BH15.15 1日目
今日2016年3月14日から、国内版Biohackathon(BH15.15)。2015年15月ということで、2016年3月の開催となったが、このパターンでの開催もついに今回で最後(というかルール破綻)になるとのこと。「SRA/BioProject/BioSample etc の統合的な検索」の中の「遺伝子発現データ検索への応用」というサブテーマで取り組みます。
先月のSPARQLthonでSRAのメタデータからの抜き出しに問題があったのが、原因を究明。どうも、csv形式での抜き出しに問題があるようで、json形式に変更してきっちりとすべて抜き出してこれるように。これで必要なメタデータのうち、Submission date以外は取れたはず。1日目の進捗はとりあえずそれということで。