Getting cold immediately 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 10月 2021.

急激に寒くなった日曜日

暑い日がダラダラと続いていた2021年の秋。 数日前まで夜もクーラーをつけるかという日々だったのに、急に寒くなり。 やっと秋らしくなりそうだ。

布団も急遽、冬仕様に変更。 また冬がやってくる。。

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Cancer Genome Data Analysis book preview

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 10月 2021.

がんゲノムデータ解析本の表紙公開

昨年2020年11月にがんゲノムデータ解析再現担当募集した、がんに特化したゲノム・オミックス解析の本の表紙が、2021年10月16日にあった日本人類遺伝学会大会のシンポジウムで講演された清水厚志さんによって披露。

とはいえまだ作業中で出版されるのは2022年3月の予定でまだ先なのですが。 これからも編集頑張ります。

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Web interface for BLAST in DDBJ suspended

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 10月 2021.

DDBJのBLASTウェブインターフェース停止

今日2021年10月15日に以下のようなアナウンスがDDBJよりあった。

いつかはそうなると思っていたが、このタイミングとは。 この川柳が身にしみる…。

いつまでも あるとおもうな そのサービス

今絶賛収録中の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義では、これらのサービスを使わずにローカルに配列類似性検索(BLAST)や多重配列アラインメント(停止するサービスではClustalWとあるが、講義ではClustal-Omega)を行う方法を教えている。 特にBLASTに関しては、ウェブインターフェースが必要な場合、ローカルにsequenceserverを(Dockerを使うことで手軽に)立てて利用する方法を紹介している。 なので、直接的な影響は特にないのであるが、これらの講義の収録はちょうど終わったところでタイムリーな話題として話すことができず …

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Bioinformatics Lecture 21 two thirds done

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 10月 2021.

バイオインフォマティクス講義収録2/3

目下の懸案である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ。 本日(10/13)で全15回の10回目の収録を終え、2/3の収録を終えた。

昨年はぼっちラボだったこともあり訪問者のない土日や祝日を利用しての収録でほぼ2本/週が限界だった。 しかし、今年は平日の午前も利用して別室で収録するようになって、スピードアップしている。

13回目には去年はなかったエピゲノムの回があり、現在その内容を検討しつつ作成。 そして、15回目の統合解析ではこの1年に色々論文として送り出した実例も盛り込んだアップデートを予定。 今月の10月いっぱいに収録も終えることを目標に残り5回であるが頑張っていきたい。

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Lunch at Gakusei-Kaikan

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 10月 2021.

学生会館でランチを

朝に(学生)会館食堂が土曜日もやっていること、そして他の食堂よりも多く集客したいというtweetを見て。 海鮮切り落とし丼、というメニューにも魅かれて、午前のバイオインフォマティクス講義7回目の収録後、初めて会館食堂に行ってみた。

この会館食堂、散歩がてらに何回か行ったことがあるものの、コロナで休業中だった。 なので営業している中入るのは初めて。 全然人がいなくて大変な状況なのだろうかと思っていたが、土曜日にもかかわらず、多数の学生であふれていた。 去年とは状況が異なるらしい。

それにしても、昨年(2020年)はバイオインフォマティクス講義の収録が終わるまで余裕なく張り詰めてたが、2年目の今年(2021年)は余裕あるようだ。 ここも去年とは状況が異なっている。 諸行無常。

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Mk1C is come

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 10月 2021.

Mk1Cがやってきた

7月末に発注してから2ヶ月以上かかってようやく、MinION Mk1Cが納品。 去年2020年の12月にMinION Mk1Bを買って以来

そしてタイミングの良いことにNanopore sequencingを(なぜか私が)教える会に間に合った。

一応無事シークエンスはできた模様。

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A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 07 10月 2021.

モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published

すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。

A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum https://doi.org/10.1038/s42003-021-02704-y

同じ研究科の草場先生との共同研究で、同じ研究科の別のグループとの共同研究による査読ずみ論文は初めて。 自分は、6倍体栽培ギクのRNA-Seqデータを公共DB(Sequence Read Archive)から集めてきて、新たに決定したゲノム配列にマッピングすることによるデータ解析で貢献させていただいた。

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BioDX special issue in JikkenIgaku

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 10月 2021.

実験医学バイオDX特集

今では唯一の生命科学系月刊紙となった実験医学でバイオDXの特集を企画。 単行本はこれまで出してきたものの、実験医学の特集企画は初めて。 2021年12月号 Vol.39 No.19(2021年11月19日発行予定)ということで、日本分子生物学会年会での最新号に掲載となる予定。

現在のところ、その企画者はブンセーに行く予定ありませんが。

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Symposium105 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 05 10月 2021.

トーゴーの日シンポジウム2021

10月5日は、トーゴーの日。 昨年に続いて、トーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 去年の状況を見てもうやめようかと思ったが、大きなプロジェクトを始めるにあたり、まだ発表できるようなブツはないがその内容をポスター発表しておくべきだろうということで。

今年はオンラインに合わせて形態も変えてきたようだが、締め切りがこれまで通りなのは準備の都合なのだろうか? もうちょっと遅くしてくれたら色々追加で説明も足せたと思うがしょうがない。

昨年はチャット機能が無効化されていたが、今年は有効だったようだ。 それを使って質問してきた人がいたけど、気づかない状況もあるんじゃないかと。

それにしても質問するなら名を名乗れよな。 ちゃんとそう指定されているのに所属と名前を書いてないのはどうかと。 それはここのルール以前に人としての常識だろうに。 そういうことが守れないような人には答える気も失せる。

去年とは別の意味でいろいろとモヤモヤが残ったオンラインなトーゴーの日だった。

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Bioinformatics Lecture 21 one third done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 10月 2021.

バイオインフォマティクス講義収録1/3

昨年(2020年)と同じく、9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の5回目の収録を終え、1/3の収録を終えた。 昨年と異なり、テキストは英語、しゃべりは日本語をベーシックにという方針で作り直したため、内容はほぼ昨年と変えてないものの、全て作り直し。 ということで収録も全てやり直し。 昨年はぼっちラボだったこともあり訪問者のない土日や祝日を利用して収録していたが、今年は自分以外もラボにいるので会議などのない平日の午前も利用して別室で収録する形で。 しかし、それだけでは全然足りないので、やはり土日祝日にも収録している。

昨年心配した点その1

10月頭から順次学生さんはみているはずだが、反応が見えず不安な感じ。 そもそも現状ついてきてくれているのか?

に関しては、提出してもらったレポートを見る限り、90%以上の学生がついて来てくれたようだった。 難易度的には問題がなかったと思って、特に簡単にすることはしてない。 しかし、さすがにHuman reference genomeを自分のマシンでBLASTのindex作成して検索の例にするのは今年は1番染色体だけにするなど変更した。 インストールがうまくいかない人が続出したsequenceserverに関しても最初からDockerで動かすことをデフォルトにするなど。

その2の、

どうしてもWindowsという人向けにWSL2上で同様のコマンドライン操作に関しても実際にそれをできる限り動作確認の上、言及して講義動画を作っているがちゃんと進められているだろうか? そもそもWSL2でやろうとしている人はどれぐらいいるのだろうか?

これに関しても、同じくレポートによると約半数弱がWindows10上のWSL2で挑んだらしいことがわかり、今年はよりWSL2に配慮した内容に …

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We are all alone

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 10月 2021.

bonohulab1年半

bonohulabを始めてから今日2021年10月1日で1年半。 そんなに感慨らしきものはなく、むしろ、なんとか科研費の申請書を仕上げたという感じの方が大きい感じ。

そして同時にぼっちラボでなくなったあの日から丸一年。 昨年2020年の10月に社会人博士課程後期入学した学生がD2となった。 その間、仕事の合間に研究、論文としてまとめて投稿、reviseを経て、すでに論文が出版されてはや4ヶ月。 その研究でラボ初の大学からのプレスリリースを出したのでした。

またその間に学生もさらにD1が1人とM1が1人増えて、合計3人。 共同研究プロジェクト関係の研究員も3人。 投資していた分はきっちりとoutputしていけるよう、頑張っていかねば。

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Ref16S report in BH21.8

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.

Ref16S report in BH21.8

2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

Rapid metagenomic workflow using annotated 16S RNA dataset https://doi.org/10.37044/osf.io/gbt8p

かねてよりドッグランの大石さんと取り組んでいたメタゲノムデータ解析のワークフローで、まとまった時間が取れたBH21.8で主に取り組んだ。 前回は公開されるまでに半年かかったのだが、今回はsubmitしてから5日、ハッカソン後約1ヶ月での公開。

今後の研究開発の一つの方向性として、このメタゲノムデータ解析の研究も引き続きやっていくつもり。

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September2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 9月 2021.

2021年9月を振り返って

先月から引き続いての緊急事態宣言。 どこにも行けないし、来てももらえない日々再び。 しかし、翌月から始まるバイオインフォマティクス講義の準備を始めないといけなかったため、それでもよかったのだが、そこにさらに今年から早くなった科研費の締め切りが。 結構大変だった1ヶ月という印象。

月頭にあった2種類の書き物の締め切りも、自分以外のそれも含めてほぼクリアできて、編集に迷惑をかけないですんだのはよかった。 いずれも予定通り発刊されるだろう。

また、講演を引き受けたAgilentさんのウェビナーも17日にあり、その前の週はその撮影などにも尽力した。 結果として多くの方、特に職場やその近くの皆様に見てもらえたようで、とてもよかった。

BH21.8で取り組み始めたメタゲノムデータ解析のワークフロー関係に関しては引き続き取り組み、ハッカソンのレポートとしての週末には論文も書き進めた9月であった。 そして、最後の週末にプレプリントとしてBioHackrXivにアップロード。 それが9月最後の日にapproveされて、公開された。

  • Rapid metagenomic workflow using …

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Kaiko transcriptomes paper press released

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.

カイコリファレンストランスクリプトーム論文プレスリリース

Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストランスクリプトーム論文

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.3390/insects12060519

に関して、本日2021年9月30日に、以下の3カ所から同時に「カイコ遺伝子発現データの拡張・公開 - 昆虫活用技術開発やデータ駆動型研究促進に期待 -」プレスリリース。

  1. 農研機構
  2. 広島大学
  3. 情報・システム研究機構(DBCLS)

気づけば、2021年度、この半年で3回目のプレスリリースであった。

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drbonodojo 2years

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 26 9月 2021.

道場本出版2年

今日(2021/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸2年。

去年も丸1年のエントリを書いたが、この1年でさらに状況が変わった。 それは、本当に大学院博士課程前期(つまり修士課程)の学生がbonohulabに入ってきて、新しく来たプロジェクトの研究員も含めてこの道場本のセミナーを週1回、約5ヶ月にわたって一通りやり遂げたことである。 もちろんそういう状況を想定して書いたには間違いないが、まさか自分の研究室でそうすることになるとは想定外であった。 初めてということもあってやり方は手探りで、教え込むだけでなく、もっと積極的に手を動かしてもらうようにした方が良かったと反省。 来年度もまた新入生が入っているので、改善したやり方でやりたいと思っている。

2年で利用するDB側が変わってしまっていて、説明を根本から変えないといけない部分も出てきている。 また、多くのユーザが配列データ解析に参入してもらえるきっかけになりそうなWSL2での使用にも問題ないように対応させたいとも思っている。 ただ、Macの方がこれまでとは異なる自社製のチップとなって、それらの環境でちゃんと使えるのかをいまだに試せていない。 メモリが十分に搭載されたモデルが発売されるといいのであるが、2021年9月末の現在においてはそれは出てない。 コロナの状況と同じく「待ち」の段階。 こちらも状況が変わることを期待している。

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zotero can export a file in bibTeX format

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 9月 2021.

ZoteroでbibTeX出力

最近は、論文の引用リストを作るのに大変お世話になっているfreeの引用管理ソフトZotero。 実はエクスポートのフォーマットにbibTeX形式も選ぶことができる。

それを使って、BioHackrXivの論文を書くのに必要な文献リストを作ることができたので、ここに。 前回そこに出したときには、文献数も少なかったので手動で入力したのだが。

文献データの収集は、Chromeの拡張機能のZotero Connectorを使って、PubMedのエントリなどを表示して拡張機能のボタンを押すだけで貯めることができる。 あとはそれをエクスポートするだけ。 とても簡単。

(2021年9月13日追記) better bibTeX for Zoteroを入れた方がいいというコメントをいただきました。

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Cancer-Hypoxia 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 9月 2021.

がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021

第3回の2006年以来ほぼ毎回参加してきたがんとハイポキシア研究会。 それから今年でもう15年にもなるが、COVID-19の影響で去年に引き続いて今年も研究会はオンサイトでは開催されず。 だが、研究会を予定していた2021年11月13日(土)にオンライン講演会をやるということで、お声がけいただいた。

Bonohulab誕生 ~その経緯とこれから~

と題して話をさせていただくことに。

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Importance of outreach activity

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 04 9月 2021.

アウトリーチ活動の重要性

漫画家で医師の永田礼路先生による「ワクチンなんだろう」。

ワクチンなんで効くのか全くわからん、て人向け

とあるが、同種の説明を求められたときにとても役立つコンテンツかと。

アウトリーチ活動の重要性について考えさせられた。 自分も何かできればいいのだが。

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Bonohulab Dojo 21 finished

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 02 9月 2021.

21年度bonohulab道場終了

今年の年頭(2021年1月)に2刷が出た生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)。 その道場本を使って、大学院生が所属するようになったbonohulabでは週1回約1時間ほどセミナーをしてきた。 セミナーといっても基本は私が解説して、可能ならハンズオンをやるという形式。 4月から始めて、途中お休みの週もあったものの、約5ヶ月で終えた。

実際にセミナーをやり通してみて、こちらのラボの修士1年生やウェットラボで学位をとったポスドク1年生の初心者にはちょうどいい内容だった。 医学系だとGWASなどのデータ解析が初心者には必要とされるからか、この本では不満もある模様だが。

来年度も4月から新たなM1やポスドクが入ってきたら、またこの道場本で特訓する予定。 この秋に新しい機種が発売されたらApple siliconのMacを入手して、それで取り組みたい。

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bonohulab member++

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 9月 2021.

bonohulabメンバー++

ちょうど5ヶ月前の2021年4月1日にボッチラボではなくなり、 この9月1日にさらに新しいメンバーが1人追加された。

もちろん、ラボのメンバーが多ければ良いとは断じて思ってないが、ある程度はいた方が活気があって良いなあと、去年度一年たった一人でこの4月にどっと増えた今そう思う。

研究費獲得、そのための論文出版、そしてそれの根底にある研究推進、頑張っていきたい。

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August2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 8月 2021.

2021年8月を振り返って

先月からまたCOVID-19感染者が増えて、月末にはまた緊急事態宣言。 そんな中、転職して初めてのお盆休みをとることができ、また月末には国内版バイオハッカソンBH21.8にフル参加することができた。 その一方で、シンポジウムの講師をお願いされオンサイトでの参加を予定していた第61回生命科学夏の学校はオンライン参加となった(そのおかげで、BH21.8はフル参加できることになったのだが)。

そのBH21.8では、2年前のバイオハッカソンから構想していたラボの大学院生に参加してもらうという悲願も達成できただけでなく、自らも持ち込んだ懸案もいくつか解決できた。 やはり一所に集まって直接話合えた効果は絶大だった。 特にメタゲノムデータ解析のワークフロー関係に関しては、関係者の皆さまの多大なるご協力もあって、すぐにその成果をJST NBDC 生命科学系データベースアーカイブから公開することができた。

2021年8月に公開された論文は以下の2本。

  1. Inhibiting SARS-CoV-2 infection …

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Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice

Written by Hidemasa Bono in papers on 日 29 8月 2021.

NPGLによる脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析

マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析の論文がbioRxivから公開された。

Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice. https://doi.org/10.1101/2021.08.27.457926

同じ研究科の浮穴先生の研究で、今回はじめてトランスクリプトーム解析を一部手伝わせていただいた共同研究。 今後の研究の発展が楽しみ。

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Talk in 61st Summer School for Life Science

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 8月 2021.

第61回生命科学夏の学校での講演

前にもブログに書いたとおり、オンラインのみの開催となった生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校のシンポジウム「データの統合と共有」にて「公共データベースをフル活用した研究のすすめ」と題して講演。 やはりオンラインということもあって臨場感がなく、話した実感もない。 そろそろ、「シンクロ率の低下」で起動しなくなりそうなぐらい。 オンラインのみのやりがいのなさとの戦いはこれからも続きそうだが。 今後は、スパッと断ることも考えないといけないかもしれないな。

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BH21.8

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 8月 2021.

国内版バイオハッカソン BH21.8

コロナ禍のバイオハッカソン2回目。 今年も本来なら国際版のそれをやるところを国内版に振り替えての開催で、国内版バイオハッカソン BH21.8となった。 去年は、新たに地元となった広島開催のBH20.9で、初日は台風上陸で自分はたどり着くことができなかった。 その去年の以上にその開催が危ぶまれた2021年の今年であったが、(個人的にも紆余曲折あったが)結果として今回はフル参加できた(2年ぶり)。

思えば2年前2019年の国内版バイオハッカソン BH19.7は、大雨のつめあとの残るエリアを通って指宿での開催。 すでに転職を決意して今後どうするかを砂に埋れながら考えていたなあと、今回も温泉に浸かりながら思い返したり。

その時からすでに構想していた、バイオハッカソンにラボの学生を連れてくることを今回ついに実現。 一緒に参加してくれたbonohulabの2人の大学院生もそれぞれに得るものがとてもあった様子。 大学院生の参加者は少なかったこともあり、かつての同僚をはじめとして多くの参加者の皆さんに親身に教えていただきました。ありがとうございました。

個人的にはやろうと思って持ってきた課題を全てそれなりに進めることができた上に、それ以外の新規の課題にも着手することができて、大変満足。 やはり、集中して開発する期間を持てることはとても大事だと今回も実感。

まさか、初めてのコロナウイルスPCR検査をバイオハッカソンでやることになるとは思ってなかった。 その手配等も含めて、今回は特にたいへんだったとおもわれるその準備、オーガナイズしていただいたDBCLSの皆さんに感謝したい。 お疲れさまでした&ありがとうございました …

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Developing new ideas based on study of the past

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 8月 2021.

温故知新

Agilentさんのウェビナーシリーズ、アジレントゲノミクスVirtualユーザーミーティングで講師をすることに。 トランスクリプトーム解析編ということで、「ゲノム編集時代のトランスクリプトーム解析~マイクロアレイの賢い使い方~」と題して、2021年09月17日 (金曜日)の午前10時から30分ほどの講演とその後20分ほどの質疑応答を。

登録もすでに受け付けている模様

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Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via AHR signal published

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 17 8月 2021.

AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制

2021年3月にbioRxivにアップロードした論文

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658

が、査読論文誌にpublished。

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org …

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Github Access by Token

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 15 8月 2021.

git pushできなくなった!?

2021年8月13日でパスワードアクセスができなくなる、それは知っていた。 で、事前にpasswordの代わりとなるTokenの準備までしていた。 しかし、git pushした途端、

remote: Support for password authentication was removed on August 13, 2021. Please use a personal access token instead.
remote: Please see https://github.blog/2020-12-15-token-authentication-requirements-for-git-operations/ for more information.
fatal: unable to access 'https://github.com/bonohu/xxx.git …

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61st Summer School for Life Science Online Only

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 8月 2021.

第61回生命科学夏の学校オンライン開催のみに

生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催され、その2日目の28日に行われるシンポジウム「データの統合と共有」にてお話しさせていただくことになっていたのだが。

ということで、ハイブリッド開催中止でオンラインのみに。 それに伴って、松山出張も消滅。

オンサイトで研究者の卵たちと議論できるのを楽しみにしていたが、COVID-19の猛威のためにしょうがない。 せめて、オンラインの講演でそれが伝えられたら。 準備頑張ります。

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COVID-19 Vaccine 2nd shot

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 31 7月 2021.

コロナウイルスワクチン注射2回目

職域接種で、2回目。  

特にその場では何もフェノタイプはあらわれず。

(その後追記) 打ってから12時間後ぐらいから寒気で起きてしまう。 その後も薬を飲むと下がるが、油断すると39℃付近になるを繰り返す。 40時間経過してもまだ37℃台の微熱。 ようやく56時間経過して解熱剤なしでも平熱に戻った。

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July2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 7月 2021.

2021年7月を振り返って

先月から出ていた緊急事態宣言などの規制が解かれて、今年度初の出張をすることができた月だった。 また、外部の人がラボにきてくれてオンサイトな議論の重要性に気づかされた。

しかしながらその一方で、緊急事態宣言発令中の東京への出張はできず。 15日にあった統合データベース講習会AJACSオンライン7の収録に行くことは叶わず。 いつものZoomを使ったやり方で自分で録画して、動画を送ることに。 そして、ちょうど月末の今日30日に統合TVの動画コンテンツとして公開された。

梅雨入りがかなり早かったが7月中旬まで雨が長引き、梅雨明け宣言がされてからもしばらく雨という状況だった。 しかし、そのおかげで本格的な暑さがやってくるまでにクーラーの修理が完了。 そういう意味では本当によかったが。  

2021年7月に公開された論文はなし。 あとに出したM社のjournalの論文はすでにpublishされてしまっており、某N社系のjournalは査読が相対的に遅い印象がさらに色濃く感じられる今日この頃。

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The First Business Trip 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 21 7月 2021.

2021年度初出張

前回の2020年度初出張(にして唯一の出張)以来、実に7ヶ月ぶりの出張。 もちろん、20201度初の出張。 本来であれば、日本ゲノム編集学会第6回大会などの出張もあったはずであるが…。 昨年度同様、COVID-19が主な原因。

今回の出張は、共同研究の打ち合わせで、前回とは逆の西へ。 人出もだいぶ増えてきているようだが、その人たちはすでにワクチン接種ずみだったのだろうか。 すでに1回目は打ってあるものの、今回も望まぬお土産をいただいてきてないか、それを祈るのみ…。

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To Docker or Not to Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 17 7月 2021.

Dockerを使うべきか、使わざるべきか

AlphaFoldの論文発表で、これをDockerで動かすというのがtwitterで話題になっていた。 Dockerで新規なツールを動かしてみることはだいぶ普及してきたのかなあ、と思う一方で意外にもそうでもないということを一連のtwitter timelineで知ったり。

思い起こしてみると、北海道札幌市の定山渓で2015年2月に開催された国内版バイオハッカソンBH14.14で本格的に使う方法に触れて、それ以後徐々に利用頻度が上がって今では計算する必要があるときにはほぼ欠かさず使うようになったDocker(余談だが、その帰りに北海道大学に寄って議論したことから、今も継続しているハダカデバネズミの共同研究が始まったのであった)。 思い起こしてみると6年半も前になっている事実に驚いたが、当時は(今ものだが)メモリを食う上に、最初にダウンロードしてくるDockerイメージが巨大でネットワーク的に太くないと使えないということで積極的には使っていなかった。

もちろん、使わなくてもエラーメッセージを自分で解釈して「災害復旧」して使えるのであれば無理にDockerで使わなくてもいいだろう。 しかし、そのツールのインストールに難があるとか、ヘテロな実行環境での利用を教える必要がある時など、ものすごくメリットがある。 特に、新たなツールを導入するときによく起きるすでにインストールされている他のツールとの競合、よくあるのがSAMToolsやsalmonのバージョン違いでうまくインストールできなかったり、既存のツールが動かなくなったりがそれである。 あとバージョンの違う同じツールを使ってみたいときなど(例えば、sequenceserverの1.0系と2.0系)、Dockerでそれを動かすことが非常に重宝する。

Docker自体の完成度が上がり、また手元のコンピュータのスペック(CPUの性能やメモリ容量)が向上してきた今、特にためらうことはないのではないかと思う。 そういうわけで今年度(2021年度)の私のバイオインフォマティクス講義 …

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Onsite discussion again

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 7月 2021.

オンラインでない議論も重要

共同研究者の方がいらしてくださり、オンサイトな議論。 オンラインで済むことも多いが、新規のメンバーを紹介してその話を聞いてもらったり、ラボの進捗を見てもらったりはオンラインでは厳しい。 例えば、研究室の部屋の入退室管理にSESAME3を使っていることも、実際に来てもらって見てもらって初めて知ってもらえたことの一つ。

やはり、オンサイトな議論、重要。

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Isn't rainy season over?

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 7月 2021.

梅雨明けしたはずだが

今年2021年、居る地域は7月13日に梅雨明けと宣言されたものの、その後2日続けて時折雷雨の天気。

よくあるように、すぐにかんかん照りの夏日とはならず、ある意味助かったであるが。 というのは、今日7月15日まで自宅のクーラーが故障してて、涼しくはならなかったからである。 修理が完了し、それも解消されて夏への準備万端。

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Effect of blackout

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 12 7月 2021.

停電その後に

雷による職場の停電。 すぐに電気は復旧したものの、ネットワーク接続が30分ちょい復活せず。

また、自宅も停電したようでその痕跡が。 各種家電がリセット状態だが、大抵は復旧したものの、ネットワーク接続だけはどうやっても復活せず。 というわけで早めに就寝。

(2021年7月13日追記) ネットワークはその翌日の夕方前に復活。 自宅の機器とかの不具合でなくてよかった。

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Lecture movie size generated by Zoom

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 7月 2021.

Zoomで作成した講義動画のサイズ

私の講義動画作成方法で紹介したZoomを使ってひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録した動画はサイズが1680 x 1050となってて、変わったサイズだなあと思っていた。 とりあえず、ちゃんと望みの動画が得られるからそれでいいやと思っていたが。

しかしながら、今回統合データベース講習会 AJACSオンライン7で動画を作って送る必要が出てきて、指定されたファイルサイズ(1920 x 1080)で作ってほしいと言われ、色々試してみた。 それはどうも画面共有する際のデスクトップのサイズに依存しているようであり、確かに私のMacBookPro 13inchの(擬似)解像度は1680 x 1050となっていた。

そこで今回、(擬似)解像度を1920 x 1080に設定した外部モニタに接続し、共有する画面をそのセカンドディスプレイのディスプレイに指定することで、無事1920 x 1080のサイズの動画を生成できた。

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Kakenhi 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 7月 2021.

16年ぶりの科研費研究代表者

令和3(2021)年度科学研究費助成事業(学術研究助成基金助成金)(挑戦的研究(開拓・萌芽))の交付内定の通知があり、萌芽で出していたけど今回もダメだったかなと、いつも通りe-Rad経由で科研費電子申請システムを見に行ったところ、

去年の秋に申請した自分の挑戦的研究(萌芽)の課題がバッチリ採択されていました。

前職時代も毎年欠かさず出してきたが、全く採択されず。 転職してからもこの4月頭に通知があった基盤研究はやはりダメで。 こいつはダメだ、というブラックリストに載っているのか、と思ってしまうほど。

ようやく、大学研究者の仲間入りをさせてもらった感でいっぱいです。 関係者の皆さん、これからもよろしくお願いします。

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61st Summer School for Life Science

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 07 7月 2021.

第61回生命科学夏の学校

生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催される。

その2日目の28日に行われるシンポジウム「データの統合と共有」にてお話しさせていただくことに。

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BioDX website opened

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 05 7月 2021.

バイオDXウェブサイト公開

広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現するBio×Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点(JST 共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)(共創分野・育成型)の支援を受け実施する事業)のウェブサイトが公開された。

それと同時に以下の採択が新しいウェブサイトから告知。

「共創」してやっていきましょう!

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bonohulab layout updated 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 02 7月 2021.

レイアウト変更2107

去年(2020年)の10月にデスクを2つもらい受けて入れてあったところからのレイアウト変更。 さらに +=3 して、結果としてデスクは5つに。 3ヶ月前までボッチラボだったのがウソのようだ。

そして、電源タップが実は足りないことに気づく。 いくらあっても足りない感じ。

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ROIS-DS-JOINT 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 7月 2021.

ROIS-DS-JOINT 2021 採択

ROIS-DS-JOINT 2021に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が、昨年度に引き続き、継続課題として採択

情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設(ROIS-DS)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で執行するタイプの予算で、今年度前半の以下の論文2本の資金源となったことはいうまでもなかろう。

  1. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.3390/antiox10030345
  2. Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes https://doi.org/10.3390/biomedicines9050582

今年度いただいた予算も有効に使って …

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June2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 6月 2021.

2021年6月を振り返って

先月に引き続き、緊急事態宣言が継続してなかなか外部との接触がない月だった。 このブログをホストしているサーバーも2週間ほど停止していたりもしたが、色々と活動はしていたわけで。

まず、月頭にバイオDXの宣伝動画が公開され、大学のYouTubeチャンネルに登録されたせいか、所属研究科の広報ウェブページにも貼られたり。

また、24日にはアウトリーチ活動として広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」2021年度第1回目で講演させていただいた。

そして、先月発表した論文(DOI:10.3390/biomedicines9050582)に関して、日本語に引き続き、英語でのプレスリリースも大学から出してもらった。

Scientists use public databases to leap over scourge of publication bias

アウトリーチ活動だけでなく、オンライン開催になった日本ゲノム編集学会第6回大会にも参加。 bonohulabの大学院生が初めてのポスター発表に臨むなど。

submissionラッシュだった年度始めに投稿された多くの研究論文のdecisionが出始め、今月も以下の3本がpublishされた。

  1. Reference …

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A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 29 6月 2021.

モデルギクの染色体レベルのゲノム配列

6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がbioRxivから公開された。

A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum. https://doi.org/10.1101/2021.06.28.450068

同じ研究科の草場先生との共同研究で、同じ研究科の別のグループとの共同研究による成果は初めて。 6倍体栽培ギクのRNA-Seqデータを公共DB(Sequence Read Archive)から集めてきて、新たに決定したゲノム配列にマッピングすることによる解析で貢献させていただいた。

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COVID-19 Vaccine 1st shot

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 6月 2021.

コロナウイルスワクチン注射1回目

職域接種が叶い、2021年6月26日(土)午後4時ごろに第1回目のコロナウイルスワクチン第1回目の注射をしていただきました。  

特にその場では何もフェノタイプはあらわれず。

次回はあと4週間後ぐらいに。

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Bioinformatics for Genome Editing

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 6月 2021.

広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」2021年度第1回目

年度が変わってすぐに卓越大学院プログラムでやっているアウトリーチ活動、先端科学セミナーの講師を拝命した。 そこでできる限り早い時期を希望してみたところ、前のエントリでも書いたように、2021年度の第1回目として2021年6月24日にやらせてもらうことに。 テーマは「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用できるのか」として。 一般向けのアウトリーチということで、できる限りわかりやすくすることを心がけ、ほぼスクラッチから念入りに準備した。

  1. バイオインフォマティクスとは何か
  2. バイオインフォマティクスの教育
  3. バイオインフォマティクスをゲノム編集に利用する

の3つのパートに分けてお話しした。 実際には200人弱あまりに聞いていただいたようで、2年前の今頃に自分が聴衆として参加したオフラインなこのセミナーよりも一桁多い人たちに聞いていただけたということでアウトリーチ活動としては役目は果たしたかなと。 また機会があれば、今度はさらに進めたその利用を中心にお話しすることができれば、と。

(2021年6月28日追記) - 開催報告が公開されました

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JSGEDIT 6th

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 6月 2021.

日本ゲノム編集学会第6回大会

オンサイトで福岡で開催の予定が、オンラインになってしまった。 去年、中止になってしまったので、2年ぶり。 実は会員になってから初の参加。

ゲノム編集ツールそのものの開発の研究より一歩進んでそれを利用する系の発表が多かった印象。 特にオルガネラのゲノム編集など。

全体的にゲノム情報ありきで話が進められている印象は変わらず。 編集する元のゲノム情報の整備をどう取り組むかするかという方向を作っていかねば。

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Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner

Written by Hidemasa Bono in papers on 日 13 6月 2021.

Polysulfide-HIF論文 published

関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide(多硫化物)がミトコンドリアを介して低酸素における低酸素誘導因子の活性化を抑制する、という論文で、おもしろい結果だと思うのだが、なかなかすっと出版されなかったのが不思議。

Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner. https://doi.org/10.1016/j.mito.2021.06.007

Paywalledなのがちょっと残念だが。

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Kaiko transcriptomes paper published

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 03 6月 2021.

カイコリファレンストランスクリプトーム論文出版

bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンストランスクリプトーム論文がこの度査読ずみ論文として出版された。

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.3390/insects12060519

bioRxivにアップロードした際にすでに公開されているが、この論文で発表しているデータは以下の通り。

  1. 生配列データは Sequence Read Archive (SRA)DRA008737
  2. アッセンブルしたトランスクリプトームデータ(配列)は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)ICPK01000001-ICPK01051926
  3. 遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)E-GEAD-315
  4. 以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)DBarchivedoi:10 …

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BioDX outreach movie

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 6月 2021.

バイオDXの宣伝動画

約2ヶ月半前に取材していただいたBio×Digital Transformation (バイオDX)のアウトリーチ動画の編集作業が終わり、いつの間にか、公開されてた。 しかもYouTubeに。

共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の広島大学の課題であるバイオDXにおいて、bonohulabが中心となって取り組んでいる「データ駆動型ゲノム育種技術の開発」の宣伝動画。 本人はとても恥ずかしいけど、広まるといいな。

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