BH19.7
国内版バイオハッカソンBH19.7
2019年7月8日〜12日まで、鹿児島県指宿市の国民休暇村で開かれた国内版バイオハッカソンBH19.7に参加。
前半は、書きかけていたTrim Galore! v0.6.3のCWL書きを、CWLマスターに話をうかがいながら。
詰まった点は何点かあって、まずはdockerPull:の記法。
trim-galore:0.6.3--0のように--0をつけないと動かない模様。
また、元々のコマンドラインオプションとは別の名前にcwltoolで指定するオプションはしたほうがいいっぽいことも。
まだまだまずい点があるだろうけど、とりあえずは動くものとなった。
paired-end version(trim_galore.cwl)はこんな感じで。
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
hints:
DockerRequirement:
dockerPull: quay.io/biocontainers/trim-galore:0.6.3--0
baseCommand: [trim_galore]
# trim_galore --fastqc --trim1 --paired
arguments:
- prefix: -o
valueFrom: $(runtime.outdir)/$(inputs.out_dir_name)
inputs:
show_help:
label: "show help"
doc: "show help"
type: boolean
inputBinding:
prefix: --help
default: false
run_fastqc:
label: "run fastqc"
doc: "run fastqc"
type: boolean
inputBinding:
prefix: --fastqc
default: false
trim_1:
label: "trim 1base"
doc: "trim 1base"
type: boolean
inputBinding:
prefix: --trim1
default: false
paired_end:
label: "paired_end"
doc: "paired_end"
type: boolean
inputBinding:
prefix: --paired
default: false
out_dir_name:
label: "Name of the directory to write output to"
doc: "Name of the directory to write output to (default: trim_galore)"
type: string
default: "trim_galore"
fq1:
label: "Input forward FASTQ file"
doc: "Input FASTQ file"
type: File
inputBinding:
position: 50
fq2:
label: "Input reverse FASTQ file"
doc: "Input FASTQ file"
type: File
inputBinding:
position: 60
outputs:
trim_galore_output:
type: Directory
outputBinding:
glob: $(inputs.out_dir_name)
$namespaces:
s: https://schema.org/
edam: http://edamontology.org/
s:license: https://spdx.org/licenses/Apache-2.0
s:codeRepository: https://github.com/pitagora-network/pitagora-cwl
s:author:
- class: s:Person
s:identifier: https://orcid.org/0000-0003-4413-0651
s:email: mailto:bonohu@gmail.com
s:name: Hidemasa Bono
$schemas:
- https://schema.org/docs/schema_org_rdfa.html
- http://edamontology.org/EDAM_1.18.owl
実行は、
#! /bin/sh
cwltool trim_galore.cwl --run_fastqc --trim_1 --paired_end --fq1 hoge_1.fastq --fq2 hoge_2.fastq
のような感じで。
現状、FASTQCの実行を追加する--run_fastqcオプションをつけるとなぜか途中で止まってしまう。
トリミング自体はこのオプションなしでもきちんとなされるので、つけないほうが良いだろう。
これまでやってなかったCWLからDockerでプログラムを実行することが一応できた。 空き時間に某書のredundancyを下げる作業と連絡に取り組みながら。