BioHackathon Europe 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 11月 2019.
Biohackathon Europe 2019 day2
時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。 現在のさまざまな問題点をリストアップ。 それをもとにいろいろ議論して、やるべき方向性をほぼ決めた。 データ活用編で、頑張っていく。
ということで具体的な作業を開始。
Category: misc
BioHackathon Europe 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 18 11月 2019.
Biohackathon Europe 2019 day1
パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったようだが、タクシーは当然止まってないので雨の降る中絶賛歩き。 15分ほどで会場に到着。
ランチのあと、午後から開始。
ハッシュタグは、#BH2019EUROPEということだが、微妙に違うのを流してしまう大失態。
Hacking projectとして34ノミネート。 私は、
24.TogoEx: the integration of gene expression data
のProject leadということで、2分間のプロジェクト説明。
Group photoのあと、宿舎へのチェックイン、そしてハック開始。 まずは場所ぎめから。
時差ボケでとても眠い中、夕食。 ディナーは、控えめに言ってもとてもうまい。 特にスープが。 やはり、本場は赤ワインがうまい。
BioHackathon Europe 2019 day0
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 11月 2019.
Biohackathon Europe 2019 day0
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8=32時間の長い1日なので、あまりその移動時間の長さを気にすることなく。 しかし、本場は赤ワインがうまい。
Statistical genetics 2019 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた人も含めて、一般の人向けにもセミナーが設定されているのは素晴らしい。 どういったことをそこで話されているのか興味津々で、拝聴する。 どの先生もわかりやすい話をされててさすがだなと。 ぜひとも見習いたい。
Statistical genetics 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目
2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの「統合TV知ってますか？」アンケートによるの統合TV認知度は6,7割だった。 実習ということで、やれる人は紹介したウェブサイトにアクセスしてやってみてくださいということで進めた。 しかしながら、講師（私）の方で実際にウェブブラウザを起動して実際にやってみると、反応が鈍く返ってこなかったり。 やはり、キッチリとスクリーンショットで準備してきておいてよかった。 そうやってハンズオンやってみたり時間調整をしながら、時間はほぼ予定通りの90分に収めた。
自分がやった実習以外にもUCSC Genome Browserのそれがあり、自分が普段やらないタイプの応用事例を知ることができて有益だった。
この2日目いっぱいでセミナー終了。 個人的には、遺伝統計学という主にヒトのvariantデータを扱う分野を学ぶ機会を得られてとてもよかった。
Statistical genetics 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 1日目
ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。 午前8時スタートいう気合の入りよう。 関係者入れて50人ほどの参加。
Statistical genetics 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 0日目
セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデータベースの利活用」実習の講師として呼ばれたので、一路奄美大島へ。
90分の講習で、スライドが120枚と多いなあと思っていたら。 機上でアニメーション付けながらチェックすると大きなinsertionがあり。 それで減って116枚に。
annotathon2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 12 11月 2019.
アノテーソン2019
Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。
今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて。
会の詳細やそのログは、以下のGoogle documentに。
http://bit.ly/annotathon2019
所用のため、1日目のみの参加。 1日目のテーマは、「最近のアノテーションをとりまく状況と知識共有」。 午前にやった 「アノテーション(annotation)とは」 「アノテーションとキュレーション(curation)の違い？」 のディスカッションは、それぞれの人が持つアノテーションに対する認識の違いがあらわになってとても良かった。 もちろん、午後のさまざまな方による話題提供もinformativeで素晴らしかった。
2日目の議論が盛り上がることを祈りつつ…。
Talk on Comparative Insect Transcriptomics
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 11月 2019.
虫の会前座＠第42回日本分子生物学会年会
分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来）」で話します）。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月4日)。
前回は、ワークショップとして採択されて年会の昼の時間帯に開催されていたが、今回はフォーラムでの採択となったため、夜の開催。 場所、時間等詳細情報は以下の通り。
2F-15 虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来） 6th insect meeting: Entomology from present to future
日時：12月4日（水）18:30〜20:00 会場：第15会場（福岡国際会議場 2階 …
Talk on bioRxiv
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 11月 2019.
bioRxivとは何か?＠第42回日本分子生物学会年会
約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。 そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラムにて「bioRxivとは何か?」と題して話することになった。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月3日)だ。
「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」 日時: 2019年12月3日（火）18:30～20:00 会場:第12会場（福岡国際会議場2階201）
この時間帯の30分をいただいており、講演の要旨は以下の通り。
bioRxiv（バイオアーカイブ）をはじめとするプレプリントサーバの活用が生命科学分野においても急速に広まりつつある。演者も海外での学会発表の前などに複数回研究論文をアップロードしたことがある。しかしながら、その情報の質など問題点も多く指摘されている。そこで本講演では演者の実体験を交えながら、その利点と欠点に関してbioRxivを紹介する。
そのころと比べて、さらにbioRxivへの投稿数も増えている。 そのことは2019年1月のNatureのNews(What bioRxiv’s first 30,000 preprints reveal …
4th RDF tutorial
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 10月 2019.
第4回RDF講習会
第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。
去年と比べて、さらに洗練された印象。 具体例はタイムリーなコンテンツを使っていて、わかりやすく。 今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。
21st Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 10月 2019.
21st Workflow Meetup
21回目の今回も参加。
cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。
ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい。
Docker上で使うのが基本だからかな。
それを使って某再現を試みた。 各種ツールをインストールすることなく、解析結果が最終的に出るのはいいけど、何をやっているのかが分かりにくく。 やはり１行づつなぞっていくのがデータ解析内容を理解するには必須だなと。
ワークフローのテストについて、参加者全員で2時間ほどdiscussionしたが、普段テストらしいテストをやっていない自分でも実はテストっぽいことをやっていたり、それに関係することに手を染めているらしいことを認識。 それっぽい運用を自分自身でやってなかったけど、今後は発生しそうなので、その際にはきっちりやるようにしたい。
rsync hacks
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 10月 2019.
必要な拡張子のファイルだけをrsync
AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。
しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されているbamファイル全体の容量が巨大となってきて、それの転送に時間がかかるし、何よりローカルに持っておくスペースが…。
そこで、qiitaの記事rsyncでサブディレクトリ含む特定パターンのファイルのみコピーするを参考にそれが可能かを模索してみた。
より具体的には、.sdrf.txtと.idf.txtという拡張子をもつファイルだけを、rsync://anonymous@rsync.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/data/experiment/以下から再帰的に探して取ってくることが以下のコマンドで出来た。
1 2 | #!/bin/bash
rsync -avvrm --include="*/" --include="*.sdrf.txt" --include="*.idf.txt" --exclude="*" rsync://anonymous@rsync … |
bonohu.jp reloaded Oct 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 10月 2019.
停電からの復帰
bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。
台風19号による停電で約1週間ダウン。
停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。
2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。
seminar at NARO NIAS 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 10月 2019.
生命科学データ解析セミナー＠農研機構
農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠征。 「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」が先月(2019年9月)に出版されたのがきっかけ。
生命科学データ解析をお題に60分。 どのような生命科学データ解析がなされているかという概論の後に、コマンドライン(CUI)とその活用として2つ事例を紹介。 一つ目は、遺伝子発現のDBとその活用ということで、ブタ成熟脂肪細胞の脱分化機構の網羅的解析の事例を。 二つ目は、リファレンス発現データセットとしてRefExに入っているFANTOM5のヒトトランスクリプトームデータを再利用した、生物種間比較トランスクリプトーム解析の実例（カイコ）を。 この種の要請はあればできる限りやっていくべきだなといつもながら感じた次第。
そして共同研究打ち合わせも併せて行い、bioRxivにカイコリファレンストランスクリプトーム論文submit。 （追記）その日が変わったぐらいに受理されて即公開されるという急展開。
Japan Spotfire User Group Meeting 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.
Japan Spotfire User Group Meeting 2019
去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。
分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用する発表があったのはとても嬉しく、そういった公共DB利用系の研究が製薬研究でも広まってくれるといいなと。 さらに別の有用な公共DBを使いやすくするツールを質問と見せかけて宣伝したり。 この機会に知ってもらって一人でも多く利用してくれれば、と。
ポスター発表も27演題もあったとのことで、とても盛況だった。 今回は講演もないので、話しやすくなるだろうと思って海外の学会で発表したポスターを持って行った。 ハンドアウト付きで。
Hidemasa Bono An integrated index of public gene expression databases and its application for meta-analysis of hypoxic transcriptomes
https://doi.org/10.7490/f1000research …
Symposium105 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 10月 2019.
トーゴーの日シンポジウム2019
今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向けた発表や企画をもっと打ち出して行くべきだろう、これまでの講習会などに加えて。 アウトリーチの頑張りどころかと。
chalkless氏による年表も「トーゴーの20年史」となり、時代を感じされせられる。
継続は力なり
派手さはないが、続けていって欲しい。
20th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 9月 2019.
20th Workflow Meetup
今回も参加。 話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。
個人的には某確認や某再現を試みた。 pitagora meetupとのmergeの回だったが、conflictは起きなかったということで。
78th JCA day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 9月 2019.
第78回日本癌学会学術総会2日目
午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線／Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに行く。
午後は、今年も開催された若手企画「若手企画1：続・10年後のがん研究／Re: Cancer Research in the next 10 years」に。 問題の深刻さ、癌研究者/学会が認識し適切な対処をしないと癌患者/癌医療/癌研究を守れないとのこと、会場の人には伝わったと思います。 twitterで頻繁にお見かけするO先生による「嘘の癌情報/詐欺的治療があふれる日本の現状」の報告。 実はフォローしてなかったことがわかり、すぐにフォローさせていただくなど。 さらに彼はブログで発信もされており、これもアンテナに追加。 そしてさらに実はそのブログのエントリの一つはすでにみていたと判明…。 本当、世の中狭いものです。
夜は、若手飲み会 …
Shizuoka.ngs mokumoku-kai
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 22 9月 2019.
Shizuoka.ngsもくもく会
前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室＠静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。
これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュートリアルにあるコマンド等をGithubにログとして残しつつ、各々チュートリアルを実行した。
それぞれに勉強になったのではないかと。
個人的にはウェブブラウザでの可視化をどう実現しているか、プロットを色々カスタマイズしてみたりして調べてみるなど。
Mishima.syk 14th
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 9月 2019.
Mishima.syk#14
14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。 場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。
今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。 彼らには、この1週間でやっていたことに関する発表をしてもらった。 ブッツケ本番でやったが、うまく発表できていたのは、さすがだなあと。
自分は、ここのところ本業で関わっているCWLの紹介をさせていただいた。 すぐに終わるつもりだったが、どういうものか、どう使うべきと考えているか、など話していたら、割と時間がかかってしまい、質疑入れると予定していた30分ちょうどぐらいに。
最後にはちゃっかり「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の宣伝も。
夜の部は、いつも通り素晴らしくオーガナイズされており、まさしく時間を忘れていろんなネタで盛り上がった。
(2019/09/23追記) 阪医Python会の彼らはさらに1週間学んだことを素晴らしいレポートにまとめてくれた。 短い期間のうちに色々吸収してくれたんだなあと、レポートを見返してシミジミ思う。 おつかれさまでした。
OUM-python club in-turn 2019 autumn
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 17 9月 2019.
阪大医Python会秋合宿＠三島
半年前の春合宿に引き続き、 阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、秋合宿と称して職場に来襲。 9/17-21までの5日間滞在。 ただし、最終日は職場でなく、Mishima.syk#14に参加して発表というハードなスケジュール。
その様子は今回も、かつての統合牧場を彷彿する様子で、GitHubにログを残していってくれている。
これから、どう展開していくか、とっても楽しみ。
Smart watch for blood pressure measurement
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 9月 2019.
血圧測定もできるスマートウォッチ
2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。 今月末で消費税も上がるので、失意の中、次なる行動に移る。
友人が着けているのを見たスマートウォッチ、三千円ちょいで血圧測定機能が付いているという。 そこで、AppleWatchに加えてそれを買ってみた。
表示は四千円近いが、クーポンで実質3,100円ほど。 注文してから2日で届き、着けてみたところ、確かに血圧が測れる。心拍数も。 また、着けて寝るだけでも睡眠も自動で測ることができた。 もちろん、目安程度かもしれないが、便利。
BioHackathon2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 9月 2019.
Biohack19
今年のBiohackathonは福岡で開催。 日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイル。
シンポジウムは去年に引き続き、Lightning talkの5分間をやらせていただく。 TogoeXというタイトルで、RefExとAOE周りを紹介。
ハッカソンではTogoeXチームで、遺伝子発現データベース周りを色々と。 ROIS-DS-JOINTの研究費で来てもらうことが実現した共同研究者たちと議論しながら、それぞれの課題を鋭意進めることができた。
今回は学生さんが多数参加しており、2回あったバーベキューパーティーでそういった人と話す機会もあった。 非常に良い試みだったと思うので、よりさまざまな分野の学生さんの参加があるとよいなあと。 今後取り組んでいきたい。
それ以外にも、いろんな人を知っている者として、つなぐhubとして積極的にリンクを増やす老人力を発揮してみた。 すなわち、デフォルトお互いは知らないという前提で人を紹介していく作戦。 それがいい交流のキッカケとなっていればいいな。
19th Workflow Meetup 4
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 8月 2019.
お盆thon最終日
最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。
その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。
conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。
なので、cwltoolのインストールは
conda install -c conda-forge cwltool
で良いのではないかと。
結果として、今回の目標だったRNA-seqデータの類似性検索の調べ物はそれほどはかどらなかったが、その周辺知識を色々と得ることができた。 4日間こもってmeetupに参加してコードに向き合うことで、個人的にはとてもよいリフレッシュになった。 議論がハイレベルで、興味深く、参加していて大変おもしろかったです。 お付き合いいただいた皆様、ありがとうございました。
19th Workflow Meetup 3
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 8月 2019.
お盆thon3日目
昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ、みんなでCWL書き。
今日は、kallisto BUStoolsのチュートリアルを襷リレーでCWL化。
自分は、bustools-correct.cwlを書かせていただいた。
それ以外のCWLを含めたコードもここからすでに公開されていたり。
実はこのチュートリアル、今回の目標である、RNA-seqデータの類似性検索にどストライク系。 それ以外にもsingle cell データ解析関係で、以前に入れたCellFishing.jlを使うためにJuliaを最新版v1.1.1にしたり、今後、acceptableなファイルのフォーマットを調べるなど。
今日も色々充実した1日だった。
19th Workflow Meetup 2
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.
お盆thon2日目
実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやっているところで話されている会話までもがshareされて。 近未来感を感じるmeetupであった。
その裏では、今回の目標に掲げた、RNA-seqデータの類似性検索に向けて、取り組んでいたり。 明日、CWL化を試みるというBUStools周りにも期待！
19th Workflow Meetup 1
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 13 8月 2019.
お盆thon1日目
15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。 前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。
今回の目標： RNA-seqデータの類似性検索に向けて取り組む
ということで始めたが、初日の今日(8/13)はCWL実行環境を農研機構の横井翔さんに伝導。 前回このworkflow meetupで書いていた以下のブログをテキストに - Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する - Running salmon via CWL
カイコの公共RNA-seqデータの発現定量（by 横井さん）に向けて、大幅に前進したつもり。
その際に参加者の方々からいただいた、本日の学びは、
「自分でパッケージを極力入れない」
ということ。 具体的には「DockerもHomebrewで入る！」ということに驚愕。 今後、実践していこう。
あと …
ROIS DS JOINT INSECT 3rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 8月 2019.
昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」が今年度も開催された。 今回はDBCLS三島が入っている国立遺伝学研究所にて、2019年8月8,9日に。 書類上オーガナイザーから外れ、できる限り参加者の一人として振る舞うようにし、運営には携わらないようにしていたが…。
研究会開催は、SPARQLthonの開催等普段からやっていることもあって比較的準備は馴れたものだったが、それでも毎回トラブルはつきもの。 今回は遺伝研の開催でシャトルバスに参加者が乗り切るか問題。結局、分散乗車を呼びかけてギリギリ乗り切ったのだが。 毎回もうこれで最後にしようと開催直前には思うのだが、終わってみればまたやろう、という気持ちになるのが不思議。
今回も何人かに長く話してもらい、他の参加者は5分間のライトニングトークをするという構成で、全員が話をするという形。 2019年3月に応用動物昆虫学会のつくば開催に合わせて、DBCLS柏で実施したハンズオン講習会がきっかけになってコマンドラインでのRNA-Seqデータ解析を始めたという参加者の話があり、やっといてよかったなと。
オーガナイザーの横井さん、仲里さん、そして参加者の皆さん、お疲れさまでした。
July2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 7月 2019.
2019年7月を振り返って
2019年7月は出張外泊多く、11泊にもなった。 前半は、国内版バイオハッカソンBH19.7で指宿、 後半は、統合データベース講習会AJACSa6河内などで大阪。 阪大医Python会の集まりで、関西のアクティブな人たちに会えたのはいい刺激になった。
校正がレターパックでしょっちゅう送られてきて、それを週末にやっつけて毎週のように撃ち返す状況。 収穫の秋に向けて準備中といったところ。
書き物としては、そういった日本語よりは本業の方の英語のそれに移行しつつある、そんな感じ。 bioRxivからone click submission（そんなものがあるのかw?）した論文も無事submitされたようだし。 こちらも楽しみ。