自宅鯖絶不調
Written by bonohu in misc on 金 05 1月 2018.
自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっ …
冬休みの宿題その1
Written by bonohu in misc on 木 04 1月 2018.
ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが …
Bonoがbyobuで上手にbashのスクリプトを書いた
Written by bonohu in misc on 水 03 1月 2018.
かつて紹介したbyobuであるが重宝している。とくに遠隔からたまにネットワークが切れたりすることが前提の環境に …
Trinity前処理
Written by bonohu in misc on 火 02 1月 2018.
遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。
fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗する …
2018年の計
Written by bonohu in misc on 月 01 1月 2018.
年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」
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引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …
2017年を振り返って
Written by bonohu in drbonobon on 日 31 12月 2017.
2017年を振り返って。今年は収穫の年であった。
ここのところの懸案だったDBCLSでのメインの仕事の論文が2本出版された。quanto論文とRefEx論文である。それぞれGigaScience、Scientific Dataというデータジャーナルと呼ばれる雑誌形態の論文誌。我々の活動を報告する場として今後もお世話になりそう。
このぼうのブログで書 …
2017年反省会＠温泉インフォマティクス研究会
Written by bonohu in misc on 金 29 12月 2017.
温泉インフォマティクス研究会を単独開催して、2017年の反省会。場所はいつものところに。頭の整理をするために、この温泉に度々来た2017年であった …
2017年出張外泊数
Written by bonohu in misc on 水 27 12月 2017.
三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑 …
dockerでfastq-dump(続き)
Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.
- Docker
前のエントリを書いたら、pfastq-dumpを作っている@iNutさんからまた別のFASTQファイルを生成するdockerコンテナを教えてもらった。
docker run --rm -v "$(pwd)":/data -w /data
inutano/sra-toolkit fastq-dump --split-files SRR1864696.sra
こちらの …
dockerでfastq-dump
Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.
- Docker
SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。
そ …
Trinityが動かない問題再燃
Written by bonohu in misc on 月 25 12月 2017.
Trinityが動かない問題再燃。使っているバージョンは2.4.0。
以前に言及したFASTQヘッダの問題かと思ってfastq-dumpをいじってみた。
fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files hoge.sra
が、そうして生成されたFASTQファイルは逆に、trimming …
英語版プレスリリースの威力
Written by bonohu in misc on 土 23 12月 2017.
RefExの論文を2017年8月末に出したが、その英語版プレスリリースを11月頭に出してもらった。
すると、英語版のそういったニュースにも取り上げてもらい、その種の …
Bono本第2刷
Written by bonohu in drbonobon on 土 23 12月 2017.
しばらくブログをホストしているサーバーが落ちている間に、Bono本の第2刷が出回り始めていたり。
それにしても9月末の第76回日本癌学会学術総会での発売開始(=出版)から三ヶ月も経たないうちに …
'今日のワンライナー: Perl -a'
Written by bonohu in misc on 金 22 12月 2017.
今日のワンライナー。普通なら
cut -f1,3 hoge.txt
で済ますところだが、さらなる処理、IDのバージョン情報を取る(s/.d+//)とか必要な場合にPerlで処理したい場合、こんな風に …
NBRPシンポジウム2017
Written by bonohu in misc on 水 20 12月 2017.
ナショナルバイオリソースプロジェクト(National BioResource Project; NBRP)のシンポジウムに参加。今年度(２０１７年)から第４期が開始ということであったが、それは５年を1期とするプロジェクトが3回行われ、今年度から4期目が始まったという意味で …
Bono本読書会
Written by bonohu in drbonobon on 土 16 12月 2017.
@oec014さんの呼びかけで、静岡駅近くでBono本読書会が2017年12月16日(土)に開かれた。どういった人が、どれぐらい集まるか、心配な感じだったが、案ずるより産むが易 …
SPARQLthon63
Written by bonohu in misc on 木 14 12月 2017.
BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽し …
Pythonオープンサイエンスシンポジウム in つくば
Written by bonohu in misc on 火 12 12月 2017.
普段日程が合えば参加しているみんなのPython勉強会(Start Python Club)が、Pythonオープンサイエンスシンポジウムをつくばで開催。これまたちょうど都合がよかったので参加。
いろんな研究分 …
ConBio2017 4日目
Written by bonohu in misc on 土 09 12月 2017.
最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れを …
ConBio2017 3日目
Written by bonohu in misc on 金 08 12月 2017.
この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていた …
ConBio2017 2日目
Written by bonohu in misc on 木 07 12月 2017.
2日目はブース対応をメインのはずだったが、Bono本サイン会があったりして迷惑かけてしまった…。そちらのイベント自体は大成功だったのだが。
ConBio2017 1日目
Written by bonohu in misc on 水 06 12月 2017.
ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベース …
ConBio2017 0日目
Written by bonohu in misc on 火 05 12月 2017.
次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じ …
BH17.11
Written by bonohu in misc on 金 01 12月 2017.
2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究 …
Annotathon2017
Written by bonohu in misc on 木 16 11月 2017.
今回で2回目のアノテーソン。ゲノム配列解読系の人が多かったような。自分の考えていた「アノテーション」とは違う世界に戸惑うものの …
kallisto
Written by bonohu in misc on 水 15 11月 2017.
遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメント …
Bono本はノウハウ本でなく教科書
Written by bonohu in drbonobon on 日 12 11月 2017.
Dr.Bonoの生命科学データ解析に関して、「この本を読んだら、（自分のやりたい配列データ解析）ができるのか?」という質問がちょっと気になっている。
まあ、中 …
第15回がんとハイポキシア研究会2日目
Written by bonohu in misc on 土 11 11月 2017.
日が変わってもなお議論。いつにも増してハードな会となった。
自分ですべての「データ」を出すだけでなく、公共データ …
第15回がんとハイポキシア研究会1日目
Written by bonohu in drbonobon on 金 10 11月 2017.
今年は淡路夢舞台国際会議場にて。今年もhypoxia transcriptomeのメタ解析の続きをポスター発表。以前よりは関心持ってくれる人が増えたが、まだまだ。かつてのように …
SPARQLthon62
Written by bonohu in misc on 木 09 11月 2017.
無線LANのトラブルの中、いくつかのプロジェクトの打合せを進める。
みんなのPython勉強会#30
Written by bonohu in misc on 水 08 11月 2017.
2017年5月以来、半年ぶりに参加。期せずして3冊のPython本の著者の人が話される節目の勉強会30回目で、大変参考になった。その3冊とは、以下の通り。
日付変更線
Written by bonohu in misc on 日 05 11月 2017.
日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。
ROIS-DS-JOINT共同研究集会開催に向けて
Written by bonohu in misc on 火 31 10月 2017.
セミナーから一夜明けて、また別の研究会の企画打合せ。「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」は …
Bono本出版一ヶ月
Written by bonohu in drbonobon on 日 29 10月 2017.
今日(2017/10/29)で出版から早一ヶ月。小規模な誤植は、有志のみなさんが報告してくれて大変感謝。正誤表としてまとめ、出 …
SPARQLthon61
Written by bonohu in misc on 火 24 10月 2017.
台風直撃により、前日入り。いろいろ作業を進めて、それぞれそれなりに進捗があったのだが、SPARQLthonでメインでやるべきAOEまわりはほとんど進まず、無念。今年度の開発の仕 …
Bono本読書会
Written by bonohu in drbonobon on 日 15 10月 2017.
拙著の読書会の企画が公表され、参加者の募集が開始に。ConBio2017(第４０回日本分子生物学会年会＋第９０回日本生化学会大会)の終わった次の週の２０１７年１２月１６日の土曜日に、場所は静岡駅前のビルの …
職場でのGitHubの利用法
Written by bonohu in misc on 土 14 10月 2017.
(このエントリは、Mishima.syk#11のLightning Talkネタ)
職場では、GitHubを日常的に使っている。その実例を紹介する。
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統合データベース講習会AJACSでは講習会資料が基本GitHubで管理している …
xenomeその後
Written by bonohu in misc on 金 13 10月 2017.
githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバー …
研究会ラッシュ
Written by bonohu in misc on 木 12 10月 2017.
気がついたら今年度の後半戦。ちょっとした研究会ラッシュ。これから広報を開始するフェーズの研究会や、旅費の申 …
代謝ナビゲーション
Written by bonohu in misc on 月 09 10月 2017.
Dr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から同時に出版された本の一つがこの代謝ナビ …
著者版の正誤表
Written by bonohu in drbonobon on 日 08 10月 2017.
原因不明だが、ブログをホストしている自宅サーバーがおちてて、ブログへのアクセスやアップデートがこの一週間 …
第2回RDF講習会
Written by bonohu in misc on 金 06 10月 2017.
10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこ …
トーゴーの日シンポジウム2017
Written by bonohu in misc on 木 05 10月 2017.
今年も巡ってきた10月5日。ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今年も東京大学弥生講堂にて2日間に渡って開催されたが、ポスター発表数が多 …
第76回日本癌学会学術総会3日目
Written by bonohu in misc on 土 30 9月 2017.
学会は、視野を広げて話を聞く良い機会であることを昨晩実感したので、それを更に実践。興味はあるものの、普段は聞 …
第76回日本癌学会学術総会2日目
Written by bonohu in misc on 金 29 9月 2017.
癌学会2日目は自分のポスター発表。デバネタで発表するのは今回が初めてだが、あくまでもDB再利用研究の実例として。張り付き義務時間になってポスターの前に行っ …
第76回日本癌学会学術総会1日目
Written by bonohu in misc on 木 28 9月 2017.
2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。
なんとか間に合ってよかった。
ArrayExpressのmirror復活
Written by bonohu in misc on 火 26 9月 2017.
ArrayExpressがaspera経由でのmirrorできなくなっていた件。-Pでポート番号を指定するだけで復活。セキュリティのため、default以外のポート番号になった?
Bono本のカテゴリー追加
Written by bonohu in drbonobon on 月 18 9月 2017.
今後このブログでBono本に触れることが多くなりそうだから、それ関連を探す際の検索性向上の為、Bono本に関するカテゴリーを追加。twitterのハッシュタグ#drbonobonによるtwitter検索と併せて使えるように。
BioHackathon2017 最終日
Written by bonohu in misc on 土 16 9月 2017.
最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。
BioHackathon2017 day4
Written by bonohu in misc on 木 14 9月 2017.
４日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の２回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。