Category: misc

COVID-19 Vaccine 2nd shot

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 31 7月 2021.

コロナウイルスワクチン注射2回目

職域接種で、2回目。  

特にその場では何もフェノタイプはあらわれず。

(その後追記) 打ってから12時間後ぐらいから寒気で起きてしまう。 その後も薬を飲むと下がるが、油断すると39℃付近になるを繰り返す。 40時間経過してもまだ37℃台の微熱。 ようやく56時間経過して解熱剤なしでも平熱に戻った。

Continue reading »


July2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 7月 2021.

2021年7月を振り返って

先月から出ていた緊急事態宣言などの規制が解かれて、今年度初の出張をすることができた月だった。 また、外部の人がラボにきてくれてオンサイトな議論の重要性に気づかされた。

しかしながらその一方で、緊急事態宣言発令中の東京への出張はできず。 15日にあった統合データベース講習会AJACSオンライン7の収録に行くことは叶わず。 いつものZoomを使ったやり方で自分で録画して、動画を送ることに。 そして、ちょうど月末の今日30日に統合TVの動画コンテンツとして公開された。

梅雨入りがかなり早かったが7月中旬まで雨が長引き、梅雨明け宣言がされてからもしばらく雨という状況だった。 しかし、そのおかげで本格的な暑さがやってくるまでにクーラーの修理が完了。 そういう意味では本当によかったが。  

2021年7月に公開された論文はなし。 あとに出したM社のjournalの論文はすでにpublishされてしまっており、某N社系のjournalは査読が相対的に遅い印象がさらに色濃く感じられる今日この頃。

Continue reading »


The First Business Trip 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 21 7月 2021.

2021年度初出張

前回の2020年度初出張(にして唯一の出張)以来、実に7ヶ月ぶりの出張。 もちろん、20201度初の出張。 本来であれば、日本ゲノム編集学会第6回大会などの出張もあったはずであるが…。 昨年度同様、COVID-19が主な原因。

今回の出張は、共同研究の打ち合わせで、前回とは逆の西へ。 人出もだいぶ増えてきているようだが、その人たちはすでにワクチン接種ずみだったのだろうか。 すでに1回目は打ってあるものの、今回も望まぬお土産をいただいてきてないか、それを祈るのみ…。

Continue reading »


To Docker or Not to Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 17 7月 2021.

Dockerを使うべきか、使わざるべきか

AlphaFoldの論文発表で、これをDockerで動かすというのがtwitterで話題になっていた。 Dockerで新規なツールを動かしてみることはだいぶ普及してきたのかなあ、と思う一方で意外にもそうでもないということを一連のtwitter timelineで知ったり。

思い起こしてみると、北海道札幌市の定山渓で2015年2月に開催された国内版バイオハッカソンBH14.14で本格的に使う方法に触れて、それ以後徐々に利用頻度が上がって今では計算する必要があるときにはほぼ欠かさず使うようになったDocker(余談だが、その帰りに北海道大学に寄って議論したことから、今も継続しているハダカデバネズミの共同研究が始まったのであった)。 思い起こしてみると6年半も前になっている事実に驚いたが、当時は(今ものだが)メモリを食う上に、最初にダウンロードしてくるDockerイメージが巨大でネットワーク的に太くないと使えないということで積極的には使っていなかった。

もちろん、使わなくてもエラーメッセージを自分で解釈して「災害復旧」して使えるのであれば無理にDockerで使わなくてもいいだろう。 しかし、そのツールのインストールに難があるとか、ヘテロな実行環境での利用を教える必要がある時など、ものすごくメリットがある。 特に、新たなツールを導入するときによく起きるすでにインストールされている他のツールとの競合、よくあるのがSAMToolsやsalmonのバージョン違いでうまくインストールできなかったり、既存のツールが動かなくなったりがそれである。 あとバージョンの違う同じツールを使ってみたいときなど(例えば、sequenceserverの1.0系と2.0系)、Dockerでそれを動かすことが非常に重宝する。

Docker自体の完成度が上がり、また手元のコンピュータのスペック(CPUの性能やメモリ容量)が向上してきた今、特にためらうことはないのではないかと思う。 そういうわけで今年度(2021年度)の私のバイオインフォマティクス講義 …

Continue reading »


Onsite discussion again

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 7月 2021.

オンラインでない議論も重要

共同研究者の方がいらしてくださり、オンサイトな議論。 オンラインで済むことも多いが、新規のメンバーを紹介してその話を聞いてもらったり、ラボの進捗を見てもらったりはオンラインでは厳しい。 例えば、研究室の部屋の入退室管理にSESAME3を使っていることも、実際に来てもらって見てもらって初めて知ってもらえたことの一つ。

やはり、オンサイトな議論、重要。

Continue reading »


Isn't rainy season over?

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 7月 2021.

梅雨明けしたはずだが

今年2021年、居る地域は7月13日に梅雨明けと宣言されたものの、その後2日続けて時折雷雨の天気。

よくあるように、すぐにかんかん照りの夏日とはならず、ある意味助かったであるが。 というのは、今日7月15日まで自宅のクーラーが故障してて、涼しくはならなかったからである。 修理が完了し、それも解消されて夏への準備万端。

Continue reading »


Effect of blackout

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 12 7月 2021.

停電その後に

雷による職場の停電。 すぐに電気は復旧したものの、ネットワーク接続が30分ちょい復活せず。

また、自宅も停電したようでその痕跡が。 各種家電がリセット状態だが、大抵は復旧したものの、ネットワーク接続だけはどうやっても復活せず。 というわけで早めに就寝。

(2021年7月13日追記) ネットワークはその翌日の夕方前に復活。 自宅の機器とかの不具合でなくてよかった。

Continue reading »


Lecture movie size generated by Zoom

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 7月 2021.

Zoomで作成した講義動画のサイズ

私の講義動画作成方法で紹介したZoomを使ってひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録した動画はサイズが1680 x 1050となってて、変わったサイズだなあと思っていた。 とりあえず、ちゃんと望みの動画が得られるからそれでいいやと思っていたが。

しかしながら、今回統合データベース講習会 AJACSオンライン7で動画を作って送る必要が出てきて、指定されたファイルサイズ(1920 x 1080)で作ってほしいと言われ、色々試してみた。 それはどうも画面共有する際のデスクトップのサイズに依存しているようであり、確かに私のMacBookPro 13inchの(擬似)解像度は1680 x 1050となっていた。

そこで今回、(擬似)解像度を1920 x 1080に設定した外部モニタに接続し、共有する画面をそのセカンドディスプレイのディスプレイに指定することで、無事1920 x 1080のサイズの動画を生成できた。

Continue reading »


Kakenhi 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 7月 2021.

16年ぶりの科研費研究代表者

令和3(2021)年度科学研究費助成事業(学術研究助成基金助成金)(挑戦的研究(開拓・萌芽))の交付内定の通知があり、萌芽で出していたけど今回もダメだったかなと、いつも通りe-Rad経由で科研費電子申請システムを見に行ったところ、

去年の秋に申請した自分の挑戦的研究(萌芽)の課題がバッチリ採択されていました。

前職時代も毎年欠かさず出してきたが、全く採択されず。 転職してからもこの4月頭に通知があった基盤研究はやはりダメで。 こいつはダメだ、というブラックリストに載っているのか、と思ってしまうほど。

ようやく、大学研究者の仲間入りをさせてもらった感でいっぱいです。 関係者の皆さん、これからもよろしくお願いします。

Continue reading »


61st Summer School for Life Science

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 07 7月 2021.

第61回生命科学夏の学校

生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催される。

その2日目の28日に行われるシンポジウム「データの統合と共有」にてお話しさせていただくことに。

Continue reading »


BioDX website opened

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 05 7月 2021.

バイオDXウェブサイト公開

広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現するBio×Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点(JST 共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)(共創分野・育成型)の支援を受け実施する事業)のウェブサイトが公開された。

それと同時に以下の採択が新しいウェブサイトから告知。

「共創」してやっていきましょう!

Continue reading »


bonohulab layout updated 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 02 7月 2021.

レイアウト変更2107

去年(2020年)の10月にデスクを2つもらい受けて入れてあったところからのレイアウト変更。 さらに +=3 して、結果としてデスクは5つに。 3ヶ月前までボッチラボだったのがウソのようだ。

そして、電源タップが実は足りないことに気づく。 いくらあっても足りない感じ。

Continue reading »


ROIS-DS-JOINT 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 7月 2021.

ROIS-DS-JOINT 2021 採択

ROIS-DS-JOINT 2021に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が、昨年度に引き続き、継続課題として採択

情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設(ROIS-DS)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で執行するタイプの予算で、今年度前半の以下の論文2本の資金源となったことはいうまでもなかろう。

  1. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.3390/antiox10030345
  2. Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes https://doi.org/10.3390/biomedicines9050582

今年度いただいた予算も有効に使って …

Continue reading »


June2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 6月 2021.

2021年6月を振り返って

先月に引き続き、緊急事態宣言が継続してなかなか外部との接触がない月だった。 このブログをホストしているサーバーも2週間ほど停止していたりもしたが、色々と活動はしていたわけで。

まず、月頭にバイオDXの宣伝動画が公開され、大学のYouTubeチャンネルに登録されたせいか、所属研究科の広報ウェブページにも貼られたり。

また、24日にはアウトリーチ活動として広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」2021年度第1回目で講演させていただいた。

そして、先月発表した論文(DOI:10.3390/biomedicines9050582)に関して、日本語に引き続き、英語でのプレスリリースも大学から出してもらった。

Scientists use public databases to leap over scourge of publication bias

アウトリーチ活動だけでなく、オンライン開催になった日本ゲノム編集学会第6回大会にも参加。 bonohulabの大学院生が初めてのポスター発表に臨むなど。

submissionラッシュだった年度始めに投稿された多くの研究論文のdecisionが出始め、今月も以下の3本がpublishされた。

  1. Reference …

Continue reading »


COVID-19 Vaccine 1st shot

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 6月 2021.

コロナウイルスワクチン注射1回目

職域接種が叶い、2021年6月26日(土)午後4時ごろに第1回目のコロナウイルスワクチン第1回目の注射をしていただきました。  

特にその場では何もフェノタイプはあらわれず。

次回はあと4週間後ぐらいに。

Continue reading »


Bioinformatics for Genome Editing

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 6月 2021.

広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」2021年度第1回目

年度が変わってすぐに卓越大学院プログラムでやっているアウトリーチ活動、先端科学セミナーの講師を拝命した。 そこでできる限り早い時期を希望してみたところ、前のエントリでも書いたように、2021年度の第1回目として2021年6月24日にやらせてもらうことに。 テーマは「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用できるのか」として。 一般向けのアウトリーチということで、できる限りわかりやすくすることを心がけ、ほぼスクラッチから念入りに準備した。

  1. バイオインフォマティクスとは何か
  2. バイオインフォマティクスの教育
  3. バイオインフォマティクスをゲノム編集に利用する

の3つのパートに分けてお話しした。 実際には200人弱あまりに聞いていただいたようで、2年前の今頃に自分が聴衆として参加したオフラインなこのセミナーよりも一桁多い人たちに聞いていただけたということでアウトリーチ活動としては役目は果たしたかなと。 また機会があれば、今度はさらに進めたその利用を中心にお話しすることができれば、と。

(2021年6月28日追記) - 開催報告が公開されました

Continue reading »


JSGEDIT 6th

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 6月 2021.

日本ゲノム編集学会第6回大会

オンサイトで福岡で開催の予定が、オンラインになってしまった。 去年、中止になってしまったので、2年ぶり。 実は会員になってから初の参加。

ゲノム編集ツールそのものの開発の研究より一歩進んでそれを利用する系の発表が多かった印象。 特にオルガネラのゲノム編集など。

全体的にゲノム情報ありきで話が進められている印象は変わらず。 編集する元のゲノム情報の整備をどう取り組むかするかという方向を作っていかねば。

Continue reading »


BioDX outreach movie

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 6月 2021.

バイオDXの宣伝動画

約2ヶ月半前に取材していただいたBio×Digital Transformation (バイオDX)のアウトリーチ動画の編集作業が終わり、いつの間にか、公開されてた。 しかもYouTubeに。

共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の広島大学の課題であるバイオDXにおいて、bonohulabが中心となって取り組んでいる「データ駆動型ゲノム育種技術の開発」の宣伝動画。 本人はとても恥ずかしいけど、広まるといいな。

Continue reading »


May2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 5月 2021.

2021年5月を振り返って

これまでとは違って学生や研究員がラボに常駐しているので、彼らとの議論なども散発的にあって、一年前とは大違い。 オムニバス講義の担当が回ってきてオンデマンドな動画を作ってアップしたが、初めてだった一年前に比べると手馴れたもの。 zoomを使って撮影するというスタイルを昨秋の講義の前に確立したのも大きい。

先月submitされた多くの研究論文のdecisionが出始めてきた。 その結果、以下の2本がpublishされた。

  1. De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of flight (Phasmatodea) https://doi.org/10.1186/s13104-021-05600-0
  2. Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and …

Continue reading »


slipper with cleaner

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 5月 2021.

おそうじスリッパ

自分用の家のスリッパがそろそろダメで買い換えようとしていた時に見つけたこれに。

掃除効果はどれぐらいあるのだろうか?

Continue reading »


sava can

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 5月 2021.

サヴァ缶

最近、このシリーズのレモンバジルパスタソースがお気に入り。 そこで、本家のサヴァ缶もということで。

缶詰のストックも減っていたので、ちょうど良い機会だった。

実際には、このamazonからじゃなくてバラ売りしてたヨドバシ.comから購入。 赤いの以外をそれぞれ2,3個で合計10個で。

Continue reading »


Press release for the 1st time

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 5月 2021.

初めてのプレスリリース

今月(2021年5月)に出版された低酸素刺激の有無(低酸素vs常酸素)のトランスクリプトームデータとgene2pubmedの情報を使ったビブリオーム(bibliome)データを統合したメタ解析を行った研究の論文をプレスリリース。

bonohulabとしては初めてのプレスリリース。 revisionの頃から準備していて、acceptedになった19日に広報グループに連絡して手続き開始したものの、翌20日にはもうpublishedになって、そして今日25日にリリースとなった。 英語版も絶賛準備中。

Continue reading »


One good turn deserves another

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 24 5月 2021.

データ公開は人のためならず

これまで自分が出してきた論文では、公共塩基配列データベース(DDBJ,Sequence Read Archive(SRA))や遺伝子発現データベース(Genomic Expression Archive (GEA)など)の公共データベース(公共DB)に入れられるものは全部そこに登録してきた。 今月(2021年5月)に出版されたアマミ(オキナワ)ナナフシ(Entoria okinawaensis)論文

De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of …

Continue reading »


Magcup for the paper

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 5月 2021.

論文マグカップ

自分がcorresponding authorの、自ラボから出た論文が出始めた。 twitterでも話題になっていた論文マグカップをbonohulabでもやってみたいと思ったが、コロナ禍の状況で海外のサービスを使ってオーダーするのもどうかと。 そこで、卒業研究の論文をマグカップに印刷する方法で紹介されていた、日本国内の会社の全面印刷陶器オリジナルマグカップのサービスを使ってみた。 こちらに来て第1作目の論文 Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects (DOI: 10.3390/antiox10030345) でまず試してみた。

ウェブブラウザ上で画像を配置してデザインできて値段も送料込みで二千円ちょい。 納期も私が頼んだ時は10日ほど。

Continue reading »


Genome Editing for the Future

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 5月 2021.

広島大学先端科学セミナー「ゲノム編集で未来を拓く」

「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用できるのか」と題してオンラインで話をすることに。 日時は、2021年6月24日(木)の午後6時半から1時間ほど。

一昨年はオンサイトで東京の大学の連絡事務所の入っている建物でやっていて、それを1参加者として聞きに行ったのがすでに懐かしい。 今度は逆の立場。 話の終了後に聞きに来てくれた人たちとの交流がないのがとても寂しいが、このようなご時世だから仕方がない。

Continue reading »


bonohu dthesis PDF

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 5月 2021.

失われたファイルを求めて

ググったら、なんと出てきた。

以前個人のウェブサイトで公開していた自分のD論のPDFであるが、マシンのクラッシュで行方不明になっていた。 そのファイルは、当時LaTeXで書いてPostScriptファイルにして、それをさらにPDFに変換したものであった。 かつての研究ファイルのバックアップであるMOを探れば出てくるんだろうけど、読み取れるデバイスもなく。 まあハードコピーは手元にあるし、必要になればスキャンすればいいかなぐらいに思っていた。

しかし、ついにその必要が出てきた。 スキャンするかなと思ったが、ひょっとすると奇特な方がそれをダウンロードして公開していたりしないかと思って、D論タイトルを二重引用符で括ってググってみたところ…。 PDFでのヒットをみていくと、なんと本当にそれをしていたサイトがあって。 無事にインターネット越しにファイルの復元が出来てしまった。

公開しておくとこんなふうにいいこともあるんです。 経歴や業績を公開しておくと、書いて欲しい書類として送られてきた時にすでにそれをみて埋めてくれていたりということもよくあります。 バックアップだと思って公開しておくのを推奨。

また、私のような事態にならないように、皆さんはファイルのバックアップはきっちりと複数(できればtriplicateで)取っておきましょうね。

Continue reading »


April2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 4月 2021.

2021年4月を振り返って

先月までとは打って変わり、ラボに人が常駐するようになった。 まずは彼らとやるべき課題を一緒に考え、そしてそれに向かって一緒に取り組み始めた。 そういうわけで、ラボでの日常が大きく変化した。

研究論文発表としては、2021年4月はハダカデバネズミMRの論文の1本が公開された。

  1. Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat. https://doi.org/10.1530/JME-20-0325

この結果、2021年のこの4ヶ月で公開された論文がのべ7本となった。

また、多くの共同研究の論文がsubmitされた今月。 結果として投稿中が6本、リバイス中が1本に。 早くacceptedになって欲しい、切に。

Continue reading »


Paper submission rush

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 4月 2021.

論文投稿ラッシュ

今週は、コラボ関係で論文が2本投稿された。 bioRxivへアップして、そして投稿という流れができつつあって、とてもいい感じ。

そういうわけで、submittedな論文が合計7本に。 そろそろacceptedが出てきて欲しいところ。

Continue reading »


bonohulab becomes non-bocchilab

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 4月 2021.

ボッチラボではなくなった

新年度(2021年度)を迎え、bonohulabも新しいメンバーを4人も迎えることとなった。

その結果、ついに1人だけぽつっとラボにいるというボッチラボではなくなってしまった。 もちろんこれまでも大学院生が1人所属しており、見かけはボッチラボではなかったのだが、その大学院生は社会人で普段はラボにはおらず。

とはいえ、4人全員が毎日ラボに来るようになるかというとそうでなくて、そのうち2人が同じ部屋に机を持って一緒に研究していくことに。 よろしくお願いします。

Continue reading »


March2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 3月 2021.

2021年3月を振り返って

この3月は、年度末であることと、春の学会シーズンということもあって、外部講演が3つもあった。

  1. 「データ駆動型ゲノム育種技術の開発」 COI-NEXT x OPERA x 卓越大学院 オンライン合同シンポジウム TRINITY 3/17
  2. 「公共データベースからのストレス応答トランスクリプトームのメタ解析」令和3年度蚕糸・昆虫機能利用学術講演会(日本蚕糸学会第91回大会) 特別シンポジウム「データ解析を駆使した新しい昆虫研究展開」 3/20
  3. 「公共データベースを活用した 知のめぐりのよい生命科学研究」 NRIB特別セミナー 3/23

うち一つは出向いて話す形式であったが、オンサイトセミナーの効用を再認識することとなった。

また並行して、先月に引き続いて、ウェットな実験室整備を進めた。

この3月は、なんと言っても10月に入学したばかりの主指導となっている大学院生の論文を仕上げ、bioRxivにアップロードできたのが大きい。 詳細は「新しい生活様式で新しい論文出版様式」のエントリに。

  1. Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers …

Continue reading »


Shutoiten 1year

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 3月 2021.

酒都移転1年

今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい生活様式となったこの1年。 そのために来客も少なくなり、自分が出ていかないのと合わせて飲み会的な集まりも激減。 おそらく今後もそれが続いていくのだろう。

こちらに来て特に感じたのは食べ物が安く、しかも自分に味が合っていること。 それは自分が関西地方で生まれ育ったことやルーツの一部が今の地方であることと影響しているのだろう。 また脱AEON化が進み、日用品はコーポレートブランドからナショナルブランドのものを使うようになったこと。 すぐに買い換えようと思っていたiPhoneも、結局そのままで1年過ごしてしまった。

個人的にはとても長く感じた1年だったが、次の1年もさらに長く感じそうな予感…。

Continue reading »


PAGS Bioinformatics Book published

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 3月 2021.

独習 Pythonバイオ情報解析 出版

2週間ほど前のエントリの通り独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム編ということで、いわゆる「ゲノム支援」の情報解析を支えてくださっている方々による分担執筆。 すなわち、昨年度(2019年度)末まで、職場がすぐ近くだった人たち、である。 このような中上級向けの本が企画されていたことは、2週間ほど前のエントリを書いた日まで、全く知らず。

この本は、主にPythonを使った生命科学データ解析、特にRNA-Seqデータ解析周りのadvancedな内容がコードとともに紹介されている。 シングルセル解析に関しても、Pythonを使うデータ解析方法が具体的に紹介されている。 RNA-Seqデータ解析レシピ本という入門者向けの本を編集した者としては、RNA-Seqデータ解析の広まりが実感できて嬉しい。

これでまた「この本を見てわからなかったら訊いてください」を言える対象が広がった。 教える側として、大変助かります! 執筆者の皆さん、どうもありがとうございました。

Continue reading »


Onsite seminar at nearby institute

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 3月 2021.

オンサイトセミナーの効用

年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあったが、オンサイトでは久しぶり。 オンラインだと自室からの講演で、それゆえに臨場感がなくて、話す方としてはノラなくて。 久しぶりに話をした、という感じを得るなど。 やはり、聴衆を前にして話がしたい、という思いを強くした。

そのせいか、今日は金曜日という錯覚(本当は火曜日)を持ってしまったという副作用もあったのだが。

Continue reading »


The Digital Cell

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 3月 2021.

デジタル細胞生物学

「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。

原著の題名は、The Digital Cell: Cell Biology as a Data Science。 邦訳の副題には、

データベース化・ImageJ・R・コマンドライン・Git

とあり、私にとっては馴染みが深いキーワードばかり。

原著が出版されたのを知ったとき、是非これは日本語訳があってほしいと思った1人だった。 諸事情あって自分で翻訳したいとは言えなかったが。 この分野の著名な研究者お二方によって翻訳がなされて、とても良かったなあと。

まだ全部は読んでないが、p134には「バージョン管理とgit」の節があって、gitコマンドによるバージョン管理がガッツリ説明されているのを発見するなど、生命科学の教科書にこれまでなかったコンテンツ満載で、1読者として通読するのがとても楽しみ。

そして、例によって出版社のウェブサイトだけでなく、Amazonからも序文が掲載されているので、興味を持った方は是非ご一読を。

Amazonだと3/26の発売ということで、お急ぎの場合はリアル書店に是非。 感染症予防の対策もお忘れなく。

Continue reading »


Return the debt

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 3月 2021.

借りを返す

有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ、非常に重要なことを再認識。

Continue reading »


TapeStation4150

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 3月 2021.

TapeStation他納品

これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使っていたBioanalyzerよりもかなり簡単になっていて。 とても重宝しそう。

同日に微量高速冷却遠心機も納品。 これでDNA/RNA抽出が自ラボで出来る! RNA実験環境もボチボチ立ち上げて行かねば。

Continue reading »


Samplingthon

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 09 3月 2021.

サンプリング大会

自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれないな、と。

賽は投げられた。

Continue reading »


PAGS Bioinformatics Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 3月 2021.

独習 Pythonバイオ情報解析

これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く、

Pythonでバイオインフォに取り組み、いずれは機械学習など始めたい方に。汎用的なテーブルデータ解析、可視化ライブラリを用いて、生命科学特有のシングルセル、RNA-Seq解析を実装しつつ学べる。

この通りだとすると、中上級者向けだろうと思ったが、目次を確認してそれを確信。 その章だては以下の通り。

はじめに
第1章 この本の使い方と事前準備
第2章 Jupyter Notebook の使い方
第3章 Python 速習コース
第4章 文字列処理の基本 〜ファイルの読み書き,正規表現
第5章 Biopython を用いた塩基配列データの扱い方 〜オブジェクト指向入門
第6章 pandas はじめの一歩 〜表形式データの扱い方
第7章 RNA-Seq カウントデータの処理 …

Continue reading »


February2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 28 2月 2021.

2021年2月を振り返って

緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇もなく。 さらに追い討ちをかけるように大学院入試も。 月末には新たにラボメンバーになる人とのミーティングなども増えてきたり。

並行して今月も引き続き、ウェットな実験室整備を進めた。 大きいところでは、-20℃のフリーザーと4℃の冷蔵庫が納品されるなど。

さらに先月滑り込みで英文校閲した、広島に来て始めた研究の論文を月頭に査読のある論文誌に投稿。 同時にbioRxivにもアップロード。 詳細はこのエントリにゆずるが、結果としてこの1年で一番短い2月のうちにsubmit,revise,accept,publishまで終わってしまった。 その結果、この2月は論文が2本出版されたことに。

  1. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.1101/2021.02.01.427354
  2. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10 …

Continue reading »


Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese published

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 2月 2021.

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 出版

前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございました。

第一印象はゴツい、という感じで、その証拠に総ページ数が400を超えている。 拙著DrBonoBonDrBonoDojoが約200ページなので、この2冊分ぐらいのページ数ということになろう。 値段もちょうどそのぐらい。

本には詳細な目次のみが掲載されているが、簡易版の全体が見通せる章だては以下の通り(前にも掲載したが)。

【I プログラミング】
第1章 はじめに
第2章 最初の一歩
第3章 プログラミングの基礎:データ型
第4章 プログラミング:フロー制御
第5章 ファイルの取扱い
第6章 コードのモジュール化
第7章 エラー処理
第8章 オブジェクト指向プログラミングの概要
第9章 Biopythonの紹介

【II 高度なトピック】
第10章 Webアプリケーション
第11章 XML …

Continue reading »


HISAT2 by CWL

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 2月 2021.

CWL使ってHISAT2

約1年前にも似たようなことしていた(作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた)が、HISAT2をインストールしてない新しい環境で動かす必要が出てきて。

Common Workflow Language(CWL)に関しては、上述の過去のブログや次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版のLevel2の一番最後(p331-338)の付録「CWLがあれば、DRY解析はもう怖くない」などを参照。

まず、HISAT2用のindexを作成する必要がある。 もっともメジャーな生物だとすでにindexを直接ダウンロードできたりするが、いつもそうであるとは限らない。 FASTA形式のゲノム配列ファイルをゲットしてそれに対してindexを作成する。 幸い、pitagora-networkプロジェクトでHISAT2のCWLを作成し公開してくれているので、それをgit cloneしてありがたく利用させていただく。

% git clone https://github.com/pitagora-network/pitagora-cwl

そして、コマンドラインツールとしてHISAT2のINDEX作成。

% cwltool pitagora-cwl/tools/hisat2/index/hisat2_index.cwl \
--index_basename org1 --reference_fasta organism1 …

Continue reading »


Catalina's trap

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 2月 2021.

Catalinaの罠(Java編)

リモートからラボのmacOS Catalina(c10.15.7)なマシンにsshして計算させているときに。 なぜか、いつもはすぐに実行されるプロセスが開始しない。 おかしいなあと思って、しょうがないからそのまま放置して、週明けにそのマシンのデスクトップを表示して気づいたこと。

アプリケーション"Java”から”書類”フォルダ内のファイルにアクセスしようとしています。

というポップアップウインドウが出てて。 これの認証のために全て実行されずに止まっていたんだと。 最初に実行するときにはリモートではなく、デスクトップでやった方が安全。

Continue reading »


January2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 1月 2021.

2021年1月を振り返って

緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が発令されていたり、そうでなくても先方から断られたりで。 オンラインでの講演をお願いされていた第31回日本疫学会学術総会の外部講演(疫学研究における生命科学データベース利活用)のみとなった。

そのおかげで、論文の投稿準備に時間をかけることができ、今月いっぱい納品締め切りの研究費でなんとか英文校閲を出すことができた。 とっとと投稿に持っていきたい。

その一方で、先月からの流れで、ウェットな実験室整備をさらに進めた。

このワトソンの件はギリギリ影響を受けずにチューブを納入してもらえたのだが、世界的なワクチン需要の影響でフリーザーがとても品薄で、-80℃の超低温フリーザーだけでなく-20℃の冷凍庫までが品薄になっていて、モロに影響を受けるなど。

この1月は共同研究での論文が2本出版された。

  1. Cigarette smoke extract activates hypoxia-inducible factors in a reactive oxygen species-dependent …

Continue reading »


31st Annual Scientific Meeting of Japan Epidemiological Association

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 1月 2021.

第31回日本疫学会学術総会

第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて

疫学研究における生命科学データベース利活用

と題して講演。 25分で是非とも活用して欲しいDBやウェブツールを色々と紹介したが、やはり59枚のスライドを使ってのお話はかなりフォローしづらかったかなと。 もうちょっとfocusして話しすべきだったかもしれないが、専門外の分野での学会発表だけにそれもできず。

すなわち、講演ではざっと概要を紹介して、詳しくは「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(バリアントレシピ本)を見てください、という2019年の日本癌学会学術総会でとった方式で。 案の定、その晩にはその当該分野「遺伝学・遺伝子工学」でのベストセラーとなってた。

400人以上登録があると伝えられていたが、実際Zoomでの視聴者数表示だと320人ほど。 それでも多くの方がネット越しに聞いていただいたようで、上述のAmazonでの売れ行きにも現れているように効果は大きかったようだ。

DBを実際使って、便利に利用してもらうところが第一歩であり、そこから全てが始まる。 だからこそ、この種のアウェーでの講演は非常に重要である。 このような機会をいただいたことに感謝したい。 ありがとうございました。

Continue reading »


Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 1月 2021.

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版

Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。

出版社のこの書籍のページの説明文に曰く、

これまでにもバイオインフォマティクスのためのプログラミング言語に関する書籍はいくつか出版されているが,バイオインフォマティクスにそれらの言語が有効であるとして,言語の解説に終始するというものが大半であった。その点本書は極力バイオ研究の話題を扱いながら,メモリ管理など,Python利用をつきつめると問題になる項目までをカバーしている。

この通りだとすると、個人的には大変楽しみである。 同じページにある目次を見るとその期待感が上昇。 その章だては以下の通り。

【I プログラミング …

Continue reading »


Anaconda package repository is paid for "large scale" commercial use

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 1月 2021.

Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償に

Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増えてたなあという実感はあった。

これは困ったと思ってソースのQiita記事「Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償になっていた」を見たところ、確かにそうらしい。 また、

Miniconda + conda forge の運用であれば公式リポジトリに関する商用利用規約変更の影響は受けない

ということらしい。

NGSデータ解析で配列解析ツールをインストールする際にこれまでBiocondaを使う方法を紹介してきたが、それに影響受けるかもと。 道場本で記したやり方だと、Minicondaをインストールしてからconda configコマンドを以下の順番に叩くやり方となっている。

% conda config --add channels defaults
% conda config --add channels conda-forge
% conda config --add channels bioconda

このうち、2行目のそれでconda-forgeを使うことになっているんだが、1行目のdefaultsを入れておくと問題らしい。 これに関しては~/.condarcに書かれているので、問題になる場合にはここからdefaults …

Continue reading »


1 liner of 210114

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 1月 2021.

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1
gene2
gene3
...

みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りのリストをコンマ区切りで横に並べたいとき。

% perl -pe 's/\n/, /g' file.txt

で処理すると画面に出るが、末端処理が必要。

% paste -sd, file.txt

だと末端処理もなしで良いとtwitterで教えてもらった。ありがたい

Continue reading »


1 liner of 210106

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 1月 2021.

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...

みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。

% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt

Gene set enrichment analysisするときに

Continue reading »


Plan 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 1月 2021.

2021年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年も宣言したいと思います。

  1. 統合牧場」をこちらで復活させ、教育活動を本格化する
  2. 人を雇用できる研究費を獲得する
  3. ウェット実験系を立ち上げて結果を出す
  4. 健康に過ごす

Continue reading »


Review 2020 latter part

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 12月 2020.

2020年を振り返って(後編)

2020年の振り返り、「前編」に引き続き。 こちらでは主に、今年の年頭に書いた「2020年の計」に沿って、今年2020年を振り返ってみたい。

1 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける

2 そこで必要となる新しい研究手段を開発する

2020年1月に出版した論文によるメタ解析結果から見つけた候補を他の手法でもそれが示せるようにということで、ドライ方面とウェット方面の両方からのアプローチを開始。 これまで実質無理だった自ラボでその両方の実験系を持つというもの。 この2020年4月に自分がPIになったことでそれが可能となった!

まずは、先立つものからということで、下の項目とも関係するが、研究費の獲得を頑張ったつもり。 ウェットラボの立ち上げに取り掛かったところで、新しい研究手段の開発はさらにその先にある、これからの課題ということで。

3 国際的な共同研究にも注力する

外的要因のせいにはしたくないが、転職1年目でまずは本業をこなすことで精一杯。 さらに追い討ちをかけるようにコロナ禍。 これは厳しかった。はっきり言って、ほとんど何もできなかった。 学会のオンライン化で、海外の学会に出る敷居は下がったものの、日本に居ながらにして時差のある生活は厳しそう。 この状況が続くとすると、時差がほとんどない地域との連携を深めるというところからか? さらに検討を続けたい。

4 研究代表者としてグラント獲得する

これを達成するために今年は頑張ったと思う。 4月以降転職してPIとなってからは、誰に気兼ねする必要もなくなり。 ただ年齢制限に引っかかることも多くあったが、いろんな助成金に応募しまくった。 その結果、ROIS-DS-JOINT2020と …

Continue reading »