Differential Expression Analysis using EBSeq
RSEMによるRNA-seqの続き。RSEMデータ解析チュートリアルにある発現差解析方法。 rsem-run-ebseqとrsem-control-fdrはmake installしても/usr/local/bin以下にインストールされないので、注意。hoge1とhoge2の2つのサンプルの発現差を解析する場合、以下のように。 [shell] rsem-generate-data-matrix hoge1.genes.results hoge2.genes.results > hogeMat.txt ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-run-ebseq hogeMat.txt 1,1 hogeMat.results ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-control-fdr hogeMat.results 0.05 hogeMat.de.txt [/shell] 自分の環境ではRSEM関係のスクリプトは~/Documents/src/RSEM-1.3.0/以下にあるので、このように指定して実行。 最後の行はFDR<0.05で切っているが、必ずしもこれが万能というわけではなく、状況によっていろいろ変えるべきであることはいうまでもない。