GFF2GTF
RSEMを実行する際には、リファレンスを作成する必要がある。それをやるrsem-prepare-referenceコマンドは、GFF(version3)はダメで、GTFしか受け付けない模様。しかもこのGTFのチェックが厳しく、大文字小文字も区別するようだ。その辺を編集しないといけないGTFファイルもあったり。
GTFはGFFのversion2ということであるが、現在よく配布されているGFFはversion3のそれであることが多いようで、違うのである。そこでその変換スクリプトがないかなとググったら、やっぱりあった。
https://github.com/zachcp/ea-utils/blob/master/clipper/gff2gtf
このスクリプトで変換したもので実行するとうまくいった!
(後日談)EnsemblではGFF(version3)以外にGTFでも公開されていることにその直後に気づいた…。最初からこちらを使えばよかった…。