Love your neighbor

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 11月 2020.

汝の隣人を愛せよ

これまで足を踏み入れたことがなかった学内の研究所にお邪魔して実験機器を見せてもらい、色々教えてもらう。 前職ではなかなかそういったことができなかった反省から、今回は受身でなくそれを自ら進んでやってみた感じ。 事実上ぼっちラボである以上、全部自分がやらないと研究は進まないということも再認識。 かなり久しぶりだが、知識だけはなんとか。 うまくいくかどうかはやってみないとわからないが。

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Lay the groundwork

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 26 11月 2020.

根回し重要

本日、2つの講演依頼が来た。 1つはかねてより他の機会にその話を聞いていたもの、他方は今日初めて「寝耳に水」的にしかも学会事務局から事務的に来たものであった。 結果は言うまでもない、前者は受けて、後者はお断りした。 趣旨も説明がなくわからない、しかも学会事務局から急にとかだと、こちらもお受けしづらい状況になっており。 何事も根回し重要ということを実体験で知った1日であった。

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Bioinformatics Lecture 2020 done

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 水 25 11月 2020.

芸は身を助く

卓越大学院のバイオインフォマティクス講義の最終回がオンデマンド配信され、講義が終了した。 10月の最初から週2回で配信が順に開始され、2ヶ月かけて全15回の配信が11月末の25日に完了した。 一回あたり90分弱の内容は15回全部で、合計19時間16分8秒、スライド数にして491枚であった。

「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)を教科書に、「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」(道場本)を参考書にということで講義は進めた。 「芸は身を助く」の言葉通り、以前に監訳した本が絶版になって自分1人で書きあげたこの2冊に救われた。

この本があったからオンデマンド配信で個別に勉強することになった学生さんもさらに理解が深められたのではないかと思う。 講義に使った資料もPDFで配布し、授業を聴いていれば本は買わなくても理解できるように努めたが、それでもやはり講義で説明しきれない内容は本で補完することができたのではないかと思っている。

また逆に、本の間違い(主にtypo)にも新たに気づくことが。 出版から3年経って、多くのウェブサイトがHTTPS化したことや、URL自体が変わってしまっていることなど、気がついたアップデートは山ほど見つかった。 これらは出版社に連絡して正誤表に反映してもらわないと。

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A walk in the campus

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 11月 2020.

キャンパス内徘徊

毎週末やっていたバイオインフォマティクス講義の収録も先週で完了したので、物理的にも精神的にも余裕が。 そういうわけで、コンビニまで公共料金を支払いに行くのを主目的に、散歩。 いつもと違う方向にちょっと遠出してみた。

結果として大学キャンパス内を徘徊することに。 ちょうどお昼時だったので、土曜日も空いていた学食でランチ。 一度来たことがあったものの、そのころはまだ人が戻ってきておらず、学生の入りもまばらであったが、土曜日にもかかわらず学生がたくさんいて活気がある感じ。 もっとも食べるところは半個室の味集中仕様となっていたが。

久しぶりに長めに歩いていい運動になった。

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FANTOM enters 20th year

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 19 11月 2020.

FANTOM20周年論文公開

2020年11月19日、Nucleic Acids Research のdatabase issueに FANTOM resource の論文が公開された。

FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054

論文の内容に関してはFANTOM5と6のリソースを紹介するもので、今年2020年7月にでたFANTOM6論文を補完する内容となっている。 今年2020年でFANTOMを2000年に始めて20周年ということで、名付け親の自分としてはなんとも感慨深い。

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SPARC Japan seminar 2020 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 18 11月 2020.

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」

今年はオープンアクセスウィーク中には実施できなかったものの、毎年そのタイミングで国立情報学研究所 国際学術情報流通基盤整備事業SPARC Japanセミナーが開催されている。 このたび、第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」の講演要請が来て、2018年の2回目以来2年ぶりに話すことになった。

しかし、去年2019年は日本分子生物学会年会で「BioRxivとは何か」という講演をさせていただいたせいか、毎年話している感が拭えない

今回は、前回bioRxivに出したとご報告した論文のその後についてなど後日談的な部分と、プレプリントに対する無知や知っていても評価軸は動かず頑なに変わらない現状の話をしたいと思っている。 また、前回印象的だったF1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence さんのお話を聞いて受けた

プレプリントの次は、F1000Researchを試すべきなんだろうな、と。次の標的が定まった感。

のあと、プロジェクトの論文がたまたまF1000Researchに出すことになったことなどもいい経験談になるかと。

研究者用SNSであるResearchGateの利用に関しても話が聞きたいということだったので …

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Cancer_DAT call for subject

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 11月 2020.

がんゲノムデータ解析再現担当募集

このたびMEDSiからがんに特化したゲノム・オミックス解析の本を出すことになりました。 つきましては、再現担当者を広く募集いたします。 我こそは、という方は12月31日までに所属とアピール文章400文字をcancer_dat@medicalgenome.infoまでお送りください。

応募条件

  • 意欲があること
  • 最低限のPCスキルがあること
  • 一方でバイオインフォマティシャンではないこと
  • DRY解析を自身で進め、原稿に向かう十分な時間が取れること

応募に際して必要な情報

  • 実名、ただし書籍での表示はアカウント名等可
  • 所属・職位
  • メールアドレス
  • 応募に際してのアピール(400字程度)

以下、参考のtweets。

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Bioinformatics Lecture 2020 completed

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 11月 2020.

バイオインフォマティクス講義収録終了

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の収録を終た。 収録にほぼ2ヶ月かかったことに。

これでようやく土日や祝日に収録に出てくる必要はなくなる。 と言っても自由になるわけでなく次のミッションが待っているわけであるが。

授業の動画としてアップロードする前に全て見てチェックしてくれた大学院生の小野さんには感謝しかない。 ありがとうございました。

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Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 11月 2020.

ハダカデバネズミの褐色脂肪論文

Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal Yuki Oiwa, Kaori Oka, Hironobu Yasui, Kei Higashikawa, Hidemasa Bono, Yoshimi Kawamura, Shingo Miyawaki, Akiyuki Watarai, Takefumi Kikusui, Atsushi Shimizu, Hideyuki Okano, Yuji Kuge, Kazuhiro Kimura, Yuko Okamatsu-Ogura & Kyoko Miura

https://doi.org/10 …

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Home Coming Day 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 11月 2020.

第14回広島大学ホームカミングデー

広島大学ホームカミングデーのウェブサイトによると

広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校友会が卒業生や元教職員などを招待して歓待するイベントとして、毎年11月の第1土曜日に開催しております。在学生、教職員はもとより、市民の方々にもご参加いただき、大いに交流・情報交換をしていただく事業として展開いたします!

ということで、理学部生物科学科ではご出身の先生による講演会があったので、参加。 これに出るため、これまで週末の土日に続けてきたバイオインフォマティクス講義の収録を今日は取りやめ。 その分、今週あった祝日(11/3)に収録しておいたし。 内容はその先生のこれまでの研究人生に関してで、普段聞けないような話をうかがうことができた。 自分も頑張ろう、と思わせていただける内容で、やはり参加してとてもよかった。

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October2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 31 10月 2020.

2020年10月を振り返って

これのためにここにいると言っても過言でない。卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズがついに始まった。 しかしながら、オンデマンド講義のため、Zoomを使った独自の収録方法で収録を続けているものの、反応がわからない。 本当、手探りである。 その収録も途中で途切れてはいけないので平日には作れない上に週2回のペースで作っていかないといけないため、土日に出て作る週末が続いている。 10月末時点で11回分を作成したので、残りはあと4回で先が見えてきた。 体力と気力の限界が来る前になんとか乗り切れそう。

その状況下で並行して科研費も書いて、共同研究者の方がの多大なる助力をいただいてなんとか締め切り前に提出できた。

7月以来となったが、共同研究の論文が一つ公表され、2020年に出版された査読論文8本、プレプリント含めると14本となった。

  1. TUATinsecta論文 (査読あり)https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z

それ以外にも転職後初めて獲得した予算での依頼出張を共同研究者にお願いして来てもらったり、ついに自らの外泊を伴う出張の手配をしたり。

大学のホスティングサービスの移行に伴い、bonohulabのウェブサイトも引越しを行い、https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/のURLでアクセスできるように。

しかしなんといっても一番大きなイベントは、博士課程後期の学生がラボに入ったことだろう。 社会人大学院生のため普段からラボにいるわけではないものの、これまでの自分1人のラボという状態とは違う。 今後も人がさらに入る可能性を想定して、机や椅子、パーティションなどを買って準備したのも今月の大きな変化であった。 その結果、ラボに入って右側は激変し …

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VariantRecipe 1month

Written by Hidemasa Bono in VariantRecipe on 日 25 10月 2020.

バリアントレシピ本出版1ヶ月

2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(以下、バリアントレシピ本)が出版されてから早いもので1ヶ月が経過した。 無事、Amazonでの発売も開始され、今月(2020年10月)頭に広島であった日本癌学会学術総会でもお披露目がなされた。 例年であればこの時期に色々行われる学会年会や大会などで書籍展示があり、そこで実際に手に取って見てもらう機会があって、twitter上でその反応があったりするのを楽しみにしていたのだが。 今年はしょうがないですね。 それでも何度かその分野「遺伝学・遺伝子工学」でのベストセラーとなってたり。

どんな中身か、ちょっと見てみたい方向けに、TogoVarの解説の部分がWeb立ち読みコンテンツとして公開されているようなので、そちらを読んで雰囲気を確認し、まだお持ちでない方はぜひポチってください。

ヒト関係の研究者だと(おそらくもうすでに)バリアントデータ解析は避けては通れない事項になっているし、またそうでない分野の研究者であっても以下のtweetに書かれているようにすぐに必要となる解析かと。

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TUATinsecta paper

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 10月 2020.

TUAT insecta論文公開

2020年10月15日、TUATinsectaデータベースの論文が公開された。 昆虫とそれが食べる植物(食草)の関係をデータベース化して、そこから見つけてきたことを掘り下げてまとめる、というDB利用の理想的なカタチにまとまっている。

Construction of TUATinsecta database that integrated plant and insect database for screening phytophagous insect metabolic products with medicinal potential https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z

東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学(昆虫系)研究室との共同研究だが、あくまで先方がメイン。 私はその公開にあたり、TOGODBを使うことを勧めたりとか、そういう脇役での貢献。

2020年は、これで査読論文8本目、プレプリント含めると14本目。 そして …

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Bioinformatics Lecture 2020 halfway

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 10月 2020.

バイオインフォマティクス講義収録折り返し

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の8回目の収録を終え、ようやく半分の収録を終えたことに。 見ての通り、訪問者のない土日や祝日を利用して収録している。

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Relearn Metabolism

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 10月 2020.

忙しい人のための代謝学

とあるきっかけで、忙しい人のための代謝学〜ミトコンドリアがわかれば代謝がわかる 田中文彦 羊土社をご恵送いただく。 網羅的な教科書というよりは「学び直し」のとっかかりを作ってくれる本で、ここで再び目にしたことを元に分厚い教科書の該当項目を見返す、そういう使い方が想定されているのではないだろうか。

忙しい人のための代謝学

これまで長年にわたって研究活動で代謝経路というか、代謝マップとにらめっこしてきた私にとってはもちろん断片的に知識として蓄えてきたことが多く書かれている。 しかしながら、この著者の先生の捉え方や医学的な経験を元に、非常に明快に各項目が解説されている。 医学的な視点というのはやはり自分には欠けており、これまでとは違う角度から代謝学を学び直すことができた。

これからも、いやこれからはもっと眺めることになるはずなので、この知識はきっと活かされることになるだろう。 素晴らしい本のご紹介、ありがとうございました!

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2020 Nobel Prize in Chemistry

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 07 10月 2020.

ゲノム編集で2020ノーベル化学賞!

昨年2019年10月7日に低酸素研究で共同研究者たちの師匠であるGregg L. Semenza先生が2019ノーベル生理学・医学賞を受賞された。 奇しくもその2週間前に日本癌学会学術総会と関西医科大学でダブルヘッダーで講演を拝聴しており、自分がここ10年以上関わってきた分野での受賞をとても嬉しく思っていた。

そしてその一年後の同日、2020年10月7日。 今度はゲノム編集のための手法の開発でEmmanuelle CharpentierさんとJennifer A. Doudnaさんのお二人が2020ノーベル化学賞を受賞された。 この4月からゲノム編集の卓越大学院(ゲノム編集先端人材育成プログラム)のバイオインフォマティクス教育を本務として、ゲノム編集イノベーションセンターで仕事をさせていただいたおり、またもや近しい分野での受賞となってとても嬉しく。

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Symposium105 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 05 10月 2020.

オンラインのトーゴーの日シンポジウム2020

10月5日は、トーゴーの日。 今年でついに10回目だが、やはり今年はトーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 今年からはついに、なかのひとではなくなったがポスター発表を。

もはや「ポスター」という名称は不適切かな、とzoomの画面共有を使って受け答えしていて思った。 スクリーンショット取るな、とかそういう要請もどうなんだろう、と。 そもそもCC-BYで「ポスター」コンテンツ出しているんだし。 チャット機能の無効化もなんか寂しい感じがした。 そこが荒れるのが嫌なのであれば、せめてハッシュタグ決めといてTwitterなどで場外議論とかを誘導してもよいんじゃないかと。

いろいろとモヤモヤが残ったオンラインなトーゴーの日だった。

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pre sakamatsuri

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 04 10月 2020.

酒まつり2020前哨戦

10月1日にお客さんを連れて賀茂鶴さんに行くと、日本酒の日、ということで。

本来なら酒まつりで出すはずだったお酒が売っていたので、もう買うしか選択肢がなく。 今年は10/10,11にオンラインで酒祭りをやるということで。 盛り上げて参りましょう。

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79th JCA

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 03 10月 2020.

第79回日本癌学会学術総会

今年2020年の癌学会学術総会は、広島での開催だった。 ちょうど自分が広島に異動して、いいタイミングで多くの人と再会し、またその前後に多くの人が新しいラボにきてくれるものだと思っていたのだが。。

COVID-19のため、多くはオンライン開催となり、シンポジウムなどの一部のみがオンサイト(オフライン)開催となった。 幸い自分の発表(演題名:Development of genome editing data analysis environment for cancer research)はシンポジウム(ゲノム編集によるがん研究と治療への展望)に選んでもらったため、オンサイトとなり、これまでの学会と同じように会場に行って話すこととなった。 ただ、聴衆の数は例年に比べてワンオーダー少なく、20人ほどだった。 自分の発表時には、オンラインでは40アカウントほどアクセスがあったらしいと聴いてくれた人から教えてもらった。 中身としてはこれからやっていく内容に関してちゃんと発表できたので、それはそれで良かったのだが。

企業展示もオンサイトではなく、唯一あったのが書籍販売だけ。 それも例年よりも小規模で、せっかくこの時を目指して「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」の出版を間に合わせたのにちょっと残念な感じで。 オンラインの方でもっと盛り上がってくれるとありがたい。

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You are (not) alone

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 10月 2020.

ぼっちラボでなくなった?

大学院は10月入学もありまして。 生命医科学プログラム博士課程後期の社会人大学院生として入学された小野さんが、bonohulab最初の学生として今月2020年10月から所属することになりました。

社会人大学院生はお仕事がメインでその合間に大学院での研究をされるというハードなものですが、それでも学びたいという熱意に敬服。 そういうわけで、学生が増えたものの、普段からラボに物理的に居るわけではなく、ぼっちラボは事実上継続。

また、来年2021年4月入学の博士課程前期(いわゆる修士課程)ならびに博士課程後期の学生、募集中です。 おそらく今月中頃には募集要項が出るのではないかと。

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September2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 9月 2020.

2020年9月を振り返って

ついに来月10月からとなった本務中の本務である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の準備がメインの毎日。 オンデマンド対応が必要となって、収録を開始するなど。 PowerPointのプレゼンテーションだけで完結せず、ウェブブラウザやターミナルを多用する講義に対応すべく、Zoomを使った独自の収録方法を採用して。 また、今回初めての試みとして、WSL2を使うことでWindows10上でも同様のコマンドライン操作ができるように配慮、実際にそれをできる限り確認しながら。

もちろん、ひき続き予算獲得のための諸々も並行して、月末には科研費も取り掛かり出した。 その合間に書き溜めてきていた、研究生活25年の節目を振り返る「ゲノムと私の四半世紀」を公開。 それは、研究生活10年目の時に「RNAと私の10年」として書いたものの流れで、今度はゲノムを、ということで。

今月(2020年9月)も先月に引き続き論文発表等なしだったが、ついに、このブログでも言及してきたように、前職時代から企画してきた今月9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」が出版。

凸版印刷様のソーシャルイノベーションニュースでbonohulabの取り組みを紹介していただいたのも、今月9月のはじめに公開された。

結局今月も、転職後半年経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。 しかし、外泊を伴う出張の予定が入りったり、外部での講演依頼が出始めてきた …

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WSL2 for Bioinformatics

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 9月 2020.

WSL2でバイオインフォマティクス

Windows Subsystems for Linux2(WSL2)を使って、ubuntuをインストールしたことは2ヶ月ほど前のエントリに書いた。 その際、いくつかのツールがaptの仕組みを使ってインストールできることも確認し、実際に重めのBLAST検索をやってみるなどもうまく行った。

実際のバイオインフォマティクスの現場で使えるか? それを検証するためにこのqiitaの記事Dockerのドキュメントを参考にDockerをインストール、cmatrixを動かしてみたり。

% docker run --rm --log-driver none -it beezu/cmatrix

これでMacと同様にDockerなツールをお試しで動かしてみるということもWSL2上でできるはず。

さらに使いやすくするために、Biocondaをインストールするなど。 普通にBiocondaのドキュメントの通りインストールするだけだが、特に何かコツがあるわけでもなくWindowsではなくLinuxとしてインストールするということだけ。 Biocondaが入ったら

% conda install -c bioconda emboss

などとすると普通にEMBOSSがインストールできる。 これでEMBOSSのプログラム資産が利用できる。 なんて素晴らしいことではありませんか。

その際 …

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drbonodojo 1year

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 土 26 9月 2020.

道場本出版1年

今日(2020/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸一年。

その間、転職によって自分の立場も変わり、国立研究所の研究員から国立大学の特任教員となってバイオインフォマティクスを教えることが本務となった。 そして今、まさに道場本を教科書とした授業のため講義の録画に勤しんでいる自分がいる。 それを予測して本を書いたのか、と訊かれることもあるが、いずれはそうなって欲しいと思って書いた、というのが正直なところ。 一年でこうも立場が変わってしまうことに諸行無常を感じる。

2019年は4冊ほど自分の名前が表紙に入った本を出したが、やはり自分1人で隅から隅まで書いたこの道場本は愛着が深い。 一年で動かなくなっているところも出てきているが、それは今準備している講義の副産物として訂正され、なんらかの形で正誤表が出せれば、と思っている次第である。

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VariantRecipe for sale

Written by Hidemasa Bono in VariantRecipe on 金 25 9月 2020.

バリアントレシピ本発売開始

ついに本日、2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(以下、バリアントレシピ本)が発売。 現状、リアル書店かY社直販などだけで、Amazonでの発売は来週以降らしい。

待ちきれない方向けに、TogoVarの解説の部分がWeb立ち読みコンテンツとして公開されているようなので、そちらを読んで雰囲気を確認してポチってください。

福岡での昨年2019年の日本分子生物学会年会で企画を開始し、初動が早かったおかげで、その後10ヶ月で出版にこぎつけることができた。 初動が早かったのはもちろん編者の転職が予定されていたから。 編者が転職してしまうなどがあったにもかかわらず、予定通りに出版できたのは素晴らしい。 ほとんどそれによる影響がない部分にまで進められていたのは、Y社の編集者の段取りの良さに他ならない。 ありがとうございました。

バリアントレシピ本を手に取った際には、中身はもちろんのこと、以前とは異なる編者プロフィール写真をお楽しみください。

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My way for making lecture movie

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 22 9月 2020.

私の講義動画作成方法

講義動画作成に頑張っていらっしゃる学校の先生方、おつかれさまです。 今年度からは自分もその立場となり、10月からは対面授業になるかもという淡い期待もくだかれて講義前の動画作成に励む毎日を送っています。

5月の初講義の際には自分は、学生さんが講義をうける1週間前に1人で講義室に行ってビデオカメラで撮られるという無観客試合ならぬ、無生徒授業を。 ただ、このやり方は事務の方が動画を回収してアップロードして、という具合にコストが高く、また取り違えなどの心配もあってあまり推奨ではないイメージ。 それとは別のやり方でPowerpointの各スライドに音声を吹き込んで動画を作成するという手段が一番普及している模様だが、それでは先生の顔が見えないという苦情もあるらしく。

しかしながら自分の講義の場合、Powerpoint以外の他のアプリケーション(ウェブブラウザやターミナルなど)を多用し、またハードディスクなどの周辺機器を使ってみせることもあるので、Powerpointだけで完結しない。 だからこそ、演習形式での授業としたかったのであるが、こういう状況なのでしょうがあるまい。

そこで、どうしたらいいか、いろいろ考えたところ、身近なところにsolutionがあった。 Zoomである。

Zoomにはオンライン会議を収録して動画(mp4形式のファイル)で保存する機能がある。 すなわち、ひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録すれば良いだろうと。 Zoomで普通にオンラインミーティングをする感じで「新規ミーティング」を開始し、あとは「レコーディング」ボタンを押せば収録が開始される。 そのままの状態で画面の向こうの聴衆に話しかけたり、デバイスを見せたりもできるし、また「画面を共有」してスライドの画面やデスクトップを見せることもできる。 Zoomで良いのはそうやって「画面を共有」している間もこちらの様子が右上に小さく表示されることだ …

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Ocho lemon wine

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 20 9月 2020.

大長檸檬酒

「おおちょうレモンしゅ」と読む。 客人がお土産として買って、逆に勧められた逸品。

メーカーの中尾醸造さんのウェブサイトによると、

国産レモン発祥の地といわれる瀬戸内海に浮かぶ大崎下島豊町。この地で、品質・栽培面積ともに全国一を誇る「大長レモン」のしぼりたて天然果汁をふんだんに使用し、独自の製法で発酵熟成させた世界的にも珍しい極めて純度の高いレモン酒です。(1本当たりレモン5~6個相当の果汁を使用)

レモン果汁を発酵させて作っているとのこと。 レモンリキュールにありがちな甘ったるい感じは無く、さっぱり。 リピートしそうな感じ。

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VariantRecipe for whom

Written by Hidemasa Bono in VariantRecipe on 土 19 9月 2020.

バリアントレシピ本の想定読者

いよいよ来週末の2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(以下、バリアントレシピ本)が発売となる。

流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。 早く手に入れたい方はリアル書店かY社直販などにてゲットするのが良いだろう。

ヒト培養細胞で実験されている方は、その研究対象の細胞のゲノムが公開されていればもっと研究に役立つのに、と感じることも多いのではないかと。 実はそういうデータがないわけではなく、すでに解読されているのだけれども、ヒト個人の遺伝情報まで解読されてしまっているためにcontrol access下にある可能性が十分にある。 例えば、HeLa細胞のゲノムなどがその典型であろう。 そのような普段からヒト培養細胞を使って、ターゲットはそれぞれにさまざまであるものの「実験」している方にうってつけの内容ではないかと。 ぶち当たったリファレンスゲノムとの違いは、実は生物学的に意味があるものであるかもしれない。 その解釈に役立ててもらえれば幸いである。

そういった多型情報を、公開されているレベルでうまく使いこなし、必要であれば、control accessの情報も使うようにする、という対応が必要となってくる。 その辺りの情報は体系的に得られるものではなく、今現在の状況を断片的に知る形でしか得られない。 バリアントレシピ本は、そういった情報が満載といっても過言でない。

がんの研究をしていてもその変異はこれまでgermlineの多型としてよく知られているものかもしれない。 逆もそうで、がんで知られている変異が参考になる場合だってあるかもしれない。 そのような情報の「引き出し」にこの本で紹介しているデータベースやツールが役に立てば、と。 そのような知のめぐりをよくするところにこの本が寄与できれば、編者としての役割を果たせたことになる。

「多型=カラフル …

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VariantRecipe chapters

Written by Hidemasa Bono in VariantRecipe on 土 12 9月 2020.

バリアントレシピ本の章立て

今回出版する「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」は、その第一報と同時にAmazonでのエントリのみならず、出版社(羊土社)のウェブページも公開された。

バリアントレシピ本

ここにもその章立てを紹介し、編集した意図を簡単に紹介しておく。

  1. バリアントデータを検索する(世界)
    • (1)興味ある遺伝子の数塩基多型・構造多型を調べる 〜dbSNP,dbVar
    • (2)興味あるゲノム領域にみられるバリアントを調べる 〜gnomAD(ノマド)
      • [COLUMN]ヒト以外のバリアント情報の検索と比較
    • (3)Pathogenic なバリアントを調べる 〜ClinVar
      • [COLUMN]OMIMとNCBI 〜疾患関連のリソース
    • (4)アクセス制限されたデータベースから,興味あるバリアントを保有するデータを探索・利用する 〜GA4GH Beacon とNBDC ヒトデータベース
    • (5)病名・遺伝子名・バリアントのID …

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