BLAT
ぶらっとBLAT
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで、UCSC Genome Browser のサイトにあるリファレンスゲノム配列に特化した配列類似性というか配列マッピングツールである。 ゲノム配列中のどこかに着地するという意味を込めて、ゲノムランディングツールとも呼ばれる。 そういうわけで便利なのだが、商用利用にはライセンスが必要なためか、広まっていない。 そういうツールだからHomebrewにはまさか入っていないだろう、と。 ぶらっと
brew install -v blat
してみたら、インストールが始まった…。 なんと、Biocondaにもあるようだ。
conda install blat
商用でなければアカデミア、非商用、個人利用はライセンスいらない模様。 ちなみに
blat refgenome.fa query.fa output.psl
という感じで使い、出力はPSL形式でoutput.pslに。
このPSL形式は、UCSCやEnsembl Genome Browser、IGVでもそのまま表示できる形式である。
BWAやbowtie、BLASTのように実行前に特別なindexingは必要ないので、ちょろっと試してみるには楽チン。
ちなみにBono本だと、p139あたりにBLATに関する解説がある。