作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その1）
次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版（以下、DRY解析教本2）の目次が出版社のページから公開された。
その目次を見ての通り、Level1（準備編）、Level2（実践編）、Level3（応用編）の三編構成で、第1版と大きな構成に変化はない。
大きくは、Level2にメタゲノム解析、アッセンブル解析が加わって、Level3が総取っ替えされたといえば適切だろうか。
ちなみに、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT
で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非。
しかしながら、大きな変更点が実はそれ以外にある。
Common Workflow Language (CWL)の追加だ。
Level2の一番最後(p331-338)に付録「CWLがあれば、DRY解析はもう怖くない」がある。
CWLについて日本語でコンパクトに解説してくれて、非常に有用である。
しかし、実はすごいのはここだけでない。
Level2で紹介した全てのワークフローが、CWLで書かれたWorkflowとしてこの記事のサポートサイト …
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次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 正式発売開始
福岡であった第42回日本分子生物学会年会(2019/12/3-6)ですでに先行発売されていたが、2019年12月14日に正式に発売開始。
Amazonからも出荷が開始された模様。
しかし、すぐに在庫切れになっている。
それに伴ってひょっとすると出荷プロセスが止まっている？
今回も多数の生命科学研究者に多忙な中御助力願い、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに大変感謝しております。
ありがとうございました！
この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT
で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非よろしくお願いします。
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次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 第一報
言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。
特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなくなっている現状。
そこで、前回の監修者の清水厚志さんと共に、2018年の夏から改訂を進めてきた。
Level2実践編、Level3共に執筆者を総入れ替え、改訂第2版とはいえ、ほぼ別の本となった。
Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも記しておく。
なお、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT
この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。
今回も多くの生命科学研究者に御助力願った。
お忙しい中、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに感謝したい。
ありがとうございました！
経験上、Amazonでの購入の場合、早く手に入れたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。
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Written by bonohu in NGS_DAT on 木 25 8月 2016.
DRY解析教本ですが、2015年の10月に出版されて早10ヶ月。
その間、「細胞工学」の発刊が最終号を迎えるなどいろいろありましたが、初刷の在庫が無くなってきたとのことで、2刷の連絡が少し前に。
その2刷が出回り始めた模様。大きな内容の差し替えはないものの、正誤表は反映されているはず。今後も間違いがあれば是非お知らせを。#NGS_DATハッシュタグを付けてtwitterでつぶやいてもらうのが一番簡単かと。
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Written by bonohu in NGS_DAT on 月 29 2月 2016.
中上級向けの統合データベース講習会AJACSadvanced(AJACSa)の第二弾として、2016年2月25日と26日の両日、国立遺伝学研究所内のDBCLS三島の講習スペースにてAJACSa三島2を実施しました。
参加者は13人で、ほとんどが遺伝研のなかのひとかその関係者、近隣の製薬会社の研究員でした。
今回、次世代シークエンサーDRY解析教本を教科書としてはじめての講習会ということで、想定外のことがいろいろ起きました。
まず、Homebrew でいろいろインストールしているとGithubにアクセスできなくなり、結果としてbrewコマンドがコケるという事態に。
出口となるところが一箇所だったためか、ということで別のWiFiアクセスポイントや有線LAN、果てはPocketWiFi等も利用して乗り切りました。
出来る限り、あらかじめインストールしてきてもらうとか対処が必要のようです。
また、FASTQ形式のファイルのダウンロードは、すぐ近く(というか所内)にDDBJのサーバーがあるからそこからダウンロードすればいいと思っていましたが、これもサイズがデカすぎる(圧縮されていても数Gbyteオーダー)ため、みんなでアクセスすると非常にダウンロード速度が落ちるなど。
これに関してはDRY解析教本の専用サイトに置いたデータをダウンロードする際も同様でした。
講習会時には、独自にlocalにサーバーを立てるとかの対処が必要のようです。
1日目の意見交流会ならびにデータ解析よろず相談に多くの方が残ってくださり、貴重な御意見をいただけるとともに所内の方と交流する機会が持てたことは大変良かったと思います。
是非今後も続けてやりたいと思います。
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Written by bonohu in NGS_DAT on 火 23 2月 2016.
すでにDBCLSのニュースでもアナウンスしておりますが、2016年2月25日と26日の両日、国立遺伝学研究所内になるライフサイエンス統合データベースセンターにて、統合データベース講習会AJACSadvanced(AJACSa)三島2として、中上級向けのadvancedな内容の講習会を行います。
開催案内にある通り、自らのMacを持ち込んでもらって、2015年10月に出版された「次世代シークエンサーDRY解析教本」を教科書として、その「Level2 ②発現解析」のセクションを参加者の皆様とともに実践するという試みです。
NGSハンズオン講習会として今年度もNBDCでも講習は行われていますが、前述のテキストも出版されたし、MacによるNGS発現解析(RNA-seq)に特化したデータ解析の講習をやってみようということで。基本テキストである「DRY解析教本」にすべて書かれていますが、そこない補足の部分は統合データベース講習会AJACSでも使っているgithubにアップしていきます。
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Written by bonohu in NGS_DAT on 金 18 12月 2015.
印刷物には誤表示等はつきものですが。Dry解析教本にもそれが見つかってまいりました。とくにUNIXのコマンドに間違いがあるものは問題ですが、そのタイプのものも見つかってきたのでこちらでも。公式な正誤表は本の公式なウェブサイトの本の表紙のイメージの下に「正誤表」と書かれたところからリンクしていますので、ご利用下さい。
ただ、こちらの「正誤表」に掲載されるまえの著者や読者から寄せられた最新の情報は、主にtwitter上で情報がやりとりされています。twitterのハッシュタグ#NGS_DATにある情報も併せてご利用下さい。
(2016年8月25日追記) 次世代シークエンサーDRY解析教本2刷が出回り始めました。この2刷には、これらの誤表示の多くが訂正されております。
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Written by bonohu in NGS_DAT on 水 07 10月 2015.
いよいよ出版されます。本日、2015年10月8日からの第74回日本癌学会学術総会@名古屋国際会議場にて先行発売されます。私自身、今年も癌学会学術総会に出席しており、先行発売の状況をその場で確認できるのは大変楽しみです。なお、正式な発売日は来週2015年10月15日です。
内容に関しては、目次が出版社のこの本のウェブサイトで確認できますので、そちらをご覧下さい。この本誕生秘話は「はじめに」に詳しくかかれているのでそちらに譲るとして、私の個人的なこの本に対する思い入れについてここに書き記しておこうと思います。
DBCLSに移った2007年から、生命科学分野のDBやウェブツールに関する動画チュートリアルを統合TVとして作成、維持管理に8年間やってきました。統合TVの動画チュートリアルは初心者向けで(講義を収録した統合TVはそれこそ超マニアックなものもありますけど…)、中上級者向けのコンテンツを、という御意見もあり、実際のデータ解析のtips的なものをこのブログの「2010年代のバイオインフォマティクス」というカテゴリーで書き溜めてきました。中上級者ならそういったサイトをインターネット上に置いておけば勝手に見つけてくれるだろうと言うハラもあり、とくに宣伝していませんが。
それもある程度溜まってきたのと、NGSデータ解析に関してある程度いろいろ出尽くしてきた感もあり、私なりのNGSデータ解析のまとめ的なコンテンツを 「次世代シークエンサーにより得られたデータの解析」と題して領域融合レビューに書かせてもらいました。さらに突っ込んで学んでもらうには、オンラインだけでは到達しない読者層もあり、やはり成書が必要だろうという声も多く、それに自分自身も賛同するところがあったので、今回の本の企画の話に乗っからせてもらいました。
Level1の「Macの買い方」と「データベースの選び方」を執筆した他、分担監修者として主にLevel3を担当し、著者たちが書いてきた「コード」がちゃんと動くかどうか、チェックする係を担当しました …
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Written by bonohu in NGS_DAT on 日 21 6月 2015.
しばらくご無沙汰になっていまいました。
ネタはたまっているのですが、なかなか公開qualityに達せず。
前エントリで、「薄い本」パートの概念的なまとめの領域融合レビューへの掲載をお知らせしましたが、その後に続く「データ解析プロトコル」パートの本の出版(予定)のお知らせをいたします。
出版は2015年の秋なので概要しか公開されていませんが、私の構想通り、NGSな「データ解析プロトコル」となる本です。
乞うご期待!
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