RNAseqレシピ本の想定読者
いよいよ来週末の2019年11月29日に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）が発売となる。
流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのことなので、早く手に入れたい方はリアル書店か日本分子生物学会年会会場にてゲットするのが良いだろう。
ちなみに、年会3日目の2019年12月5日(木)に本売場でRNAseqレシピ本を含めた私の本のサイン会が予定されているので、乞うご期待。
RNA発現定量が手軽になり、多くの人がそれを試してみようとしている2019年現在、この本の想定読者は相当多くいるのではないか？
そういう人を念頭にこの本を企画したのは言うまでもない。
簡略版の章立てを以下に示す。
- まずはこれだけ！解析環境を整える
- データを入手する
- 転写産物の発現を定量する
- リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
- 発現変動遺伝子群を検出する
- サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
- 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
- リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP
- 論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA
断片的な知識はもちろんググって見つけることができる部分も多いと思うが、体系立ててそれを追えるのはこの本が初めてであろう。
特にこの本の力点の一つである3,4,5章はそれを解説している日本語のウェブサイトも多い。
しかしながら、それらの手法を比較し、それぞれの利点欠点を論じている日本語コンテンツはおそらく初めてであろう。
1細胞RNAseqの6章もなかったコンテンツで、RNAseqレシピ本のウリの一つとなっている。
それらに加えて …
Continue reading »
#BH2019Europe day5
ようやく、朝起きるのが正常になった。
しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。
Final wrap-upとして以下のまとめを。
- Achievements:
- 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas.
- 2 Discussed how to re-use Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data for long non-coding RNA (lncRNA) knockdown (by …
Continue reading »
#BH2019Europe day4
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。
このままボケたまま日本に帰れるか!?
まずは、昨日の続きでテストケースの計算をした後、これまで考えてきたことをさらに具体化、文書化してまとめた。
誘われて施設内にあるプールに行ってみたり。
プールだけでなく、ジャグジーやサウナもあって素晴らしい。
Biohackathonでいつも深刻な問題となっている運動不足が解消できた。
この日が最後の夜とあって、豪勢な夕食だったが、11月の第3木曜日ということでBeaujolais nouveau 2019が提供されるなど。
考えてみればこの日になるのは事前から判っていたはずだが、日本での一足先の解禁のニュースを見てひょっとして、と思っていた程度だった。
御当地フランスで解禁日を迎えたこと、いい思い出となることだろう。
Continue reading »
#BH2019Europe day3
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。
3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを知る。
そこに中間報告関係のサイトへのリンクがあって、我々の本家Biohackathonと同じくGoogle driveでプレゼン資料を作成。
ただし、時間は全体で1時間。
34プロジェクトあるから、1プロジェクトあたり、約2分とかなり短かったので、書いたことを読むぐらいでほぼ終了。
我々の 24 TogoEx: the integration of gene expression data の中間報告は以下の通り。
- Achievements:
-
- Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection
-
- Discussed how to re-use expression data with long non-coding RNA …
Continue reading »
#BH2019Europe day2
時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。
感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。
現在のさまざまな問題点をリストアップ。
それをもとにいろいろと議論。
夕方ごろにはやるべき方向性をほぼ決めた。
すなわち、「データ活用編」で、頑張っていくという結果として予定通りの路線。
ということで具体的な作業を開始したところで2日目は終了。
Continue reading »
#BH2019Europe day1
パリ市内から会場のある郊外へ。
順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。
最寄駅からは歩くのは非推奨だったようだが、タクシーは当然止まってないので雨の降る中絶賛歩き。
15分ほどで会場に到着。
ランチのあと、午後から開始。
ハッシュタグは、#BH2019EUROPEということだが、微妙に違うのを流してしまう大失態。
Hacking projectとして34ノミネート。
私は、
24.TogoEx: the integration of gene expression data
のProject leadということで、2分間のプロジェクト説明。
Group photoのあと、宿舎へのチェックイン、そしてハック開始。
まずは場所ぎめから。
時差ボケでとても眠い中、夕食。
ディナーは、控えめに言ってもとてもうまい。
特にスープが。
やはり、本場は赤ワインがうまい。
Continue reading »
#BH2019Europe day0
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。
その移動時間、13時間余り。
パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8=32時間の長い1日なので、あまりその移動時間の長さを気にすることなく。
しかし、本場は赤ワインがうまい。
Continue reading »
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。
コホートに参加いただいた人も含めて、一般の人向けにもセミナーが設定されているのは素晴らしい。
どういったことをそこで話されているのか興味津々で、拝聴する。
どの先生もわかりやすい話をされててさすがだなと。
ぜひとも見習いたい。
Continue reading »
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目
2日目の午前最後に自分の出番。
先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。
いつもの「統合TV知ってますか？」アンケートによるの統合TV認知度は6,7割だった。
実習ということで、やれる人は紹介したウェブサイトにアクセスしてやってみてくださいということで進めた。
しかしながら、講師（私）の方で実際にウェブブラウザを起動して実際にやってみると、反応が鈍く返ってこなかったり。
やはり、キッチリとスクリーンショットで準備してきておいてよかった。
そうやってハンズオンやってみたり時間調整をしながら、時間はほぼ予定通りの90分に収めた。
自分がやった実習以外にもUCSC Genome Browserのそれがあり、自分が普段やらないタイプの応用事例を知ることができて有益だった。
この2日目いっぱいでセミナー終了。
個人的には、遺伝統計学という主にヒトのvariantデータを扱う分野を学ぶ機会を得られてとてもよかった。
Continue reading »
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 1日目
ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。
午前8時スタートいう気合の入りよう。
関係者入れて50人ほどの参加。
Continue reading »
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 0日目
セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデータベースの利活用」実習の講師として呼ばれたので、一路奄美大島へ。
90分の講習で、スライドが120枚と多いなあと思っていたら。
機上でアニメーション付けながらチェックすると大きなinsertionがあり。
それで減って116枚に。
Continue reading »
アノテーソン2019
Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。
今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて。
会の詳細やそのログは、以下のGoogle documentに。
http://bit.ly/annotathon2019
所用のため、1日目のみの参加。
1日目のテーマは、「最近のアノテーションをとりまく状況と知識共有」。
午前にやった
「アノテーション(annotation)とは」
「アノテーションとキュレーション(curation)の違い？」
のディスカッションは、それぞれの人が持つアノテーションに対する認識の違いがあらわになってとても良かった。
もちろん、午後のさまざまな方による話題提供もinformativeで素晴らしかった。
2日目の議論が盛り上がることを祈りつつ…。
Continue reading »
RNAseqレシピ本の章立て
本日（2019年11月11日）に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）の表紙イメージと章立てが出版社（羊土社）のウェブページとAmazonで公開された。
サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。
ここにもその章立てを紹介しておく。
- まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に
- データを入手する
- 2.1. RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど
- 【コラム】 RNA-Seq vs マイクロアレイ
- 2.2. 公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析
- 転写産物の発現を定量する
- 3.1. リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie
- 3.2. リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM …
Continue reading »
RNAseqレシピ本とは
RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。
2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。
私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている。
しかしながらRNA-Seqを含めた次世代シークエンサーを使った実験手法は、分子生物学の他の実験手法と比して比べ物にならないのデータ量（一回の実験(RUN)で数Gb）が得られる。
また、そのデータ解析の過程で出てくるファイルなども膨大で、FAT32フォーマットの上限である4Gbを越えることも（DrBonoBonのp87のコラム参照）。
そういった体験したことのないサイズのファイルを対象にしたデータ解析に戸惑っている人が非常に多いこと。
もちろん、上述の本や、それよりも先に刊行されていた次世代シークエンサーDRY解析教本にそのデータ解析の具体的なやり方が書かれていたものの、それ以外のより新しい手法やアプリケーションが多く開発され、それらは日本語では紹介されてはいなかった。
何より、RNA-Seqデータ解析に特化したプロトコール本がなかった。
そこで、2018年末の日本分子生物学会年会を契機に企画を開始。
年が明けて2019年になってから多くの達人たちにRNA-Seqデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。
並行して次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版の編集が進められていたので、著者の選定に非常に苦労したのはご想像のとおりである。
その結果、出来上がったのが、この「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」である。
この「RNAseqレシピ本」の中身を続けて解説したいところであるが、近日出版社から本の表紙や目次が公開されるので …
Continue reading »
次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 第一報
言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。
特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなくなっている現状。
そこで、前回の監修者の清水厚志さんと共に、2018年の夏から改訂を進めてきた。
Level2実践編、Level3共に執筆者を総入れ替え、改訂第2版とはいえ、ほぼ別の本となった。
Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも記しておく。
なお、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT
この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。
今回も多くの生命科学研究者に御助力願った。
お忙しい中、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに感謝したい。
ありがとうございました！
経験上、Amazonでの購入の場合、早く手に入れたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。
Continue reading »
RNAseqレシピ本第一報
2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。
著者による略称は、「RNAseqレシピ本」とするつもり。
その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。
なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipe
この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。
経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。
Continue reading »
虫の会前座＠第42回日本分子生物学会年会
分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来）」で話します）。
ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月4日)。
前回は、ワークショップとして採択されて年会の昼の時間帯に開催されていたが、今回はフォーラムでの採択となったため、夜の開催。
場所、時間等詳細情報は以下の通り。
2F-15 虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来）
6th insect meeting: Entomology from present to future
日時：12月4日（水）18:30〜20:00
会場：第15会場（福岡国際会議場 2階 …
Continue reading »
bioRxivとは何か?＠第42回日本分子生物学会年会
約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。
そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラムにて「bioRxivとは何か?」と題して話することになった。
ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月3日)だ。
「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」
日時: 2019年12月3日（火）18:30～20:00
会場:第12会場（福岡国際会議場2階201）
この時間帯の30分をいただいており、講演の要旨は以下の通り。
bioRxiv（バイオアーカイブ）をはじめとするプレプリントサーバの活用が生命科学分野においても急速に広まりつつある。演者も海外での学会発表の前などに複数回研究論文をアップロードしたことがある。しかしながら、その情報の質など問題点も多く指摘されている。そこで本講演では演者の実体験を交えながら、その利点と欠点に関してbioRxivを紹介する。
そのころと比べて、さらにbioRxivへの投稿数も増えている。
そのことは2019年1月のNatureのNews(What bioRxiv’s first 30,000 preprints reveal …
Continue reading »
第4回RDF講習会
第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。
これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。
今年も参加して復習。
去年と比べて、さらに洗練された印象。
具体例はタイムリーなコンテンツを使っていて、わかりやすく。
今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。
Continue reading »
21st Workflow Meetup
21回目の今回も参加。
cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。
ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい。
Docker上で使うのが基本だからかな。
それを使って某再現を試みた。
各種ツールをインストールすることなく、解析結果が最終的に出るのはいいけど、何をやっているのかが分かりにくく。
やはり１行づつなぞっていくのがデータ解析内容を理解するには必須だなと。
ワークフローのテストについて、参加者全員で2時間ほどdiscussionしたが、普段テストらしいテストをやっていない自分でも実はテストっぽいことをやっていたり、それに関係することに手を染めているらしいことを認識。
それっぽい運用を自分自身でやってなかったけど、今後は発生しそうなので、その際にはきっちりやるようにしたい。
Continue reading »
必要な拡張子のファイルだけをrsync
AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。
しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。
同梱されているbamファイル全体の容量が巨大となってきて、それの転送に時間がかかるし、何よりローカルに持っておくスペースが…。
そこで、qiitaの記事rsyncでサブディレクトリ含む特定パターンのファイルのみコピーするを参考にそれが可能かを模索してみた。
より具体的には、.sdrf.txtと.idf.txtという拡張子をもつファイルだけを、rsync://anonymous@rsync.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/data/experiment/以下から再帰的に探して取ってくることが以下のコマンドで出来た。
| #!/bin/bash
rsync -avvrm --include="*/" --include="*.sdrf.txt" --include="*.idf.txt" --exclude="*" rsync://anonymous@rsync … |
Continue reading »
蛹化が早まる現象の分子メカニズムの一端を解明
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。
チョウ目昆虫であるカイコ (Bombyx mori)が蛹期に幼虫の体を成虫の体へ“つくりかえる”ために幼虫の体を一旦溶かし、成虫の体をつくるプロセスにおいて、カイコは蛹になる前にわざと体内の活性酸素の量を増加させることが明らかになりました。
公共データベースからの必要なデータの探索ならびに非モデル生物におけるトランスクリプトーム配列データ解析と可視化などのドライ解析において貢献しました。
今回は、単にウェブページでのお知らせだけでなく、東京農工大学ーライフサイエンス統合データベースセンターの共同プレスリリースとなった。
Continue reading »
道場本出版1ヶ月
今日(2019/10/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから1ヶ月。
その間、2019年10月17日につくばの農研機構でセミナーさせていただいたり、2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催されるなど、イベントが盛りだくさんだった。
もちろん、Gregg Semenza先生がノーベル賞を取られたという大ニュースがあったことも外せないが。
読書会の日以外は、いつものことだが、本のハッシュタグ使っているのはもっぱら筆者だけという。
もっと不明な点や感想、これがあったら良かったのに等、twitter上に出てくると著者としては嬉しいのだが。
Continue reading »
「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」読書会 @大阪
2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催された。
道場本のまえがきにも書いた通り、前回Bono本が出版された際にも読書会が開かれたが、それには参加できなかったので、今回はリベンジの著者参加。
開会の挨拶に引き続いて、巻頭の「Dr.Bonoのデータ解析8箇条」に関して説明。
この趣旨を話すのは実は初めてかもしれないが、実はしょっちゅう私が周りに言っていることなので、あまり新鮮味はなかったかもしれない。
書いた本を読んでそれを元に若手が発表するのを聞くのは、なんというか著者冥利に尽きる感じ。
意図したところがきっちり伝わっているのを知れるのは、とても嬉しい。
逆も然りで、強調して伝えたかったのに伝わってなかったポイントは今後の糧に。
結局、直前に参加者が増えて、20人を超える方が参加。
懇親会も12人が参加して盛り上がったかと。
また、機会があればやってみたい。
Continue reading »
停電からの復帰
bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。
台風19号による停電で約1週間ダウン。
停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。
2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。
Continue reading »
カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開
微力ながら参画させていただいたカイコリファレンストランスクリプトームセットを作るプロジェクトの論文がbioRxivから公開。
Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.1101/805978
それに伴って、データも同時に全部オープンに。
- 生配列データは Sequence Read Archive (SRA)へ
DRA008737
- アッセンブルしたトランスクリプトームデータ（配列）は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)へ
ICPK01000001-ICPK01051926
- 遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)へ
E-GEAD-315
- 以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のDBarchiveへ
doi:10.18908 …
Continue reading »
生命科学データ解析セミナー＠農研機構
農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠征。
「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」が先月(2019年9月)に出版されたのがきっかけ。
生命科学データ解析をお題に60分。
どのような生命科学データ解析がなされているかという概論の後に、コマンドライン(CUI)とその活用として2つ事例を紹介。
一つ目は、遺伝子発現のDBとその活用ということで、ブタ成熟脂肪細胞の脱分化機構の網羅的解析の事例を。
二つ目は、リファレンス発現データセットとしてRefExに入っているFANTOM5のヒトトランスクリプトームデータを再利用した、生物種間比較トランスクリプトーム解析の実例（カイコ）を。
この種の要請はあればできる限りやっていくべきだなといつもながら感じた次第。
そして共同研究打ち合わせも併せて行い、bioRxivにカイコリファレンストランスクリプトーム論文submit。
（追記）その日が変わったぐらいに受理されて即公開されるという急展開。
Continue reading »
Japan Spotfire User Group Meeting 2019
去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。
160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。
分科会の盛り上がりは相変わらず。
GWAS Catalogのデータを再利用する発表があったのはとても嬉しく、そういった公共DB利用系の研究が製薬研究でも広まってくれるといいなと。
さらに別の有用な公共DBを使いやすくするツールを質問と見せかけて宣伝したり。
この機会に知ってもらって一人でも多く利用してくれれば、と。
ポスター発表も27演題もあったとのことで、とても盛況だった。
今回は講演もないので、話しやすくなるだろうと思って海外の学会で発表したポスターを持って行った。
ハンドアウト付きで。
Hidemasa Bono
An integrated index of public gene expression databases and its application for meta-analysis of hypoxic transcriptomes
https://doi.org/10.7490/f1000research …
Continue reading »
トーゴーの日シンポジウム2019
今年で9回目。
だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。
使う側に向けた発表や企画をもっと打ち出して行くべきだろう、これまでの講習会などに加えて。
アウトリーチの頑張りどころかと。
chalkless氏による年表も「トーゴーの20年史」となり、時代を感じされせられる。
継続は力なり
派手さはないが、続けていって欲しい。
Continue reading »
20th Workflow Meetup
今回も参加。
話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。
zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。
個人的には某確認や某再現を試みた。
pitagora meetupとのmergeの回だったが、conflictは起きなかったということで。
Continue reading »