CIBEX data reloaded to GEA
かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が所属していた研究チームもそこにマイクロアレイによる遺伝子発現データを登録したこともあった（doi:10.1371/journal.pgen.1001019）。
しかしながら、CIBEXは続かなかった。 データ受け付けを停止し、かつてはあったウェブサイトもなくなり、それまで受け付けて来たデータがダウンロードできるだけ、となった。
そして時代は下り、塩基配列解読技術が劇的に進化し、配列解読で遺伝子発現を測定する方法がメジャーとなった。いわゆるRNA-seqである。 塩基配列解読をするため、生データとしてはSequence Read Archive (SRA)に登録すればデータの再現性は担保される。 しかしながら、実際には発現定量したデータも一緒に登録されていなければならない。 そのため、NCBIのGene Expression Omnibus (GEO)やEBIのArrayExpressといった遺伝子発現データベースにそれらの定量データが登録されてきた。
DDBJはDDBJ Sequence Read ArchiveとしてSRAの登録も受け付けているので、配列データを登録した延長上で発現定量データも登録できると便利だということで、2018年にGenomic Expression Archive (GEA)がDDBJの遺伝子発現データのアーカイブとして立ち上がった。
ここで話がCIBEXに戻る。
かつて我々がCIBEXに登録したデータ(accession:CBX90)がGEAに再登録された(accession:E-GEAD-296)と連絡が来た。
すなわち、CIBEXの登録データのGEAへの再登録が始まったということだ。
それらのデータはGEAの一部として今後検索の対象となる。
つまり、AOEから検索してたどり着けるようになる、ということだ！