Category: papers
Meta-analysis of Heat-Streassed Transcriptomes Published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 30 8月 2023.
公共遺伝子発現データベースを用いたヒトとマウスの熱ストレストランスクリプトームのメタ解析論文出版
M2の大学院生がfirst authorである …
R3 WikiPathways report in BioHack23
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 13 7月 2023.
R3 WikiPathways group report in BioHack23
2023年6月に参加したBioHackathon2023 。
BioHackathon2023 / "2019年に博多で開催して以来、開催できてなかった国際版のBiohackathon。4年ぶりについに開催で、今年2023年は香川県の高松と小豆島にて。" https://t.co/a0vh2yzrfh#biohackjp pic.twitter.com/Nfr5DQcU8K
— オープンサイエンス推進者な …
Meta-analysis of queen and workers transcriptomes in eusocial insects published
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 06 5月 2023.
社会性昆虫における生殖分業に関連する候補遺伝子同定論文出版
2022年11月にbioRxivにプレプリントアップロードしてあった、プロジェクト研究員による公共RNAシーケンスデータのメタ解析による社会性昆虫における生殖分業に関連する候補遺伝子同定の論文が、査 …
1st GEM paper published
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 22 12月 2022.
1stGenome Editing Meta-DB paper
2022年9月に参加した国内版バイオハッカソンBH22.9 での Genome Editing Meta-database (GEM) の報告をその月の終わりにBioHackrXivにプレプリントとして公開 したが、 この度、その論文を査読 …
Reference genome sequences of Mythimna separata published
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 17 12月 2022.
アワヨトウゲノム配列解読論文
1ヶ月前にbioRxivから公開していたアワヨトウゲノム配列解読論文が査読済みとなり、Insectsからpublished。 acceptedから1日でという爆速はいつも通り。
Reference Genome Sequences of the Oriental Armyworm, Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae)
https://doi.org/10.3390/insects13121172
今年になって始 …
Meta-analysis of public RNA sequencing data of queens and workers in social Hymenoptera and termites
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 23 11月 2022.
社会性ハチ目およびシロアリにおける女王と働き蜂のトランスクリプトームのメタ解析
プロジェクト研究員によ …
Reference genome sequences of Mythimna separata
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 19 11月 2022.
アワヨトウゲノム配列解読論文
NARO横井さん、上樂さん、筑波大学の古川先生、によるアワヨトウMythimna separataのゲノム配列決定論文がbioRxivから公開 …
Genome paper for Perilla frutescens in Japan
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 16 11月 2022.
アカシソゲノム配列解読論文
約2ヶ月前にbioRxivから公開していたアカシソゲノム配列解読論文が査読済みとなり、DNA Researchからpublished。
A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated …
Review Genome Editing and Bioinformatics published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 08 11月 2022.
ゲノム編集とバイオインフォマティクスの総説論文出版
共同研究講座助教の中前さんと共に執筆した総説が出版 …
Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data published
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 14 10月 2022.
セイヨウミツバチリファレンストランスクリプトームデータ構築論文出版
先月2022年9月にbioRxivにアップした論文が査読論文として公開された。 研 …
Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis Published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 11 10月 2022.
新しいリファレンストランスクリプトームによる新しい探索的メタ解析
GEM report in BH22.9
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 26 9月 2022.
Genome Editing Meta-DB report in BH22.9
2022年9月に参加した国内版バイオハッカソンBH22.9 での Genome Editing Meta-database (GEM) の報告が2022年9月26日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
GEM: Genome …
Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism published
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 23 9月 2022.
密度依存的なポリフェニズムを示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析論文出版
A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 17 9月 2022.
アカシソゲノム配列解読論文
プロジェクト研究員によるアカシソゲノム配列解読論文がbioRxivから公開。 材料をいただいた三島 …
Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 12 9月 2022.
セイヨウミツバチの公共RNA-Seqデータのメタ解析によるリファレンストランスクリプトームデータの構築論文
研究員（当時）とNARO横井さんによる、セイヨウミツバチApis melliferaの公共RNA-Seqデータのメタ解析によってリファレンストランスクリプトームデータを構築し、それを利用した解析事例の論文がbioRxivから公開。
先 …
Green Alga Genome by MinION published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 30 8月 2022.
MinIONによるアオノリゲノム配列解読論文出版
はじめはMinIONで初のゲノム配列解読のテストのつもりでやっていたのだが、きっちり論文にまとめるところまでやっていただき、プロジェクト研究員によるアオノリゲノム解読 …
Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis published!
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 18 8月 2022.
RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測論文出版
私が現職の広島大学に移ってきてすぐに私の異動を知ってRNA-Seqデータ解析について相談に来てくれたとても積極的な大学院生がいた。 その彼の論文がこの度、査読ずみ論文として出版さ …
Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 03 8月 2022.
ミツバチ種のゲノム中の転移因子のメタ解析論文出版
2年前に今のところに来た時にbioRxivにアップしたが色々あって、この2022年の4月に再度改訂版をにアップした論文が、査読済み論文となって出 …
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 19 7月 2022.
低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析論文出版
bioRxivにもアップしてあった論文を査読済み論文として出版。
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of …
Fanflow4Insects
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 28 6月 2022.
昆虫用Fanflowにいたるまで
論文がまた一本出た。 と言っても、bonohulabからは、去年2021年12月以来、ほぼ半年ぶり。 久しぶりの自分がfirst authorの論文だった（と言っても1年4ヶ月ぶり）。 今回のテーマ …
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 24 6月 2022.
低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析
プロジェクト研究員による低酸素環境下におけるシ …
Yet another FANTOM preprint
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 13 5月 2022.
シン・モデル生物の機能アノテーション
ちょうど一年前の今日2021年5月13日にアマミナナフシの機能アノテーションによるナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文を …
Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 5月 2022.
密度依存的な表現型多型を示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析
プロジェクト研究員による混み合い刺激 …
Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 02 5月 2022.
新しいリファレンストランスクリプトームで新しい探索的メタ解析
D2の大学院生（社会人ドクター）による論文がbioRxivから公開された。
Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes …
Activation of transcription factor HIF inhibits IL-1beta-induced NO production in primary cultured rat hepatocytes published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 20 4月 2022.
ラット初代培養肝細胞おける転写因子HIFの活性化によるIL-1β誘導性NO産生抑制論文出版
ラットの細胞ということで、オハコのikraでのRNA-Seqデータ解析パイプラインが使えず。 非モデル生物専門の出番というこ …
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 30 3月 2022.
ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文出版
bioRxivにプレプリントとして公開していた、ハダカデバネズミは炎 …
Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 26 2月 2022.
RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測
JST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の「バイオDX」産学共創拠点で共に取り組んでいる同じ研究科の研究室からのプレプリントが、 日本時間の2022年2月26日、bioRxivにプレプリントとして公開された …
SAQE papert 1st anniversary
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 25 2月 2022.
SAQE論文1周年
論文投稿してから24日という爆速で出版された論文から1年。 厳密には、論文タイトルとしては「昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析」であるが …
RefEx English Review
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 15 1月 2022.
RefExの英語総説
DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章として出版された。
RefEX: Reference Expression Dataset
https://doi.org/10.1007/978-981-16-5812-9_6
これを書いていたの …
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.
トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文
ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …
BioDX issue in Experimental Medicine
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 11 11月 2021.
実験医学 バイオDX特集
2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていただいていた、実 …
A new way of training students
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 04 11月 2021.
新しい大学院生の育成方法
2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 24 10月 2021.
ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
https://doi.org/10 …
A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 07 10月 2021.
モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published
すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。
A …
Ref16S report in BH21.8
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
Ref16S report in BH21.8
2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
Rapid metagenomic workflow using …
Kaiko transcriptomes paper press released
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文プレスリリース
Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストランスクリプト …
Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 29 8月 2021.
NPGLによる脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析
マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析の論文がbioRxivから公開された。
Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via AHR signal published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 17 8月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
2021年3月にbioRxivにアップロードした論文、
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal.
https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658
が、査読論文誌にpublished。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via …
A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 29 6月 2021.
モデルギクの染色体レベルのゲノム配列
6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がbioRxivから公開された。
A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 …
Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 13 6月 2021.
Polysulfide-HIF論文 published
関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide（多硫化物）がミトコンドリアを介して低酸素における低酸 …
Kaiko transcriptomes paper published
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 03 6月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文出版
bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンスト …
Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 20 5月 2021.
低酸素トランスクリプトームとビブリオームの統合メタ解析論文
bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 前回の研究で使 …
Comparative stick insect midgut transcriptomes paper out
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 14 5月 2021.
ナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文公開
2021年5月13日、かねてより取り組んできたナナフシの中腸トランスクリプト …
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 4月 2021.
ハダカデバネズミの2つのMR遺伝子論文
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat.
https://doi.org/10.1530/JME-20-0325
ハダカデバネズミの2つのミネラルコルチコイド受容体遺伝子論文が査読論文誌である Journal of Molecular Endocrinology に出版された。
学振 …
A new way of life, a new way of publishing papers
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 30 3月 2021.
新しい生活様式で新しい論文出版様式
2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による以下の論文がbioRxivから公開された。
Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers GPR146 as the novel hypoxia-inducible gene
https …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via aryl-hydrocarbon receptor signal
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 05 3月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広島に来てから始めた共同研究。 bioRxivにアップロードされたのが公開。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting …
Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 02 2月 2021.
昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析
公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。
そのシリーズ第二 …
Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 26 1月 2021.
完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読
ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が …
CSE activates HIFs in a ROS-dependent manner in human endometrium stroma cells
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 03 1月 2021.
共同研究論文が Antioxidants 誌に出版
初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出 …