BioDockerthon the last day
- Docker
国内版Biohackathon(BH14.14)最終日。これまでやってきたことは
にすべてアップ。つくったDocker imageは以下の4つ。
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hmmemit
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debian-hmmsearch
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debian-hmmsearch2 (profileHMMと検索対象DBがdocker runの引数として選べる)
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ubuntu-tophat
ubuntu-tophatに関しては、defaultのcoreosでは動かないという問題点あり。現状判明している問題は、メモリとストレージの容量不足。動くように設定ファイルのカスタマイズ等、方策を考えないといけない。それができるようになるとSRAにあるすべてのRNAseqデータの計算(recount)がdockerをつかって可能になるかと。計算リソースがあれば。
当初課題に挙げていたassembler関係は、nucleotid.esにあるということで自分で書く必要はないようだが、それを動かす環境の構築が次なる課題。