26th Workflow Meetup
26th Workflow Meetup
なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと思いきや、意外にも10人近く会場に集まり。 新規参加者が多かったこともあり、live codingでCWLの書き方が実演され、個人的には復習がてら参加。
また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローで得られたreference transcriptome配列セットに対して、salmonのバージョン1系で定量するCWLに引き続き取り組んだ。
lib_typeに関して、inputBinding:でposition: 1を指定して前にオプション指定しないとダメらしい。
それでとりあえず動くCommandLineToolとなった。
以下はsingle-endの場合で、paired-endもほぼ同じ。
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
label: "Salmon quant: quantifying the samples"
hints:
DockerRequirement:
dockerPull: combinelab/salmon:1.1.0
baseCommand: [salmon, quant]
arguments:
- prefix: --output
valueFrom: $(runtime.outdir)/$(inputs.quant_out_dirname)
inputs:
lib_type:
label: "Format string describing the library type"
doc: "Format string describing the library type"
type: string
default: A
inputBinding:
position: 1
prefix: --libType
validate_mappings:
label: "--validateMappings"
type: boolean
default: true
inputBinding:
position: 2
prefix: --validateMappings
index_dir:
label: "salmon index"
doc: "salmon index"
type: Directory
inputBinding:
position: 3
prefix: --index
quant_out_dirname:
label: "Output quantification directory"
doc: "Output quantification directory."
type: string
default: salmon_quant
inputBinding:
position: 4
fq:
label: "List of files containing unmated reads of"
doc: "List of files containing unmated reads of (e.g. single-end reads)"
type: File[]
inputBinding:
position: 5
prefix: --unmatedReads
nthreads:
label: "The number of threads to use concurrently."
doc: "The number of threads to use concurrently."
type: int
default: 2
inputBinding:
position: 6
prefix: --threads
outputs:
quant_results:
type: Directory
outputBinding:
glob: $(inputs.quant_out_dirname)