深くゆっくり考えよう

twitterのRT(ReTweet)で流れてきたとあるつぶやきにハッとする。

日中の仕事の大半が事務仕事を含む細々したルーチンワークになる場合、頭の働き方が仕事を短時間でさばくモードになってしまう。このモードになると、物事を深くゆっくり考えられなくなる

自分の場合、そこまでルーチンワークではない(と自分は思っている)ものの、短時間でさっさとさばいてしまい、物事をゆっくり深く考えていない自分に心当たり。深くゆっくり考えられるよう、自分を仕向けねば。

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第61回日本応用動物昆虫学会大会3日目

最終日。この日も朝からガッツリ口頭発表を聞く。その間に昨晩の仮説の検証を試みるも…。不審感だけが残る。
この日は自分の研究も含んだ発表もあり、どういった反応が来るか楽しみだったが、それほど深く突っ込んだものではなくて少々肩すかし。来年度も話させてもらえるようなネタをこの一年かけて作ってこようと思った次第。

意外にここ(ぼうのブログ)を見ている人がいることに勇気づけられる(ただし、n=1)。単なるやったことメモ+雑文なんだが。

ちょうど、昨日見学したばかりの東京農工大学科学博物館で学んだ遠藤先生のニュースがその日に流れていたり。

「ガードナー賞に東京農工大の遠藤章氏 『スタチン』発見」

ノーベル賞とれますかね?

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第61回日本応用動物昆虫学会大会2日目

2日目は朝から夕方まで口頭発表。主に生理学・生化学方面を聞く。
お昼を挟んで、ポスター発表。その合間に何回か共同研究打合せ。
そして、日が暮れてからは、同業種交流会。そういった会ならではのオフラインな情報を仕入れることが出来て、大変満足。帰ったら早速我が仮説の検証をしてみたい。

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第61回日本応用動物昆虫学会大会1日目

アウェーの学会大会参加。のはずが、会場に着くなり知り合いに会うなど。
そこでの議論で、来年度の講習会をどうやっていくか、そのやり方に関して考えさせられた。ぶっちゃけ、すでに統合TVにコンテンツも多く蓄積しているので、それを見てもらえばそれでいいわけで。face-to-faceのハンズオンでしか出来ないことをやるべきだろうな、理想的には。
午後はシンポジウム。まだまだ、生物システムを我々は知り尽くしてない。決めつけはキケン、ということを学び取ったつもり。
懇親会にもかなり多くの人が参加していて驚かされる。そこで、pre-twitter時代にブログで交流の会った方に再会(リアルには初顔合わせ)。本当、この業界、狭いわ。

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日本生物工学会誌連載4回目「塩基配列データベースの現状とその有効活用方法」掲載

日本生物工学会誌「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」という連載を開始してからはや半年。とはいえ、2ヶ月に1回のペースだから、まだ3回しか公開されていないのだが。これまでの内容は以下の通り。

  1. 「ウェブ上に散在する情報を生命科学研究にどう役立てるか」
  2. 「AllieとColilの使い方―PubMed/MEDLINEから効率よく情報を抽出する日本発のサービス―」
  3. 「DBCLSが提供する日本語コンテンツ」

2,3回目とDBCLSが提供するサービスの紹介が続いたが、4回目の今回は、塩基配列データベースに関する話題。DBCLSの塩基配列関連ツール紹介はすでに日本語の総説も多数あるので、今回はDNA Data Bank of Japan (DDBJ)中村保一さんと共著で、「塩基配列データベースの現状とその有効活用方法」と題して塩基配列データベースへのデータ登録とその利用の両側面から塩基配列データベースを紹介させてもらった。30年もの歴史のある塩基配列データベースなので、本当はいろいろと書きたいことあったのだが、敢えて短くまとめた。詳しくはウェブ上のリソースで調べてもらうことを願って。

シリーズとしてはあと3回あるので、そちらも乞うご期待。

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説明会、その後

説明会。この種のそれは約十年勤めてきて初めて。わかったことは、現状今後のことはよくわからないということ。
終了後、雰囲気が悪くなる。実は、自分は楽観的なんだな、と感じたり。
もちろん、やるべきことは頑張ってやっていくつもりだが、それ以外にもっと戦略的にしないといけないことがあるような気がした。

あしたは どっちだ

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命の洗濯

有給休暇扱いにして、ホームワーク。所属はしていないが勤務先のある研究所で開催される公開セミナーを聞きに職場へ。今流行りのゲノム編集のそれだったが、やはり出てきた大量データ処理なくしては到達不可能な内容であった。
終了後、早めに出て近くの日帰り温泉施設に。長らく行っていなかったが、近くていい施設であることを再認識。また来よう。その帰りに、これまで行ったことないスーパーで買い物など。
非日常を経験することで、変化をつけて気分転換。大事なことかと。

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csvlookが使えない

ある日、タブ区切りのデータを人に見せる必要があって、csvlookを使おうとしたら

zsh: /usr/local/bin/csvlook: bad interpreter: /usr/local/opt/python3/bin/python3.5: no such file or directory

というエラーが出て使えず。しょうがないのでその場は普通にlessで見せたが、その後原因究明を。
どうも、homebrewで入れたpythonのバージョンが上がったために(3.5から3.6に)、このエラーが出ているらしい。pythonはhomebrewで管理している一方で、csvlookcsvkitの一部で、pipで管理されているツールである。そこで一度uninstallして再度installする戦略で。

pip3 uninstall csvkit
pip3 install csvkit

しかしながら、


PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/usr/local/bin/unidecode'

というエラーが出て、csvkitのインストール失敗。これは、


% ls -l /usr/local/bin/unidecode 
-rwxr-xr-x 1 root admin 334  7  9  2016 /usr/local/bin/unidecode*

という具合に、/usr/local/bin/unidecodeがrootユーザーの持ち物になっているため、一般ユーザーでは書き換えができなかったから。そこで、

sudo chown -R bono /usr/local

してファイルの持ち主を自分にする。その上で再度、

pip3 install csvkit

今度は、エラーメッセージが出ず、うまくインストールできた模様。
これでまたcsvlookが使えるように。

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JST OPERA「ゲノム編集による革新的な有用細胞・生物作成技術の創出」キックオフシンポジウム

JST産学共創プラットフォーム共同研究推進プログラム(OPERA)研究領域 「ゲノム編集による革新的な有用細胞・生物作成技術の創出」キックオフ・シンポジウムに呼んでいただき、「ゲノム編集におけるビッグデータ活用」と題して話しさせてもらった。
私の話に関しても、この研究課題でやっていると思われた感。本務専念義務がある以上、大学の運営費交付金が本給の財源である(普通の)大学教員と同じというわけにはいかず、この種の活動には参加できないということが理解されていないのかも。
それにしても、こういう技術開発する人は、データアーカイブということに興味ないのでしょうか?もしそうだとしたら、懇親会でお話したJSTの副理事の方と話題になったように、やはり公的資金を使って行った研究のデータアーカイブへの登録をもっと強力に推進していく必要があるかと。

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東京農工大学グローバルイノベーション研究院公開セミナー

米国のKansas State Universityからお越しいただいた Prof. Michael R. Kanost と Dr. Neal T. Dittmer のセミナーを聴講しに東京農工大学へ。Manduca sextaのゲノム配列解読の話も聞けた。やはり遺伝子アノテーションの話となると熱くなってしまうのは職業病か?

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