Category: drbonodojo

drbonodojo 1month

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 土 26 10月 2019.

道場本出版1ヶ月

今日(2019/10/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから1ヶ月。 その間、2019年10月17日につくばの農研機構でセミナーさせていただいたり、2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催されるなど、イベントが盛りだくさんだった。 もちろん、Gregg Semenza先生がノーベル賞を取られたという大ニュースがあったことも外せないが。

読書会の日以外は、いつものことだが、本のハッシュタグ使っているのはもっぱら筆者だけという。 もっと不明な点や感想、これがあったら良かったのに等、twitter上に出てくると著者としては嬉しいのだが。

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DrBonoDojo meeting Osaka

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 20 10月 2019.

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」読書会 @大阪

2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催された。

道場本のまえがきにも書いた通り、前回Bono本が出版された際にも読書会が開かれたが、それには参加できなかったので、今回はリベンジの著者参加。 開会の挨拶に引き続いて、巻頭の「Dr.Bonoのデータ解析8箇条」に関して説明。 この趣旨を話すのは実は初めてかもしれないが、実はしょっちゅう私が周りに言っていることなので、あまり新鮮味はなかったかもしれない。

書いた本を読んでそれを元に若手が発表するのを聞くのは、なんというか著者冥利に尽きる感じ。 意図したところがきっちり伝わっているのを知れるのは、とても嬉しい。 逆も然りで、強調して伝えたかったのに伝わってなかったポイントは今後の糧に。

結局、直前に参加者が増えて、20人を超える方が参加。 懇親会も12人が参加して盛り上がったかと。

また、機会があればやってみたい。

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78th JCA day1

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 26 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会1日目

2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。 午前には、日本癌学会・日本医療情報学会 合同シンポジウム:がんゲノム医療時代における医療情報を。 データの置き場に関して大問題になっていることはここでも認識されていることを再確認できた。

また、午後には「腫瘍内微小環境ストレス」のシンポジウムで、Gregg Semenza先生の講演 Hypoxia-inducible factors mediate immune evasion by cancer cells を拝聴する。 2018年に発表された論文、Chemotherapy induces enrichment of CD47+/CD73+/PDL1+ immune evasive triple-negative breast cancer cellsとその続きの話がメインだったかと。

そして、同日(2019年9月26日)、「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本発売開始

それなりに手に取って見ていただけているようで、書いた人間としては大変満足。 コマンドラインの使い方がハイライトされた内容でちょっとマニアックかなと思っていたが …

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How did I write drbonodojo

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 火 24 9月 2019.

どうやって道場本を書いたか?

本日(2019年9月24日)、ついに出版社に印刷された「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本納品された模様Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の実践書という位置付けの道場本だが、本を書き上げていったやり方は、2年前のBono本の時とは異なるやり方を今回試してみた。

Bono本の著者は私1人であったものの、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョンが生まれてしまうバージョニングの問題を鑑みて、クラウド(Google drive)を活用した原稿のグループ共有を実践した。 テキスト情報のみならず、本に使う図に関しても、クラウドを使うことでファイルサイズが大きすぎて電子メールで送れない問題を回避した。 また、校正のファイルの受け渡しに関してもクラウドを利用することで、かなりスムーズにデータの受け渡しが行われた。 ただし、最終的なゲラに関しては、実際に印刷した感じがどうなるかということもあって(フォントが画面で見たときや手元で印刷したものだと異なることもあって)、紙に印刷したものを送ってもらってチェックしたのだが。

今回はさらに一歩進めて、原稿はmarkdownで記述し、GitHubを使って編集者と原稿をやり取りすることを試みた。 というのも、ちょうど原稿を書き始めようとしていた2019年の年頭頃にGitHubが無料でプライベートリポジトリを無制限に作れるようになったという衝撃のニュースがあり、これまでずっと公開レポジトリしか使ってこなかった自分もプライベートレポジトリを使ってみようかという気になったというもある。 また、ほぼ同じ頃に公開された世の中の小説作家と編集者は今すぐ Word や G Suite …

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DrBonoDojo for whom

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 月 23 9月 2019.

道場本の想定読者とは?

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本がついに今週発売される。

Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)を出版した時にも書いた想定読者について、今回の道場本でも著者の狙いを書いてみようと思う。それによると、

Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。

とあるが、道場本に関しても基本的には全く同じである。 ただ特にR18指定する意図はなくw、データ解析に興味のある中学生や高校生にも十分読める内容ではないかと著者は思っている。 より具体的には、公共データベースを利用した生命科学データ解析をもっと利用したいと思っているが、どこから手をつけたらいいかわからない、どうやったらいいかわからない、そういった方を想定している。

準備、基礎、実践の3つの「編」で構成されており、最初の二編は通読を想定している一方、最後の実践編は興味のある順に読み進めるとよいかと。 詳しい章立ては、過去のブログエントリを参照にしてほしい。

第1章「準備編」で、データ解析するためのコンピュータ環境についてマシンの選び方から設定方法まで書いている。 特に、「1.3周辺機器の設定」などはなかなかモノの本には載ってない内容ではないかと。

続く第2章「基礎編」はUNIXコマンドラインの使い方の説明となっている。 これまで紙面を割いて書くことができなかった内容に関して詳細に書くことができた。 例えば、LANの中のマシンへのリモートログインやbyobuの使い方がそれである。

最後の第3章 …

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DrBonoDojo preface

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 19 9月 2019.

道場本の序文公開

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の序文が出版社のウェブサイトの道場本のページより公開。 ここには以前のエントリでも紹介した、道場本章立ても公開されている。

「非プログラマのバイオ系」のDr.Bonoならでは、の内容となっている。 序文に曰く、

生命科学データを題材としてPythonなどのプログラミング言語を紹介する書籍はあるものの,それらのプログラミングだけできても生命科学データ解析の達人にはなれない。それならば,生命科学データ解析のためのコンピュータリテラシーをきっちりと身につけられるコンテンツにしたほうがよいだろうと考えた。

「自分もそうだ」と思う方はどのようなことが書かれているか、章立てのみならず、是非中身を覗いてみてください。 特に第3章「実践編」を。

また、この序文はAmazonの「内容紹介」の欄にも掲載されている。

いよいよ発売される感が出てきた。

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DrBonoDojo will be sold in JCA78

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 13 9月 2019.

道場本は今年の第78回日本癌学会学術総会で販売開始

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本は本日いよいよ印刷に入った模様。 発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で販売されることに。 道場本の章立てに関しては以前のエントリに載せてありますので、そちらを参照。

なお著者自らも参加し、最終日の3日目9/28(土)に発表します。 その発表内容は道場本に沿ったものというよりは、むしろ生命科学データベース・ウェブツールこと統合TV本にあるレベルの内容で、その癌研究版となる予定。 なので、気軽に聴きにきてください!

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DrBonoDojo chapters

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 水 04 9月 2019.

道場本の章立て

2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

それもあってか、中身に関して訊かれることも多くなってきた。 そこで、出版社に許可をいただいたので、前のエントリで予告したように、道場本の章立てを紹介する。

  • 1章 準備編
    • 1.1 Mac を買おう
    • 1.2 Mac をセットアップしよう
    • 1.3 周辺機器の設定
  • 2章 基礎編
    • 2.1 UNIX コマンドラインを使ってみよう
    • 2.2 コマンドラインの基本操作
    • 2.3 シェルプログラミングのための環境構築
    • 2.4 ネットワークを介して遠隔のコンピュータを操作する
  • 3章 実践編
    • 3.1 …

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what is drbonodojo

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 01 9月 2019.

道場本とは

以前にも書いたように、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本はこのぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものである。

出版されてから多くの方に読んでいただき、読書会なるものまで開いていただいた。 その際要望として出てきたのが、書いてあることをなぞって(「写経」して)、中身のコマンドを学習できるテキストが欲しいということであった。

そのようなテキストとしては、次世代シークエンサー(NGS)から得られた配列データ解析のプロトコル本として2015年に清水厚志さんと監修で出した「次世代シークエンサーDRY解析教本」がある。

しかしながら、NGSが関係ないところでも配列解析のワザは必要とされている。 例えば、配列類似性検索(BLAST)、タンパク質ドメイン検索や系統樹作成などがそれである。 また、本格的なプログラミングをしなくても、コマンドラインでデータ解析は十分可能である。 それを実践的に紹介するコンテンツとして、今回の「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本を執筆した。

今回の道場本は、教科書であるBono本の該当箇所のポインタもふんだんに含んでおり、Bono本同様ネタとなっているコンテンツはこのぼうのブログに原型があるものも多くある。 解析方法を網羅する形でなく、実際の論文の一部となったデータ解析を、実例をメインに紹介している。 結果としてBono本とほぼ同じページ数で、値段も同じとなった。

2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会がそのお披露目となる。 自分も参加し …

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DrBonoDojo dispatch

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 29 8月 2019.

道場本第一報

今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。 著者による略称は、「道場本(どうじょうぼん)」とするつもり。

その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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