kallisto

遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメントから

indexはtranscriptのFASTAファイルに対して。つまりtranscriptごとの発現定量がなされるわけである。

time kallisto quant -i index -o results/ -t 12 test1.fq test2.fq

23Mのpair-end readのGRCh38なtranscriptでの定量が

275.06s user 9.22s system 438% cpu 1:04.81 total

つまり約1分。爆速である。

time kallisto quant -i index -o results/ -t 12 -b 100 test1.fq test2.fq

bootstrapで100回計算しても

4696.23s user 19.67s system 845% cpu 9:17.60 total

10分かかってない。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, 雑感 | コメントする

Bono本はノウハウ本でなく教科書

Dr.Bonoの生命科学データ解析に関して、「この本を読んだら、(自分のやりたい配列データ解析)ができるのか?」という質問がちょっと気になっている。

まあ、中身をよくご存じないからだろう。「ノウハウ本ではなく教科書なので…」というのが私の答え。自分が必要なデータ解析ならば、自分で原著論文読んで学ぶなり、やっている人に(日本人のみならずworld wideに)連絡して教わるなり、すべきでは?日本語で書かれたそういったノウハウ本が充実しすぎていて、馴らされてしまっているのか?じっくりと本を読んで基礎から学ぶという時間がなかなかとれなくなっている現実もあるのだろうな。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: Dr. Bono の生命科学データ解析, 雑感 | コメントする

第15回がんとハイポキシア研究会2日目

日が変わってもなお議論。いつにも増してハードな会となった。

自分ですべての「データ」を出すだけでなく、公共データベースにいろいろと利用可能なのだから、それらを活用すればいいのに、と思ったこと多数。まずはそういうのが使えるということを認識して使ってみるというところから。

次回、第16回がんとハイポキシア研究会は2018/11/9-10にホテルグリーンタワー幕張で、とのこと。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 雑感 | コメントする

第15回がんとハイポキシア研究会1日目

今年は淡路夢舞台国際会議場にて。今年もhypoxia transcriptomeのメタ解析の続きをポスター発表。以前よりは関心持ってくれる人が増えたが、まだまだ。かつてのようになんでもホイホイ引き受けるのは止めて、まずは相談というスタンスで。生命科学研究者自身にデータ解析してもらうべく、Bono本を書いたわけだし。

というわけで、ポスター発表でも、そのポスターアピールでも、拙著を紹介させていただいた。この研究会での議論も、この本の成立に大きく関与しているわけで。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: Dr. Bono の生命科学データ解析, 雑感 | コメントする

SPARQLthon62

無線LANのトラブルの中、いくつかのプロジェクトの打合せを進める。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 雑感 | コメントする

みんなのPython勉強会#30

2017年5月以来、半年ぶりに参加。期せずして3冊のPython本の著者の人が話される節目の勉強会30回目で、大変参考になった。その3冊とは、以下の通り。

「いちばんやさしいPythonの教本」

いちばんやさしいPythonの教本 人気講師が教える基礎からサーバサイド開発まで (「いちばんやさしい教本」シリーズ)

「Pythonエンジニア ファーストブック」

Pythonエンジニア ファーストブック

「PythonユーザのためのJupyter[実践]入門」

Bono本とその読書会の宣伝もLTしたものの。反応が鈍くて残念。生ビールを飲みながらの歓談には敵わなかった感。

それでもまたスケジュールが今回のようにうまくあったらまた参加したい。特に次回は、2017年12月12日(火)に「Pythonオープンサイエンスシンポジウム in つくば」ということで、つくばでオープンサイエンスと銘打ってPythonによるデータ解析の話の回として昼間に開催されるので可能なら参加したい。本日(2017年11月9日正午)より募集開始で、参加者多数の場合、抽選になるようだ。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: Dr. Bono の生命科学データ解析, 趣味のプログラミング, 雑感 | コメントする

日付変更線

日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 雑感 | コメントする

Genome Informatics 2017 day4

カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろいろあったが、基本楽しめた。とくにScientificには大満足。このConferenceは一番自分に合っていることを再確認。

次回はイギリスで2018/9/17-20、次々回はCSHLで2019/11/6-9の予定とのこと。できればまた自分で参加したい。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, 雑感 | コメントする

Genome Informatics 2017 day3

日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。

最初だけかと思っていたら、ずっとヒトに関する応用ばっかりで。ポスター発表にはそれでもまだ植物系のものもあるのだが、ショウジョウバエやC.elegansのそれは皆無。非モデル生物を主戦場とするようになってそこが気になるようになったのだろうか?

いくつか、新しい解析プログラムに関しても情報を得て、大変満足。今後出て来るであろう、役立つリソースに関しても。帰ったら早速試そう。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, データベース生物学, 趣味のプログラミング, 雑感 | Genome Informatics 2017 day3 はコメントを受け付けていません。

Genome Informatics 2017 day2

twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。参加者数は345とか。これもtwitter情報

発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け隔てなくsimpleにナンバリングされるのは相変わらず。abstractのページ数がそのまま自分のポスター番号になっている。上記の通り、総ポスター発表数が多く、会場が2つに別れたばかりか、会期中張りっぱなしでなく1日だけで、今日2日目が自分はポスター発表だった。今回は多数ポスター発表を聞いてくれる方が来て、論文が出たタイミングの発表だったので、さまざまな質問にも明快に答えられた。人が途切れたときには他のポスターを見て回る時間も取れて、個人的には満足。

夕方ぐらいまでは大丈夫だったが、結局時差ボケ辛くて早めに寝てしまった。シエスタ必要だったかもだが、スケジュールが詰まっていて無理。かつては緩いスケジュールが印象的だったCSHL meetingだったのだが。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, データベース生物学, 雑感 | Genome Informatics 2017 day2 はコメントを受け付けていません。