトームの多様性増大 2P-0549 [ポスター]
    • *仲地豊, 八木研, 二階堂愛, 坊農秀雅, 登内未緒, Christian Schoenbach, 岡崎康司 3T3-L1脂肪細胞分化過程でのChIP-on-chipおよび発現マイクロアレイデータの統合解析による新規PPARγ標的 遺伝子の同定 2P-0719(3T3-4) [ポスター]
    • *山下泉, 八木研, 水野洋介, 徳澤佳美, 二階堂愛, 仲地豊, 八塚由紀子, 二宮裕一, 坊農秀雅, 須田立雄, 岡崎康司 Id4 は骨芽細胞分化と脂肪細胞分化のクロストークを制御する因子である3P-0856 [ポスター]
    • *河野信, 坊農秀雅, 全弘宇, 藤枝香, 川本祥子, 高祖歩美, 箕輪真理, 三橋信孝, 永井啓一, 仲里猛留, 西川哲夫, 大野忠, 小野浩雅, 山口敦子, 山本泰智, 八塚茂, 大久保公策, 高木利久 ライフサイエンス統合データベースポータルlifesciencedb.jp 4P-0994 [ポスター]
    • *小野浩雅, 河野信, 大村蓉子, 山口瑤子, 竹若浩一, 川本祥子, 高木利久, 坊農秀雅 統合TV – 動画によるバイオデータベースとウェブツールの活用法解説サイト 4P-0996 [ポスター]
    • *仲里猛留, 坊農秀雅, 松田秀雄, 高木利久 MeSHを用いた生物学的解釈によるマイクロアレイデータの解析の実際 4P-0997 [ポスター]
  • 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008) 12.1-3, Gold Coast, Australia
    • *Shin Kawano, Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi Life Science Database Portal Site: lifesciencedb.jp [Poster]
    • *Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi Functional organization of transcript sequences as gene expression data [Poster]
  • 第6回がんとハイポキシア研究会 11.29-30、広島
    • 坊農秀雅 低酸素刺激における比較トランスクリプトーム解析
  • 第67回日本癌学会学術総会 10.28-30、名古屋
    • *Satoru Wada, Hidetaka Eguchi, Hidemasa Bono, Yuichi Ninomiya, Hiroyasu Iwasa, Keiji Tanimoto, Keiko Hiyama, Yasushi Okazaki, Masahiko NishiyamaSFRS10 as an immortalization-associated gene in cancer cells: The functional network and roles in alternative splicing [ポスター]
  • Genome Informatics, 9.10-14, Hinxton (UK)
    • *Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Kousaku Okubo, Toshihisa TakagiPRACTICAL ORGANIZATION OF SEQUENCE DATA AS GENE EXPRESSION DATA [Poster]
    • *Kousaku Okubo, Shoko Kawamoto, Hidemasa Bono, Toshihisa Takagi Japan started data-sharing center for publicly-funded biomedical science [Poster]
  • 第13回アディポサイエンス研究会シンポジウム 8.21、大阪
    • *山下泉、八木研、水野洋介、徳澤佳美、二階堂愛、仲地豊、八塚由紀子、二宮祐一、坊農秀雅、須田立雄、岡崎康司 Id4 は骨芽細胞分化と脂肪細胞分化のクロストークを制御する因子である
  • 第28回日本糖質学会年会、8.18-20、つくば [シンポジウム]
    • 坊農秀雅、全弘宇、藤枝香、川本祥子、河野信、高祖歩美、峰崎雄一、箕輪真理、三橋信孝、永井啓一、仲里猛留、西川哲夫、大野忠、小野浩雅、山口敦子、山本泰智、八塚茂、大久保公策、*高木利久 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
  • 日本分子生物学会第8回春期シンポジウム、5.26-27、札幌 [ポスター]
    • *河野信、坊農秀雅、全弘宇、藤枝香、川本祥子、高祖歩美、峰崎雄一、箕輪真理、三橋信孝、永井啓一、仲里猛留、西川哲夫、大野忠、小野浩雅、山口敦子、山本泰智、八塚茂、大久保公策、高木利久 ライフサイエンス統合データベースポータル lifesciencedb.jp
  • SYSTEMS BIOLOGY:GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION, 3.27-30, Cold Spring Harbor, New York (USA) [Poster]
    • *Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, and Toshihisa TakagiFUNCTIONAL ANALYSIS OF GROUPS OF GENES WITH MESH HIERARCHY
  • 第7回日本再生医療学会総会 3.13-14、名古屋 [ポスター]
    • *小野浩雅、坊農秀雅、岡崎康司、加野浩一郎 ブタ成熟脂肪細胞および卵胞顆粒層細胞における脱分化機構の網羅的解析

2007

  • 2007年日本バイオインフォマティクス学会年会 (JSBi2007)、2007.12.17-19、東京 [Oral&Poster]
    • Shin Kawano, Hiromoasa Ono, Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Toshihisa Takagi TogoTV – a broadcast station of tutorial movies about bioinformatics resources (presentation in movie)
  • 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007)、2007.12.11-15、横浜 [ポスター]
    • 坊農秀雅 ゲノムセントラルな遺伝子発現情報融通システムYUZ(柚子)
    • 河野信、小野浩雅、仲里猛留、坊農秀雅、岡本忍、中村保一、川本祥子、大久保公策、高木利久 ライフサイエンス統合データベースセンターにおけるデータベースポータル構築
    • 黒田雅子、小池俊行、安田絵美、佐藤早苗、藤田晶子、河村明子、川越千晴、坊農秀雅、川島秀一、谷口丈晃、川本祥子、高木利久 ライフサイエンス統合データベース基盤整備のためのデータベースポータル構築:WINGpro
    • 川本祥子、坊農秀雅、池田佳代子、河野信、三橋信孝、峰崎雄一、永井啓一、西川哲夫、小野浩雅、山口敦子、山本泰智、大久保公策、高木利久 ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの課題と成果
    • 仲里猛留、滝中徹、坊農秀雅、麻生川稔、松田秀雄 MeSH termsを用いた生物学的機能付与による遺伝子群の解析手法の開発
    • 小野浩雅、坊農秀雅、岡崎康司、加野浩一郎 ブタ成熟脂肪細胞および顆粒膜細胞における脱分化機構の網羅的解析(+口頭発表)
    • 和田智, 坊農秀雅, 檜山桂子, 谷本圭司, 岡崎康司, 西山正彦 ゲノム創薬標的の同定と機能解析~ 遺伝子ネットワークの解析から ~
    • 仲地豊、八木研、坊農秀雅、岡崎康司 ChIP-on-chip Analysis for PPARg-regulated Genes in human THP-1 Macrophage
  • 第5回 がんとハイポキシア研究会、2007.12.1、千葉 [ポスター]
    • 坊農秀雅 統合TVによるがんとハイポキシア研究の推進
  • GENOME INFORMATICS, 1-5 November 2007, Cold Spring Harbor, New York (USA) [Poster]
    • Hidemasa U Bono, Shin Kawano, Shoko Kawamoto, and Toshihisa Takagi YUZ: an environment for integration AND ANALYSIS of gene regulatory networks
  • FUNCTIONAL GENOMICS & SYSTEMS BIOLOGY, 10-13 October 2007, Hinxton (UK) [Poster]
    • Hidemasa U Bono, Shin Kawano, Shoko Kawamoto, and Toshihisa Takagi An approach to decifer gene regulatory networks from the federation of databases in life science
  • 日本畜産学会第108回大会 岡山大学津島キャンパス 2007.9.26
    • 小野浩雅、坊農秀雅、岡崎康司、遠藤克、加野浩一郎 ブタ成熟脂肪細胞および顆粒膜細胞における脱分化機構の網羅的解析

2006

  • 日本分子生物学会2006フォーラム、名古屋 (12/6-8)
    • 小野浩雅、風間智彦、岡崎康司、加野浩一郎、坊農秀雅 Development of integrated analysis of transcription factor binding site and gene expression data for myogenic differentiation(和名:筋分化の転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析手法の開発)
  • 第4回がんとハイポキシア研究会京都(11/17-18)
    • 坊農秀雅 ハイポキシアのコミュニティーウェブサイト・データベースの構築に向けて
  • 第四回Spotfireユーザー会 汐留(11/9-10)
    • 小野浩雅、神田将和、仲里猛留、仲地豊、二階堂愛、坊農秀雅 Spotfire DecisionSiteを用いたバイオインフォマティクス事例集
  • Joint Cold Spring Harbor Laboratory/ Wellcome Trust Meeting on Genome Informatics, Hinxton, Cambridge, UK (9/13-17)
    • Bono HU MINING GENE REGULATORY NETWORKS WITH SAYAMATCHER
  • 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology Kyoto, Japan (6/18-23)
    • Bono HU SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of transcription factor binding sites.
  • 第79回日本内分泌学会学術総会、神戸 (5/19-21)
    • 堀江公仁子、高山賢一、坊農秀雅、大内尉義、岡崎康司、井上聡 ヒトゲノム応答配列に基づいた新規ステロイドホルモン応答遺伝子の同定
  • The 50th Anniversary of Oxygenases – Advances and Reflections – ( The 14th Takeda Science Foundation Symposium on Bioscience) Kyoto, Japan (4/10-12)
    • Bono H, Nakachi Y, Yagi K, Nikaido I, and Okazaki Y Comparative transcriptome analyses of metabolic pathway activity under hypoxic stress.
  • 第3回がんとハイポキシア研究会大阪(3/4)
    • 坊農秀雅、八木研、仲地豊、Lorenza D’alessandro, Alessandra Gentile, Enzo Medico, 林崎良英、岡崎康司 Cross-species transcriptome comparisons under hypoxic stress.

2005

  • 第2回オープンバイオ研究会 (12/19)
    • Bono H. SayaMatcher and its practical application to molecular biology.
  • 28th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan(和名:第28回日本分子生物学会年会)Hakata, Japan(12/7-10)
    • Bono H., Yagi K., Nakachi Y., D’alessandro L., Gentile A., Medico E., Hayashizaki Y., Okazaki Y.: Cross-species transcriptome comparisons under hypoxic stress(和名:低酸素刺激のトランスクリプトーム比較解析)
    • Nakachi Y., Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y.: ChIP on chip assay for PPARγ-regulated genes in macrophage. (和名:マクロファージにおけるPPARγ結合領域同定を目的としたChIP on chip解析)
    • Nikaido I., Minowa M., Yagi K., Sakuraba Y., Bono H., Gondo Y., Noda T., Shiroishi T., Hayashizaki Y., Okazaki Y.: Genome-wide linkage analysis of liver transcriptome and serum lipid content. (和名:肝臓トランスクリプトームと血清脂質マーカーの情報を統合した連鎖解析による疾患遺伝子の発見)
  • 関西オープンソース2005 (10/28-29) ユーザー企画「オープンソースのゲノム配列解析環境」樋口千洋、坊農秀雅
  • 第64回日本脳神経外科学会総会、横浜 (10/5-7)
    • 西川亮、坊農秀雅、岡崎康司、松谷雅生「中枢神経胚細胞腫瘍におけるcDNA array解析の可能性」
  • 4th Annual meeting of the complex trait consortium (6/26-29)
    • Nikaido I., Minowa O., Yagi K., Bono H., Noda T., Shiroishi T., Hayashizaki Y., Okazaki Y. Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism
  • HGM2005 (HUGO’s 10th Human Genome Meeting) Kyoto, Japan (4/18-21)
    • Bono H.The study of transcriptional regulation by genome-wide analysis of nuclear receptor response elements.
    • Nakachi Y., Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y.: Development of genome-scale oligonucleotide microarray system for the detection of binding sites of transcription factors.
  • Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, Cold Spring Harbor, NY, USA (3/17-20)
    • Bono H.SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor response elements.
    • Nikaido I., Yagi K., Bono H., Okazaki Y.: Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism.

2004

  • 27th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan(和名:第27回日本分子生物学会年会)Kobe, Japan(12/8-11)
    • Bono H.SayaMatcher: in silico system for genome scale analysis of nuclear receptor responsive elements.(和題:ゲノムスケールの核内受容体標的配列コンピュータ解析システムSayaMatcher)
    • Nikaido I., Yagi K., Bono H., Okazaki Y.: Genetic architecture of gene regulatory network for lipid metabolism in mouse.(和題:ジェネティクスとトランスクリプトームの統合による脂質代謝の遺伝子ネットワークの解明)
    • Nakachi Y., Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y.: Development of genome-scale oligonucleotide microarray for chromatin immunoprecipitation of transcription factors.(和題:ChIP on chip によるゲノムスケールでの転写因子結合領域探索の試み)
    • Horie K., Bono H., Okazaki Y., Inoue S.: ゲノム情報に基づく新規アンドロゲン応答配列群の同定
  • 14th International Workshop Beyond the Identification of Transcribed Sequences: Functional, Expression and Evolutionary Analysis (BITS) Kazusa, Chiba, Japan (10/29-31)
    • Bono H.Systematic analysis of nuclear receptor responsive elements in a genome scale.
  • 12th International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) and 3rd European Conference on Computational Biology (ECCB), Glasgow, UK (7/31-8/4)
    • Bono H.Genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor responsive elements.
  • 2004 Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Glasgow, UK (7/29-30)
    • Bono H.SayaMatcher

2003

  • 26th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan(和名:第26回日本分子生物学会年会)Kobe, Japan (12/10-13)
    • Bono H. and Okazaki Y.: Cross referencing framework for comparative functional genomics.
  • Comparative and Functional Genomics Workshop, Hinxton Hall Conference Centre, The Wellcome Trust Genome Campus, Cambridgeshire, UK (11/2-5)
    • Bono H. and Okazaki Y.: Cross referencing resource for functional genomics.
  • Systems Biology: Genomic Approaches to Transcriptional Regulation, Cold Spring Harbor Laboratory (3/6-9)
    • Bono H., Nikaido, I., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y.: Comprehensive analysis of the mouse metabolome based on the transcriptome
    • Okazaki, Y., Bono, H., Yagi, K., Kasukawa, T., Nikaido, I., Tominaga, N., Miki, R., Mizuno, Y., Tomaru, Y., Goto, H., Nitanda, H., Shimizu, D., Makino, H., Morita, T., Fujiyama, J., Sakai, T., Shimoji, T., RIKEN GER Group Members, and Hayashizaki, Y. Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays
  • 平成12年度採用基礎科学特別研究員研究成果発表会 (1/31)
    • 坊農秀雅 遺伝子発現プロフィールとプロテオームによる遺伝子ネットワーク解析 (Genetic network analysis by bridging the gap between transcriptome and proteome) [poster]

2002

  • 第25回日本分子生物学会年会 (12/11-14)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Nikaido, I., Furuno, M., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y.:Metabolome analysis of mouse transcriptome (和題:マウストランスクリプトームのメタボローム解析)
    • Shiraki, T., Carninci, P., Arakawa, T., Ishii, Y., Sasaki, D., Konno, H., Nakamura, M., Sato, K., Hirozane-Kishikawa, T., Sakazume, N., Bono, H., Kondo, S., Waki, K., Okazaki, Y., Shibata, K., Itoh, M., Aizawa, K., Kawai, J., and Hayashizaki, Y.:Progress to construct the Mouse Full-Length libraries
    • Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Bono, H., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y.:FANTOM2 annotation system (和題:FANTOM2アノテーションシステム)
    • Nikaido, I., Saito, C., Mizuno, Y., Meguro, M., Oshimura, M., Yamanaka, I., Kiyosawa, H., Bono, H., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y.: Discovery of the novel imprinted genes from huge transcriptome using RIKEN cDNA microarray and bioinformatics approach
    • Futaki, S., Hayashi, Y., Yamamoto-Sugimoto, M., Yagi, K., Bono, H., Okazaki, Y., Hayashizaki, Y., and Sekiguchi, K.: 基底膜大量発現細胞における分子機構-cDNAマイクロアレイを用いた解析
  • 3rd International Conference on Systems Biology (12/13-15)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y.:Metabolome analysis of mouse transcriptome [poster]
  • The Fifteenth Annual and International Meeting of Japanese Association for Animal Cell Technology (JAACT2002 FUCHU) (11/11-15)
    • Hayashi, Y., Futaki, S., Yagi, K., Bono, H., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., and Sekiguchi, K.: Expression profiling of parietal endoderm cells and development of systems for large scale production of laminins.
  • 5th Microarray Gene Expression Data Society Meeting (9/24-27)
    • Bono, H.Research Environment Associated with READ (RIKEN Expression Array Database) [poster]
  • Gene Ontology Users Meeting (9/9)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., and FANTOM Consortium: Practical application of GO to RIKEN mouse cDNA clones[oral]
  • 2nd Joint Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust Conference on Genome Informatics (9/4-8)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., and FANTOM Consortium: Funtome to Transcriptome: Minging Gene Expression Patterns with FANTOM2 [poster]
  • Genome Sequencing & Biology Conference (5/7-11)
    • Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Arakawa, T., Ishii, Y., Yasunishi, A., Sasaki, D., Konno, H., Sato, K., Shiraki, T., Hirozane, T., Nakamura, M., Aizawa, K., Bono, H., Kondo, S., Yoshiki, A., Okazaki, Y., Kawai, J., and Hayashizaki, Y. Progress to construct the mouse full-length cDNA encyclopedia
    • Okazaki, Y., Hayashizaki, Y., RIKEN Phase1 group, Phase2 group, microarray group, PPI group, and FANTOM consortium RIKEN mouse encyclopedia: full-length cDNA collection with well curated functional annotation (FANTOM2)
  • FANTOM2 Cherry Blossum Meeting(4/29-5/4)
    • Bono, H., Nikaido, I., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y. FANTOM EPISODE II – Metabolome Analysis of the Clones
    • Bono, H., Yagi, K., Nikaido, I., Kasukawa, T., Carninci, P., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y. Transcriptome analysis of RIKEN mouse cDNA library and microarray with FANTOM2 MATRICS
  • The Fourth International Meeting on Microarray Data Standards, Annotations, Ontologies, and Databases(MGED4) (2/13-16)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y. READ: RIKEN Expression Array Database [poster]
  • 特定領域研究C「ゲノム」公開シンポジウム (1/12)
    • Bono, H. READ: RIKEN Expression Array Database [software demo]

2001

  • The Twelfth International Conference on Genome Informatics (GIW2001) (12/17-19)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Nikaido, I., Furuno, M., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y.:READ: Practical analysis system of mouse transcriptome with the FANTOM database. [software demo]
  • 第24回日本分子生物学会年会 (12/9-12)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Miki, R., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y.: RINGENE: READ(RIKEN Expression Array Database) Integrates Gene Expression Neighbor. [oral presentation]
    • Furuno, M., Kasukawa, T., Bono, H., Nikaido, I., Saito, R., Suzuki, H., Sakai,K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: FANTOM2 – Strategy for higher level annotation of RIKEN mouse full-length cDNA sequences(和文:FANTOM2 – マウス完全長 cDNA に対する高次機能アノテーションへ向けて)
    • Miki, R., Yagi, K., Bono, H., Nikaido, I., Carninci, P., Kiyosawa, H., Yamanaka, I., Lyons, P., Todd, J., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y.: cDNA microarray と NOD congenic mouse を用いた糖尿病関連疾患遺伝子群のゲノム解析
    • Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Arakawa, T., Ishii, Y., Yasunishi, A., Sasaki, D., Konno, H., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kondo, S., Waki, K., Kawai, J., Yoshiki, A., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.:Progress to construct the Mouse Full-Length cDNA Encyclopedia
    • Saito, R., Suzuki, H., Kagawa, I., Miki, R., Bono, H., Konno, H., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: Integrated environment for the analysis of mouse protein-protein interaction data and gene expression data (和文:マウスのタンパク質間相互作用データと遺伝子発現データの統合環境とその解析)
    • Sakai, T., Kadomura, M., Carninci, P., Shiraki, T., Nikaido, I., Kasukawa, T.,Bono, H., Mizuno, Y., Fukuda, S., Arakawa, T., Ishii, Y., Kagawa, I., Kawai, J., Narita, I., Okazaki, Y., Gejo, F., and Hayashizaki, Y.: Expression analysis of the MRL/MpJ-Faslpr mouse by Immune chip and RIKEN mouse 19K microarray(和文: Immune chip, RIKEN mouse 19K マイクロアレイによるMRL/MpJ-Faslpr マウスの遺伝子発現解析
  • 2nd International Conference on Systems Biology (ICSB2001) (11/4-7)
    • Bono, H., Matsuda, H., Kasukawa, T., Nikaido, I., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y.:Metabolic reconstruction of mouse transcriptome using the RIKEN set of 18,816 mouse cDNA arrays. [Poster]
  • Joint Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust Conference on Genome Informatics (8/8-12)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Nikaido, I., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: cDNA clone-based practical analysis system of transcritome in the RIKEN mouse cDNA project: FANTOM and more. [Platform oral presentation]
  • ISMB2001: 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (7/21-25)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Nikaido, I., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: Practical transcriptome analysis system in the RIKEN mouse cDNA project
    • Saito, R., Suzuki, H., Kagawa, I., Miki, R., Bono, H., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: Analysis of gene expression profiles between interaction protein pairs in M.musculus
  • BOSC2001: Bioinformatics Open Source Conference (7/19-20)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Nikaido, I., Matsuda, H., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: Open access to the FANTOM (Functional ANnoTation Of Mouse)
  • NETTAB – Network Tools and Applications in Biology CORBA and XML (5/17-18): Towards a Bioinformatics Integrated Network Environment
    • Kasukawa, T., Matsuda, H., Bono, H., Okazaki, Y., Kohtsuki, S., Hayashizaki, Y., and Hashimoto, A.: MaXML: Functional Annotation of Mouse cDNA Sequences in XML
  • Genome Sequencing & Biology, Cold Spring Harbor Laboratory (5/9-13)
    • Bono, H., Miki, R., Kasukawa, T., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: Mining cDNA microarray expression profiles of RIKEN full-length mouse clones with functional annotation
    • Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Konno, H., Shibata, Y., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kondo, S., Kawai, J., Yoshiki, A., Kusakabe, M., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: Comprehensive selection of full-length cDNAs for the completion of the mouse cDNA encyclopedia
    • Miki, R., Bono, H., Carninci, P., Kiyosawa, H., Yamanaka, I., Lyons, P., Todd, J., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y.: Genome-wide search for genes contributing to the diabetes genetic background using differential expression profile of NOD congenic mice
  • The Third International Meeting on Microarray Data Standards, Annotations, Ontologies, and Databases(MGED3) (3/29-31)
    • Bono, H., Miki, R., Kasukawa, T., Kohtsuki, S., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.:Practical organization of RIKEN cDNA microarray data with FANTOM annotation
    • Miki, R., Bono, H., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: Delineating biological cascades in vivo by microarray expression profiling using the 19K set of RIKEN full-length cDNAs.

2000

  • The Eleventh Workshop on Genome Informatics(GIW2000) (12/18-19)
    • Bono, H., Kasukawa, T., Miki, R., Kadota, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.:Practical Organization and Functional Annotation of RIKEN cDNA Microarray
    • Bono, H., Kasukawa, T., Okido, T., Sakai, K., Furuno, M., Kohtsuki, S., Yoshida, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: FANTOM+: The interface for functional annotation of mouse cDNA [software demo]
    • Kasukawa, T., Bono, H., Matsuda, H., Okazaki, Y., Kohtsuki, S. and Hayashizaki, Y.: Representing Functional Annotation of Mouse cDNA Sequences in XML
  • 第23回日本分子生物学会年会 (12/13-16)
    • Bono, H., Miki, R., Kadota, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: READ: RIKEN Expression Array Database [oral presentation]
    • Bono, H., Kasukawa, T., Sakai, K., Furuno, M., Okido, T., Aono, H., Kohtsuki, S., Yoshida, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y.: FANTOM: The functional annotation of mouse
    • Carninci, P, Shibata, K., Itoh, M., Konno, H., Shibata, Y., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kadota, K., Kondo, S., Kawai, J., Yoshiki, A., Kusakabe, M., Muramatsu, M., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y. :Large Coverage of the Mouse Genome with Cap-Selected Full-Length cDNAs
    • Suzuki, H., Fukunishi, Y., Kagawa, I., Bono, H., Saito, R., Oda, H., Endo, T., Kondo, S., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y. : 理研マウス完全長 cDNA を用いたタンパク間相互作用網羅的解析法の開発
    • Miki, R., Bono, H., Mizuno, Y., Kadota, K., Tomaru, Y., Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Kawai, J., Konno, H., Tokusumi, Y., Ishii, Y., Muramatsu, M., DeRisi, J., Iyer, V., Eisen, M., Brown, P.O., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y. : Exploring Metabolic Pathways in 49 Tissues using RIKEN Full-Length Mouse 19K cDNA Microarray
  • The 14th International Mouse Genome Conference (11/6-10)
    • Bono, H., Miki, R., Kadota, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y. : READ: RIKEN Expression Array Database
    • Bono, H., Kasukawa, T., Sakai, K., Furuno, M., Okido, T., Kohtsuki, S., Yoshida, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y. : FANTOM+: web interface for the functional annotation of mouse
    • Kadota, K., Okazaki, Y., Bono, H., Miki, R., Shimizu, K., and Hayashizaki, Y. :Fluctuation and Identification of Housekeeping Genes on Large-Scale RIKEN Mouse cDNA Microarray
    • Carninci, P, Shibata, K., Itoh, M., Konno, H., Shibata, Y., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kadota, K., Kondo, S., Kawai, J., Yoshiki, A., Kusakabe, M., Muramatsu, M., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y. :Large Coverage of the Mouse Genome with Cap-Selected Full-Length cDNAs
    • Suzuki, H., Fukunishi, Y., Kagawa, I., Bono, H., Saito, R., Oda, H., Endo, T., Kondo, S., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y. : Protein-Protein Interaction Panel Using RIKEN Mouse Full-Length cDNAs
    • Miki, R., Bono, H., Mizuno, Y., Kadota, K., Tomaru, Y., Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Kawai, J., Konno, H., Tokusumi, Y., Ishii, Y., Muramatsu, M., DeRisi, J., Iyer, V., Eisen, M., Brown, P.O., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y. : Exploring Metabolic Pathways in 49 Tissues using RIKEN Full-Length Mouse 19K cDNA Microarray
  • 8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) (8/19-23)
    • Kadota, K., Okazaki, Y., Bono, H., Miki, R., Hayashizaki, Y., and Shimizu, K. : Efficient data processing method for large-scale cDNA microarray analysis
  • Genome Sequencing & Biology, Cold Spring Harbor Laboratory (5/10-14)
    • Okazaki, Y., Miki, R., Mizuno, Y., Tomaru, Y., Kadota, K., Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Kawai, J., Konno, H., Fukunishi, Y., Endo, T., Bono, H., Muramatsu, M., Yoshiki, J., Kusakabe, M., DeRisi, J., Iyer, V., Eisen, M., Brown, P.O., and Hayashizaki, Y. : Global gene expression profileing using RIKEN full-length mouse 17K cDNA microarray

1999

  • 第1回 ゲノム情報利用ワークショップ -実験生物学者のためのゲノム情報利用相談室- かずさDNA研究所 千葉県木更津市 (12/21-22)
    • 坊農秀雅 ポストシーケンス時代のゲノム情報解析 -His-Asp リン酸リレーシグナル伝達系を例に-
  • The Tenth Workshop on Genome Informatics (GIW’99), Yebisu, Tokyo (12/14-15)
    • Nakao, M., Bono, H., Kawashima, S., Kamiya T., Sato, K., Goto, S., and Kanehisa, M. Genome-scale gene expression analysis and pathway reconstruction in KEGG
  • 日本分子生物学会第22回年会、福岡 (12/7-10)
    • 坊農秀雅、金久實 ゲノム比較解析による His-Asp リン酸リレーシグナル伝達系の遺伝子機能予測 (ワークショップ)
    • 奥地秀則、中尾光輝、坊農秀雅、五斗進、金久實 マイクロアレイによる発現データを基にしたパスウェイ解析
  • 生物分子工学研究所(BERI) (11/5) セミナー
    • 坊農秀雅 KEGG を使ったゲノムスケールの遺伝子発現情報解析、His-Asp リン酸リレー型シグナル伝達系のゲノム比較解析
  • 第11回 内藤コンファレンス 「構造ゲノム科学:創薬への新しい道」 湘南国際村センター 神奈川県三浦郡葉山町 (10/13-16)
    • 坊農秀雅 ゲノム規模的な遺伝子発現プロフィールのクラスター解析による遺伝子機能予測 (ポスター発表)
  • The Microarray Meeting, Mountain Shadows Marriott Resort Scottsdale, Arizona (9/22-25)
    • Bono, H., Nakao, M., and Kanehisa, M. Cluster Analysis of Genome-wide Expression Profiles to Predict Gene Functions with KEGG (short talk & poster presentation)
  • 東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻 生物情報工学研究室(清水研究室) セミナー(6/23)
    • 坊農秀雅 Bioinformatics とは何か?
  • 第21回タンパク質・核酸構造理論勉強会, 大原山荘 京都府左京区大原 (6/18-20)
    • 坊農秀雅 Human Genome Project と Bioinformatics [研究発表]
  • Genome Sequencing & Biology, Cold Spring Harbor Laboratory (5/19-23)
    • Bono, H., Goto, S., and Kanehisa, M. Gene Function Prediction from Sequence and Expression Information with KEGG [poster]
  • The 4th International Symposium on Biology: Computational Biology: Analysis of Complex Biological Processes, Hamamatsu (2/10-12)
    • Nakao, M., Bono, H., and Kanehisa, M. Analysis of gene expression profiles using KEGG pathway maps and genome maps
  • 微生物ゲノム研究のフロンティア、千里中央、大阪 (2/8-9)
    • 坊農秀雅、中尾光輝、金久實 配列相同性と発現相同性によるゲノムからの遺伝子機能予測 [ポスター発表]]

1998

  • 日本分子生物学会第21回年会、横浜 (12/16-19)
    • 坊農秀雅、金久實 ゲノムからの2成分シグナル伝達系の解析と予測 (ポスター発表)
  • The Ninth Workshop on Genome Informatics (GIW’98), Yebisu, Tokyo (12/10-11)
    • Bono, H., Goto, S., Fujibuchi, W., Ogata, H. and Kanehisa, M. Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes (oral presentation)
    • Goto, S., Shirahashi, K., Okamoto, K., Ishida, H., Asanuma, S., Bono, H, Ogata, H., Fujibuchi, W., and Kanehisa, M. Constructing and Annotating GENES Database in KEGG
  • 10th International Genome Sequencing and Analysis Conference, Fontainebleau Hilton Resort, Miami Beach, Florida (9/17-20)
    • Bono, H. and Kanehisa, M. Database of two-component signal transduction system in KEGG. (oral presentation and electronic poster)
  • 1998 Annual Meeting of the Society for Industrial Microbiology, Adam’s Mark Hotel, Denver, Colorado (8/9-13)
    • Goto, S., Ogata, H., Bono, H., Fujibuchi, W., Sato, K., Kanehisa, M.Reconstruction of Microbial Metabolic Pathways in KEGG
  • 第20回タンパク質・核酸構造理論勉強会 (6/19-21), 京都府立ゼミナールハウス, 京都府北桑田郡京北町
    • 坊農秀雅 ゲノムの構造に基づく遺伝子機能予測 (研究発表)

1997

  • 日本分子生物学会第20回年会(12/16-19), 京都
    • 坊農秀雅、五斗進、金久實: 2成分シグナル伝達系のデータベースの構築とその解析 (ポスター発表)
  • The Eighth Workshop on Genome Informatics (GIW’97), Yebisu, Tokyo (12/12-13)
    • Bono, H., Goto, S., Ogata, H., and Kanehisa, M. Genome scale prediction of two-component signal transducers from the knowledge of regulatory interactions
  • 日本生物物理学会第35回年会, 京都 (10/10-12)
    • 坊農秀雅、緒方博之、五斗進、金久實: オーソロガス遺伝子の関係を考慮にいれたゲノムからの機能予測 (ポスター発表)
  • Genome Mapping & Sequencing, Cold Spring Harbor Laboratory (5/14-18)
    • Bono, H., Ogata, H., Goto, S., Fujibuchi, W. and Kanehisa, M. Gene Function Identification System based on the Metabolic Pathway Database
    • Ogata, H., Bono, H., Goto, S., Fujibuchi, W. and Kanehisa, M. Correlation between the chromosomal location of enzyme genes and the organization of metabolic pathways
  • 京都大学化学研究所院生発表会 (2/20)
    • 坊農秀雅 Systematic Prediction of Enzyme Genes Utilizing the Metabolic Pathway Database. (修士論文)
  • Pacific Symposium on Biocomputing ’97, Hawaii (1/6-1/9)
    • Goto, S., Bono, H., Ogata, H., Fujubuchi, W., Nishioka, T., Sato, K., and Kanehisa, M., Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations.

1996

  • The Seventh Workshop in Genome Informatics, Yebisu, Tokyo (12/2,3)
    • Bono, H., Ogata, H., Goto, S., and Kanehisa, M. : Genome scale prediction of enzyme genes utilizing the knowledge of metabolic interactions(ポスター発表)
    • Ogata, H., Bono, H., Fujibuchi, W., Goto, S., and Kanehisa, M. : Analysis of Binary Relations and Hierarchies of Enzymes in the Metabolic Pathways(oral)
  • 日本生物物理学会第34回年会、つくば、茨城(11/7-11/9)
    • 坊農秀雅、五斗進、金久實: 代謝パスウェイの解析- 生物種間比較による機能予測
    • 五斗進、坊農秀雅、緒方博之、藤渕航、佐藤一茂、西岡孝明、金久實 代謝系とゲノム−ゲノム情報に基づく代謝経路の推論−(シンポジウム【情報生物学の夜明けPart2:ゲノム情報から展開される新しい生物学】)
  • Recent Advance in Genome Biology of Micro-organisms, Makuhari, Chiba (10/27-10/29)
    • Bono, H., Goto, S., Ogata, H., and Kanehisa, M.: Systematic prediction of enzyme genes by the metabolic pathway database(口頭・ポスター発表)
  • 日本生化学・分子生物学会合同年会、札幌、北海道 (8/26-8/30)
    • 坊農秀雅、五斗進、金久實:酵素反応パスウエイの解析:演繹データベースによる知識の抽出(ポスター発表)
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