Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 5月 2022.
密度依存的な表現型多型を示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析
プロジェクト研究員による混み合い刺激 …
Category: papers
Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 02 5月 2022.
新しいリファレンストランスクリプトームで新しい探索的メタ解析
D2の大学院生（社会人ドクター）による論文がbioRxiv …
Activation of transcription factor HIF inhibits IL-1beta-induced NO production in primary cultured rat hepatocytes published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 20 4月 2022.
ラット初代培養肝細胞おける転写因子HIFの活性化によるIL-1β誘導性NO産生抑制論文出版
ラットの細胞ということで …
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 30 3月 2022.
ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文出版
Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 26 2月 2022.
RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測
JST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の「バイオDX」産学共創拠点で …
SAQE papert 1st anniversary
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 25 2月 2022.
SAQE論文1周年
論文投稿してから24日という爆速で出版された論文から1年。 厳密には、論文タイトルとしては「昆虫に …
RefEx English Review
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 15 1月 2022.
RefExの英語総説
DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章と …
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.
トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文
ほぼ1 …
BioDX issue in Experimental Medicine
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 11 11月 2021.
実験医学 バイオDX特集
2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていた …
A new way of training students
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 04 11月 2021.
新しい大学院生の育成方法
2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今 …
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 24 10月 2021.
ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
https://doi.org/10 …
A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 07 10月 2021.
モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published
すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスと …
Ref16S report in BH21.8
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
Ref16S report in BH21.8
2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリン …
Kaiko transcriptomes paper press released
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文プレスリリース
Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストラ …
Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 29 8月 2021.
NPGLによる脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析
マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスク …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via AHR signal published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 17 8月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
2021年3月にbioRxivにアップロードした論文、
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing …
A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 29 6月 2021.
モデルギクの染色体レベルのゲノム配列
6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色 …
Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 13 6月 2021.
Polysulfide-HIF論文 published
関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide（多硫化物）がミトコンドリアを介して低酸素における …
Kaiko transcriptomes paper published
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 03 6月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文出版
bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されてい …
Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 20 5月 2021.
低酸素トランスクリプトームとビブリオームの統合メタ解析論文
bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版 …
Comparative stick insect midgut transcriptomes paper out
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 14 5月 2021.
ナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文公開
2021年5月13日、かねてより取り組んできたナナフシの中腸トラン …
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 4月 2021.
ハダカデバネズミの2つのMR遺伝子論文
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat.
https://doi.org/10.1530/JME-20-0325
ハダカデバネズミの2つのミネ …
A new way of life, a new way of publishing papers
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 30 3月 2021.
新しい生活様式で新しい論文出版様式
2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による以下の論文がbioRxivから公 …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via aryl-hydrocarbon receptor signal
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 05 3月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広 …
Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 02 2月 2021.
昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析
公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする …
Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 26 1月 2021.
完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読
ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定が …
CSE activates HIFs in a ROS-dependent manner in human endometrium stroma cells
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 03 1月 2021.
共同研究論文が Antioxidants 誌に出版
初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出 …
Mariner-like elements in Apis
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 01 12月 2020.
Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species
着任後まもない、この4月に一度bioRxivにアップロードしてあったApis（ミツバチ属）のMariner-like elementに関する論文 …
FANTOM enters 20th year
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 19 11月 2020.
FANTOM20周年論文公開
2020年11月19日、Nucleic Acids Research のdatabase issueに FANTOM resource の論文が公開された。
FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs
https://doi.org/10.1093 …
Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 11月 2020.
ハダカデバネズミの褐色脂肪論文
Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal
https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6
2020年4月末にbioRxivにプレプリント …
TUATinsecta paper
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 10月 2020.
TUAT insecta論文公開
2020年10月15日、TUATinsectaデータベースの論文が公開された。 昆虫とそれが食べる植物（食草）の関係をデータベー …
Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 27 7月 2020.
FANTOM6論文公開
2020年7月27日、Genome Research に FANTOM6 の最初の論文が公開された。
Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping
https://doi.org/10.1101/gr.254219.119
論文の内容 …
TogoEx report in BH19 Europe
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 13 7月 2020.
TogoEx report in the BioHackathon Europe 2019
昨年(2019年)の秋に参加したBiohackathon Europe 2019 での TogoExグループの報告が2020年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公 …
Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 7月 2020.
ハダカデバネズミの老化細胞死論文
Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat
https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903
2020年7月4日、プレプリントとし …
GLIS1 Paper Published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 12 2月 2020.
新規低酸素応答因子GLIS1の論文published
広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本先生、廣橋先生のグループとの共同研究論 …
Copidosoma Polyembryony Paper Published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 11 2月 2020.
キンウワバトビコバチの多胚形成の論文published
去年(2019年)の3月に投稿して。 11ヶ月経ってようやくキンウワバトビコバ …
AOE paper published
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 25 1月 2020.
公共遺伝子発現DB目次AOEの論文がPLOS ONEにpublished
2019年5月のCold Spring Harbor Laboratory Meeting、The Biology of Genomesに参加、ポスター発表する前に、学会発表 …
Paper accepted: meta-analysis of hypoxic transcriptome
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 08 1月 2020.
低酸素トランスクリプトームメタ解析論文が査読論文誌にaccpet
低酸素関係の研究会で始めて発表したのは、2006年にあ …
Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 28 10月 2019.
蛹化が早まる現象の分子メカニズムの一端を解明
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准 …
Kaiko RefEx
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 18 10月 2019.
カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開
微力ながら参画させていただいたカイコリファレンスト …
AOE paper uploaded to BioRxiv
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 5月 2019.
AOEの論文をBioRxivにアップロード
All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにア …
Hypoxia-inducible factors are not activated by isoflurane
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 16 4月 2019.
共同研究論文が PLOS ONE に掲載
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous …
Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 19 2月 2019.
活性酸素を除去する新型酵素を昆虫から発見
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授 …
Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 12 6月 2018.
共同研究論文がScientific Reportsに掲載
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression …