Genome-guided Trinity
ゲノム配列も読んである場合に使えるGenome-guided Trinity De novo Transcriptome Assembly。まずは、TopHatやSTARなどでリードをゲノム配列マッピング(RNA用)して、その結果のBAMファイル(以下の例ではhogenome.bam)でde novo transcriptome assemblyを実行できる。 [shell] time Trinity --genome_guided_bam hogenome.bam --genome_guided_max_intron 10000 --max_memory 64G --CPU 24 [/shell]