drbonobon 3rd print

Written by 坊農秀雅 in drbonobon on 月 13 8月 2018.

Dr.Bonoの生命科学データ解析第3刷

早いもので来月(2018年9月)末で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年となる。 その前に第3刷と相成った。

過去のぼうのブログをベースに教科書としてまとめたこの本を、ここまで多くの方に読んでいただけるとは、著者としては嬉しいかぎり。 技術的な細かいアップデートは引き続き、英語版のbonohu blogにログを刻んでいっているので、そちらを。

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ROIS DS JOINT INSECT 2nd

Written by 坊農秀雅 in misc on 金 10 8月 2018.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」を今年度も開催。今回もDBCLS柏にて。2018年8月9,10日に。

2回目ということもあって比較的準備は馴れたものだったが、それでも色々とややこしい事態は発生。今回は開催日に開催地への台風直撃の予報という天災まで。結局、最後で台風は逸れ、2時間開始時間を遅らせただけの被害で無事開催できたのだが。毎度、もうこれで最後にしようと開催直前には思うのだが、終わってみればまたやろう、という気持ちになるのが不思議。

今回も何人かに長く話してもらい、他の参加者は5分間のライトニングトークをするという構成で、全員が話をするという形。JST NBDCによるNGSハンズオン講習会に出た上で、次世代シークエンサーDRY解析教本を読んで勉強したという学生さんの話に、ああやっぱり出してよかったなあと。

古くなった部分があるとはいえ、必要だと思ったことをできる限りカバーしたつもりなので、もっと読んで勉強して欲しいと思ったりもしたものの、これらの書籍やブログ、twitterなどを通して情報発信してきたことが見られているんだなということを再確認する機会ともなった

今回は2日目終了後の午後にAJACSa5柏と称して中上級向けの講習会を連続開催してみた。前回の研究会終わった時に、2日目午前で終了ということなら、午後にも残ってやりたい人だけで講習会をやったらいいんじゃないかと思ったのがキッカケ。内容的には割と高度だったのだが、受講生の皆さんのリテラシーが相対的に高く、また学びたいというモチベーションも高かかったこともあって、予定していた時間よりはるかに早く終わってしまった。もうちょっと発展課題を用意しておくべきだったと反省。

それなりに充実した会になったのではないだろうか。リアルに顔を合わせて話をすると良いことがある、ということが広まるといいな。もちろんここには書けないけどw。

オーガナイザーの横井さん、そして参加者の皆さん …

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July2018

Written by 坊農秀雅 in misc on 火 31 7月 2018.

2018年7月を振り返って

出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン@徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。

あと、統合データベース講習会AJACS筑波4の講師業。広報活動にももちろん、寄与した。 DB利活用の広報活動的な外部講演は、つくばと徳島のそれぞれの出張に併せて外部セミナーというものを実施したりで、AJACSも含めると7月は3件。出張に併せてやるというのは聞いてもらえる機会を増やすので、今後も積極的にやっていきたい。

公共DBを使いこなした研究も並行してやってきてはいるが、なかなか形にはなっていない。 色々な締め切りがヤマを越して時間が取れそうな来月以降、キッチリ形にしていきたい。

夏休みシーズンを迎えて、Dr.Bonoの生命科学データ解析は細々と売れているようだが、実際に何冊売れたかは今のところ、不明。

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BH18.7

Written by 坊農秀雅 in misc on 金 20 7月 2018.

国内版バイオハッカソンBH18.7

徳島県徳島市の眉山にあるかんぽの宿で開かれた国内版バイオハッカソンBH18.7に参加。公共発現データ目次AOEの開発維持管理を引き続き取り組む。

一つ目は、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO) のより完全なメタデータをAOEで使えるように、GEOからsoft形式のファイルを取得してくるスクリプト群書き。GEOデータのダウンロードの説明ページを参考にしながら、eutilsの使い方をよく知っている同僚に教えて貰いつつ。ダウンロードしてくるべきデータのIDのリストをウェブインターフェースで事前に取得してから100個づつまとめてゲットしてくるやりかたで進めたが、途中で一時停止したり。なかなか思うようにすぐには取得できず。

二つ目は、SRAには登録されているものの、GEOには登録されていないデータに関してもAOEから検索できるようにするというプロジェクト。以前にも数えてみたことがあったが、今回DBCLS SRA APIを使ったやり方に変更し、BioProjectのID単位で数えてみると2万を超えるエントリがあったので、それらがどういうエントリかを詳しくみる手前まで漕ぎ着けることができた。続きは次回以降のSPARQLthonにて。

という感じで、自らのプロジェクトを進めることが今回も出来た。有意義で充実した、素晴らしい五日間だった。セッティングしていただいた、オーガナイザーの皆さん、ありがとうございました。

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AJACS advanced 5th

Written by 坊農秀雅 in drbonobon on 金 13 7月 2018.

統合データベース講習会AJACSa5柏

毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。今年は、DBCLS柏にて、2018年8月10日の午後に。詳細は案内のウェブサイトを。

今回は(も?)、非モデル生物における配列解析に焦点を当てて。DDBJにデータが蓄積しつつある、転写配列アッセンブリデータベース(Transcriptome Shotgun Assembly:TSA)を利用し、転写単位ごとの遺伝子発現を定量化する方法を学ぶハンズオンを、休憩を含めて4時間ほどでやる予定。

蛇足ながら、中上級向けということで、UNIX操作を一通りマスターした人が対象。次世代シークエンサーDRY解析教本のLevel1-2にある程度を一通りやった方を想定して話を進める予定。もちろん、Bono本の第3章でも構わないのだが。

この話は2018年3月に鹿児島であった第62回日本応用動物昆虫学会大会の小集会「公共データベースを利用した昆虫のデータ解析」で話した「公開されているRNA-seqデータを使い倒すには?」に端を発していて、講習としてやってみたいと思っていた内容。kallistoを使うものの、ヒトやマウスなどの使い方とは違うので、そちら方面しか興味ない方が参加されてもつまらない内容かと。あくまで、ゲノム未解読な新規モデル生物のトランスクリプトーム解析の講習会。

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Start Python Club 37th

Written by 坊農秀雅 in misc on 水 11 7月 2018.

みんなのPython勉強会#37

前回に続いて、連続参加。おとなしく、聴衆に戻った。

第37回目の今回はPython教育がテーマということで、社内で導入した例や勉強するためのさまざまなリソースの紹介。特に、最後の@terapyonさんの「Pythonの学びの段階を自覚し適切なステップアップ方法を見つけよう〜コミュニティやチュートリアルイベントを通じて感じたこと〜」は普段講習会の講師をやっている自分にとっても参考になる点が多々あり、グッときた。単に本を紹介するという感じではなく、そのための心構えやイベントへの積極的な参加姿勢などを学び取ったつもり。

終了後のビアバッシュのじゃんけん大会で勝ち残ってしまい、azureなTシャツをゲットした。これまで持っていないいい色合い。大事にします。

次回は仕事の都合上無理っぽいが、またタイミングが合えば会場で参加したい。

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AJACS 70th done

Written by 坊農秀雅 in drbonobon on 火 10 7月 2018.

統合データベース講習会:AJACS筑波4を終えて

つくばの物質・材料研究機構で開催された統合データベース講習会:AJACS筑波4において、「ゲノムデータベースとそれを活用した配列解析入門」と題した講習を行ってきた。講習用のテキストも参加者以外の誰にでも見れるようになっている。

昼休み休憩を挟んで2時間ほど。食堂がこむ時間帯の情報があり、午前はゲノムブラウザの実習だけで早めに切り上げ、午後にはウェブブラウザ 上でできるレベルの配列解析の入門を実習を交えながら講習した。

参考図書としてあげておいた「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こと、Bono本を読めばほぼ全部載っている内容なのだが、講習ではできる限り「本に書いてあるから発言」をしないように気をつけた。自分のパートは想定外の事態は起こらず、とくに取り乱すようなことはなく淡々と。

全体的には、githubが一時落ちていたというトラブルがあったぐらいで大きなトラブルなく。公共DBの信頼性、網羅性を訊かれるいつもの質問以外は、今回もリアクションが薄く、できているのかそうでないのか、わからない状況。主体的に学ぶキッカケになってくれているのなら良いのだが。

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Navigating Metabolism

Written by 坊農秀雅 in misc on 土 07 7月 2018.

代謝ナビゲーション

Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわからんといわれたものである。

今、代謝がアツい。実は2017年にDr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から、代謝ナビゲーションという翻訳本がほぼ同時期に出版されている。

この本には、代謝パスウェイの知識をデータベース化していた90年代からの研究の進捗が加味されており、さらに深く代謝を知る上で大変参考になる。 例を挙げると、低酸素誘導因子(HIF)による代謝の調節がそれである。第10章「シグナル伝達と代謝」のp176辺りに「酸素とグルコースによる転写ネットワークの調節」の節で、2000年前後から解明が進んだこの分野の知見が綺麗にまとめられている。

原著はこちら。

より深く知りたい人のための文献として第3章「解糖系」ではKEGGのGlycolysis/gluconeogenesisのURLが紹介されているのは、感慨深いものがある。URLもこの種の教科書の重要なリファレンスとしてリストされるようになったのだ。

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11 years passed

Written by 坊農秀雅 in misc on 日 01 7月 2018.

DBCLS11年

2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことをやり散らかしてきたが、ようやく2017年の9月に『Dr.Bonoの生命科学データ解析』という形でその雑多な知識の体系化を書籍化することができ、一区切り。

drbonobon

プロジェクトを開始した当時は、動画でDBを紹介することなんて考えてなく、紙媒体の教科書としてそれをまとめて形にすることを目論んでいた。11年目にしてやっとそれが達成された、という考え方もできるかも。

そして、その次へ。そうやって構造化した知識を、実際のこれからの研究で活用していくこと、である。多くの人に使ってもらいたいが、自らももちろんやる。それを実現化するためのいろいろのため、日々奔走している今日このごろ。これからも前向きに精進していきたい。

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