Category: misc

March2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 3月 2020.

DBCLSでの約13年を振り返って

本日2020年3月31日をもってライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を辞めました。 いつかはこの日が来るだろうと勤めだした頃から思っていましたが、12年と9ヶ月もの長きに渡って居ることになるとはその時には想像してませんでした。

DBCLSに参画する前は、理化学研究所でマウス完全長cDNAクローン作成とその配列解読プロジェクト(現在もその後継は続いており、FANTOMとして知られているプロジェクト)に関わったあと、典型的な生命医科学分野の実験メインの研究を埼玉の秘境にある大学の研究センターで行なっていました。 より詳しくいうと、ゲノムも解読され、ゲノムや遺伝子アノテーションもしっかり付けられ、おまけに全ての遺伝子に対してRNAiのライブラリが利用可能だった線虫(C.elegans)を使って、脂肪細胞分化とクロストークする低酸素刺激による遺伝子制御ネットワークをトランスクリプトーム測定(当時はマイクロアレイ)によって研究していました。

しかし他の生物種との比較解析を行おうとした時に、そのアノテーション状況をはじめとしたデータベースの不備が障害となって、その場しのぎの突貫工事ばかりでなかなかうまくは進められずにいました。 そんな中、生命科学分野のデータベース(DB)を統合して誰でも自由に無償で使えるようにしようというプロジェクトがあると聞いて関わるようになりました。 その場しのぎではなく、きちんと生命科学研究におけるインフラとなる高速道路を作って、アイデアが出た時にすぐに必要なデータを統合して研究ができるようにしたかったからです。 だから、最初は以前の所属のまま、教材を作成する仕組みを作るプロジェクトに参画しました(2006年度)。 教材づくりをやったのは、統合DBプロジェクトとして教育をやって欲しいという意向があったからで、今も変わらぬ同志であるかずさDNA研究所(現・国立遺伝学研究所)の …

Continue reading »


eBooks for Dr Bono Series

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 09 3月 2020.

DrBono本と道場本の電子版

先日公開したエントリ、生命科学データ解析の本ガイドでも紹介した以下の2冊の電子版が、医書.jpより本日2020年3月9日に発売開始に。

Kindle版ではなく、独自の形式での販売なのでご注意を。 Amazonからは相変わらず紙版のみ販売…。

Continue reading »


26th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 3月 2020.

26th Workflow Meetup

なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと思いきや、意外にも10人近く会場に集まり。 新規参加者が多かったこともあり、live codingでCWLの書き方が実演され、個人的には復習がてら参加。

また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローで得られたreference transcriptome配列セットに対して、salmonのバージョン1系で定量するCWLに引き続き取り組んだ。

lib_typeに関して、inputBinding:position: 1を指定して前にオプション指定しないとダメらしい。 それでとりあえず動くCommandLineToolとなった。 以下はsingle-endの場合で、paired-endもほぼ同じ。

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
label: "Salmon quant: quantifying the samples"

hints:
  DockerRequirement:
    dockerPull: combinelab/salmon:1.1.0

baseCommand: [salmon, quant …

Continue reading »


Feburary2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 2月 2020.

2020年2月を振り返って

2020年2月は前半に共同研究打ち合わせの出張があった他は出張も少なく、懸案の論文執筆を進めたり、データ解析を進めたり、研究を進めることができた。

そして、先月に続いて、論文の公開が続いた。 とはいえ、今月のは先方メインの共同研究論文ばかりだが。

  1. キンウワバトビコバチの多胚形成の論文 (査読あり)https://doi.org/10.1186/s12864-020-6559-3
  2. 新規低酸素応答因子GLIS1の論文 (査読あり)https://doi.org/10.1093/carcin/bgaa010
  3. Biohackathon15の論文(プレプリント) https://doi.org/10.12688/f1000research.18236.1

これで、2020年すでに論文5本(査読あり4本)。 かつて頑張った成果なだけ、引き続き頑張ろう。

Continue reading »


AirPods Pro

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 2月 2020.

AirPods Pro

ずっと欲しかったAirPods Pro。 自分への誕生日プレゼントと思い、Apple Storeに行った時に売っているかも、と思って何回か挑戦。 2020年1月頭に出張先のSan DiegoのApple Storeでも探したがやはり品切れ。

そこで観念して、帰国後注文。 届くまでに1ヶ月かかると表示されていたが、昨今のコロナウイルス騒ぎの影響を受けず、きっちり予定日に送られてきた。 宅配業者のログを見ると、上海から始まって、深センを経由して日本に送られてきているようだ。

まず驚いたのは、装着すると周りの雑音がさっと消える。 そして、音楽に集中できる。 AirPodsと比べてより耳にフィットするようにゴムのイヤーパッドが付いているのはそのためだろう。

これまではノイズキャンセリングヘッドホンを長いフライトの出張時には持っていっていたが、これで代用できるかも。 しばらく使って試したい。

Continue reading »


Books for Biological Data Analaysis

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 16 2月 2020.

生命科学データ解析の本ガイド

2019年に生命科学データ解析関連で4冊本を出版したため、「ぼうのうさんの本を読みました」と言われてもまず「どの本?」と訊き返すところから始まることが多く。 また、「どれを読めばいいですか?」という質問も多いので、自分で出版に関わった本のガイドらしきエントリを。

なお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。

オールラウンド向け

Dr.Bonoの生命科学データ解析 #DrBonoBon

バイオインフォマティクスの教科書として、MountさんによるBioinformaticsの翻訳本が2000年代にあったが、それもoriginalが改訂されることなく絶版に。 そこで、その本の内容のうち、配列解析に関わる部分を中心に、次世代シーケンサーからの塩基配列データが溢れる2010年代向けに書かせていただいた本がこの #DrBonoBon。 2008年から始めた統合データベース講習会AJACSでの講師経験や、実際の共同研究での実戦経験が元となっていて我ながらコンパクトにまとまっている。 2017年9月出版で、これまでに多くの方に読んでいただいた(と思われる)。

コマンド等もたくさん書いてあるものの、本書はあくまで教科書で、それをターミナルに打ち込んでもうまく動かないことが多く。 その要望を受ける形で以下に紹介する#DrBonoDojoが出版されることとなった。

生命科学データベース・ウェブツール #TogoTV18

統合TVは動画で生命科学分野のデータベースやウェブツールを紹介するサービスで、DBCLSに我々が来た2007年7月から続けている古参のサービスでもある。 統合TVはウェブ上のサービスだし、それを本にするなんておこがましいと思ってきたが、それではリーチしない生命科学者層があることに学会年会などの展示ブースでひしひしと感じていた。 そこで、統合TVの中でも人気の動画を紹介する紙媒体の本を出そうということで、2018年11月に出版したのがこの …

Continue reading »


25th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 2月 2020.

25th Workflow Meetup

前回は大阪会場から参加。 25回目の今回はいつも通り、東京会場での参加。

今回は、学認クラウドのハンズオンがあり、実際に使ってみた。 Jupyter notebookから使えることに驚き。 このやり方というかインターフェース、他にも応用できるなあと。 続いて行われたマニアックな使い方にも驚き。 NFSがそんなところに張れるとは…。 (利用料金などは抜きにして)技術のすごさに脱帽です。

また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローに関して、CWLがちゃんと動かないところに取り組んできたがgive upして識者に訊いてみた。 実は前のslackの続きに書いていただいていたようで、見逃していた…。 CWL化するのにファイルのリストを書いたファイルのファイル名を引数に渡すやり方は無理っぽい。全てのファイル名を引数として渡す必要があるとのことで。解決してスッキリ。

Continue reading »


January2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 1月 2020.

2020年1月を振り返って

2020年1月はPlant and Animal Genome Conference (PAG)に行った影響で、出張外泊数にして年頭から9泊にもなった(PAGでの詳細は、各日のブログエントリ参照。1日目2日目3日目4日目5日目)。

また、年末にrevised versionを出してあった低酸素トランスクリプトームのメタ解析論文がacceptされ、published

Bono H, Hirota K. Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases. Biomedicines 8(1): 10 (2020) https://doi.org/10.3390/biomedicines8010010

さらに、次の後半には年末にacceptとなっていた別の論文(AOEの論文)もpublished

Bono H …

Continue reading »


bio info meeting around 10th

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 1月 2020.

バイオとインフォの会10回目(くらい)

同業種飲み会であるバイオとインフォの会、だいぶご無沙汰していたが、今回予定があったのでかなり久しぶりに参加した。

知り合いにまだ知り合いでない私の知り合いを紹介するというミッションを担って、できる限り紹介して回ったつもり。 実にこの会は、業界内の人の流動性が高まることに寄与しているように思う。 現に、お会いした知り合いは前にあった時と所属が変わっていることが多く。

今回、会をセッティングしてくれた服部さんとコニカミノルタのみなさんに感謝いたします。

Continue reading »


Uber debut

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 1月 2020.

Uberデビュー

空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。 支払いに一切現金を使わず、運転手とお金のやり取りをしない点が一番驚いた。 また、事前に料金の概算が出てて、乗車後すぐに確定することも。 それらのreceiptも全て電子メールですぐに送られてくるのも、ペーパーレスで素晴らしい。

しかし、やはり1回目は心理的な障壁が高く、これまでに使ったことがある人と一緒だったから気軽に使えたというのが間違いなくある。 アカウントの作成時にPayPalのアカウントをすでに持っていたから簡単だったが、それも今回の渡米中にトローリーに乗るためのアプリで必要だったためにその場で作成したものであった。

スマホのアプリは、日本だとポイントカードがわりで普及していることが多い印象だが、こちらは実際の支払いとカップルさせて使われている一端を身を以て知った今回のアメリカ出張だった。

Continue reading »


Plant and Animal Genome Conference XXVIII day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 1月 2020.

PAGXXVIII day5

最終日の5日目も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える前方に陣取るが、場所を移してもやはり寒い。 終了後、トイレに駆け込むいつもの展開。

その後、Digital Toolのworkshop。 途中で抜けてランチ。 そして、PacBioのWorkshopでGoogle Healthなお話をうかがう。 最後は、Honeybee Genomicsのworkshopへ。

午後7時ぴったりに例年通り懇親会開始。 懇親会中のアナウンスで、参加者は3,500人ほどであったこと、日本77人で国別参加者で6位らしいことなどを知る。 参加者はまだまだ増加しているようだ。 きっと今後もまた来るだろうな。

Continue reading »


Plant and Animal Genome Conference XXVIII day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 14 1月 2020.

PAGXXVIII day4

今日も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える座席は極寒の地でもあるが、着込んで我慢する。

休憩時間中にIlluminaのブースで、昨日まではDRAGENが置いてあった場所で、NextSeq2000の実機にお目にかかるなど。

その後、Bioinformaticsのworkshopに参加するが、Bioinformaticsとはいえ、ほぼGenome assembly。 色々と情報をアップデートした。

ランチを挟んで、徒歩8分ぐらいの別会場のホテルでBeyond DrosophilaというDipteraのworkshopに。 やっぱり、Arthropod関係のセッションが増えている。

その後戻って、Gene expression analysisのWorkshop。 とはいえ、植物ばっかりがターゲットだったが。

今日は全く空き時間がなく、あっと言う間に終わってしまった感。

Continue reading »


Plant and Animal Genome Conference XXVIII day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 13 1月 2020.

PAGXXVIII day3

朝8時からplenary lecture x2。 その後、ポスター発表。 電子メールで通達された番号とアプリで検索して出てくる自分のポスター番号が違っているという謎。 前者の番号の場所に貼ったが、30枚用意したハンドアウトは全て売り切れてしまったのに、特に質問されることはなく。

通し番号で1100ぐらいまであったが、貼っていないのも多く。 自分のもそうだったが、duplicationもいくつかあった模様。

昆虫のとあるポスターのタイトルに萌えた。

Every species can be a model

現にそういう状況になっているからこそのタイトルだった。

午後一で、NCBIのworkshop。

NCBI Sequence Archives are FAIR

というIleneさんのスライドから始まって、SRAなどのDBに関して紹介があった。 そして、Benがラストバッターで、冒頭からBen節が爆裂! 彼もData Sharingの重要性を説くところから始まって、色々と名言を。

Use 'tblastx' instead of 'blastn'

これは私が共同研究先の学生さんに教えることの一つ。 また、

With Better Metadata, Batch Effects …

Continue reading »


Plant and Animal Genome Conference XXVIII day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 1月 2020.

PAGXXVIII day2

朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。

夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。

Continue reading »


Plant and Animal Genome Conference XXVIII day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 1月 2020.

PAGXXVIII day1

4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。

California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表していたのが、今回は手前で、仕切りまできっちり出来てたり。 ちなみに、スマホ専用のロッカー型充電器が学会のために協賛企業のdonationで設置されており、誰でも利用可能であった。

ランチに噂のBeyond Burgerを食す。 全く問題なく、普通にうまい。 4年前に来た時の劇マズのランチからかなり反省した感がある。

18:20からもApplication of New Genomic Tools and Techniques in Arthropodsのworkshopが20:30まで。 Arthropod関係増えてきた? 前回自分が気づいてなかっただけかもしれないが。

Continue reading »


Plan 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 1月 2020.

2020年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年も宣言したいと思います。

  1. 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける
  2. そこで必要となる新しい研究手段を開発する
  3. 国際的な共同研究にも注力する
  4. 研究代表者としてグラント獲得する

Continue reading »


Review 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 12月 2019.

2019年を振り返って

もう今年(2019年)もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。

1 公共遺伝子発現DB目次の論文化

AOEの論文化は、結果として二段階で行われた。 まず5月にあったCold Spring Harbor Meeting の The Biology of Genomes 2019で発表する前にbioRxivにプレプリントとしてアップした。

そして、bioRxivの'Submit bioRxiv Preprint to a …

Continue reading »


Introduction to Medicine

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 12月 2019.

はじめての医学

単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただいた(出版社のページ)。 著者は、かつての大ボスの研究室出身の木南凌先生で、面識はないもののよく話は伺っている先生。

目次をみると、よくある病気の概略と症例、治療薬、病態や薬効の説明が章ごとに、19の章でカバーされている。 医学の知識が体系的に、ではなく、「がん細胞と正常細胞はどこが違うのか(18章)」などのトピックベースに各章10ページほどで短くまとめられており、肩肘張らずに読むことができる。

本のカバーには、「はじめて医学を学ぶ人のナビゲーションBook」や「医学生だけなく、保健学科や生命科学系の学生、院生にも役立つ」と書かれている。 実際読んでみると、医者ではない生命科学研究者の私が持っている断片的な情報が、それぞれの疾患という観点から編み直されていく感じで知識が整理された。 また、難しい専門用語の解説が豊富でそれ以外にも平易な日本語表現になるよう徹底されており、学びはじめた医学生に向けたつもりが、保健学科や生命科学系の学生、院生向けにもなっているのを実感した。 自分が院生の時にこういう本があったらよかったな…。

章のタイトルは以下の通り。

  • 第1章 「イライラ,ドキドキ」となるバセドウ病はホルモンの病気
  • 第2章 上腹部の痛みや不快感を感じたら,胃潰瘍を疑ってみよう
  • 第3章 どうして見えにくくなるのか,緑内障
  • 第4章 …

Continue reading »


Nights in hotels 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 25 12月 2019.

2019年出張外泊数

三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さらに悪化。

泊数
2019 91
2018 83
2017 77
2016 77
2015 65
2014 50

今年も努めて抑制するようにして来たのだが、Biohackathon Europeに行くなどもあって逆に悪化。 確かにどこに居てもできる仕事といえばそういう側面もあるのだが…。

Continue reading »


Books published in 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 12月 2019.

2019年に出版した本

2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。

2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者のみなさんの協力もあり全てきちんと出すことができた。 それらの本のリストは以下の通り。

なお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。

全てが生命科学データ解析に関わる内容で、#IT4BDAがIT系のエンジニアさん向けの入門書、#DrBonoDojoが生命科学研究者向けの入門的なチュートリアルとなっている。 暮れに出した2冊は生命科学研究者向けのチュートリアルなのだが専門的で、#RNAseqRecipeがRNAseqデータ解析に特化しており、#NGS_DATは次世代シークエンサー(NGS)を利用したさまざまな解析のデータ解析に向けた内容となっている。

その4冊を並べて記念撮影。よく頑張りました。

記念撮影

Continue reading »


23rd Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 12月 2019.

23rd Workflow Meetup

前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。

HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ! あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 ありがとうございました。

Continue reading »


Bee Summit 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 13 12月 2019.

ミツバチサミット2019

最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参加。 ちょうど、本務先の会議が午前中で終わって、午後からその近くのつくばであったこともあり。

その日聞くべきセッションは1時間であっという間に終わり。 その合間に我々的にはアウトリーチと呼んでいるような展示やイベントを見たり参加したり。 学会の年会と異なり、ゆるい感じのスケジュールに開放感を覚えるなど。

著者の一人から献本いただいた、生物の科学遺伝の「ミツバチ新時代」特集を一通り読んでから参加したからある程度の予備知識があって楽しめた。 2日目の夜にあった懇親会も300人規模ということで、複数のフロアーに渡っての会場とか、前代未聞でおもしろかった。 もっとさまざまな人と話して交流できればよかったなあ、と。 それには、自分の知識と経験をもっと増やさないと。

Continue reading »


42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会4日目

今日で最終日で、展示会も半日で終了。 名前の入ったポスター発表も本日。 相変わらず熱心に発表していたようで、用意したハンドアウトをほぼ配り切ったらしく。 素晴らしい。

DRY2本の「再現」を自分の秘書さんにお願いしてくれた先生が声をかけてきてくれて、挨拶させていただくなど。 それ以外にも本売り場の近くに居る時に見つけられてサインしたことも何度か。 本を出すことの威力はやはり凄い。 だから、みなさん、書きましょう。

今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。

Continue reading »


42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 05 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会3日目

今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。

結果として、24冊の本にサインした。 サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。

あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。

ご購入いただいた方、ありがとうございました。

Continue reading »


42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会2日目

朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字通り、朝飯前となってしまった。

Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. Hidemasa Bono, Kiichi Hirota bioRxiv 267310; doi: https://doi.org/10.1101/267310

そして、朝食後、歩いて会場へ。 基本ブース近くに居たが、打ち合わせが2件あったり。 夜に虫の会のフォーラムで、「種間トランスクリプトーム比較による有用物質を生産する昆虫の機能解析」と題して前座を務める。 その後、虫の会本会は、楽天地のもつ鍋。 普段話しない人たちとの交流は大変刺激的。楽しかった。 最後は、閉店間際の長浜ナンバーワンのラーメンで締めた。

Continue reading »


42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会1日目

本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会(分生)

今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーが展示会/ポスター会場の一角(入って右奥)にて、今年も特別企画として。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやってますので、参加される方はぜひお立ち寄りを。 いつものお願いですが、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。

そして、夜のフォーラム時間帯には、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラム「研究成果発表のあるべき姿:オープンサイエンス推進の潮流」に。 bioRxivとは何か、の講演をさせていただく。 プレプリント、特にbioRxivに関して、非常に関心の高いことに驚いた。 「BioRxivとは何か」のブログエントリが一番見られているコンテンツとなっているのも納得。 何人かの方の要望もあり、使ったスライドはfigshareにアップ

Bono, Hidemasa (2019): bioRxivとは何か?. figshare. Presentation. https://doi.org …

Continue reading »


autograph session at MBSJ42

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 12月 2019.

著者編者サイン会@第42回日本分子生物学会年会

2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向けに生命科学データ解析に関して興味を持ってもらう狙いで書いた本だった。

そして秋になって、まず9月末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)。 さらに、年末にRNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ(RNAseqレシピ本)と次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版(DRY解析教本2)。

現時点で売り出されていない本も含めて、上記3冊は今週2019年12月3日〜6日まで福岡で開かれる第42回日本分子生物学会年会の会場において発売される。 しかも、年会3日目の5日にはこれらの本の著者・編集者(私だが)のサイン会が合同で行われることになった。 統合されたサイン会の詳細は以下の通り。

  • 日時:2019年12月5日(木)13:00-14:00
  • 場所:展示場 書籍売場

皆さんのお越しをお待ちしております!

Continue reading »


November2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 11月 2019.

2019年11月を振り返って

秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。

2019年11月は中盤からずっと出張で、出張外泊数にして13泊にもなった。 DBCLS柏でのAnnotathon2019(12)に始まって、それから連続での奄美大島での第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学(13-16)、さらに続けてのBiohackathon Europe 2019(17-24)、そして神戸出張(25-27)。 最後に三島でのSPARQLthon86(28-29)。

出張でのイベントややるべきことに集中しながらも、並行して進めている論文投稿やプレゼン準備などよくこなせたなあと。 11月最後の本日30日には、査読論文誌に投稿、bioRxivにも同時にそのプレプリントをアップロード。 別の論文のReviseも進行中で、再投稿間近、という状況。

12月頭の分セーに照準を合わせて出版準備してきた2冊の編集担当書籍(RNAseqレシピ本DRY解析教本第2版)も、そのハードコピーが本日30日までに届くなど。

それにしても怒涛のような11月であった。

Continue reading »


BioHackathon Europe 2019 day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 11月 2019.

#BH2019Europe day5

ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。

  • Achievements:
    • 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas.
    • 2 Discussed how to re-use Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data for long non-coding RNA (lncRNA) knockdown (by …

Continue reading »


BioHackathon Europe 2019 day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 21 11月 2019.

#BH2019Europe day4

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?

まずは、昨日の続きでテストケースの計算をした後、これまで考えてきたことをさらに具体化、文書化してまとめた。

誘われて施設内にあるプールに行ってみたり。 プールだけでなく、ジャグジーやサウナもあって素晴らしい。 Biohackathonでいつも深刻な問題となっている運動不足が解消できた。

この日が最後の夜とあって、豪勢な夕食だったが、11月の第3木曜日ということでBeaujolais nouveau 2019が提供されるなど。 考えてみればこの日になるのは事前から判っていたはずだが、日本での一足先の解禁のニュースを見てひょっとして、と思っていた程度だった。 御当地フランスで解禁日を迎えたこと、いい思い出となることだろう。

Continue reading »