dockerでfastq-dump
- Docker
SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。
そこでdockerを使ってコマンドを直接インストールすることなく実行できるようにできないかと考えたが、やはりすでにやっている人がいた。
このページにある通り、SRR-ID.txtというファイルにrunのIDを改行区切りで書いて、dockerが起動している状態で
docker run -v '/Users/bono/Downloads':/tmp cyverseuk/fastq-dump SRR-ID.txt
のようなコマンドを実行するとfastq-dumpをインストールすることなしにそのrunIDのFASTQファイルがダウンロードできる。していたディレクトリ(この例の場合、/Users/bono/Downloads)の中に、SRA_downloadという名前のディレクトリが作成され、その中にFASTQが生成される。ただ、物凄く容量が大きいうえに非圧縮のテキストファイルがそのままダウンロードされてくるため、(17Mほどのreadであったが)1時間ほどダウンロードにかかったが…。
もちろん、dockerが手元のマシンにインストールされていないとダメだが、WindowsでもMacでも簡単に使えるようになっているので、とくにWindowsでデータ取得をしたい場合にはこれであっても便利かもしれない。