Yet another FANTOM preprint
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 13 5月 2022.
シン・モデル生物の機能アノテーション
ちょうど一年前の今日2021年5月13日にアマミナナフシの機能アノテーシ …
Category: misc
Nature observation at Higashihiroshima Campus
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 5月 2022.
東広島キャンパスの自然観察
TWitterでこれまで2年ほど過ごした勤務地に関わる本「東広島キャンパスの自然観察」が出 …
April2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 4月 2022.
2022年4月を振り返って
今月でついにこちらにきて3年目が始まった。 学生の数が3人から6人に倍増し、それに起因 …
2nd Onsen Informatics 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 4月 2022.
2022年第2回温泉インフォマティクス研究会
新年度に入って色々と頭の中で整理すべき事柄が多くなって、開催。 色々いい …
Jxiv
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 4月 2022.
Jxiv
昨年度末の慌ただしい時期に公開された、科学技術振興機構(JST)によるプレプリントサーバーで、ジェイカイブと読 …
RG abandons RG score
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 4月 2022.
ResearchGate、RG scoreやめるってよ
最近そういえばRG scoreが自分のResearchGateのページに出てないなと思っていたら。 どうやら、2022年7月でや …
March2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 3月 2022.
2022年3月を振り返って
今月でついにこちらにきて丸2年。
月頭には3回目のワクチン接種。 そして月途中でマンボウ …
BioDX outreach event 2022 done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 3月 2022.
ミライ牧場イベント1st無事終了
2022年3月26日(土)開催の「生命科学のミライを知ろう！ゲノム編集・バイオインフォマ …
Shutoiten 2years
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 3月 2022.
酒都移転2年
今日2022年3月25日で酒都西条に移転して丸2年。
1年目から継続してCOVID-19の影響で出張が満足に行けな …
Takuetsu Online Symnposium 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 3月 2022.
ゲノム編集卓越大学院プログラムオンラインシンポジウム2022
2022年3月19日（土）に卓越大学院のシンポジウムとして …
Open Lectures 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 3月 2022.
大学の公開講座2022
ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～ の3回シリーズの2回目で「みんなのバ …
syllabus2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 3月 2022.
シラバス入力
今年もシラバスを記載する季節が。 卓越大学院の方からは依頼があってそれを知るが、去年同様特に連 …
BioDX outreach event 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 3月 2022.
バイオDXのアウトリーチイベント2022
2022年の計で書いた
- アウトリーチ活動に注力し、より多く人に理解してもらう
が …
customizing ikra
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 09 3月 2022.
異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行
ikraは、発現定量するFASTQファイルのファイル拡張子として、デフォルトではfastq（厳密 …
COVID-19 Vaccine 3rd shot
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 3月 2022.
コロナウイルスワクチン注射3回目
去年（2021年）7月末日に2回目を打った時はまさか次があるとは思わなかったが …
Feburary2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 2月 2022.
2022年2月を振り返って
今月もずっとマンボウ地域入りで、県外には出れず。 予定していた2つの研究会へオンサイト …
Routinely uniq
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 2月 2022.
uniqコマンドのオプション
さまざまな事情でuniqコマンドにはお世話になっている。
多くはsortコマンドと共に、sort -uとい …
Python for Bioinformatics 2nd Eds seminar done
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 22 2月 2022.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 輪読終了
bonohulabでの教育プログラムにも書いてあるように、研究室セミ …
NIG-JOINT 21 for insects
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 21 2月 2022.
21年度遺伝研研究集会「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」
国立遺伝学研究所研究集 …
Registering to DB for non-model RNA-Seq
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 2月 2022.
非モデル生物RNA-Seqの際のDBへの登録
RNA-Seqデータの公共データベースへの登録手続きは、「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄 …
CBI seminar 431st done
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 2月 2022.
第431回CBI学会講演会done
「バイオ、化学、製薬業界で進むデジタルトランスフォーメーション（DX）」というテーマの講演会に …
COI-NEXT continued
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 2月 2022.
COI-NEXT本格型へ昇格！
2020年12月というと2年前のようだが、正確には1年2ヶ月前。 現在所属の機関がJST共創の場形成支援 …
Special Issue "Insect Genome and Transcriptome Data"
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 2月 2022.
InsectsでSpecial Issueやります
Insectsにて、Insect Genome and Transcriptome Dataと題したSpecial IssueのGuest Editorを農研機構の共同研究者たちと共にすることに。 その名の …
align_and_estimate_abundance.pl is not included in Trinity Docker image v2.13.2
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 07 2月 2022.
Trinityの発現定量スクリプトがDockerにない
前は動いたはずなのに…。
Trinity in Dockerにある例の
docker run -vpwd:pwdtrinityrnaseq/trinityrnaseq /usr/local/bin/trinityrnaseq/util/align_and_estimate_abundance …
1st Onsen Informatics 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 2月 2022.
2022年第１回温泉インフォマティクス研究会
ずっと缶詰になっているのも毒ということで、開催。 色々いいアイデアを浸透 …
January2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 1月 2022.
2022年1月を振り返って
今月は、華麗に加齢な上に。過冷な毎日だった。 年明け前から再び増え出した新規COVID-19感染者は増 …
Cite papers by DOI!
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 1月 2022.
論文はDOIで引用しよう
論文を引用するとき、今、ウェブブラウザで見ているURLを貼り付けるのが便利だが、それでは危 …
Searching fulltext of papers
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 1月 2022.
論文全文を探す方法
2020年代の今、多くの論文がオープンアクセスとなっていてインターネット検索によって自由に …
ScanSnap access from Monterey
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 1月 2022.
MontereyからのScanSnap
どうしても必要な事務書類は、別の部屋に借りに行く方式で、ラボにプリンターを廃止してなんとかやっ …
Bottom right corner of the screen
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 1月 2022.
画面の右下
新しいM1 Mac with macOS Monterey (12.1)、基本的に快調に使えている。 ScanSnapが反応してくれなかったり、プリンタドライバーが …
Hiroshima Bio Forum 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 1月 2022.
令和３年度広島バイオフォーラム
広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演 …
Biomedicines SI E-book
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 1月 2022.
Biomedicines Special Issue E-book
BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic Potentialに掲載された論文を集めた、同名のE-bookが出版された。
ISBN 978-3-0365-2912-7 (Hbk); ISBN 978-3-0365-2913-4 (PDF) DOI: 10.3390/books978-3-0365-2913-4 © by the authors Hypoxia-Inducible …
BioDX.org
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 1月 2022.
一般社団法人バイオDX推進機構
天赦日と一粒万倍日が重なる「最強の吉日」という2022年1月11日に一般社団法人バイ …
RNAseq handson 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 1月 2022.
RNAseqハンズオン＠阪大
かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3 …
networkQuality command
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 1月 2022.
コマンドラインでネット速度測定
ニュース見てたら、こんなものを発見。
“｢ターミナル｣を開いたら、｢networkQuality｣と入力して（大文字 …
Moving to M1 Mac
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 02 1月 2022.
M1 Macへの引越
最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなく …
Plan 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 1月 2022.
2022年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。
明けましておめでとうございます🎍今年も …
Review 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 12月 2021.
2021年を振り返って
ラボをはじめて2年目の2021年は、飛躍の年になった。 研究室関係のニュースはラボのニュースに取 …
December2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 12月 2021.
2021年12月を振り返って
大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し …
It's been a hard week 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 25 12月 2021.
2021年末、怒涛の1週間
月火水、東へ西へそれぞれ別の2つの出張。 後半の木金は来客という怒涛の1週間。 そして、土には …
Nights in hotels 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 12月 2021.
2021年出張外泊数
去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対し …
Mid-term presentation of master's thesis 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 12月 2021.
修論中間発表会21
今年度からの取り組みということで、修論中間発表会が土曜日に。 所属プログラムでは別に10月に …
Wise2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 12月 2021.
Wise2で直接DNA-protein alignment
EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのは …
Press release for meta-analysis paper for oxidative transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 12月 2021.
酸化ストレストランスクリプトームメタ解析論文のプレスリリース
今月（2021年12月）に出版されたトランスクリプト …
November2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 11月 2021.
2021年11月を振り返って
Bioinformatics Lecture 21 over
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 11月 2021.
バイオインフォマティクス講義終了
2021/11/24で2021年度の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義15回目の配信 …
Research Field Trip
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 11月 2021.
研究社会見学
bioRxivに論文をアップして一息、というタイミングで、SPARQLthonに参加していろんな人がさまざまな研究をしてい …
Online seminar in the Japanese Association for Cancer and Hypoxia Research
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 11月 2021.
がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021
がんとハイポキシア研究会オンライン講演会2021で「Bonohulab誕生 ～その経緯 …
Home Coming Day 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 11月 2021.
第15回広島大学ホームカミングデー
広島大学ホームカミン …
The First Business Trip to Tokyo 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.
2021年度初東京出張
2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。
全く電池が持た …