A cure within

Written by 坊農秀雅 in misc on 金 07 12月 2018.

がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語

ふとしたキッカケから、「がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語」を献本いただいた。

この本を翻訳するかどうか、という時に出版社から相談を受けて意見したということなのだが、その時はまだ本庶佑先生がノーベル賞を取られる前。 だが、がん免疫療法に関する業界の注目度は高く、検討されているのなら翻訳されたらいいのでは、と軽い気持ちで意見したのが約8ヶ月前。 だが、現在の事態を予測できていたわけでは決してない。

10月頭の今年のノーベル生理学医学賞の発表を受け、急いで本を出されたのだろう。 その脚力には、(統合TV本に関してもだが)本当恐れ入る。 本を受け取ったばかりで、まだまえがきぐらいしか読んでないので、一通り読んだら読書感想文をここにアップしたい。

そして本日(2018年12月7日)は、授賞式当日。 本庶先生、おめでとうございます!! 日本で研究している生命科学研究者として、誇りに思います。

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togotv18 for sale

Written by 坊農秀雅 in togotv18 on 木 06 12月 2018.

統合TV本発売一週間

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が正式に発売され、流通するようになった。

出版した経緯公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いてきたが、論より証拠、実際に見てもらっての反響がチラホラtwitter上にも出出した模様。 ぜひ、ご意見等は以前にも書いたハッシュタグ#togotv18をつけてtweetしていただけれると大変見つけやすくなってありがたい。

それによると、これまで知らなかった人が、紙の書籍から入るというのがスムーズな統合TVの動画への誘いなのかなと。 YouTubeにあるから検索して見てね、よりは障壁が低いのかなと。 そのような話が今後も出てくるといいな、と。

ほとんどスクリーンショットで文字が少ないからか、まだほとんど見つかってない誤植だが、今後見つかってくると思う。 それは見つけ次第、twitterのハッシュタグ #togotv18 をつけて呟いていただけるとありがたい。 増刷等あった時に訂正しますので。

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Impression on 41st annual meeting of the molecular biological society of Japan

Written by 坊農秀雅 in misc on 土 01 12月 2018.

第41回日本分子生物学会年会を終えて

今年も日本分子生物学会年会(分生)が終わった。

例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会/ポスター会場の一角にて。 データ解析よろず相談待機をしていたが、いる時にはほぼ相談もなく。

また今年もワークショップ(2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? )のオーガナイザーを務めた。2日目の午後の時間帯で、 昨日のエントリにも書いた通り、予想をはるかに上回る参加者に参加いただいた。 関心が高まっているのか、それとも年会が関東開催で、開催した時間帯も良かったせいなのか。 それはわからないが、とにかくたくさんの人に公共データベースを活用することに関して話を聞いてもらえたのは、純粋にとてもよかったと。

調べてみると、2009年の第32回日本分子生物学会年会にて中村保一さんと共に初めてワークショップ「ウェット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」をオーガナイズしてから、毎年ワークショップを提案してきた。 それももう10年ほど続けていることになる。 もちろん採用されなかった年もあるが。

しかし、いつまでもだらだらと続けるのもよろしくないし、有志で企画してきた統合DB関係ワークショップは一度止めてみようかと。 誤解があるといけないので蛇足ながら書き加えると、統合DB関係のワークショップがまったく無くなるのではない。 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が企画するワークショップが開催されるようになってきたので、来年以降は自分は企画しない、単にそれだけである。 今後は …

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day3

Written by 坊農秀雅 in misc on 金 30 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会3日目

本日11月30日(金)で、最終日の3日目。

昨日はオーガナイズしたワークショップ、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? が行われた。 これまでになく多くの方に参加いただいた。 その証拠に、パンフレットは200部用意してもらったが、始まる前にそれはなくなり、50部追加してもらったが、それも全部はけた。 つまり250人以上は来ていた、ということで、公共データベース利活用への関心の高まりを再確認。

日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーにてNBDC/DBCLSもブース出展しており、これも今日まで。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、今日も基本その近くで待機する予定。

また、監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」の先行発売も本日午後3時半まで。 ここを見たといえば、買った本にサインしますので。

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day2

Written by 坊農秀雅 in misc on 木 29 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会2日目

本日11月29日(木)、2日目。

今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、今日も基本その近くで待機しているかと。

ただ本日は、DBCLSニュースにも出していただいたように、15:45-17:15に第15会場(5階 501)にて、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? と題したワークショップのオーガナイザーを務めます。その概要は以下の通り。

オープンデータ、オープンサイエンスの潮流の中、生命科学研究における公共データベース(DB)は自らのデータを発表する場所としての役割も担うようになってきており、それらをいかに活用するかが研究をうまく進める鍵になってきている。そこで、どのように有用なDBを利用・維持していけばよいのかを実際にうまく利用している研究者やデータベースの運用に関わる研究者を交えて議論する場としたい。

監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が先行発売中。 ここを見たといえば、買った本にサインしますので、気軽にお申し付けください。

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day1

Written by 坊農秀雅 in misc on 水 28 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会1日目

本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会(分生)。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が先行発売、そして今日の12:00-13:00にサイン会が展示場 書籍売場 [B06] メディカル・サイエンス・インターナショナル(MEDSi)の書籍ブース行われます。

午後のポスター時間帯は、ディスカッサーというポスター発表を盛り上げるボランティアとしてポスター会場にいるのではないかと。

そして、それ以外の時間帯は、NBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーが展示会/ポスター会場の一角にて、今年も特別企画としてあるのだ。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやってますので、参加される方はぜひお立ち寄りを。 ただ、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan

Written by 坊農秀雅 in misc on 火 27 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会0日目

いよいよ今年の日本分子生物学会年会(分生)が明日2018年11月28日から。

例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会/ポスター会場の一角にて。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、年会中は基本そこに居るはず。

また、年会会場にても、DBCLSニュースにも出していただいたように、2日目の11月29日(木) 15:45-17:15に第15会場(5階 501)にて、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? と題したワークショップのオーガナイザーを務めます。その概要は以下の通り。

オープンデータ、オープンサイエンスの潮流の中、生命科学研究における公共データベース(DB)は自らのデータを発表する場所としての役割も担うようになってきており、それらをいかに活用するかが研究をうまく進める鍵になってきている。そこで、どのように有用なDBを利用・維持していけばよいのかを実際にうまく利用している研究者やデータベースの運用に関わる研究者を交えて議論する場としたい。

参加される方はぜひお目にかかりましょう。 ただ、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。

あと、私事ですが、監修した本「生命科学データベース・ウェブツール …

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togotv18 for whom?

Written by 坊農秀雅 in togotv18 on 月 26 11月 2018.

誰のための統合TV本?

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いた。 自分は関係ない、とお考えの方もいるかもしれない。 しかし、全ての生命科学研究者のための本だということをここで伝えたい。

もちろん、研究室に配属されたばかりの入りたての学部学生や修士課程の大学院生に向けて、Part1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツールが書かれている。 しかし、このようなコンテンツを必要としているのは当の新人だけでなく、それを教える上級生や先生方であるのは、これまでに教えた経験のある方ならわかることだろう。 教えるための情報が整備されているのは両方の立場の人にとって有用だからだ。 この本からDOIでリンクされている統合TVの動画は再生を止めれば待ってくれるし、また何回でも見れるし。

また、Part3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツールPart4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベースで紹介されているDBやツールは知っていて損はない。 自分の研究を支持する事実となったり、これまで思いもしなかった示唆があったりするかもしれない。 研究を始める新人さんにとっては、どういったことを研究するか、データベースから見つけられるかもしれない。 本書のガイドをきっかけに研究が始まった、なんてことが起こるといいなあと妄想したり。

新人のためだけでなく、現役の研究者の皆様にも参考になるコンテンツが満載で、そういう意味で …

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Therefore support togotv18 by twitter

Written by 坊農秀雅 in togotv18 on 日 25 11月 2018.

だから、twitterで統合TV本を盛り上げよう

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯と、公式ではないことを書いた。

だからNBDCDBCLSの公式受付窓口に統合TV本に関することを問い合わることはしないで欲しい。 代わりに、意見やメッセージがある場合は以下のハッシュタグをつけてtwitterで気軽につぶやいて欲しい。 twitterのハッシュタグは#togotv18と出版前から決めてすでに使っており、書籍の中にも明記されている。

統合TVはtwitterに支えられて開発してきた。 新しい動画ができたときに告知し、見てもらうキッカケを作ってきたのはtwitterだ。 それだけでなく、twitterは動画作成のアルバイトをしてくれる人を集める場としても活躍してきた。 余談だが、現在も統合TVの動画や静止画作成のアルバイトを募集している。

また、アルバイトにいつ来てくれるかといった連絡も当初はtwitterでのやりとりで全部やっていた(現在はslackでのやりとりに移行してしまっているが)。 その結果、twitterを通じて多くの人と知り合いになった。 学会の年会やオフ会を通じてtwitterの外での交流も数知れない。 中にはそれがキッカケとなって共同研究が始まり、一緒に論文を出した例すらある。 twitterに支えられてきたのは統合TVだけでなく、何を隠そう、この私自身なのだ。

だから、せっかくの機会なので学会年会で声をかけて欲しい。 それを楽しみに今年もDBCLSブースでデータ解析よろず相談に居るので。 ここを見たといえば …

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But togotv18 is unofficial

Written by 坊農秀雅 in togotv18 on 土 24 11月 2018.

しかし、統合TV本は非公式

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、それを出版した経緯を書いた。 それだけを読むと、統合TV作製に予算を出しているJSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)や実際に作製し公開してきたライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が、その研究開発の一環として書籍出版をしたかのように見えるかもしれない。 しかし、実態はそうではない。 NBDCもDBCLSも無関係で、統合TVに関わる有志が協力して成書としてまとめたものなのだ。

その証拠に書名には「統合TV」が入ってはいない。 本を買った時に付いていることもある「帯」には、「統合TV編集部 責任編集」と書かれてはいるが。 しかし、この本の出版を仕事としてではなく有志の活動として行った、というのが実情である。

統合TV編集部である我々が、これまで公開してきた1500ほどの統合TVの動画をまずレビューした。 結果としてリストアップされた18のDBやツールに関して、統合TV作製者や関係者がそスクリーンショットとオリジナルの統合TVの動画へのリンクとともに解説してある。 そう、紙媒体の書籍から、インターネット上の電子的な動画への導線として …

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