GUIとCUI
GUIとはGraphical User Interfaceの略で、今使っているInternet ExplorerやGoogle Chromeなどのウェブブラウザのように主にマウス操作と最小限のキーボード入力でコンピュータが動いてくれるインターフェースのことです。ウェブブラウザ以外だと、表計算以外の目的でも頻繁に使われているExcelとか遺伝子発現解析ソフトウェアの定番GeneSpringなどがGUIなソフトウェアということになります。それらの操作法については、統合TVで動画としてプロトコールの行間を埋める形で多数紹介してありますので、そちらを御覧ください。 2010年代の最近ではGUIでも高度な操作ができるようなものも使われるようになってきました。例えば、Biomartを使うと遺伝子の上流配列を取得することが簡単にGUIでできますし、Galaxyを使うと特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップすることが可能です。しかしながら、一般的にはGUIでは研究者が論文の図や表として求めるレベルのデータを作るには機能不足という状況がよくあります。 それに対してCUIとはCharacter User Interfaceのことで、コマンドをキーボードから直接入力してコンピュータにジョブを投入する方式のことです。CUIなツールに関しても一部、LocalBLAST、cygwinやBioperlの使い方を通して統合TVでも紹介してきましたが、そのバリエーションの多さ故にそのありがたさの多くを伝えきれていません。 そこで、ここではその「バリエーション」に敢えて向き合い、いろんな使い方を「プロトコール」として紹介していきたいと思っています。