customizing ikra
異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行
ikraは、発現定量するFASTQファイルのファイル拡張子として、デフォルトではfastq（厳密にはfastq.gz）が想定されているようで、fq（厳密にはfq.gz）な拡張子となっているFASTQファイルはデフォルトではikraでそのまま実行することはできない。
しかし、以下のオプションを指定すればそれを変えられるということが作者に聞いて判明。
-s1, --suffix_PE_1 suffix for PE fastq files. (default : _1.fastq.gz) -s2, --suffix_PE_2 suffix for PE fastq files. (default : _2.fastq.gz)
これまではファイル拡張子を書き換えていたが、これで指定すれば問題ないとのこと。 次からこうしよう。