Category: togotv18

78th JCA day3

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 土 28 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会3日目

3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。 「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。 癌研究者が使いそうなツールを中心に五月雨式に紹介していった50分だったが、大きく分けて

  1. Gene expression
  2. Variant
  3. Cancer

の3つのカテゴリに分けて、8種類のツール群を紹介した。 その詳細は以下のスライドの通り。 100枚を超えるスライド数になったが、ちゃんと時間の50分に収まった。

公共データベースを活用したDRYながん研究入門で紹介した各ツールと統合TV本
で対応する章

基本、拙著生命科学データベース・ウェブツール(通称:統合TV本)の後半で紹介したデータベースやウェブツールを紹介したのだが、見ての通り対応する章がない項目もある。 それでも統合TVにはチュートリアル動画があるものばかりなので、「ツール名」+「統合TV」のキーワードでインターネット検索してください、と。 動画を見れば使えるようになると思うが、本を買って学ぶやり方もあり、ということで。

ここで紹介したウェブツールが使いこなせるようになったら、この癌学会学術総会で発売開始した「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本や …

Continue reading »


AJACS 77th

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 金 05 7月 2019.

統合データベース講習会AJACS番町3

10年以上やっている統合データベース講習会AJACS。 元々はDBCLSが「統合データベースプロジェクト」の一環でやっていたデータベース講習会から始まっており、最初は私がその任を担っていた。 2011年にJSTにバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が発足し、それ以後はNBDCがAJACSを開催するようになっている。

通し番号で 77回目 の今回は、2019年8月7日(水)に、東京は市ヶ谷駅前のJST開催。 題して、統合データベース講習会:AJACS番町3。 今週その詳細が公開され、申込みも始まった。 今回、私は自分の専門であり、十八番である発現データベースに関する講習、「遺伝子発現データベース/遺伝子発現解析ツール」を1時間半、受け持つことになった。

統合TV本でも紹介されているRefExなどを活用したウェブベースの演習がメインになりますので、ぜひお越しを。 参加される場合には、2019年7月31日までにエントリする必要があるので、そちらも忘れずに。

Continue reading »


togotv18 for sale

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 木 06 12月 2018.

統合TV本発売一週間

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が正式に発売され、流通するようになった。

出版した経緯公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いてきたが、論より証拠、実際に見てもらっての反響がチラホラtwitter上にも出出した模様。 ぜひ、ご意見等は以前にも書いたハッシュタグ#togotv18をつけてtweetしていただけれると大変見つけやすくなってありがたい。

それによると、これまで知らなかった人が、紙の書籍から入るというのがスムーズな統合TVの動画への誘いなのかなと。 YouTubeにあるから検索して見てね、よりは障壁が低いのかなと。 そのような話が今後も出てくるといいな、と。

ほとんどスクリーンショットで文字が少ないからか、まだほとんど見つかってない誤植だが、今後見つかってくると思う。 それは見つけ次第、twitterのハッシュタグ #togotv18 をつけて呟いていただけるとありがたい。 増刷等あった時に訂正しますので。

Continue reading »


togotv18 for whom?

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 月 26 11月 2018.

誰のための統合TV本?

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いた。 自分は関係ない、とお考えの方もいるかもしれない。 しかし、全ての生命科学研究者のための本だということをここで伝えたい。

もちろん、研究室に配属されたばかりの入りたての学部学生や修士課程の大学院生に向けて、Part1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツールが書かれている。 しかし、このようなコンテンツを必要としているのは当の新人だけでなく、それを教える上級生や先生方であるのは、これまでに教えた経験のある方ならわかることだろう。 教えるための情報が整備されているのは両方の立場の人にとって有用だからだ。 この本からDOIでリンクされている統合TVの動画は再生を止めれば待ってくれるし、また何回でも見れるし。

また、Part3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツールPart4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベースで紹介されているDBやツールは知っていて損はない。 自分の研究を支持する事実となったり、これまで思いもしなかった示唆があったりするかもしれない。 研究を始める新人さんにとっては、どういったことを研究するか、データベースから見つけられるかもしれない。 本書のガイドをきっかけに研究が始まった、なんてことが起こるといいなあと妄想したり。

新人のためだけでなく、現役の研究者の皆様にも参考になるコンテンツが満載で、そういう意味で …

Continue reading »


Therefore support togotv18 by twitter

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 日 25 11月 2018.

だから、twitterで統合TV本を盛り上げよう

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯と、公式ではないことを書いた。

だからNBDCDBCLSの公式受付窓口に統合TV本に関することを問い合わることはしないで欲しい。 代わりに、意見やメッセージがある場合は以下のハッシュタグをつけてtwitterで気軽につぶやいて欲しい。 twitterのハッシュタグは#togotv18と出版前から決めてすでに使っており、書籍の中にも明記されている。

統合TVはtwitterに支えられて開発してきた。 新しい動画ができたときに告知し、見てもらうキッカケを作ってきたのはtwitterだ。 それだけでなく、twitterは動画作成のアルバイトをしてくれる人を集める場としても活躍してきた。 余談だが、現在も統合TVの動画や静止画作成のアルバイトを募集している。

また、アルバイトにいつ来てくれるかといった連絡も当初はtwitterでのやりとりで全部やっていた(現在はslackでのやりとりに移行してしまっているが)。 その結果、twitterを通じて多くの人と知り合いになった。 学会の年会やオフ会を通じてtwitterの外での交流も数知れない。 中にはそれがキッカケとなって共同研究が始まり、一緒に論文を出した例すらある。 twitterに支えられてきたのは統合TVだけでなく、何を隠そう、この私自身なのだ。

だから、せっかくの機会なので学会年会で声をかけて欲しい。 それを楽しみに今年もDBCLSブースでデータ解析よろず相談に居るので。 ここを見たといえば …

Continue reading »


But togotv18 is unofficial

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 土 24 11月 2018.

しかし、統合TV本は非公式

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、それを出版した経緯を書いた。 それだけを読むと、統合TV作製に予算を出しているJSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)や実際に作製し公開してきたライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が、その研究開発の一環として書籍出版をしたかのように見えるかもしれない。 しかし、実態はそうではない。 NBDCもDBCLSも無関係で、統合TVに関わる有志が協力して成書としてまとめたものなのだ。

その証拠に書名には「統合TV」が入ってはいない。 本を買った時に付いていることもある「帯」には、「統合TV編集部 責任編集」と書かれてはいるが。 しかし、この本の出版を仕事としてではなく有志の活動として行った、というのが実情である。

統合TV編集部である我々が、これまで公開してきた1500ほどの統合TVの動画をまずレビューした。 結果としてリストアップされた18のDBやツールに関して、統合TV作製者や関係者がそスクリーンショットとオリジナルの統合TVの動画へのリンクとともに解説してある。 そう、紙媒体の書籍から、インターネット上の電子的な動画への導線として …

Continue reading »


And what is togotv18?

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 金 23 11月 2018.

そして、統合TV本とは?

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」であるが、名前の通り、図解と動画で生命科学分野のデータベース(DB)や(ウェブ)ツールを紹介する書籍である。 古くは手取り足取り本など、DBやツールを紹介する類書は過去に何冊か出ている。 そのうちのいくつかに自らも関わってきた中でさらに新たに一冊出すわけなので、今回また本を出したわけを書き記しておきたいと思う。

実は、紙媒体の書籍(最近では電子媒体もあるが)で生命科学分野のDBやツールを紹介すること自体に限界を感じたため、動画でそれらを紹介するプロジェクト統合TVを2007年7月に始めた。 しかしながら、統合TV開始から約10年が経ち、時代も変わって、ウェブページを介して生命科学分野のDBやツールが使えるのが当たり前になっている。 結果として、それらの利用が一般化し誰もが使うようになった。 当然ながら、利用者のコンピュータリテラシーのレベルもさまざまなわけである。 すなわち、かつての生命科学ラボによくあったような、研究室のコンピュータ係の得意な人だけがDBやツールを使えればいい、そんな時代ではないのだ。

そこで、自分でインターネット検索してそういったDBやツールを探し出してきて、使い方を習得することに馴れていない人向けに書籍としてそのガイドを作成しようという話になった。 逆説的ではあるが、最終的には統合TVなどの動画やオリジナルサイトのドキュメントを読んで、詳しく使えるようになってもらう、そのための導線としての入門書として、である。 TVを見るためのガイドとして「ザテレビジョン」があった(ある?)ように …

Continue reading »


togotv18 autograph session

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 木 22 11月 2018.

統合TV本サイン会@第41回日本分子生物学会年会

Amazonのレコードによると「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」の発売日は2018年12月4日となっている。 その日ぐらいには皆さんの手元に届くということだろう。

しかし、来週2018年11月28日〜30日までパシフィコ横浜で開かれる第41回日本分子生物学会年会の会場において先行発売すると出版社から連絡があった。 しかも年会初日の28日には監修者のサイン会も行われる、と。 詳細は以下の通り。

  • 日時:2018年11月28日(水)12:00-13:00
  • 場所:展示場 書籍売場 [B06] メディカル・サイエンス・インターナショナル(MEDSi)の書籍ブース

皆さんのお越しをお待ちしております!

Continue reading »


togotv18 chapters

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 水 21 11月 2018.

統合TV本章立て

先日、Amazonに出てしまった 「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」だが、本日メタデータが更新され、章立てまでもが公開された。

その内容は以下の通り。

Part 1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツール

  • 1章 PubMed で論文を効率的に検索する
    • PubMed とPMC の使い方
  • 2章 PowerPoint で欲しいイラストを描く
    • 遠沈管を描こう─基本操作を学ぶ
    • マイクロチューブを描こう─応用編
    • 3-D 書式で描こう
  • 3章 Google のサービスを活用する
    • Gmail の使い方
    • Googleドライブで共同作業を進めよう
    • Google Site で研究会のウェブサイトを作ろう
  • 4章 BLAST で遺伝子の配列類似性検索をする
    • NCBI BLAST の基本的な使い方
  • 5章 PCR プライマーを設計する- Primer3Plus とPrimer-BLAST …

Continue reading »


togotv18 dispatch

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 火 13 11月 2018.

統合TV本第一報

「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。 なお、twitterのハッシュタグは #togotv18

Continue reading »