空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。 支払いに一切現金を使わず、運転手とお金のやり取りをしない点が一番驚いた。 また、事前に料金の概算が出てて、乗車後すぐに確定することも。 それらのreceiptも全て電子メールですぐに送られてくるのも、ペーパーレスで素晴らしい。
しかし、やはり1回目は心理的な障壁が高く、これまでに使ったことがある人と一緒だったから気軽に使えたというのが間違いなくある。 アカウントの作成時にPayPalのアカウントをすでに持っていたから簡単だったが、それも今回の渡米中にトローリーに乗るためのアプリで必要だったためにその場で作成したものであった。
スマホのアプリは、日本だとポイントカードがわりで普及していることが多い印象だが、こちらは実際の支払いとカップルさせて使われている一端を身を以て知った今回のアメリカ出張だった。
最終日の5日目も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える前方に陣取るが、場所を移してもやはり寒い。 終了後、トイレに駆け込むいつもの展開。
その後、Digital Toolのworkshop。 途中で抜けてランチ。 そして、PacBioのWorkshopでGoogle Healthなお話をうかがう。 最後は、Honeybee Genomicsのworkshopへ。
午後7時ぴったりに例年通り懇親会開始。 懇親会中のアナウンスで、参加者は3,500人ほどであったこと、日本77人で国別参加者で6位らしいことなどを知る。 参加者はまだまだ増加しているようだ。 きっと今後もまた来るだろうな。
今日も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える座席は極寒の地でもあるが、着込んで我慢する。
休憩時間中にIlluminaのブースで、昨日まではDRAGENが置いてあった場所で、NextSeq2000の実機にお目にかかるなど。
その後、Bioinformaticsのworkshopに参加するが、Bioinformaticsとはいえ、ほぼGenome assembly。 色々と情報をアップデートした。
ランチを挟んで、徒歩8分ぐらいの別会場のホテルでBeyond DrosophilaというDipteraのworkshopに。 やっぱり、Arthropod関係のセッションが増えている。
その後戻って、Gene expression analysisのWorkshop。 とはいえ、植物ばっかりがターゲットだったが。
今日は全く空き時間がなく、あっと言う間に終わってしまった感。
朝8時からplenary lecture x2。 その後、ポスター発表。 電子メールで通達された番号とアプリで検索して出てくる自分のポスター番号が違っているという謎。 前者の番号の場所に貼ったが、30枚用意したハンドアウトは全て売り切れてしまったのに、特に質問されることはなく。
通し番号で1100ぐらいまであったが、貼っていないのも多く。 自分のもそうだったが、duplicationもいくつかあった模様。
昆虫のとあるポスターのタイトルに萌えた。
Every species can be a model
現にそういう状況になっているからこそのタイトルだった。
午後一で、NCBIのworkshop。
NCBI Sequence Archives are FAIR
というIleneさんのスライドから始まって、SRAなどのDBに関して紹介があった。 そして、Benがラストバッターで、冒頭からBen節が爆裂！ 彼もData Sharingの重要性を説くところから始まって、色々と名言を。
Use 'tblastx' instead of 'blastn'
これは私が共同研究先の学生さんに教えることの一つ。 また、
With Better Metadata, Batch Effects …
朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。
夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。
4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。
California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表していたのが、今回は手前で、仕切りまできっちり出来てたり。 ちなみに、スマホ専用のロッカー型充電器が学会のために協賛企業のdonationで設置されており、誰でも利用可能であった。
ランチに噂のBeyond Burgerを食す。 全く問題なく、普通にうまい。 4年前に来た時の劇マズのランチからかなり反省した感がある。
18:20からもApplication of New Genomic Tools and Techniques in Arthropodsのworkshopが20:30まで。 Arthropod関係増えてきた？ 前回自分が気づいてなかっただけかもしれないが。
低酸素関係の研究会で始めて発表したのは、2006年にあった第3回がんとハイポキシア研究会で、実に14年前。まだDBCLSに移る前。 それからこの分野の研究も、本業のDBを使いやすくする仕事と並行して細々とやってきた。 さまざまな研究者が発表する低酸素ストレスで発現が変動する遺伝子たち。 それらを遺伝子発現DBから再解析して、より多くのデータでサポートされる遺伝子をリストアップしておけば有用ではないかと考え、上述の研究会で複数の研究者に使ってもらえるようお願いした。 そして、2年前(2018年)の2月に、その結果を、bioRxivへの初の論文として投稿した。
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. bioRxiv 267310; doi:
https://doi.org/10.1101/267310
その後、版を重ね（複数回バージョンアップして）、本日2020年1月8日、ついにその論文が、Biomedicinesという査読論文誌にacceptされた。
当初は別の論文のSupplemental dataの説明みたいな位置付けでbioRxivに載せたつもりだった。 しかしながら、その後紆余曲折あり、現状ではまだ査読誌に載せて論文として認めてもらうようにした方が良いだろう …
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年も宣言したいと思います。
今日で、2010年代が終わる。
この10年間自分は何してきたのだろう？ そう思って、このぼうのブログを見返してみると、10年前何をしていたのか、克明に記録されていた。 それをみることで記憶を掘り返すことができる。 そして、リサーチアシスタント(RA)として統合牧場に出入りしてくれていた彼らに、毎日のように諸々教え込んでいたことを思い出した。 そして、彼らにもそれをブログとして記録していくよう指導していたことも。 彼らは今、いろんな分野で大活躍している素晴らしい社会人たちとなっているし、彼らがインターネット上に残したコンテンツは多くのこの分野の人にいろんな形で参考にされたに違いない。 もちろん動画コンテンツとしての統合TVもそれの大部分を占めている。
その経験をもとに2010年代のバイオインフォマティクス教科書を、と目論んだ。 それがDr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)であり、このぼうのブログに書きためてきた情報の集大成でもある。 まさに2010年代の総決算だったわけである。 その証拠にBono本の序文には、「2010年代の…」というくだりがある。
2010年代の今は，データ解析がかつてのバイオインフォマティクス研究者だけのものではなくなった。生命科学者自身がデータ解析する時代であり，すなわち，誰もがバイオインフォマティシャンの時代であると言えよう。そういう生命科学者向けの教科書となるよう，本書を企画した。
しかも …
もう今年(2019年）もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。
1 公共遺伝子発現DB目次の論文化
AOEの論文化は、結果として二段階で行われた。 まず5月にあったCold Spring Harbor Meeting の The Biology of Genomes 2019で発表する前にbioRxivにプレプリントとしてアップした。
https://doi.org/10.1101/626754そして、bioRxivの'Submit bioRxiv Preprint to a …
stringtie-mergeができたものとして、次なるプロセスがmergeされたGFFから該当するFASTAファイルを作成すること。
このプロセスをやってくれるツールがgffreadである。
そこで、これを2019年CWL advent calendarの7日目でも紹介されているzatsu-cwl-generatorを使ってCWL化してみた。
まずはGTFをGFFに直すところから。
1 2 3 4 5 | #!/bin/sh
docker run --rm ttanjo/zatsu-cwl-generator:latest \
"gffread -E my.gtf -g my_genome.fa -o my.gff3" \
> gtf2gff.cwl
|
手元のMacBookPro(10.14.6)では無事実行できたが、なぜかマシン(10 …
単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただいた（出版社のページ）。 著者は、かつての大ボスの研究室出身の木南凌先生で、面識はないもののよく話は伺っている先生。
目次をみると、よくある病気の概略と症例、治療薬、病態や薬効の説明が章ごとに、19の章でカバーされている。 医学の知識が体系的に、ではなく、「がん細胞と正常細胞はどこが違うのか（18章）」などのトピックベースに各章10ページほどで短くまとめられており、肩肘張らずに読むことができる。
本のカバーには、「はじめて医学を学ぶ人のナビゲーションBook」や「医学生だけなく、保健学科や生命科学系の学生、院生にも役立つ」と書かれている。 実際読んでみると、医者ではない生命科学研究者の私が持っている断片的な情報が、それぞれの疾患という観点から編み直されていく感じで知識が整理された。 また、難しい専門用語の解説が豊富でそれ以外にも平易な日本語表現になるよう徹底されており、学びはじめた医学生に向けたつもりが、保健学科や生命科学系の学生、院生向けにもなっているのを実感した。 自分が院生の時にこういう本があったらよかったな…。
章のタイトルは以下の通り。
三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さらに悪化。
| 年 | 泊数 |
|---|---|
| 2019 | 91 |
| 2018 | 83 |
| 2017 | 77 |
| 2016 | 77 |
| 2015 | 65 |
| 2014 | 50 |
今年も努めて抑制するようにして来たのだが、Biohackathon Europeに行くなどもあって逆に悪化。 確かにどこに居てもできる仕事といえばそういう側面もあるのだが…。
2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。
2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者のみなさんの協力もあり全てきちんと出すことができた。 それらの本のリストは以下の通り。
#IT4BDA#DrBonoDojo#RNAseqRecipe#NGS_DATなお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。
全てが生命科学データ解析に関わる内容で、#IT4BDAがIT系のエンジニアさん向けの入門書、#DrBonoDojoが生命科学研究者向けの入門的なチュートリアルとなっている。
暮れに出した2冊は生命科学研究者向けのチュートリアルなのだが専門的で、#RNAseqRecipeがRNAseqデータ解析に特化しており、#NGS_DATは次世代シークエンサー(NGS)を利用したさまざまな解析のデータ解析に向けた内容となっている。
その4冊を並べて記念撮影。よく頑張りました。
昨日のその1に引き続き、作成したHISAT2-StringTie2のワークフローを実際に動かした際のログを記す。
余談だが、次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版（以下、DRY解析教本2）は今朝見たらAmazonでも在庫があるようになっていた。
さらに余談だが、今年の頭に出した「生命科学データ解析を支える情報技術」の最初の方に今やっているようなDockerを使ってバイオなプログラムを動かす話のさわりを書いてあるので参考まで。
さて本題であるが、とりあえず動く方のCWLだけで、HISAT2のmappingをfor文で繰り返し実行する。
fqディレクトリ内にgzip圧縮されたfastqファイル（なんとか_trimmed.fq.gzというファイル名で統一されているとする）がある場合、それら全部に計算する方法として、以下のバッチスクリプトを組んだ。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 | #!/bin/bash
for f in fq/*.gz; do
g=`basename … |
次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版（以下、DRY解析教本2）の目次が出版社のページから公開された。 その目次を見ての通り、Level1（準備編）、Level2（実践編）、Level3（応用編）の三編構成で、第1版と大きな構成に変化はない。 大きくは、Level2にメタゲノム解析、アッセンブル解析が加わって、Level3が総取っ替えされたといえば適切だろうか。 ちなみに、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非。
しかしながら、大きな変更点が実はそれ以外にある。 Common Workflow Language (CWL)の追加だ。 Level2の一番最後(p331-338)に付録「CWLがあれば、DRY解析はもう怖くない」がある。 CWLについて日本語でコンパクトに解説してくれて、非常に有用である。 しかし、実はすごいのはここだけでない。 Level2で紹介した全てのワークフローが、CWLで書かれたWorkflowとしてこの記事のサポートサイト …
前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。
HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！ あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 ありがとうございました。
福岡であった第42回日本分子生物学会年会(2019/12/3-6)ですでに先行発売されていたが、2019年12月14日に正式に発売開始。
Amazonからも出荷が開始された模様。 しかし、すぐに在庫切れになっている。 それに伴ってひょっとすると出荷プロセスが止まっている？
今回も多数の生命科学研究者に多忙な中御助力願い、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに大変感謝しております。 ありがとうございました！
この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非よろしくお願いします。
最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参加。 ちょうど、本務先の会議が午前中で終わって、午後からその近くのつくばであったこともあり。
その日聞くべきセッションは1時間であっという間に終わり。 その合間に我々的にはアウトリーチと呼んでいるような展示やイベントを見たり参加したり。 学会の年会と異なり、ゆるい感じのスケジュールに開放感を覚えるなど。
著者の一人から献本いただいた、生物の科学遺伝の「ミツバチ新時代」特集を一通り読んでから参加したからある程度の予備知識があって楽しめた。 2日目の夜にあった懇親会も300人規模ということで、複数のフロアーに渡っての会場とか、前代未聞でおもしろかった。 もっとさまざまな人と話して交流できればよかったなあ、と。 それには、自分の知識と経験をもっと増やさないと。
今日で最終日で、展示会も半日で終了。 名前の入ったポスター発表も本日。 相変わらず熱心に発表していたようで、用意したハンドアウトをほぼ配り切ったらしく。 素晴らしい。
DRY2本の「再現」を自分の秘書さんにお願いしてくれた先生が声をかけてきてくれて、挨拶させていただくなど。 それ以外にも本売り場の近くに居る時に見つけられてサインしたことも何度か。 本を出すことの威力はやはり凄い。 だから、みなさん、書きましょう。
今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。
今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。
結果として、24冊の本にサインした。 サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。
あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。
ご購入いただいた方、ありがとうございました。
朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字通り、朝飯前となってしまった。
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. Hidemasa Bono, Kiichi Hirota bioRxiv 267310; doi:
https://doi.org/10.1101/267310
そして、朝食後、歩いて会場へ。 基本ブース近くに居たが、打ち合わせが2件あったり。 夜に虫の会のフォーラムで、「種間トランスクリプトーム比較による有用物質を生産する昆虫の機能解析」と題して前座を務める。 その後、虫の会本会は、楽天地のもつ鍋。 普段話しない人たちとの交流は大変刺激的。楽しかった。 最後は、閉店間際の長浜ナンバーワンのラーメンで締めた。
本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。
今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーが展示会/ポスター会場の一角（入って右奥）にて、今年も特別企画として。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやってますので、参加される方はぜひお立ち寄りを。 いつものお願いですが、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。
そして、夜のフォーラム時間帯には、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラム「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」に。 bioRxivとは何か、の講演をさせていただく。 プレプリント、特にbioRxivに関して、非常に関心の高いことに驚いた。 「BioRxivとは何か」のブログエントリが一番見られているコンテンツとなっているのも納得。 何人かの方の要望もあり、使ったスライドはfigshareにアップ。
Bono, Hidemasa (2019): bioRxivとは何か?. figshare. Presentation.
https://doi.org …
2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向けに生命科学データ解析に関して興味を持ってもらう狙いで書いた本だった。
そして秋になって、まず9月末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場（道場本）。 さらに、年末にRNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ(RNAseqレシピ本)と次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版(DRY解析教本2)。
現時点で売り出されていない本も含めて、上記3冊は今週2019年12月3日〜6日まで福岡で開かれる第42回日本分子生物学会年会の会場において発売される。 しかも、年会3日目の5日にはこれらの本の著者・編集者（私だが）のサイン会が合同で行われることになった。 統合されたサイン会の詳細は以下の通り。
皆さんのお越しをお待ちしております！
秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。
2019年11月は中盤からずっと出張で、出張外泊数にして13泊にもなった。 DBCLS柏でのAnnotathon2019(12)に始まって、それから連続での奄美大島での第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学(13-16)、さらに続けてのBiohackathon Europe 2019(17-24)、そして神戸出張(25-27)。 最後に三島でのSPARQLthon86(28-29)。
出張でのイベントややるべきことに集中しながらも、並行して進めている論文投稿やプレゼン準備などよくこなせたなあと。 11月最後の本日30日には、査読論文誌に投稿、bioRxivにも同時にそのプレプリントをアップロード。 別の論文のReviseも進行中で、再投稿間近、という状況。
12月頭の分セーに照準を合わせて出版準備してきた2冊の編集担当書籍（RNAseqレシピ本とDRY解析教本第2版）も、そのハードコピーが本日30日までに届くなど。
それにしても怒涛のような11月であった。
ついに2019年11月29日。 「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が発売開始。 amazonでの発売開始が同時でなく、2019年12月4日とあってtwitterでは反応は鈍いものの。
去年の分子生物学会年会で実質的に企画を始めてから丸1年。 大きなトラブルもなく、順調に出版までこぎ着けた。 編集担当の方のご尽力の賜物だろう。 ありがとうございました。
いよいよ来週末の2019年11月29日に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）が発売となる。
流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。 早く手に入れたい方はリアル書店か日本分子生物学会年会会場にてゲットするのが良いだろう。 ちなみに、年会3日目の2019年12月5日(木)に本売場でRNAseqレシピ本を含めた私が編集や執筆でかかわった本の合同サイン会が予定されているので、乞うご期待。
RNA発現定量が手軽になり、多くの人がそれを試してみようとしている2019年現在、この本の想定読者は相当多くいるのではないか？ そういう人を念頭にこの本を企画したのは言うまでもない。
簡略版の章立てを以下に示す。
断片的な知識はもちろんググって見つけることができる部分も多いと思うが、体系立ててそれを追えるのはこの本が初めてであろう。 特にこの本の力点の一つである3,4,5章はそれを解説している日本語のウェブサイトも多い。 しかしながら、それらの手法を比較し、それぞれの利点欠点を論じている日本語コンテンツはおそらく初めてであろう。 また、1細胞RNAseqの7章もこれまでなかったコンテンツで、この本のウリの一つ …
ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?
まずは、昨日の続きでテストケースの計算をした後、これまで考えてきたことをさらに具体化、文書化してまとめた。
誘われて施設内にあるプールに行ってみたり。 プールだけでなく、ジャグジーやサウナもあって素晴らしい。 Biohackathonでいつも深刻な問題となっている運動不足が解消できた。
この日が最後の夜とあって、豪勢な夕食だったが、11月の第3木曜日ということでBeaujolais nouveau 2019が提供されるなど。 考えてみればこの日になるのは事前から判っていたはずだが、日本での一足先の解禁のニュースを見てひょっとして、と思っていた程度だった。 御当地フランスで解禁日を迎えたこと、いい思い出となることだろう。
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを知る。 そこに中間報告関係のサイトへのリンクがあって、我々の本家Biohackathonと同じくGoogle driveでプレゼン資料を作成。 ただし、時間は全体で1時間。 34プロジェクトあるから、1プロジェクトあたり、約2分とかなり短かったので、書いたことを読むぐらいでほぼ終了。
我々の 24 TogoEx: the integration of gene expression data の中間報告は以下の通り。