Docker on CoreOS on Mac day2
- Docker
国内版Biohackathon(BH14.14)2日目。まずは、昨日の続き。DockerfileをDockerHubに表示したいということで、GitHubとDockerHubの連携をやってみる。
まずは、'New repository'から新規に作成し(hmmemitという名前)、必要なファイルをgithubに上げる。 [shell] git add Dockerfile Sod_Cu.hmm git commit -m "first commit" git push -u origin master [/shell]
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DockerHubの方で'Add Repository'→'Automated Build'
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出てきた画面でGitHubを選択
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DockerHubにリンクするRepository(今回の場合、bonohu/hmmemit)を選択
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'Create Repository'を押して、しばらく待つ
bonohu/hmmemitが出来ました。この手順だとdocker buildして動くことを確認したあとにdocker pushをする必要なし。
本日2日目分のコンテナとして、同じくhmmerパッケージのhmmsearchを動かすものを作成してみた(bonohu/debian-hmmsearch)。
#Docker container for hmmsearch
FROM debian
MAINTAINER Hidemasa Bono, bonohu@gmail.com
# File add
ADD Sod_Cu.hmm Sod_Cu.hmm
# Install packages
RUN apt-get update &&
apt-get install -y hmmer &&
apt-get install -y wget &&
rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-25/fasta/bombyx_mori/pep/Bombyx_mori.GCA_000151625.1.25.pep.all.fa.gz
CMD ["hmmsearch", "Sod_Cu.hmm", "Bombyx_mori.GCA_000151625.1.25.pep.all.fa.gz"]
hmmemitの例に加えてwgetコマンドのインストールをして、それを使って必要なデータベース(FASTA形式のアミノ酸配列)を取ってくるコマンドが加わっている。