時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。
現在のさまざまな問題点をリストアップ。 それをもとにいろいろと議論。 夕方ごろにはやるべき方向性をほぼ決めた。 すなわち、「データ活用編」で、頑張っていくという結果として予定通りの路線。
ということで具体的な作業を開始したところで2日目は終了。
パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったようだが、タクシーは当然止まってないので雨の降る中絶賛歩き。 15分ほどで会場に到着。
ランチのあと、午後から開始。
ハッシュタグは、#BH2019EUROPEということだが、微妙に違うのを流してしまう大失態。
Hacking projectとして34ノミネート。 私は、
24.TogoEx: the integration of gene expression data
のProject leadということで、2分間のプロジェクト説明。
Group photoのあと、宿舎へのチェックイン、そしてハック開始。 まずは場所ぎめから。
時差ボケでとても眠い中、夕食。 ディナーは、控えめに言ってもとてもうまい。 特にスープが。 やはり、本場は赤ワインがうまい。
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8=32時間の長い1日なので、あまりその移動時間の長さを気にすることなく。 しかし、本場は赤ワインがうまい。
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた人も含めて、一般の人向けにもセミナーが設定されているのは素晴らしい。 どういったことをそこで話されているのか興味津々で、拝聴する。 どの先生もわかりやすい話をされててさすがだなと。 ぜひとも見習いたい。
2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの「統合TV知ってますか？」アンケートによるの統合TV認知度は6,7割だった。 実習ということで、やれる人は紹介したウェブサイトにアクセスしてやってみてくださいということで進めた。 しかしながら、講師（私）の方で実際にウェブブラウザを起動して実際にやってみると、反応が鈍く返ってこなかったり。 やはり、キッチリとスクリーンショットで準備してきておいてよかった。 そうやってハンズオンやってみたり時間調整をしながら、時間はほぼ予定通りの90分に収めた。
自分がやった実習以外にもUCSC Genome Browserのそれがあり、自分が普段やらないタイプの応用事例を知ることができて有益だった。
この2日目いっぱいでセミナー終了。 個人的には、遺伝統計学という主にヒトのvariantデータを扱う分野を学ぶ機会を得られてとてもよかった。
ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。 午前8時スタートいう気合の入りよう。 関係者入れて50人ほどの参加。
セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデータベースの利活用」実習の講師として呼ばれたので、一路奄美大島へ。
90分の講習で、スライドが120枚と多いなあと思っていたら。 機上でアニメーション付けながらチェックすると大きなinsertionがあり。 それで減って116枚に。
Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。
今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて。
会の詳細やそのログは、以下のGoogle documentに。
http://bit.ly/annotathon2019
所用のため、1日目のみの参加。 1日目のテーマは、「最近のアノテーションをとりまく状況と知識共有」。 午前にやった 「アノテーション(annotation)とは」 「アノテーションとキュレーション(curation)の違い？」 のディスカッションは、それぞれの人が持つアノテーションに対する認識の違いがあらわになってとても良かった。 もちろん、午後のさまざまな方による話題提供もinformativeで素晴らしかった。
2日目の議論が盛り上がることを祈りつつ…。
本日（2019年11月11日）に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）の表紙イメージと章立てが出版社（羊土社）のウェブページとAmazonで公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。
ここにもその章立てを紹介しておく。
RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。 私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている。
しかしながらRNA-Seqを含めた次世代シークエンサーを使った実験手法は、分子生物学の他の実験手法と比して比べ物にならないのデータ量（一回の実験(RUN)で数Gb）が得られる。 また、そのデータ解析の過程で出てくるファイルなども膨大で、FAT32フォーマットの上限である4Gbを越えることも（DrBonoBonのp87のコラム参照）。 そういった体験したことのないサイズのファイルを対象にしたデータ解析に戸惑っている人が非常に多いこと。 もちろん、上述の本や、それよりも先に刊行されていた次世代シークエンサーDRY解析教本にそのデータ解析の具体的なやり方が書かれていたものの、それ以外のより新しい手法やアプリケーションが多く開発され、それらは日本語では紹介されてはいなかった。 何より、RNA-Seqデータ解析に特化したプロトコール本がなかった。
そこで、2018年末の日本分子生物学会年会を契機に企画を開始。 年が明けて2019年になってから多くの達人たちにRNA-Seqデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。 並行して次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版の編集が進められていたので、著者の選定に非常に苦労したのはご想像のとおりである。 その結果、出来上がったのが、この「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」である。
この「RNAseqレシピ本」の中身を続けて解説したいところであるが、近日出版社から本の表紙や目次が公開されるので …
言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。 特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなくなっている現状。
そこで、前回の監修者の清水厚志さんと共に、2018年の夏から改訂を進めてきた。 Level2実践編、Level3共に執筆者を総入れ替え、改訂第2版とはいえ、ほぼ別の本となった。
Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも記しておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。
今回も多くの生命科学研究者に御助力願った。 お忙しい中、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに感謝したい。 ありがとうございました！
経験上、Amazonでの購入の場合、早く手に入れたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。
2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。
著者による略称は、「RNAseqレシピ本」とするつもり。
その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipe この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。
経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。
分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来）」で話します）。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月4日)。
前回は、ワークショップとして採択されて年会の昼の時間帯に開催されていたが、今回はフォーラムでの採択となったため、夜の開催。 場所、時間等詳細情報は以下の通り。
2F-15 虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来） 6th insect meeting: Entomology from present to future
日時：12月4日（水）18:30〜20:00 会場：第15会場（福岡国際会議場 2階 …
約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。 そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラムにて「bioRxivとは何か?」と題して話することになった。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月3日)だ。
「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」 日時: 2019年12月3日（火）18:30～20:00 会場:第12会場（福岡国際会議場2階201）
この時間帯の30分をいただいており、講演の要旨は以下の通り。
bioRxiv（バイオアーカイブ）をはじめとするプレプリントサーバの活用が生命科学分野においても急速に広まりつつある。演者も海外での学会発表の前などに複数回研究論文をアップロードしたことがある。しかしながら、その情報の質など問題点も多く指摘されている。そこで本講演では演者の実体験を交えながら、その利点と欠点に関してbioRxivを紹介する。
そのころと比べて、さらにbioRxivへの投稿数も増えている。 そのことは2019年1月のNatureのNews(What bioRxiv’s first 30,000 preprints reveal …
第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。
去年と比べて、さらに洗練された印象。 具体例はタイムリーなコンテンツを使っていて、わかりやすく。 今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。
21回目の今回も参加。
cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。
ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい。
Docker上で使うのが基本だからかな。
それを使って某再現を試みた。 各種ツールをインストールすることなく、解析結果が最終的に出るのはいいけど、何をやっているのかが分かりにくく。 やはり１行づつなぞっていくのがデータ解析内容を理解するには必須だなと。
ワークフローのテストについて、参加者全員で2時間ほどdiscussionしたが、普段テストらしいテストをやっていない自分でも実はテストっぽいことをやっていたり、それに関係することに手を染めているらしいことを認識。 それっぽい運用を自分自身でやってなかったけど、今後は発生しそうなので、その際にはきっちりやるようにしたい。
AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。
しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されているbamファイル全体の容量が巨大となってきて、それの転送に時間がかかるし、何よりローカルに持っておくスペースが…。
そこで、qiitaの記事rsyncでサブディレクトリ含む特定パターンのファイルのみコピーするを参考にそれが可能かを模索してみた。
より具体的には、.sdrf.txtと.idf.txtという拡張子をもつファイルだけを、rsync://anonymous@rsync.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/data/experiment/以下から再帰的に探して取ってくることが以下のコマンドで出来た。
1 2 | #!/bin/bash
rsync -avvrm --include="*/" --include="*.sdrf.txt" --include="*.idf.txt" --exclude="*" rsync://anonymous@rsync … |
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。
チョウ目昆虫であるカイコ (Bombyx mori)が蛹期に幼虫の体を成虫の体へ“つくりかえる”ために幼虫の体を一旦溶かし、成虫の体をつくるプロセスにおいて、カイコは蛹になる前にわざと体内の活性酸素の量を増加させることが明らかになりました。 公共データベースからの必要なデータの探索ならびに非モデル生物におけるトランスクリプトーム配列データ解析と可視化などのドライ解析において貢献しました。
今回は、単にウェブページでのお知らせだけでなく、東京農工大学ーライフサイエンス統合データベースセンターの共同プレスリリースとなった。
今日(2019/10/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから1ヶ月。 その間、2019年10月17日につくばの農研機構でセミナーさせていただいたり、2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催されるなど、イベントが盛りだくさんだった。 もちろん、Gregg Semenza先生がノーベル賞を取られたという大ニュースがあったことも外せないが。
読書会の日以外は、いつものことだが、本のハッシュタグ使っているのはもっぱら筆者だけという。 もっと不明な点や感想、これがあったら良かったのに等、twitter上に出てくると著者としては嬉しいのだが。
2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催された。
道場本のまえがきにも書いた通り、前回Bono本が出版された際にも読書会が開かれたが、それには参加できなかったので、今回はリベンジの著者参加。 開会の挨拶に引き続いて、巻頭の「Dr.Bonoのデータ解析8箇条」に関して説明。 この趣旨を話すのは実は初めてかもしれないが、実はしょっちゅう私が周りに言っていることなので、あまり新鮮味はなかったかもしれない。
書いた本を読んでそれを元に若手が発表するのを聞くのは、なんというか著者冥利に尽きる感じ。 意図したところがきっちり伝わっているのを知れるのは、とても嬉しい。 逆も然りで、強調して伝えたかったのに伝わってなかったポイントは今後の糧に。
結局、直前に参加者が増えて、20人を超える方が参加。 懇親会も12人が参加して盛り上がったかと。
また、機会があればやってみたい。
bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。
台風19号による停電で約1週間ダウン。
停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。
2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。
微力ながら参画させていただいたカイコリファレンストランスクリプトームセットを作るプロジェクトの論文がbioRxivから公開。
Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.1101/805978
それに伴って、データも同時に全部オープンに。
DRA008737ICPK01000001-ICPK01051926E-GEAD-315doi:10.18908 …農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠征。 「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」が先月(2019年9月)に出版されたのがきっかけ。
生命科学データ解析をお題に60分。 どのような生命科学データ解析がなされているかという概論の後に、コマンドライン(CUI)とその活用として2つ事例を紹介。 一つ目は、遺伝子発現のDBとその活用ということで、ブタ成熟脂肪細胞の脱分化機構の網羅的解析の事例を。 二つ目は、リファレンス発現データセットとしてRefExに入っているFANTOM5のヒトトランスクリプトームデータを再利用した、生物種間比較トランスクリプトーム解析の実例（カイコ）を。 この種の要請はあればできる限りやっていくべきだなといつもながら感じた次第。
そして共同研究打ち合わせも併せて行い、bioRxivにカイコリファレンストランスクリプトーム論文submit。 （追記）その日が変わったぐらいに受理されて即公開されるという急展開。
去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。
分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用する発表があったのはとても嬉しく、そういった公共DB利用系の研究が製薬研究でも広まってくれるといいなと。 さらに別の有用な公共DBを使いやすくするツールを質問と見せかけて宣伝したり。 この機会に知ってもらって一人でも多く利用してくれれば、と。
ポスター発表も27演題もあったとのことで、とても盛況だった。 今回は講演もないので、話しやすくなるだろうと思って海外の学会で発表したポスターを持って行った。 ハンドアウト付きで。
Hidemasa Bono An integrated index of public gene expression databases and its application for meta-analysis of hypoxic transcriptomes
https://doi.org/10.7490/f1000research …
今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向けた発表や企画をもっと打ち出して行くべきだろう、これまでの講習会などに加えて。 アウトリーチの頑張りどころかと。
chalkless氏による年表も「トーゴーの20年史」となり、時代を感じされせられる。
継続は力なり
派手さはないが、続けていって欲しい。
今回も参加。 話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。
個人的には某確認や某再現を試みた。 pitagora meetupとのmergeの回だったが、conflictは起きなかったということで。
3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。 「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。 癌研究者が使いそうなツールを中心に五月雨式に紹介していった50分だったが、大きく分けて
の3つのカテゴリに分けて、8種類のツール群を紹介した。 その詳細は以下のスライドの通り。 100枚を超えるスライド数になったが、ちゃんと時間の50分に収まった。
基本、拙著生命科学データベース・ウェブツール（通称：統合TV本）の後半で紹介したデータベースやウェブツールを紹介したのだが、見ての通り対応する章がない項目もある。 それでも統合TVにはチュートリアル動画があるものばかりなので、「ツール名」＋「統合TV」のキーワードでインターネット検索してください、と。 動画を見れば使えるようになると思うが、本を買って学ぶやり方もあり、ということで。
ここで紹介したウェブツールが使いこなせるようになったら、この癌学会学術総会で発売開始した「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本や …
午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線／Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに行く。
午後は、今年も開催された若手企画「若手企画1：続・10年後のがん研究／Re: Cancer Research in the next 10 years」に。 問題の深刻さ、癌研究者/学会が認識し適切な対処をしないと癌患者/癌医療/癌研究を守れないとのこと、会場の人には伝わったと思います。 twitterで頻繁にお見かけするO先生による「嘘の癌情報/詐欺的治療があふれる日本の現状」の報告。 実はフォローしてなかったことがわかり、すぐにフォローさせていただくなど。 さらに彼はブログで発信もされており、これもアンテナに追加。 そしてさらに実はそのブログのエントリの一つはすでにみていたと判明…。 本当、世の中狭いものです。
夜は、若手飲み会 …
2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。 午前には、日本癌学会・日本医療情報学会 合同シンポジウム：がんゲノム医療時代における医療情報を。 データの置き場に関して大問題になっていることはここでも認識されていることを再確認できた。
また、午後には「腫瘍内微小環境ストレス」のシンポジウムで、Gregg Semenza先生の講演 Hypoxia-inducible factors mediate immune evasion by cancer cells を拝聴する。 2018年に発表された論文、Chemotherapy induces enrichment of CD47+/CD73+/PDL1+ immune evasive triple-negative breast cancer cellsとその続きの話がメインだったかと。
そして、同日(2019年9月26日)、「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本が発売開始。
それなりに手に取って見ていただけているようで、書いた人間としては大変満足。 コマンドラインの使い方がハイライトされた内容でちょっとマニアックかなと思っていたが …
本日(2019年9月24日)、ついに出版社に印刷された「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本が納品された模様。 Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の実践書という位置付けの道場本だが、本を書き上げていったやり方は、2年前のBono本の時とは異なるやり方を今回試してみた。
Bono本の著者は私1人であったものの、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョンが生まれてしまうバージョニングの問題を鑑みて、クラウド(Google drive)を活用した原稿のグループ共有を実践した。 テキスト情報のみならず、本に使う図に関しても、クラウドを使うことでファイルサイズが大きすぎて電子メールで送れない問題を回避した。 また、校正のファイルの受け渡しに関してもクラウドを利用することで、かなりスムーズにデータの受け渡しが行われた。 ただし、最終的なゲラに関しては、実際に印刷した感じがどうなるかということもあって（フォントが画面で見たときや手元で印刷したものだと異なることもあって）、紙に印刷したものを送ってもらってチェックしたのだが。
今回はさらに一歩進めて、原稿はmarkdownで記述し、GitHubを使って編集者と原稿をやり取りすることを試みた。 というのも、ちょうど原稿を書き始めようとしていた2019年の年頭頃にGitHubが無料でプライベートリポジトリを無制限に作れるようになったという衝撃のニュースがあり、これまでずっと公開レポジトリしか使ってこなかった自分もプライベートレポジトリを使ってみようかという気になったというもある。 また、ほぼ同じ頃に公開された世の中の小説作家と編集者は今すぐ Word や G Suite …