Category: papers

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 02 2月 2021.

昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析

公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。

そのシリーズ第二弾として、今回昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析を。まず、2021年2月1日に論文をbioRxivにアップロードしたら、現在のような状況下であってもほぼ丸1日で公開。素晴らしいスピード感。

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.1101/2021.02.01.427354

（2021年2月26日追記）

1日 bioRxivアップロードと同時に査読論文誌に投稿
13日 minor revisionの知らせ、期限18日までと
14日週末を使ってrevise、英文校閲に出す
17日英文校閲から戻ってきたので、早速再投稿
18日 bioRxivもそのrevise版にアップデート
22日正式にaccept。投稿からジャスト3週間。
24日 Proofread。期限24時間以内
25日 …

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Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 26 1月 2021.

完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読

ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が出版。

Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinIONTM nanopore sequencing confers species-level resolution https://doi.org/10.1186/s12866-021-02094-5

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CSE activates HIFs in a ROS-dependent manner in human endometrium stroma cells

Written by Hidemasa Bono in papers on 日 03 1月 2021.

共同研究論文が Antioxidants 誌に出版

初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。タバコの煙によって誘導されるhypoxia-inducible factorsの活性化をヒト子宮内膜由来の間質細胞とその培養細胞系で調べた、という論文。

Cigarette smoke extract activates hypoxia-inducible factors in a reactive oxygen species-dependent manner in stroma cells from human endometrium https://doi.org/10.3390/antiox10010048

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Mariner-like elements in Apis

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 01 12月 2020.

Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species

着任後まもない、この4月に一度bioRxivにアップロードしてあったApis（ミツバチ属）のMariner-like elementに関する論文（プレプリント）をアップデート。とはいえ、ほぼ全てfirstかつcorresponding authorの横井翔さんがほぼやってくれたのであるが。

Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species https://doi.org/10.1101/2020.04.15.035063

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FANTOM enters 20th year

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 19 11月 2020.

FANTOM20周年論文公開

2020年11月19日、Nucleic Acids Research のdatabase issueに FANTOM resource の論文が公開された。

FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054

論文の内容に関してはFANTOM5と6のリソースを紹介するもので、今年2020年7月にでたFANTOM6論文を補完する内容となっている。今年2020年でFANTOMを2000年に始めて20周年ということで、名付け親の自分としてはなんとも感慨深い。

The first FANTOM meeting was held from August 28, 2000. Thus …

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Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 11月 2020.

ハダカデバネズミの褐色脂肪論文

Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6

2020年4月末にbioRxivにプレプリントとして公開されていたハダカデバネズミの褐色脂肪論文が査読論文誌である Scientific Reports に出版された。個人的には、今回初めて発現定量値をDDBJのGenomics Expression Archive(GEA)に登録(E-GEAD-294)、それが公開された例となった。ただ、プレプリントとして論文をアップロードした際にすでにデータは公開してあるので、このタイミングで公開した、というわけではないのではあるが。

これもまた、老化細胞死論文の時にも書いたように、first authorの（当時）学生さんがデータ解析方法を覚えて自らやってくれた実例で、そちらの意味でも大変嬉しい。繰り返しになるが …

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TUATinsecta paper

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 10月 2020.

TUAT insecta論文公開

2020年10月15日、TUATinsectaデータベースの論文が公開された。昆虫とそれが食べる植物（食草）の関係をデータベース化して、そこから見つけてきたことを掘り下げてまとめる、というDB利用の理想的なカタチにまとまっている。

Construction of TUATinsecta database that integrated plant and insect database for screening phytophagous insect metabolic products with medicinal potential https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門動物生化学（昆虫系）研究室との共同研究だが、あくまで先方がメイン。私はその公開にあたり、TOGODBを使うことを勧めたりとか、そういう脇役での貢献。

2020年は、これで査読論文8本目、プレプリント含めると14本目。そして …

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Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 27 7月 2020.

FANTOM6論文公開

2020年7月27日、Genome Research に FANTOM6 の最初の論文が公開された。

Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping https://doi.org/10.1101/gr.254219.119

論文の内容に関しては理化学研究所のプレスリリースに詳細があるので、そちらを。このFANTOMという名前は、ちょうど20年前(2000年)に（のちにFANTOM1と呼ばれる）マウスのcDNA機能アノテーションミーティングに向けて我々が開発していた機能予測プログラムの名前だったのだが、それが今も引き続き使われているものである。

個人的には、Genome Research に名前の入った論文が出るのは2003年の FANTOM2 特集号以来で、なんと17年ぶり。これまでに出した論文の数でいうと一番それが多い雑誌（今回のを含めて14本）がこの …

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TogoEx report in BH19 Europe

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 13 7月 2020.

TogoEx report in the BioHackathon Europe 2019

昨年(2019年)の秋に参加したBiohackathon Europe 2019 での TogoExグループの報告が2020年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

TogoEx: the integration of gene expression data https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9

レポート自体は年末に言われて年始には出したのだが、色々とダメ出しをくらって、共著者の粕川さんにも多大なるご助力をいただいて、ようやくの公開。ある意味マイルストーン的な報告であり、特に何か新しい仕組みができたわけではなく。

今後の研究開発の一つの方向性として、この研究も引き続きやっていくつもりであるが、論文中に切実に書いてあるように、それを一緒にやる人材を集めていかねば。引き続き、頑張ろう！

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Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat

Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 7月 2020.

ハダカデバネズミの老化細胞死論文

Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903

2020年7月4日、プレプリントとして公開された。

自分がこの研究に関わり始めたのはちょうど5年前、2015年の7月だった。その前の研究が一段落して次の研究テーマも、ということで。

当初はTopHat2で発現定量していたのだが、その過程でいろいろなツールが開発され、それらを知って試しての繰り返し。また、リファレンス配列に関してもEnsemblのメインで維持されるようになり、その結果機能アノテーション情報も大変使いやすく。この5年で、Alignment-freeのsalmonやkallistoでも発現定量が実行できるレベルにまでリソースが整備されている状況になってきている。もちろん、ヒトやマウスほどにアノテーション情報が充実しているわけではないのではあるが。

そして、それらのツールやデータベースを使いこなせる研究者を増やせたのが何よりもよかった。彼らに教えることで得た気づきは、その5年のうちに出版した複数の生命科学データ解析に関わる本に反映されている。

そのおかげで、後半は優秀な生徒たちの手によってデータ解析がほぼこなせるようになり、研究が加速する原動力になった。自分がやってしまうよりも …

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GLIS1 Paper Published

Written by Hidemasa Bono in papers on 水 12 2月 2020.

新規低酸素応答因子GLIS1の論文published

広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本先生、廣橋先生のグループとの共同研究論文がadvance articleとして、published。

GLIS1, a novel hypoxia-inducible transcription factor, promotes breast cancer cell motility via activation of WNT5A. Carcinogenesis doi: https://doi.org/10.1093/carcin/bgaa010

この論文に関してもデータ解析手法を教えて、その結果の解釈をサポートした程度ではあるが。 ~~内容に関しては後ほど追記予定。~~

（2020年3月12日追記）2020年3月12日に低酸素環境において活性化して、がん細胞の遊走・浸潤を促進し、放射線抵抗性を促進する分子 GLIS1 を発見した論文に関して、広島大学からとDBCLSから、それぞれにプレスリリースがあったので、内容を補足。低酸素環境にあるがん細胞では、転写因子GLIS1量が増えて遺伝子発現量の調節を行い、特に WNT5Aというがん細胞の浸潤を促進することが知られている遺伝子を調節することにより、がん細胞の浸潤能力を高めていることを確認。遺伝子発現解析の基準となる各遺伝子の正常組織 …

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Copidosoma Polyembryony Paper Published

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 11 2月 2020.

キンウワバトビコバチの多胚形成の論文published

去年(2019年)の3月に投稿して。 11ヶ月経ってようやくキンウワバトビコバチの多胚形成に関する論文が出版された。

Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum. BMC Genomics 21:152 (2020) doi: https://doi.org/10.1186/s12864-020-6559-3

個人的にはデータ解析手法を教えて、その結果の解釈をサポートした程度であるが、今回は大変嬉しい。内容に関しては後ほど追記する。

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AOE paper published

Written by Hidemasa Bono in papers on 土 25 1月 2020.

公共遺伝子発現DB目次AOEの論文がPLOS ONEにpublished

2019年5月のCold Spring Harbor Laboratory Meeting、The Biology of Genomesに参加、ポスター発表する前に、学会発表する前にはその内容をbioRxivにアップするという慣例に基づき、公共遺伝子発現DB目次AOEに関するプレプリントをアップした。

All of gene expression (AOE): an integrated index for public gene expression databases. bioRxiv 626754; doi: https://doi.org/10.1101/626754

bioRxivにアーカイブした、そのままでも良かったのだが、

将来的にどう流れていくか解らないしどうせbioRxivに投稿する所まで完成しているのなら査読誌に通しておこう（research for the best cure™::blog-for hypoxia …

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Paper accepted: meta-analysis of hypoxic transcriptome

Written by Hidemasa Bono in papers on 水 08 1月 2020.

低酸素トランスクリプトームメタ解析論文が査読論文誌にaccpet

低酸素関係の研究会で始めて発表したのは、2006年にあった第3回がんとハイポキシア研究会で、実に14年前。まだDBCLSに移る前。それからこの分野の研究も、本業のDBを使いやすくする仕事と並行して細々とやってきた。さまざまな研究者が発表する低酸素ストレスで発現が変動する遺伝子たち。それらを遺伝子発現DBから再解析して、より多くのデータでサポートされる遺伝子をリストアップしておけば有用ではないかと考え、上述の研究会で複数の研究者に使ってもらえるようお願いした。そして、2年前(2018年)の2月に、その結果を、bioRxivへの初の論文として投稿した。

Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. bioRxiv 267310; doi: https://doi.org/10.1101/267310

その後、版を重ね（複数回バージョンアップして）、本日2020年1月8日、ついにその論文が、Biomedicinesという査読論文誌にacceptされた。

当初は別の論文のSupplemental dataの説明みたいな位置付けでbioRxivに載せたつもりだった。しかしながら、その後紆余曲折あり、現状ではまだ査読誌に載せて論文として認めてもらうようにした方が良いだろう …

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Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 28 10月 2019.

蛹化が早まる現象の分子メカニズムの一端を解明

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。

チョウ目昆虫であるカイコ (Bombyx mori)が蛹期に幼虫の体を成虫の体へ“つくりかえる”ために幼虫の体を一旦溶かし、成虫の体をつくるプロセスにおいて、カイコは蛹になる前にわざと体内の活性酸素の量を増加させることが明らかになりました。公共データベースからの必要なデータの探索ならびに非モデル生物におけるトランスクリプトーム配列データ解析と可視化などのドライ解析において貢献しました。

今回は、単にウェブページでのお知らせだけでなく、東京農工大学ーライフサイエンス統合データベースセンターの共同プレスリリースとなった。

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Kaiko RefEx

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 18 10月 2019.

カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開

微力ながら参画させていただいたカイコリファレンストランスクリプトームセットを作るプロジェクトの論文がbioRxivから公開。

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.1101/805978

それに伴って、データも同時に全部オープンに。

生配列データは Sequence Read Archive (SRA)へ DRA008737
アッセンブルしたトランスクリプトームデータ（配列）は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)へ ICPK01000001-ICPK01051926
遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)へ E-GEAD-315
以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のDBarchiveへ doi:10.18908 …

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AOE paper uploaded to BioRxiv

Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 5月 2019.

AOEの論文をBioRxivにアップロード

All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにアップロードした。

All of gene expression (AOE): integrated index for public gene expression databases Hidemasa Bono bioRxiv 626754; doi: https://doi.org/10.1101/626754

いわゆる「論文」と違う点は、この論文はまだ査読(peer-review)を受けていないということである。なので、業績などにカウントする「査読付き論文」には入らない。しかしながら …

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Hypoxia-inducible factors are not activated by isoflurane

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 16 4月 2019.

共同研究論文が PLOS ONE に掲載

関西医科大学広田喜一学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous phenotypes associated with hypoxia-inducible factors are not influenced by the volatile anesthetic isoflurane in renal cell carcinoma” が PLOS ONE に掲載された。全身麻酔で一般的に広く用いられている揮発性吸入麻酔薬「イソフルラン」が、通常の手術で使われる濃度と使用時間ではヒト腎臓がん由来の細胞株の、包括的ながん細胞としての性質には統計学的に有意な影響を与えないことを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は3本目。

前々回の論文や前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析は、次世代シークエンサーDRY解析教本に沿って。

first authorとcorresponding authorの方々が自分でやり方をDRY解析教本で勉強して、Figure7にあるような論文の図を作成するところまでやり遂げていただいた。 Figure8の散布図による発現値の可視化に関しては …

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Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 19 2月 2019.

活性酸素を除去する新型酵素を昆虫から発見

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。

活性酸素を除去する酵素を、カイコガ(Bombyx mori)とタバコスズメガ(Manduca sexta)でタンパク質ドメイン検索して候補を選定、それを生物（ナマモノ）で様々な条件で発現を調べたという研究。今回も主に、RNA-seqデータ解析とタンパク質ドメインの配列解析で共同研究に貢献した。もちろん、それらのデータは公共DB(Sequence Read Archive)に登録され、再利用可能なようになっている。今回のRNA-seqデータは、前回公開したRNA-seqデータの追加分なので、SRAのaccessionとしては別のID …

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Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 12 6月 2018.

共同研究論文がScientific Reportsに掲載

関西医科大学広田喜一学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity” が Scientific Reports に掲載された。転写因子HIF-1によるミトコンドリアの酸素代謝の抑制がプロポフォールによって引き起こされる細胞毒性を緩和することを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は2本目。

前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析はその発現定量化などは、first authorの方が次世代シークエンサーDRY解析教本を元に自分でやり方を覚えてやってくれてて。とはいえ、自分でやってみて出てきた疑問点を中心にお答えする会を一度開いて教え込みましたが。

それ以外にもFigure6のGene set enrichment analysisなど、データ解析で貢献。あと、今回は配列データの登録も（前回はSRAからデータを検索してきて再利用しただけだったので登録はなかった）。これはSequence Read Archive(SRA …

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