All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにアップロードした。
All of gene expression (AOE): integrated index for public gene expression databases Hidemasa Bono bioRxiv 626754; doi: https://doi.org/10.1101/626754
いわゆる「論文」と違う点は、この論文はまだ査読(peer-review)を受けていないということである。 なので、業績などにカウントする「査読付き論文」には入らない。 しかしながら …
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous phenotypes associated with hypoxia-inducible factors are not influenced by the volatile anesthetic isoflurane in renal cell carcinoma” が PLOS ONE に掲載された。 全身麻酔で一般的に広く用いられている揮発性吸入麻酔薬「イソフルラン」が、通常の手術で使われる濃度と使用時間ではヒト腎臓がん由来の細胞株の、包括的ながん細胞としての性質には統計学的に有意な影響を与えないことを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は3本目。
前々回の論文や前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析は、次世代シークエンサーDRY解析教本に沿って。
first authorとcorresponding authorの方々が自分でやり方をDRY解析教本で勉強して、Figure7にあるような論文の図を作成するところまでやり遂げていただいた。 Figure8の散布図による発現値の可視化に関しては …
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。
活性酸素を除去する酵素を、カイコガ(Bombyx mori)とタバコスズメガ(Manduca sexta)でタンパク質ドメイン検索して候補を選定、それを生物（ナマモノ）で様々な条件で発現を調べたという研究。 今回も主に、RNA-seqデータ解析とタンパク質ドメインの配列解析で共同研究に貢献した。 もちろん、それらのデータは公共DB(Sequence Read Archive)に登録され、再利用可能なようになっている。 今回のRNA-seqデータは、前回公開したRNA-seqデータの追加分なので、SRAのaccessionとしては別のID …
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity” が Scientific Reports に掲載された。転写因子HIF-1によるミトコンドリアの酸素代謝の抑制がプロポフォールによって引き起こされる細胞毒性を緩和することを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は2本目。
前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析はその発現定量化などは、first authorの方が次世代シークエンサーDRY解析教本を元に自分でやり方を覚えてやってくれてて。とはいえ、自分でやってみて出てきた疑問点を中心にお答えする会を一度開いて教え込みましたが。
それ以外にもFigure6のGene set enrichment analysisなど、データ解析で貢献。あと、今回は配列データの登録も（前回はSRAからデータを検索してきて再利用しただけだったので登録はなかった）。これはSequence Read Archive(SRA …
