Mishima-bar 10th

Written by 坊農秀雅 in misc on 土 13 10月 2018.

第10回三島バル

個人的には5回目の参戦の三島バル。 今年行った店は結果として、以下の通り。

  1. MASTICAVINO
  2. パステリア地中海
  3. メロン・ドゥ・メロン 三島広小路店
  4. Lantern
  5. abierto
  6. ラーメンやんぐ
  7. ル・パサージュ

最後は雨が降ってきて、終了という感じで。

メロンでふと確認したところ、ナンバーズが的中してしまい、メロンパン3つゲットしてしまった。これで運を使い果たして居なければいいが。

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No hope without data sharing

Written by 坊農秀雅 in misc on 金 12 10月 2018.

同業種交流会

ひょんなことからローカルな飲み会。 どのようなデータセットを選択すべきか、閾値をどう指定したらいいか、はところ変われど共通の悩みであることを再認識。 いい研究にしたいと思うのなら、多くの人に見てもらえるようにすべし。 いくらデータを出しましたと言っても、そのデータが科学コミュニティで共有されないようでは。 その想いを新たに。

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SPARC Japan seminar 2018 2nd

Written by 坊農秀雅 in misc on 水 10 10月 2018.

第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」

今年度はセミナー企画ワーキンググループから御役御免になったSPARC Japanなのだが。 今年もオープンアクセスウィークに企画されたSPARC Japanセミナーに関わることに。 具体的には、第2回 SPARC Japan セミナー2018 (オープンアクセス・サミット2018) 「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」と題して、2018年10月25日(木)に国立情報学研究所 12階 1208,1210会議室にて。

去年は司会だったが、今年は話題提供的な20分の口頭発表とパネラーということで。 「生命科学研究におけるプレプリント活用の現状」と題して、生命科学系のプレプリントサーバであるBioRxivにアップロードした経験を踏まえて話す予定。

本日2018年10月10日から参加募集開始。

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recollection of togofarm

Written by 坊農秀雅 in misc on 日 07 10月 2018.

統合牧場の追憶

休みの日だったが、職場近くで行われていた若手の会が終わって、3人の若手がDBCLS見学に。 かつて、DBCLSが東大本郷に間借りしていた時はよくこうやって人がやってきたな、と思い出した。

その中で、我々のいた部屋は「統合牧場」と呼ばれるようになっていったんだったなーと(参考資料:統合牧場に関する動画)。 そして、我々の職場が今のところに2014年初めに移動、続けてやりたかったが学生が通ってこれないという場所的な問題から、消滅。 統合TVを作成するなどの開発は、クラウド化して続けているものの。 今日のような人との出会いは激減したんだな、と人が来てくれたことで思い出した。

平日じゃないからしょうがないのだが、ここにもっと若手の研究者を呼びたいのであれば、もっとうまく連携すればいいのに。 オレオレで連携する気はないのかな、そもそもデータベース系のバイオインフォマティクスな人が居ない10月5日トーゴーの日にぶつけてくるあたりとか。 でも私はもっと積極的に研究者とのリアルの交流をしていきたい。 ええ、ちょっと辺鄙なところにある職場だけれども。

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What they call GO analysis

Written by 坊農秀雅 in misc on 土 06 10月 2018.

GO解析という言い方

最近よく「GO解析(ジーオーカイセキ)」という言い方を聞く。 よく話を聞いてみると、発現差などのあった遺伝子群をエンリッチメント解析して、Gene Ontologyのtermで有意な値が出て来たものをみるということのようだが。 Gene Ontology以外のKEGGのPATHWAYやMeSHなども見ていることも多いのではないかと思う。 不正確なので、その都度直しているのだが。 そういうOntologyとその遺伝子へのアノテーションを手軽に使えるようになっている対象生物での研究ならではの悩みなのかもしれないが。

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Symposium105 2018

Written by 坊農秀雅 in misc on 金 05 10月 2018.

トーゴーの日シンポジウム2018

今年も。作る側の報告会的な色合いが強い会だったが、大分使う側に向けた口頭発表が多くなり、そちら側の参加が増えた印象。 某賞のアレもあったし、世間的な関心度は以前より上がっているのではないかと。 だからこそ、続けてやっていく必要性をもっと訴えていくべきかと。

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drbonobon eratta by author

Written by 坊農秀雅 in drbonobon on 木 04 10月 2018.

著者版の正誤表

Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年すぎた。 いただいた誤字脱字等の情報を、例によってGoogle Documentで書き記して来た。 隠す理由もなく、むしろ積極的に出すべき情報だと思うので、公開してある。 新しいものを見つけたら、お知らせいただければ幸いである。

出版社のサイトから正式なものも出ているが、こちらの方が反映は早い。

この情報は、1刷を読んでいる方向けに主に提供している。 というのは、ここで把握したものは2刷以降には反映されているからである。

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Trami

Written by 坊農秀雅 in misc on 火 02 10月 2018.

ぼうのブログ復電

ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が原因でネットワーク接続が切れてしまうパターンが多かったが、本当に電力供給がこんなに長い時間止まってしまったのは初めて。 電気のありがたさを感じた次第。 復旧に尽力していただいた方々、ありがとうございました。

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September2018

Written by 坊農秀雅 in misc on 日 30 9月 2018.

2018年9月を振り返って

9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシンポジウムでの講演が連続して。 そして、月の最後に大阪での日本癌学会学術総会。 しかしながら、外泊数としては8で、5月や7月に記録した10ほどではなかった。 それでも出払っていることが多く、データ解析野郎としては不完全燃焼。

その間に分担翻訳したゲノム第4版の出版があったり。

そして、Dr.Bonoの生命科学データ解析も発売から丸一年を迎えるなど。 多くの方に読んでいただけたようだが、教科書として使っていただいてより多くの方に読んでいただければと。

でも、気がついたら、2018年の3/4が今日で終わるわけで。 自らのoutputを出すことに10月以降、注力したい。

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77th annual meeting of the Japanese Cancer Association

Written by 坊農秀雅 in drbonobon on 土 29 9月 2018.

第77回日本癌学会学術総会

2018年9月27-29日の日程で、今年も日本癌学会学術総会に参加してきた。今年は、大阪国際会議場(グランキューブ)+リーガロイヤルホテル大阪にて。

今回は翻訳を分担したゲノム第4版が新刊として並び、去年と2年連続で関わった本が癌学会でお披露目という嬉しい事態となった。 ちょうど発売から丸1年となったDr.Bonoの生命科学データ解析は、それでもまだ買ってくれる知り合いがいて、サインを求められるシーンもあったり。 結果として、丸1年間で75冊サインしたことになった。

去年に引き続き行われた、若手企画に参加してきた。 今年は2日間に渡って、2コマ分開催された。 1日目の「研究格差社会をどう生きるか」はパネルディスカッション方式に加えて、インターネット上の「掲示板」を活用して意見を集める企画がなされ、斬新であった。 中でも、投票の機能を使ってリアルタイムに意見の集計を行うやり方はおもしろく、その結果を受けてパネラーに意見を求めるという「筋書きのないドラマ」であった。 かつて一緒に研究していた後輩も登壇してくれたのだが、その際感じたのは、自分は最近リスクを避けて、挑戦することを恐れてor忘れてないか、ということ。 もっと積極的に、challengingでなければ、と自分に猛省を促した次第。

また、2日目の「研活マッチングーlabワゴンで見つけよう共同研究者」はフロアー参加型で、共同研究者を求める人が登壇し、自分の求める人を募集するという新しいスタイルのセッションであった。 僭越ながら …

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