AJACS advanced 5th
統合データベース講習会AJACSa5柏
毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。今年は、DBCLS柏にて、2018年8月10日の午後に。詳細は案内のウェブサイトを。
今回は（も？）、非モデル生物における配列解析に焦点を当てて。DDBJにデータが蓄積しつつある、転写配列アッセンブリデータベース(Transcriptome Shotgun Assembly:TSA)を利用し、転写単位ごとの遺伝子発現を定量化する方法を学ぶハンズオンを、休憩を含めて４時間ほどでやる予定。
蛇足ながら、中上級向けということで、UNIX操作を一通りマスターした人が対象。次世代シークエンサーDRY解析教本のLevel1-2にある程度を一通りやった方を想定して話を進める予定。もちろん、Bono本の第3章でも構わないのだが。
この話は2018年3月に鹿児島であった第62回日本応用動物昆虫学会大会の小集会「公共データベースを利用した昆虫のデータ解析」で話した「公開されているRNA-seqデータを使い倒すには?」に端を発していて、講習としてやってみたいと思っていた内容。kallistoを使うものの、ヒトやマウスなどの使い方とは違うので、そちら方面しか興味ない方が参加されてもつまらない内容かと。あくまで、ゲノム未解読な新規モデル生物のトランスクリプトーム解析の講習会。