Bono本の章立て

Twitterでの反応を見ていると、思ったよりも多くの方にBono本を出すというtweetがfavられているようで嬉しい半面、過剰な期待を抱かせていないか心配になってきた。出版社の人の許可を得たので、章立てを紹介しておく。

Dr. Bonoの生命科学データ解析

物凄く単純で以下のような5章構成。

  1. 生命科学データ解析の歴史
  2. 生命科学分野の公共データベース
  3. データの形式とその取り扱い方
  4. 基本データ解析
  5. 実用データ解析

生命科学における、歴史、公共データベース、データ形式とその解析の基本編と実用編。ページ数的には、第1章の歴史が少ない他は、第3章のデータ形式がちょっと長いぐらいで、他はわりと均等なページ数となった。

もっと詳しく知りたい人向けに、もうちょっと詳しい目次を以下に。


第1章 生命科学データ解析の歴史
1.1 なぜ今、データ解析か?
1.2 バイオテクノロジーとデータ解析の歴史
第2章 生命科学分野の公共データベース
2.1 公共データベースとは?
2.2 データベース有償化問題
2.3 公共データベースのデータベース
2.4 塩基配列データベース
2.5 ゲノムデータベース
2.6 遺伝子発現データベース
2.7 遺伝子バリアントと表現型のデータベース
2.8 タンパク質データベース
2.9 文献データベース
第3章 データの形式とその取り扱い方
3.1 基本リテラシ
3.2 データの形式
3.3 生命科学分野で使われてきたデータ形式
第4章 基本データ解析
4.1 配列データ解析
4.2 数値データ解析
第5章 実用データ解析
5.1 遺伝子機能データ解析
5.2 遺伝子発現解析
5.3 遺伝子バリアント解析
5.4 エピゲノム解析
5.5 メタゲノム解析
5.6 統合解析

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, Dr. Bono の生命科学データ解析, 雑感 | コメントする

なぜBono本を書いたのか?

生命科学データ解析界隈で本が出ないなあと思っていたが、これは日本だけじゃなくて世界的にもそのようで翻訳すべき本が英語でさえも出ていない状況。生命科学のいろいろな分野の教科書は出版されるのに。

そんななか、東京で月一回のペースで開催されているみんなのPython勉強会に出た時に、Pythonによる機械学習入門をデータサイエンティスト養成読本に書かれた方から紹介してもらい、このシリーズを知った。こういったデータサイエンティスト養成読本の生命科学版があったらいいのに、と思ったことが本を書く原動力となった。

データサイエンティスト養成読本はこの機械学習入門編以外にもシリーズの一番最初に出版されたオリジナルのデータサイエンティスト養成読本の改訂第二版が出ている。

改訂2版 データサイエンティスト養成読本 [プロになるためのデータ分析力が身につく! ] (Software Design plus)

また、2017年になって出版された登竜門編は、データ分析環境構築やRStudioとJupyter Notebook、シェル(コマンドライン)の使い方といった生命科学データ解析にも十分役立つ内容となっている。

データサイエンティスト養成読本 登竜門編 (Software Design plus)

Bono本は生命科学系に特化した内容になっており、ここにあるような汎用のデータ分析の内容とは重ならないようにしたつもりなので、上記の本もぜひ参考に。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, Dr. Bono の生命科学データ解析, 雑感 | コメントする

Bono本のカテゴリー追加

今後このブログでそれに触れることが多くなりそうだから、それ関連を探す際の検索性向上の為、Bono本に関するカテゴリーを追加。twitterのハッシュタグ#drbonobonによるtwitter検索と併せて使えるように。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: Dr. Bono の生命科学データ解析, 雑感 | コメントする

Bono本とは

簡単に言えば、ぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものが、「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こと、Bono本である。コンテンツ、とくにコラム記事は、ぼうのブログのネタとして登場したものがもちろんある。とはいえ、すべてがこのブログにあるかというとNoである。教科書という形になるように、大幅に加筆した。しかしながらBono本は、ぼうのブログによく出てくるコマンドラインツールのtips的な内容ではなく、かつて翻訳した2005年に出版された「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版」の後継の教科書なのである。個人的には、2002年に出版された「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」の2010年代版という思いも強く込めてあるつもりである。プロトコル本が必要とされている要請には、2015年に清水厚志さんと監修で出した「次世代シークエンサーDRY解析教本」がこたえてくれていると思う。

実は、今年(2017年)の元旦に書いたブログエントリの最後のパラグラフ、

文章を書くことをさらに習慣づけ、考えていることの情報発信を、twitter以外の手段で行っていきたい。

こそがこのBono本のことだった。その時点では企画としては通っていたものの、細かい章立てを練りつつ、コンテンツを空き時間を見つけては書いていた段階であった。先日出た論文のmajor revisionが重くて、なかなか思うようには進まなかったけれども。年度が変わったころそれも見通しがつき、ブログエントリも含めて書き溜めたコンテンツを週末と大型連休をフルに使ってassembleして目標であった秋の学会クラスターにこぎ着けた。出版社の方にも大分無理を強いたようだが…。2017年9月28日〜30日にパシフィコ横浜である第76回日本癌学会学術総会がそのお披露目になるだろう。自分も参加して発表もする学会でお披露目ができるのはこの上ない喜びである。

中身のことについてはまた追々。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, Dr. Bono の生命科学データ解析, 雑感 | コメントする

BioHackathon2017 最終日

最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 雑感 | コメントする

Bono本第一報

Dr. Bonoの生命科学データ解析

「Dr. Bono の生命科学データ解析」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。
なお、twitterのハッシュタグは #drbonobon

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, Dr. Bono の生命科学データ解析, データベース生物学, マイクロアレイ解析, 趣味のプログラミング, 雑感 | 1件のコメント

BioHackathon2017 day4

4日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の2回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 雑感 | コメントする

BioHackathon2017 day3

翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。
お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあったようだが…という状況。結局ホテルのレストランでランチ。
夕方に中間発表1分間で。夜にBanquet。
温泉インフォマティクス研究会は朝と夜の2回開催。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 雑感 | コメントする

BioHackathon2017 day2

温泉インフォマティクス研究会は、朝と夜の2回開催。AOE3にあたるプロジェクトを粛々と進めるも、計算終わらず。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 雑感 | コメントする

BioHackathon2017 day1

2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。
SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。

Creative Commons License
ぼうのブログ by http://bonohu.jp/blog is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License.
Based on a work at bonohu.jp.

PDF
カテゴリー: 2010年代のバイオインフォマティクス, データベース生物学, 雑感 | コメントする