transdecoderがコケる
しばらくぶりにtransdecoderを実行したところ、TransDecoder.Predictコマンドでコケた。 エラーメッセージ曰く、
% TransDecoder.Predict -t Trinity.fasta
CMD: /usr/local/Cellar/transdecoder/3.0.1/libexec/util/get_top_longest_fasta_entries.pl Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds 5000 > Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds.top_longest_5000
CMD: /usr/local/opt/cd-hit/bin/cd-hit-est -r 1 -i Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds.top_longest_5000 -T 1 -c 0.80 -o Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds.top_longest_5000.nr80 -M 0
dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/6/libgomp.1.dylib
Referenced from: /usr/local/opt/cd-hit/bin/cd-hit-est
Reason: image not found
Error, cmd: /usr/local/opt/cd-hit/bin/cd-hit-est -r 1 -i Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds.top_longest_5000 -T 1 -c 0.80 -o Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds.top_longest_5000.nr80 -M 0 died with ret 6 at /usr/lo
cal/Cellar/transdecoder/3.0.1/libexec/TransDecoder.Predict line 379.
どうもlibgomp.1.dylibというライブラリが見つからないらしい。そもそも、/usr/local/opt/gcc/lib/gcc/6/というディレクトリ自体が存在しなくなっている。 [shell] ls /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/ [/shell] すると7というディレクトリが見つかり、その中にはlibgomp.1.dylibが存在している。 これはシステムのgccのバージョンが上がったものの、transdecoderのそれは6のままのライブラリをリンクしているために起こるエラーなので、対処療法的に [shell] cd /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/ ln -s 7 6 [/shell] として再度実行してみたら、とりあえず動いた。バージョンが上がってgcc7に対応したtransdecoderが出回るまでのその場しのぎであるが。