DBCLSでの約13年を振り返って
本日2020年3月31日をもってライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を辞めました。
いつかはこの日が来るだろうと勤めだした頃から思っていましたが、12年と9ヶ月もの長きに渡って居ることになるとはその時には想像してませんでした。
DBCLSに参画する前は、理化学研究所でマウス完全長cDNAクローン作成とその配列解読プロジェクト（現在もその後継は続いており、FANTOMとして知られているプロジェクト）に関わったあと、典型的な生命医科学分野の実験メインの研究を埼玉の秘境にある大学の研究センターで行なっていました。
より詳しくいうと、ゲノムも解読され、ゲノムや遺伝子アノテーションもしっかり付けられ、おまけに全ての遺伝子に対してRNAiのライブラリが利用可能だった線虫(C.elegans)を使って、脂肪細胞分化とクロストークする低酸素刺激による遺伝子制御ネットワークをトランスクリプトーム測定（当時はマイクロアレイ）によって研究していました。
しかし他の生物種との比較解析を行おうとした時に、そのアノテーション状況をはじめとしたデータベースの不備が障害となって、その場しのぎの突貫工事ばかりでなかなかうまくは進められずにいました。
そんな中、生命科学分野のデータベース(DB)を統合して誰でも自由に無償で使えるようにしようというプロジェクトがあると聞いて関わるようになりました。
その場しのぎではなく、きちんと生命科学研究におけるインフラとなる高速道路を作って、アイデアが出た時にすぐに必要なデータを統合して研究ができるようにしたかったからです。
だから、最初は以前の所属のまま、教材を作成する仕組みを作るプロジェクトに参画しました（2006年度）。
教材づくりをやったのは、統合DBプロジェクトとして教育をやって欲しいという意向があったからで、今も変わらぬ同志であるかずさDNA研究所（現・国立遺伝学研究所）の …
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DrBono本と道場本の電子版
先日公開したエントリ、生命科学データ解析の本ガイドでも紹介した以下の2冊の電子版が、医書.jpより本日2020年3月9日に発売開始に。
Kindle版ではなく、独自の形式での販売なのでご注意を。
Amazonからは相変わらず紙版のみ販売…。
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RNAseqレシピ本第2刷
「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が早くも第2刷をするという連絡が出版社から。
2019年11月末（実際には12月頭）に上梓されたから、3ヶ月ほどで。
RNA-Seqデータ解析に特化した内容で、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があるから、正直売れ行きは厳しいかと思っていたのが正直なところだったが、予想に反して。
RNAseqレシピ本発売と前後してmacOSのメジャーアップデートがあり、デフォルトシェルがbashからzshに変更された。
思ったよりもその影響があるらしい。
anacondaのインストーラーは、zshだと適切に設定ファイルを作ってくれないようでその辺を自ら対処する必要がある。
そのうち対応されて直るだろうけれども。
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26th Workflow Meetup
なんとか開催になった26回目。
リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。
ほとんどリモート参加かと思いきや、意外にも10人近く会場に集まり。
新規参加者が多かったこともあり、live codingでCWLの書き方が実演され、個人的には復習がてら参加。
また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローで得られたreference transcriptome配列セットに対して、salmonのバージョン1系で定量するCWLに引き続き取り組んだ。
lib_typeに関して、inputBinding:でposition: 1を指定して前にオプション指定しないとダメらしい。
それでとりあえず動くCommandLineToolとなった。
以下はsingle-endの場合で、paired-endもほぼ同じ。
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
label: "Salmon quant: quantifying the samples"
hints:
DockerRequirement:
dockerPull: combinelab/salmon:1.1.0
baseCommand: [salmon, quant …Continue reading »
2020年2月を振り返って
2020年2月は前半に共同研究打ち合わせの出張があった他は出張も少なく、懸案の論文執筆を進めたり、データ解析を進めたり、研究を進めることができた。
そして、先月に続いて、論文の公開が続いた。
とはいえ、今月のは先方メインの共同研究論文ばかりだが。
- キンウワバトビコバチの多胚形成の論文 （査読あり）
https://doi.org/10.1186/s12864-020-6559-3
- 新規低酸素応答因子GLIS1の論文 （査読あり）
https://doi.org/10.1093/carcin/bgaa010
- Biohackathon15の論文（プレプリント）
https://doi.org/10.12688/f1000research.18236.1
これで、2020年すでに論文5本（査読あり4本）。
かつて頑張った成果なだけ、引き続き頑張ろう。
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AirPods Pro
ずっと欲しかったAirPods Pro。
自分への誕生日プレゼントと思い、Apple Storeに行った時に売っているかも、と思って何回か挑戦。
2020年1月頭に出張先のSan DiegoのApple Storeでも探したがやはり品切れ。
そこで観念して、帰国後注文。
届くまでに1ヶ月かかると表示されていたが、昨今のコロナウイルス騒ぎの影響を受けず、きっちり予定日に送られてきた。
宅配業者のログを見ると、上海から始まって、深センを経由して日本に送られてきているようだ。
まず驚いたのは、装着すると周りの雑音がさっと消える。
そして、音楽に集中できる。
AirPodsと比べてより耳にフィットするようにゴムのイヤーパッドが付いているのはそのためだろう。
これまではノイズキャンセリングヘッドホンを長いフライトの出張時には持っていっていたが、これで代用できるかも。
しばらく使って試したい。
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生命科学データ解析の本ガイド
2019年に生命科学データ解析関連で4冊本を出版したため、「ぼうのうさんの本を読みました」と言われてもまず「どの本？」と訊き返すところから始まることが多く。
また、「どれを読めばいいですか？」という質問も多いので、自分で出版に関わった本のガイドらしきエントリを。
なお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。
オールラウンド向け
バイオインフォマティクスの教科書として、MountさんによるBioinformaticsの翻訳本が2000年代にあったが、それもoriginalが改訂されることなく絶版に。
そこで、その本の内容のうち、配列解析に関わる部分を中心に、次世代シーケンサーからの塩基配列データが溢れる2010年代向けに書かせていただいた本がこの #DrBonoBon。
2008年から始めた統合データベース講習会AJACSでの講師経験や、実際の共同研究での実戦経験が元となっていて我ながらコンパクトにまとまっている。
2017年9月出版で、これまでに多くの方に読んでいただいた（と思われる）。
コマンド等もたくさん書いてあるものの、本書はあくまで教科書で、それをターミナルに打ち込んでもうまく動かないことが多く。
その要望を受ける形で以下に紹介する#DrBonoDojoが出版されることとなった。
統合TVは動画で生命科学分野のデータベースやウェブツールを紹介するサービスで、DBCLSに我々が来た2007年7月から続けている古参のサービスでもある。
統合TVはウェブ上のサービスだし、それを本にするなんておこがましいと思ってきたが、それではリーチしない生命科学者層があることに学会年会などの展示ブースでひしひしと感じていた。
そこで、統合TVの中でも人気の動画を紹介する紙媒体の本を出そうということで、2018年11月に出版したのがこの …
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25th Workflow Meetup
前回は大阪会場から参加。
25回目の今回はいつも通り、東京会場での参加。
今回は、学認クラウドのハンズオンがあり、実際に使ってみた。
Jupyter notebookから使えることに驚き。
このやり方というかインターフェース、他にも応用できるなあと。
続いて行われたマニアックな使い方にも驚き。
NFSがそんなところに張れるとは…。
（利用料金などは抜きにして）技術のすごさに脱帽です。
また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローに関して、CWLがちゃんと動かないところに取り組んできたがgive upして識者に訊いてみた。
実は前のslackの続きに書いていただいていたようで、見逃していた…。
CWL化するのにファイルのリストを書いたファイルのファイル名を引数に渡すやり方は無理っぽい。全てのファイル名を引数として渡す必要があるとのことで。解決してスッキリ。
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新規低酸素応答因子GLIS1の論文published
広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本先生、廣橋先生のグループとの共同研究論文がadvance articleとして、published。
GLIS1, a novel hypoxia-inducible transcription factor, promotes breast cancer cell motility via activation of WNT5A.
Carcinogenesis doi: https://doi.org/10.1093/carcin/bgaa010
この論文に関してもデータ解析手法を教えて、その結果の解釈をサポートした程度ではあるが。
~~内容に関しては後ほど追記予定。~~
（2020年3月12日追記）2020年3月12日に低酸素環境において活性化して、がん細胞の遊走・浸潤を促進し、放射線抵抗性を促進する分子 GLIS1 を発見した論文に関して、広島大学からとDBCLSから、それぞれにプレスリリースがあったので、内容を補足。
低酸素環境にあるがん細胞では、転写因子GLIS1量が増えて遺伝子発現量の調節を行い、特に WNT5Aというがん細胞の浸潤を促進することが知られている遺伝子を調節することにより、がん細胞の浸潤能力を高めていることを確認。
遺伝子発現解析の基準となる各遺伝子の正常組織 …
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キンウワバトビコバチの多胚形成の論文published
去年(2019年)の3月に投稿して。
11ヶ月経ってようやくキンウワバトビコバチの多胚形成に関する論文が出版された。
Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum.
BMC Genomics 21:152 (2020) doi: https://doi.org/10.1186/s12864-020-6559-3
個人的にはデータ解析手法を教えて、その結果の解釈をサポートした程度であるが、今回は大変嬉しい。
内容に関しては後ほど追記する。
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生命科学データ解析を支える情報技術 発売から1年
本日(2020年2月9日)で「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）発売から1年となった。
左が紙媒体、右が電子媒体(Kindle)で、出版社のサイトからはPDF版やEPUB:リフロー版も用意されている。
知り合いのSEさんにも読んでくれた人がいて、「4.2生命科学分野の最新のデータ表現方法」(p91あたり)が参考になっていると言っていただいた時には出してよかったなあと。
IT系の日本語の本は多く出版されているものの、確かにそういったあたりはほとんど参考となる本がないのが実情で。
自分自身も、この本を出したこともあってこの1年「データ解析を支える情報技術」系にも注力してきた。
具体的には、Common Workflow Languageでワークフローを記述することを自ら取り組んできた。
このブログにIT4BDAカテゴリー
を作成して、それに関連するエントリを残してきたが、まだまだこれから。
これからも引き続き勉強していきたい。
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2020年1月を振り返って
2020年1月はPlant and Animal Genome Conference (PAG)に行った影響で、出張外泊数にして年頭から9泊にもなった（PAGでの詳細は、各日のブログエントリ参照。1日目、2日目、3日目、4日目、5日目）。
また、年末にrevised versionを出してあった低酸素トランスクリプトームのメタ解析論文がacceptされ、published。
Bono H, Hirota K.
Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases.
Biomedicines 8(1): 10 (2020) https://doi.org/10.3390/biomedicines8010010
さらに、次の後半には年末にacceptとなっていた別の論文(AOEの論文)もpublished。
Bono H …
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RNA-Seqデータ解析セミナー＠大阪大学微生物病研究所
大阪大学微生物病研究所にセミナーで呼ばれたので、大阪大学吹田キャンパスまで遠征。
きっかけは、2019年12月に福岡であった日本分子生物学会年会でお会いした際にセミナーお願いされたこと。
当初の予想を上回る数の方々にセミナーにお越しいただいた。
話し始めた直後はちょっとビックリしていたのが本当のところ。
「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(略称、RNAseqレシピ本)
の内容への導入となるような話を心がけたが、結局概論と自らの実例を紹介した。
話のTable of contentsはこんな感じ。
- 生命科学データ解析とはーRNA-seqデータ解析を中心に
- 公共データベースとその活用
- 遺伝子発現の公共データベース
- リファレンス発現データセット
- 低酸素トランスクリプトームのメタ解析
RNAseqレシピ本だけを読み進めた場合にぶつかるであろう壁として、コマンドラインインターフェース(CUI)での操作が予測される。
そこで今回は、わりとくどめに「データ解析実践道場」も併用してCUIを学ぶことを推奨してみた。
今回は、ウェットメインの方だけでなく、ドライ専門の方も聞きに来られるだろうという考えもあって、ちょうど1年前に出版した「生命科学データ解析を支える情報技術」の章立て俯瞰図を使い、話の導入にするなど、新しい試みもしてみた。
多くの方にお集まりいただいたものの、果たして講演は彼らの思っていた通りだったのだろうか？
それはわからなかったが、終了後の時間には実践的な質問を多数いただいた。
最近の講演ではあまりないパターンで、これもまた驚いた。
また、セミナー終了後には、かつて大変お世話になった懐かしい方ともかなり久しぶりにお会いできたり。
セミナーをアレンジしていただいた …
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バイオとインフォの会10回目（くらい）
同業種飲み会であるバイオとインフォの会、だいぶご無沙汰していたが、今回予定があったのでかなり久しぶりに参加した。
知り合いにまだ知り合いでない私の知り合いを紹介するというミッションを担って、できる限り紹介して回ったつもり。
実にこの会は、業界内の人の流動性が高まることに寄与しているように思う。
現に、お会いした知り合いは前にあった時と所属が変わっていることが多く。
今回、会をセッティングしてくれた服部さんとコニカミノルタのみなさんに感謝いたします。
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公共遺伝子発現DB目次AOEの論文がPLOS ONEにpublished
2019年5月のCold Spring Harbor Laboratory Meeting、The Biology of Genomesに参加、ポスター発表する前に、学会発表する前にはその内容をbioRxivにアップするという慣例に基づき、公共遺伝子発現DB目次AOEに関するプレプリントをアップした。
All of gene expression (AOE): an integrated index for public gene expression databases.
bioRxiv 626754; doi: https://doi.org/10.1101/626754
bioRxivにアーカイブした、そのままでも良かったのだが、
将来的にどう流れていくか解らないしどうせbioRxivに投稿する所まで完成しているのなら査読誌に通しておこう
（research for the best cure™::blog-for hypoxia …
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Uberデビュー
空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。
支払いに一切現金を使わず、運転手とお金のやり取りをしない点が一番驚いた。
また、事前に料金の概算が出てて、乗車後すぐに確定することも。
それらのreceiptも全て電子メールですぐに送られてくるのも、ペーパーレスで素晴らしい。
しかし、やはり1回目は心理的な障壁が高く、これまでに使ったことがある人と一緒だったから気軽に使えたというのが間違いなくある。
アカウントの作成時にPayPalのアカウントをすでに持っていたから簡単だったが、それも今回の渡米中にトローリーに乗るためのアプリで必要だったためにその場で作成したものであった。
スマホのアプリは、日本だとポイントカードがわりで普及していることが多い印象だが、こちらは実際の支払いとカップルさせて使われている一端を身を以て知った今回のアメリカ出張だった。
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PAGXXVIII day5
最終日の5日目も、朝8時からplenary lecture x2。
プレゼンテーションがよく見える前方に陣取るが、場所を移してもやはり寒い。
終了後、トイレに駆け込むいつもの展開。
その後、Digital Toolのworkshop。
途中で抜けてランチ。
そして、PacBioのWorkshopでGoogle Healthなお話をうかがう。
最後は、Honeybee Genomicsのworkshopへ。
午後7時ぴったりに例年通り懇親会開始。
懇親会中のアナウンスで、参加者は3,500人ほどであったこと、日本77人で国別参加者で6位らしいことなどを知る。
参加者はまだまだ増加しているようだ。
きっと今後もまた来るだろうな。
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PAGXXVIII day4
今日も、朝8時からplenary lecture x2。
プレゼンテーションがよく見える座席は極寒の地でもあるが、着込んで我慢する。
休憩時間中にIlluminaのブースで、昨日まではDRAGENが置いてあった場所で、NextSeq2000の実機にお目にかかるなど。
その後、Bioinformaticsのworkshopに参加するが、Bioinformaticsとはいえ、ほぼGenome assembly。
色々と情報をアップデートした。
ランチを挟んで、徒歩8分ぐらいの別会場のホテルでBeyond DrosophilaというDipteraのworkshopに。
やっぱり、Arthropod関係のセッションが増えている。
その後戻って、Gene expression analysisのWorkshop。
とはいえ、植物ばっかりがターゲットだったが。
今日は全く空き時間がなく、あっと言う間に終わってしまった感。
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PAGXXVIII day3
朝8時からplenary lecture x2。
その後、ポスター発表。
電子メールで通達された番号とアプリで検索して出てくる自分のポスター番号が違っているという謎。
前者の番号の場所に貼ったが、30枚用意したハンドアウトは全て売り切れてしまったのに、特に質問されることはなく。
通し番号で1100ぐらいまであったが、貼っていないのも多く。
自分のもそうだったが、duplicationもいくつかあった模様。
昆虫のとあるポスターのタイトルに萌えた。
Every species can be a model
現にそういう状況になっているからこそのタイトルだった。
午後一で、NCBIのworkshop。
NCBI Sequence Archives are FAIR
というIleneさんのスライドから始まって、SRAなどのDBに関して紹介があった。
そして、Benがラストバッターで、冒頭からBen節が爆裂！
彼もData Sharingの重要性を説くところから始まって、色々と名言を。
Use 'tblastx' instead of 'blastn'
これは私が共同研究先の学生さんに教えることの一つ。
また、
With Better Metadata, Batch Effects …
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PAGXXVIII day2
朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。
知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。
途中から、Non-coding RNAのworkshopに。
R研のHさんの発表を拝聴する。
夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。
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PAGXXVIII day1
4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。
朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。
これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。
California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。
かつてはこの奥で口頭発表していたのが、今回は手前で、仕切りまできっちり出来てたり。
ちなみに、スマホ専用のロッカー型充電器が学会のために協賛企業のdonationで設置されており、誰でも利用可能であった。
ランチに噂のBeyond Burgerを食す。
全く問題なく、普通にうまい。
4年前に来た時の劇マズのランチからかなり反省した感がある。
18:20からもApplication of New Genomic Tools and Techniques in Arthropodsのworkshopが20:30まで。
Arthropod関係増えてきた？
前回自分が気づいてなかっただけかもしれないが。
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低酸素トランスクリプトームメタ解析論文が査読論文誌にaccpet
低酸素関係の研究会で始めて発表したのは、2006年にあった第3回がんとハイポキシア研究会で、実に14年前。まだDBCLSに移る前。
それからこの分野の研究も、本業のDBを使いやすくする仕事と並行して細々とやってきた。
さまざまな研究者が発表する低酸素ストレスで発現が変動する遺伝子たち。
それらを遺伝子発現DBから再解析して、より多くのデータでサポートされる遺伝子をリストアップしておけば有用ではないかと考え、上述の研究会で複数の研究者に使ってもらえるようお願いした。
そして、2年前(2018年)の2月に、その結果を、bioRxivへの初の論文として投稿した。
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases.
bioRxiv 267310; doi: https://doi.org/10.1101/267310
その後、版を重ね（複数回バージョンアップして）、本日2020年1月8日、ついにその論文が、Biomedicinesという査読論文誌にacceptされた。
当初は別の論文のSupplemental dataの説明みたいな位置付けでbioRxivに載せたつもりだった。
しかしながら、その後紆余曲折あり、現状ではまだ査読誌に載せて論文として認めてもらうようにした方が良いだろう …
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2020年の計
明けましておめでとうございます。
本年もよろしくお願いします。
年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。
今年も宣言したいと思います。
- 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける
- そこで必要となる新しい研究手段を開発する
- 国際的な共同研究にも注力する
- 研究代表者としてグラント獲得する
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2010年代を終えるにあたり
今日で、2010年代が終わる。
この10年間自分は何してきたのだろう？
そう思って、このぼうのブログを見返してみると、10年前何をしていたのか、克明に記録されていた。
それをみることで記憶を掘り返すことができる。
そして、リサーチアシスタント(RA)として統合牧場に出入りしてくれていた彼らに、毎日のように諸々教え込んでいたことを思い出した。
そして、彼らにもそれをブログとして記録していくよう指導していたことも。
彼らは今、いろんな分野で大活躍している素晴らしい社会人たちとなっているし、彼らがインターネット上に残したコンテンツは多くのこの分野の人にいろんな形で参考にされたに違いない。
もちろん動画コンテンツとしての統合TVもそれの大部分を占めている。
その経験をもとに2010年代のバイオインフォマティクス教科書を、と目論んだ。
それがDr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)であり、このぼうのブログに書きためてきた情報の集大成でもある。
まさに2010年代の総決算だったわけである。
その証拠にBono本の序文には、「2010年代の…」というくだりがある。
2010年代の今は，データ解析がかつてのバイオインフォマティクス研究者だけのものではなくなった。生命科学者自身がデータ解析する時代であり，すなわち，誰もがバイオインフォマティシャンの時代であると言えよう。そういう生命科学者向けの教科書となるよう，本書を企画した。
しかも …
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2019年を振り返って
もう今年(2019年）もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。
1 公共遺伝子発現DB目次の論文化
AOEの論文化は、結果として二段階で行われた。
まず5月にあったCold Spring Harbor Meeting の The Biology of Genomes 2019で発表する前にbioRxivにプレプリントとしてアップした。
そして、bioRxivの'Submit bioRxiv Preprint to a …
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作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その3）
stringtie-mergeができたものとして、次なるプロセスがmergeされたGFFから該当するFASTAファイルを作成すること。
このプロセスをやってくれるツールがgffreadである。
そこで、これを2019年CWL advent calendarの7日目でも紹介されているzatsu-cwl-generatorを使ってCWL化してみた。
まずはGTFをGFFに直すところから。
| #!/bin/sh
docker run --rm ttanjo/zatsu-cwl-generator:latest \
"gffread -E my.gtf -g my_genome.fa -o my.gff3" \
> gtf2gff.cwl
|
手元のMacBookPro(10.14.6)では無事実行できたが、なぜかマシン(10 …
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はじめての医学
単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただいた（出版社のページ）。
著者は、かつての大ボスの研究室出身の木南凌先生で、面識はないもののよく話は伺っている先生。
目次をみると、よくある病気の概略と症例、治療薬、病態や薬効の説明が章ごとに、19の章でカバーされている。
医学の知識が体系的に、ではなく、「がん細胞と正常細胞はどこが違うのか（18章）」などのトピックベースに各章10ページほどで短くまとめられており、肩肘張らずに読むことができる。
本のカバーには、「はじめて医学を学ぶ人のナビゲーションBook」や「医学生だけなく、保健学科や生命科学系の学生、院生にも役立つ」と書かれている。
実際読んでみると、医者ではない生命科学研究者の私が持っている断片的な情報が、それぞれの疾患という観点から編み直されていく感じで知識が整理された。
また、難しい専門用語の解説が豊富でそれ以外にも平易な日本語表現になるよう徹底されており、学びはじめた医学生に向けたつもりが、保健学科や生命科学系の学生、院生向けにもなっているのを実感した。
自分が院生の時にこういう本があったらよかったな…。
章のタイトルは以下の通り。
- 第1章 「イライラ,ドキドキ」となるバセドウ病はホルモンの病気
- 第2章 上腹部の痛みや不快感を感じたら,胃潰瘍を疑ってみよう
- 第3章 どうして見えにくくなるのか,緑内障
- 第4章 …
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2019年出張外泊数
三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。
年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。
その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さらに悪化。
| 年 |
泊数 |
| 2019 |
91 |
| 2018 |
83 |
| 2017 |
77 |
| 2016 |
77 |
| 2015 |
65 |
| 2014 |
50 |
今年も努めて抑制するようにして来たのだが、Biohackathon Europeに行くなどもあって逆に悪化。
確かにどこに居てもできる仕事といえばそういう側面もあるのだが…。
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2019年に出版した本
2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。
私も振り返ってみたい。
2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。
去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者のみなさんの協力もあり全てきちんと出すことができた。
それらの本のリストは以下の通り。
なお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。
全てが生命科学データ解析に関わる内容で、#IT4BDAがIT系のエンジニアさん向けの入門書、#DrBonoDojoが生命科学研究者向けの入門的なチュートリアルとなっている。
暮れに出した2冊は生命科学研究者向けのチュートリアルなのだが専門的で、#RNAseqRecipeがRNAseqデータ解析に特化しており、#NGS_DATは次世代シークエンサー(NGS)を利用したさまざまな解析のデータ解析に向けた内容となっている。
その4冊を並べて記念撮影。よく頑張りました。
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作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その2）
昨日のその1に引き続き、作成したHISAT2-StringTie2のワークフローを実際に動かした際のログを記す。
余談だが、次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版（以下、DRY解析教本2）は今朝見たらAmazonでも在庫があるようになっていた。
さらに余談だが、今年の頭に出した「生命科学データ解析を支える情報技術」の最初の方に今やっているようなDockerを使ってバイオなプログラムを動かす話のさわりを書いてあるので参考まで。
さて本題であるが、とりあえず動く方のCWLだけで、HISAT2のmappingをfor文で繰り返し実行する。
fqディレクトリ内にgzip圧縮されたfastqファイル（なんとか_trimmed.fq.gzというファイル名で統一されているとする）がある場合、それら全部に計算する方法として、以下のバッチスクリプトを組んだ。
| #!/bin/bash
for f in fq/*.gz; do
g=`basename … |
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