bam2wig
bam形式なリファレンスゲノムへのアラインメントの情報をwig形式のcoverageファイルへ変換。 実は昔もやったことがあり、ググって出てくるawkのワインライナーでなんとか凌いでいたが、今ネット検索するとbam2wigというコマンド化されたPerlスクリプトをgithubに発見。今回はこれを使ってみた。
[shell] git clone https://github.com/MikeAxtell/bam2wig [/shell]
でgithubからダウンロードしてきて、
[shell] ./bam2wig/bam2wig hoge.bam [/shell]
でhoge_bam2wigというディレクトリが作成され、その中にhoge.wigというファイル名でwigファイルが作成される模様。 ただ、何もオプションを付けないとゲノム全体を対象に計算がなされるので、時間がそれなりにかかる。そこで、限定した領域だけ計算する場合には-cオプションをつかって
[shell] ./bam2wig/bam2wig -c chr1:1-10000 hoge.bam [/shell]
のように実行すればよい模様。
コードを見る限り、前にもこのブログでも言及したsamtoolsがインストールされ、コマンドサーチパスにないと動かない模様。
wigに変換したデータはUCSC Genome BrowserやEnsembl Genome Browserにファイルアップロードすることで既存のゲノムアノテーションとともに可視化できる。IGVのスクリーンショットよりもこちらのほうが綺麗かもしれない。