Docker setting for genomer
ゲノム解析者用Docker設定
Docker Desktop for macのおかげで、macOSでもDockerを使ってツールを起動することが簡単になった。 インストールの際にライブラリの依存性に悩まされることもなく、またバージョンの違いによる差異も決まったバージョンで動かせば解消されるはずである。 何よりも（あまりないのだが）macOSで動かないツールを動かすことができるのが魅力である。 ただ、最初に実行するときのイメージがかなり大きく、ネットワーク的に恵まれてないと厳しい上に、実行するためにはnativeに動かすよりも多くのメモリが必要となる。 ゲノム系のツールはもともとメモリをたくさん必要とするものが多く、その辺がさらにネックとなっているのではないかと。 デフォルトで2GiBのメモリがDockerに割り当てられて動いているが、これではすぐに足りなくなるであろう。 足りなくなるとエラーもなく、急に実行が止まってしまうので、何が原因なのか、わかりにくい。
yyoshiakiもikraのページで書いているが、salmonを実行するにもデフォルトの2GiBではメモリが足りなかったようだ。
今後多くの人がハマりそうなポイントなので、ここでも再度書いておく。
Dockerが起動しているときに上に出ているDockerのアイコンメニューからPreferences...を選択する。
そして、開く設定画面からAdvancedの項目を選択すると以下のような画面が出てくる。
この画面では、2GiBになっているメモリの割り当てを増やして、12GiBに設定したことになっている。
ただ、つまみを動かしたままではダメで、下部のApply & Restartボタンを押してDockerを再起動する。
これで前はコケていたDockerのプロセスが動くようになることが多いのではないだろうか。