align_and_estimate_abundance.pl is not included in Trinity Docker image v2.13.2
Trinityの発現定量スクリプトがDockerにない
前は動いたはずなのに…。
Trinity in Dockerにある例の
docker run -vpwd:pwdtrinityrnaseq/trinityrnaseq /usr/local/bin/trinityrnaseq/util/align_and_estimate_abundance.pl
で no such file or directory。
というわけで、どうも最近のバージョンv2.12.0以降には含まれていないっぽい。 v2.11.0には含まれていたが。
It seems that align_and_estimate_abundance.pl was not included in the latest version (2.13.2) of Trinity Docker image. I cannot run the docker command in https://t.co/jzZZrTLzyi
— トクニンティヌス＠下り坂46（ニンキアリ） (@bonohu) February 7, 2022
Alternatively I found one in v2.11.0 of that image.
今後困るかもしれない、と思ったが、よく考えたらsalmonやkallistoで定量するのであれば、対象がトランスクリプトームだからわざわざこのスクリプト使う必要もないのかもと。 直接実行した場合と比較してみるか。。