英文総説がやっと出版。
Recent Advances in Genome Editing and Bioinformatics: Addressing Challenges in Genome Editing Implementation and Genome …
2年前の2022年に大学の公開講座ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～の3回シリーズの2回目ということで …
魚類の研究をされてきた研究 …
特任助教の田村さんによる植物トリテルペン生合成関連配列のRDF化の論文が、査読ずみ論文としてPlant …
D2の大学院生がfirst authorであるパーキンソン病に …
M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発 …
bioRxivから公開していた日本のキンウワバトビコバチゲノム配列解読論文が査読済み論文として G3 Genes|Genomes|Genetics からpublished。 東京農工大学大学院 農 …
M2の大学院生がfirst authorである …
2023年6月に参加したBioHackathon2023 。
BioHackathon2023 / "2019年に博多で開催して以来、開催できてなかった国際版のBiohackathon。4年ぶりについに開催で、今年2023年は香川県の高松と小豆島にて。" https://t.co/a0vh2yzrfh#biohackjp pic.twitter.com/Nfr5DQcU8K
— オープンサイエンス推進者な …
2022年11月にbioRxivにプレプリントアップロードしてあった、プロジェクト研究員による公共RNAシーケンスデータのメタ解析による社会性昆虫における生殖分業に関連する候補遺伝子同定の論文が、査 …
2022年9月に参加した国内版バイオハッカソンBH22.9 での Genome Editing Meta-database (GEM) の報告をその月の終わりにBioHackrXivにプレプリントとして公開 したが、 この度、その論文を査読 …
1ヶ月前にbioRxivから公開していたアワヨトウゲノム配列解読論文が査読済みとなり、Insectsからpublished。 acceptedから1日でという爆速はいつも通り。
Reference Genome Sequences of the Oriental Armyworm, Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae)
https://doi.org/10.3390/insects13121172
今年になって始 …
プロジェクト研究員によ …
NARO横井さん、上樂さん、筑波大学の古川先生、によるアワヨトウMythimna separataのゲノム配列決定論文がbioRxivから公開 …
約2ヶ月前にbioRxivから公開していたアカシソゲノム配列解読論文が査読済みとなり、DNA Researchからpublished。
A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated …
共同研究講座助教の中前さんと共に執筆した総説が出版 …
先月2022年9月にbioRxivにアップした論文が査読論文として公開された。 研 …
2022年9月に参加した国内版バイオハッカソンBH22.9 での Genome Editing Meta-database (GEM) の報告が2022年9月26日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
GEM: Genome …
プロジェクト研究員によるアカシソゲノム配列解読論文がbioRxivから公開。 材料をいただいた三島 …
研究員（当時）とNARO横井さんによる、セイヨウミツバチApis melliferaの公共RNA-Seqデータのメタ解析によってリファレンストランスクリプトームデータを構築し、それを利用した解析事例の論文がbioRxivから公開。
先 …
はじめはMinIONで初のゲノム配列解読のテストのつもりでやっていたのだが、きっちり論文にまとめるところまでやっていただき、プロジェクト研究員によるアオノリゲノム解読 …
私が現職の広島大学に移ってきてすぐに私の異動を知ってRNA-Seqデータ解析について相談に来てくれたとても積極的な大学院生がいた。 その彼の論文がこの度、査読ずみ論文として出版さ …
2年前に今のところに来た時にbioRxivにアップしたが色々あって、この2022年の4月に再度改訂版をにアップした論文が、査読済み論文となって出 …
bioRxivにもアップしてあった論文を査読済み論文として出版。
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of …
論文がまた一本出た。 と言っても、bonohulabからは、去年2021年12月以来、ほぼ半年ぶり。 久しぶりの自分がfirst authorの論文だった（と言っても1年4ヶ月ぶり）。 今回のテーマ …
プロジェクト研究員による低酸素環境下におけるシ …
ちょうど一年前の今日2021年5月13日にアマミナナフシの機能アノテーションによるナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文を …
プロジェクト研究員による混み合い刺激 …
D2の大学院生（社会人ドクター）による論文がbioRxivから公開された。
Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes …
ラットの細胞ということで、オハコのikraでのRNA-Seqデータ解析パイプラインが使えず。 非モデル生物専門の出番というこ …
bioRxivにプレプリントとして公開していた、ハダカデバネズミは炎 …
JST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の「バイオDX」産学共創拠点で共に取り組んでいる同じ研究科の研究室からのプレプリントが、 日本時間の2022年2月26日、bioRxivにプレプリントとして公開された …
論文投稿してから24日という爆速で出版された論文から1年。 厳密には、論文タイトルとしては「昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析」であるが …
DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章として出版された。
RefEX: Reference Expression Dataset
https://doi.org/10.1007/978-981-16-5812-9_6
これを書いていたの …
ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …
2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていただいていた、実 …
2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
https://doi.org/10 …
すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。
A …
2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
Rapid metagenomic workflow using …
Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストランスクリプト …
マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析の論文がbioRxivから公開された。
Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by …
2021年3月にbioRxivにアップロードした論文、
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal.
https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658
が、査読論文誌にpublished。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via …
6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がbioRxivから公開された。
A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 …
関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide（多硫化物）がミトコンドリアを介して低酸素における低酸 …
bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンスト …
bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 前回の研究で使 …