fastQC
シークエンスのクオリティチェックによく使われるのがfastQC。その詳しい説明はこちらに譲る。SRAにアーカイブされているデータに関してはあらかじめ計算したものがDBCLS SRAから利用可能だが(例: Illumina bodymap2 transcriptomeの1ファイル)、公開前のデータは自ら計算する必要がもちろんある。
homebrewなら以下のコマンドでfastQCがインストールできる。 [shell] brew install -v fastqc [/shell] エラーが出た場合はhomebrew/scienceをtapしていない可能性が。 [shell] brew tap homebrew/science [/shell] してから上のコマンドを実行。
JDKが入っていないと入れろというメッセージが出るので、そのインストールを忘れずに。
[shell] fastqc ERR030893.fastq -o fastqc_out [/shell] のようにして使う。fastqc_outは結果のファイル(HTML形式)が出力されるディレクトリ。また、fastqファイルが圧縮されている場合でも [shell] fastqc ERR030893.fastq.gz -o fastqc_out [/shell] と直接計算できるところが素晴らしい。