ぶらっとBLAT
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolで、UCSC Genome Browser のサイトにあるリファレンスゲノム配列に特化した配列類似性というか配列マッピングツールである。ゲノムランディングツールとも呼ばれる。だが、商用利用にはライセンスが必要なためか、便利なのだが広まっていない。そういうツールだからHomebrewにはまさか入っていないだろう、と。 ぶらっと [shell] brew install -v blat [/shell] してみたら、インストールが始まった…。商用でなければアカデミア、非商用、個人利用はライセンスいらない模様。ちなみに [shell] blat refgenome.fa query.fa output.psl [/shell] という感じで使い、出力はPSL形式で<kbd.output.pslに。BWAやbowtie、BLASTのように実行前に特別なindexingは必要ない。