「おおちょうレモンしゅ」と読む。 客人がお土産として買って、逆に勧められた逸品。
メーカーの中尾醸造さんのウェブサイトによると、
国産レモン発祥の地といわれる瀬戸内海に浮かぶ大崎下島豊町。この地で、品質･栽培面積ともに全国一を誇る｢大長レモン｣のしぼりたて天然果汁をふんだんに使用し、独自の製法で発酵熟成させた世界的にも珍しい極めて純度の高いレモン酒です。(1本当たりレモン5～6個相当の果汁を使用)
レモン果汁を発酵させて作っているとのこと。 レモンリキュールにありがちな甘ったるい感じは無く、さっぱり。 リピートしそうな感じ。
「ハダカデバネズミのひみつ」で紹介されているdebalabがちょうど熊本に移り始めた時に、その熊本で開催された国内版バイオハッカソンBH17.11の際に盛り上がっていた酒米のDB化の話。
きっと、広島開催のBH20.9でもそのネタで盛り上がるに違いないと思って、自分も「酒米ハンドブック」を買っておいた。
やはり、会場ではその話題になって、良い交流ネタになったようだ。 今後醸し出される展開に期待したい。
国内版バイオハッカソンBH14.14の帰りにふと北大に寄り道したことがきっかけとなって始まったハダカデバネズミの共同研究。 それも始めてから早いもので5年になろうとしている。 その間に先方のラボも熊本に移り、私も…。 そんな時に「ハダカデバネズミのひみつ」という本が出るよと教えてもらって。
もちろん、長年に渡って共同研究しているので、生物学の研究において重要な「ドメイン知識」としていろいろ知っている。 しかしながら、その知識を埋めるいろいろなことはやはり知らないことも多々あるわけで。 一読して思ったのは、そういった知識の境目を埋めるのに最適な本だった。 p111に出てくるハダカデバネズミのiPS細胞の研究とかも一応co-authorでいっちょ噛んでいるわけだが、 特に彼女らが今育てているハダカデバネズミはどこから来たのか、その研究を始める前はどういった状況だったか、この機会に初めて知った。
なので、この動物に関して興味を持った人、是非読んでみては？
初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソーシャルイノベーションニュースという冊子の特集「ゲノム編集とデジタル技術が拓く未来」で出していただきました。 取材自体は写真撮影と90分ぐらいのインタビューの二回に分けて、後者はリモートでのオンラインで。
20200902 凸版印刷様のソーシャルイノベーションニュース vol.08 ゲノム編集とデジタル技術が拓く未来において、坊農とbonohulabの取り組みが紹介されました(p12-14) https://t.co/ItWDnrlnP9 #bonohulab pic.twitter.com/X7S73qBxwD
— bonohulab (@bonohulab) September 2, 2020
私がこれまでやってきたこと、その上でbonohulabでこれからやっていこうとしていることが客観的にまとめられています。 是非ご一読ください。
ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。 中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を（転職後初めて）1日いただいた他は、カレンダー通りに動いた。 そして、今月上旬に出していた広島県商工労働局による令和2年度 ものづくり価値創出支援事業 未来ニーズ探索型F/S研究開発補助金に提案課題「バイオ×デジタルトランスフォーメーション（BioDX）を加速するデータ解析基盤技術の開発」を採択していただいた。 これで、ついにいわゆる「ウェット」な研究を開始できる。 本当、感謝しかない。
今月(2020年8月)は論文発表等なし。 色々出したからか、査読の依頼はまた来るようになり、まともそうなところだけ受けるように。 だいぶ以前のように戻ってきた感じがする。
しかし、結局今月も、転職後5ヶ月経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。 10月の学会はシンポジウムでの発表に選んでもらったが、ハイブリッド開催で多くの人と再会できる感じもなく。 まだまだ元には戻ってはいない。 いつまでこの状況が続くのだろうか。
東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室によるイベント。 そのウェブサイトによる説明は以下の通り。
本イベントは、2015年から京都大学で「あなたの不得意は誰かの得意。そして逆に、あなたの得意は誰かの不得意。」として毎年開催されている学際的研究を創出するイベント「学内良縁プロジェクト 京大100人論文」を、広島大学と東広島市産学金官連携推進協議会の共催で行うものです。研究者（博士課程後期の大学院生含む）や企業の方に、オンラインでの交流の場を提供することを目的としています。
異動してきたばかりの私にはうってつけということで、「研究・事業紹介者として」エントリした。
この1週間でコメントはつかなかったが、いくつかコンタクトがあったり、こちらからしてみたり。 詳しく話を聞くフェーズにまでいった案件もあり。 とても良い交流の機会でした。 関係者の皆様、準備おつかれさまでした。
学内掲示板のみならず、メールによる配信や紙媒体で参加を呼びかけるチラシまで配られていた割には参加者が少なかった。 普段からすでにしていて不要なのか、異分野交流に興味がないのか、日常業務が激務すぎるのか。 今年に関しては、授業準備がオンライン対応で大変になっており、最後の可能性が高い気がするが。
広島大学大学院統合生命科学研究科山本先生と佐久間先生によるゲノム編集に関するウェビナーに参加。 羊土社とメルクが主催ということで、2019年12月に出たゲノム編集実験スタンダードの宣伝が前面に出るのかと思っていたが、それだけでもなく。
他の出版された本からの図や先日出版された「ゲノム編集とはなにか」の話とかもあったりで。 むしろ、ウェビナーで配信して著作権的に大丈夫なんだろうかと思ったりもしたが。
内容としては、ウェビナーに参加することで大変勉強になった。 これまで本を読んでゲノム編集に関することを勉強してきたが、まだまだ抜けている知識は多数あるなあと。 実際の実験手法に関しては特に。 「六十の手習い」ということばもあるぐらい。
学ぶのに遅すぎることはない(It's never too late to learn)
通院で、約半年ぶりに東京というか関東へ。 前日の仕事終わってから飛んで宿泊という一泊二日のコース。 大手町の某有名チェーンのホテルが4,030円とか、あり得ない値段。
n=1の印象でしかないが、空港からの移動で感じたことは、前の同じ時間帯より人は減った感じだが、それでも思ったよりは人が多い印象。 翌朝も通勤ラッシュが怖かったので、皇居伝いに徒歩で移動するなど。 ラッシュ時間帯を避けて地下鉄も乗ってみたが、まあこれまでと変わらない印象。
でも、東京と地方を移動する人は少ないのか、予約していたフライトはキャンセルになって、2時間後の最終便になるなど。 ただ、そのおかげで急にやってきた書類仕事に余裕を持って対応することができたのは怪我の功名か？
それにしても、元に戻るのはいつごろになるのだろうか。 以前のように自由に出張できるように早くなって欲しい。
朝食のご飯のともにいろいろな味付海苔を試してきたが、結果としてやま磯というローカルな味付海苔メーカーの朝めし海苔に落ち着こうとしている。 そのやま磯が出しているラインナップにゆかり®味のりカップＲという味のりを見つけた。 商品説明に曰く、
口どけのよい海苔に三島食品の人気商品「ゆかり」を使った調味だれで味付けし、美味しくさわやかな赤しそ風味の味付海苔に仕上げました。
でも、ゆかり®をふりかけたご飯に味付海苔で食べたら同じだろう、そんなふうに思っていた。 一度騙されたと思って、このゆかり®味のりを買って、食べてみたところ…。
味のりにゆかり®が仕込まれてて、また別のうまさが！ とてもうまいので、是非リピートしたいところだが、課題はコストパフォーマンスかな。 もちろん通販でも売っていますが、こちらのスーパーでは1個から売ってますので来られた際にはぜひ探して買っていただいてご賞味ください。
野球の話じゃなくて、自分のこと。 なかなかにむづかしい、研究費獲得。
もちろん現職は卓越大学院の教育が本務なので必須でないといえばそうなのだが。 研究活動を進めるには、それをやれるだけの原資がないことにはどうしようもない。 引き続き、がんばっていこう。
人材育成の話の流れから、いつもこの話になる。 そう、「統合牧場 (togofarm)」を現職場でやろうという。 しかしながら、現在の「withコロナ」の状況では公にそういう企画には走れない。 統合牧場とは、2007年にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)ができた時からやっていた大学院生(Research Assistant: 略してRA)による組織である。 RAさんは、OJT（On-the-Job Training、オン・ザ・ジョブ・トレーニング）方式で、動画でDBやウェブツールを紹介する統合TVのコンテンツ作成や（当時その黎明期だった）NGSデータ解析、生命科学分野の日本語文献やPubMedのfulltextを使ったテキストマイニングなどを行っていた。 詳しくは以下の動画などを。
この動画は、2014年2月24日に開催した第5回統合牧場収穫祭で「統合牧場とは何だったのか?」と題して移転してなくなる直前に統合牧場に関して総括した発表で、その月末にそれまでの東大本郷キャンパスから統合牧場移転となった。
それから6年経って、大学の教員に転職して、また統合牧場的な活動をやろうとしたら、学生さんにラボに来てもらってというようなことができない状況で。 当初は、統合TV作成に興味のある生命科学系の学生さんを呼び込んで、動画作成などのアルバイトから始めようと思っていたのだが …
講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編集とはなにか」が本日2020年8月20日に出版。
まだ入手してないので、ゲットしたら加筆の予定。
(2020年8月28日加筆) 読了。全体的にわかりやすくまとまっていた。 DBCLS時代に一部かかわった、CRISPR-Cas9のガイドRNA設計ツールCRISPRdirectについても図5-1で触れられており。 しかしながら、部分的には難しいところもあるんじゃないかと。 ある程度は知っているつもりだった私も、読み流すことができずにじっくり読んで理解しないといけない部分もいくつかあった。 逆にいうと、ゲノム編集に対する知識の補完をすることがことができ、非常に勉強になった。 ゲノム編集技術のCOVID-19に対する応用への期待まで触れて書かれている一般向けの文書って現状ないだろうから、是非読むべき。
研究室生活（ラボライフ）を説明するのにいいリファレンスはないかと探したら、やはりあった。
自分のラボに毎年入ってくる学部4年生に読んでもらう文書を書籍化されたのがこの本らしい。 今から8年前の2012年の出版でちょっと古くなってしまっている部分はもちろんあるものの、 「研究室とは」や「研究室生活のマナー」など最低限知っておいて欲しいことが書いてあるので、 研究室にきた学生に一読しておいてもらうにはうってつけの内容。
これでうちに学部学生が入ってきても安心。 問題はその予定が今のところないことだが。
Withコロナの状況でのオンラインオープンキャンパスが今週(2020/08/17-23)開催されている。
https://open.campus.hiroshima-u.ac.jp/
からアクセス可能。
ちなみにゲノム編集イノベーションセンターは物理的にはこのマップの外に位置するのだが、マップ中の「理」、つまり理学部からアクセス可能。
是非ご覧ください。
データ可視化関係で、データ視覚化のデザインという新刊があると聞いて、買ってみて読んでいる。
普段可視化する（グラフを作る）時に無意識のうちに心掛けていることが明示的に書かれていて、これから取り組む人にそれを教える時には便利だなと。 当方、デザインセンスがないので、第2章にある色の例とかが参考になる。 そういうわけで、色々役に立ちそうな一冊。
今年(2020年)に「応用昆虫学」の教科書が全面改訂されて出版されたということで、それを購入して勉強中。
前回の2016年の国際昆虫学会(International Congress of Entomology 2016)でお世話になった、今年度から摂南大学にうつられた石川先生が書かれているということもあり。 石川先生は、教科書を著されるような先生にもかかわらず、自らRNA-Seqデータ解析を手掛けられるなど、積極的に新しい技術を習得されようとしていたのを応用動物昆虫学会年会の小集会で教える側として見ており、逆に自分もそうして行かないといけないな、と。
It's never too late to learn.(学ぶのに遅すぎることはない)
もちろん、部分的に調べて知っている部分ももちろんあるのだが、全容を通して学んだことはなく。 知識不足はいろんな局面で痛感していたので、この機会に一通り学ぼう、と。
読み進めると、自分が「木を見て森を見ず」の状態であることを気づかされる。 まとまった教科書の素晴らしさを痛感、ありがたく使わせていただく。
Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。
#!/bin/sh docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \ -t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.Predict \ -t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir
（Windows環境では …
新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。 Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。
まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログラムも入れて使う際に問題が起こる。 つまり、各種プログラムで必要とされるツールのバージョンの違いの問題である。 前にあったのは、HomebrewでインストールしたTrinityではsalmonを必要としているのだが、そのsalmonのバージョンは微妙に古くて、別の目的で使う最新バージョンのsalmonとカチってしまう。
そこで、メモリを多く積んだマシンをせっかく用意したのだし、Docker上で動かそうということで。 Trinityの公式ウェブサイトにはそのやり方が丁寧に書いてあるページ Run Trinity Using Docker があってその通りに
#!/bin/sh docker run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity \ --seqType fq \ --left `pwd`/sample1.left.fq.gz,`pwd`/sample2.left.fq.gz \ --right …
実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。 そういうこともあって、毎年8月には意識して過ごしてきたが、ついに広島にきてから初めての広島原爆の日を迎えた。 かといって、前のところみたいにサイレンが8時15分には鳴り響くわけでもなく、静かに黙祷を。 特に何事もなく1日が終わったが、それは今年がCOVID-19で特殊だったからかもしれない。 感染症の猛威が収まり、人が自由に行き交える日常に戻れるよう、祈念したい。
今の勤務先になって、以前よりも昆虫をはじめとする生き物に遭遇することが多くなり。 自分は、外来生物に関して知識がないことを痛感していたので、他の注文と同時にtwitterのタイムラインで見かけた侵略! 外来いきもの図鑑を購入。
副題が「もてあそばれた者たちの逆襲」と穏やかではないが、イラスト満載で楽しめる内容。 夏休みの課題図書として読む予定。
2020年4月からの勤務地は、梅雨の最中からヒグラシが夕方に大合唱。 セミの鳴き声を聴く機会が以前にも増して多くなった気がする。 そこで、少し詳しくなろうということで、Twitterを検索してみたところ、とても詳しい方が学内にいらっしゃることを知って。 しかも生物系の学科の方ではなく、数学系の先生の模様。 その方が出されたセミハンドブックを生協に注文したところ、ちょっと時間がかかったが、セミの最盛期には間に合った。
新書サイズで、それほど分厚くない本であるが、オールカラーで普通にセミの図鑑として楽しめる。 成虫だけでなく、抜け殻までどの種かわかるような「検索表」まで載ってて、素晴らしい。 鳴き声のデータへのQRコードがそれぞれのセミに対してあるなど、素晴らしい研究成果がまとめられている本。 これからのセミ観賞がますます楽しくなりそう。
ひき続き予算獲得のための諸々がメインの毎日だが、共同研究者の来訪が相次いだ7月だった。 ようやく、この7月になって外部資金も一つ獲得できた。
そして、6月は一本も論文発表がなかったが、7月に入ってからは合計3つの論文を公表した。
https://doi.org/10.1101/gr.254219.119https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9また、10月のバイオインフォマティクス講義に向けて、資料作成のためにVScodeにMarp拡張を仕込んだり、今月届いたThinkPadにWindows Subsystems for …
医療に役立つ 遺伝子関連Web情報検索 第2版が出版。 実は、事前にご恵送いただいていた。 より多くの人に遺伝子関連の情報を利用してもらうには裾野を広げる必要があり、そこにフォーカスした本という印象。 超初学者向けにとても良い内容だと思う。
4年前の2016年に初版が出ていた本の第2版で、学会会場でもよく売れていた印象がある本。 前半よりも情報量が増えて、よりインターネット上の遺伝子関連情報を使いこなすガイドとして充実している。 とくに、第6章「遺伝学的検査の報告書と結果の解釈および資格について」は、他書にない本書の特長で、参考になった。
統合TVもp120に「その他の有用なデータベース一覧」に紹介されているが、その存在が描かれているだけ。 この本で紹介している有用なDBのほとんど全てに統合TVの使い方動画があり、それぞれに個別にDOIが付与されている。 なので、各DBは統合TV動画のDOI付きで紹介していただければ、なお初学者にフレンドリーでよかったのではないかと。
先週届いた ThinkPad P15s に、Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)のインストールをついに完了。
実は、届いてすぐにqiitaの記事「WSL2導入｜WinアップデートからWSL2を既定にするまでのスクショ」を参考にインストールを試みたのだが、Windows 10の「バージョン 2004」がインストールできず。 そのまま、放置していたのだが、今日また新たにWindows updateが来ていたので、もしや、と思い再度チャレンジ。
BIOSの設定で仮想化に関わる部分がオフになっていたようで、そこをオンに切り替える必要があったが、それ以外はほぼ上記の記事にある通り。
最終的にUbuntu 20.04 LTSが利用可能に。
試しに、blastnとうってEnterすると、
Command 'blastn' not found, but can be installed with:
sudo apt …
TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではlessで見るとテキストなのに文字化け。
なのにvimで開くとバッチリ見える。
それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルとして処理するためには、UTF-8に変換する必要がある。
そこで、今回はiconvコマンドを使って変換することにした。
% iconv -f utf16 hoge.txt > fuga.txt
ってな具合に。
今月(2020年7月)から移動解禁になったところも多く、東広島に来てくれたお客さんを西条酒蔵通りに案内する機会が増加。 狭いエリアに実に7つの酒蔵が「密」に存在していて、十分歩いて回れる。 じっくり見て聞いても半日もあれば回れる感じです。
それらの酒蔵の中でも賀茂鶴さんは、オバマ大統領が来日された際に安倍首相と東京・銀座のすし店「すきやばし次郎」での会食で飲まれた日本酒がそこのだったと、いうことでかつて話題になった酒蔵。
また賀茂鶴さんは、見学スペースも広く、駅からも近い。 それゆえに、「仕込み」のブログエントリにもあるように、定番の立ち寄り場所となっており。 その時に自分も買ってみたのが、この賀茂鶴さんの純米酒仕込 梅酒。
酒蔵の方に、ロックでどうぞ、と勧められたのでその通りにしてみると…とても美味い。 私にとって、自信を持って東広島に来てくれたお客さんにお勧めできる逸品となりました。
kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生かした醤油が作られている。 この年度頭(2020年4月)からお世話になっている地域でもその例外でなかった。 こちらでは、江田島市の二反田醤油のだし道楽が有名らしい。
なんと、駅前に「だし」の自動販売機が設置されているほど（実は全国各地に設置されている）。
郷に入っては郷に従う、ということで、まずこのシリーズのうち「昆布入り」から入門。 この「昆布入り」は、Amazonには今出てないようだが、メーカーのオンラインショップで売っている模様。 卵かけご飯や豆腐にかけるほか、自炊の料理にも使ったりして、結局3ヶ月ちょっとで使い切った。
そこで次に、ということになって調べたところ、やはり江田島市の濱口醤油というところが「いりこの白だし」を出していて、こちらは近所のスーパーでも売っていた。
ということで、今回はこちらにチャレンジ開始！ 本当、言葉通り、出汁道楽。
7月になって来客が増えて来た。 その度にお客さんから「これは何？」と言われるのが、このタワー式電源タップ。
USBポートの給電も直接できて、アダプタいらず。 左のPowerjcを自分のデスク用に、右の取手付きのそれを会議用長机において使用中。 待機電力を減らすためにスイッチも多く、給電されないと最初は戸惑う方も多いが、なれると便利に使っていただいている模様。
ROIS-DS-JOINT 2020に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が採択。
情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設(ROIS-DS)のライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で執行するタイプの予算ではあるが、2020年4月に移ってから研究代表者として出したグラントとしては初めて。
教育活動が本務の現在ではあるが、研究助成いただけるわけなので、そちらにも力を入れて頑張っていきたい。
昨年ぐらいまではこのMarpをmarkdownエディタとして愛用してきた。 しかし、エディタ機能はディスコンということで、Visual Studio Code(VS Code)を使うようになり、現在もVS Codeでこの文章も書いている。
Qiitaで「【VS Code + Marp】Markdownから爆速・自由自在なデザインで、プレゼンスライドを作る」という記事を見て、ちょうど今からやろうとしていることに役立ちそうと思い、やってみた。 Marpはmarkdownからプレゼン資料を作成する部分に特化したツールになっており、その思想を理解（ようやく）。
その上で、上述の記事を見つつ、まずはMarp for VS CodeプラグインをVS Codeにインストールして使ってみるも、プレビューはされるが、PDFやPPTXには変換できない。 そこで、
% npm install --save-dev @marp-team/marp-cli% npx @marp-team/marp-cli …