26th Workflow Meetup

26th Workflow Meetup

なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと思いきや、意外にも10人近く会場に集まり。 新規参加者が多かったこともあり、live codingでCWLの書き方が実演され、個人的には復習がてら参加。

また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローで得られたreference transcriptome配列セットに対して、salmonのバージョン1系で定量するCWLに引き続き取り組んだ。

lib_typeに関して、inputBinding:position: 1を指定して前にオプション指定しないとダメらしい。 それでとりあえず動くCommandLineToolとなった。 以下はsingle-endの場合で、paired-endもほぼ同じ。

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
label: "Salmon quant: quantifying the samples"

hints:
  DockerRequirement:
    dockerPull: combinelab/salmon:1.1.0

baseCommand: [salmon, quant]

arguments:
  - prefix: --output
    valueFrom: $(runtime.outdir)/$(inputs.quant_out_dirname)

inputs:
  lib_type:
    label: "Format string describing the library type"
    doc: "Format string describing the library type"
    type: string
    default: A
    inputBinding:
      position: 1
      prefix: --libType
  validate_mappings:
    label: "--validateMappings"
    type: boolean
    default: true
    inputBinding:
      position: 2
      prefix: --validateMappings
  index_dir:
    label: "salmon index"
    doc: "salmon index"
    type: Directory
    inputBinding:
      position: 3
      prefix: --index
  quant_out_dirname:
    label: "Output quantification directory"
    doc: "Output quantification directory."
    type: string
    default: salmon_quant
    inputBinding:
      position: 4
  fq:
    label: "List of files containing unmated reads of"
    doc: "List of files containing unmated reads of (e.g. single-end reads)"
    type: File[]
    inputBinding:
      position: 5
      prefix: --unmatedReads
  nthreads:
    label: "The number of threads to use concurrently."
    doc: "The number of threads to use concurrently."
    type: int
    default: 2
    inputBinding:
      position: 6
      prefix: --threads
outputs:
  quant_results:
    type: Directory
    outputBinding:
      glob: $(inputs.quant_out_dirname)

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 3月 2020.